More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1140 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1140  inner-membrane translocator  100 
 
 		 328 aa  634    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.129861 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1602  inner-membrane translocator  88.41 
 
 		 336 aa  532  1e-150  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.47347  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2128  inner-membrane translocator  36.39 
 
 		 344 aa  187  1e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.212047  normal  0.208516 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1708  inner-membrane translocator  37.46 
 
 		 348 aa  186  3e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.550604  normal  0.0112984 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1090  inner-membrane translocator  37.58 
 
 		 359 aa  186  5e-46  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.538994  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3750  ABC transporter related  39.2 
 
 		 603 aa  181  1e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.408417  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1100  inner-membrane translocator  35.71 
 
 		 343 aa  181  2e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0111942  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1500  inner-membrane translocator  37.04 
 
 		 336 aa  180  2.9999999999999997e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.101712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1618  ABC transporter related  39.12 
 
 		 616 aa  179  4.999999999999999e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.103337  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0337  branched-chain amino acid ABC transporter, permease/ATP-binding protein  37.87 
 
 		 609 aa  177  2e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1663  inner-membrane translocator  33.87 
 
 		 326 aa  176  4e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1849  inner-membrane translocator  35.29 
 
 		 328 aa  176  7e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.200349 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3618  inner-membrane translocator  36.83 
 
 		 328 aa  175  9e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.466346  normal  0.345258 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2886  putative ABC transporter permiase component  34.1 
 
 		 334 aa  175  9.999999999999999e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0441971 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1950  inner-membrane translocator  35.29 
 
 		 328 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5993  putative branched-chain amino acid ABC transporter (permease protein)  37.67 
 
 		 323 aa  170  4e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.329288  normal  0.170989 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0897  inner-membrane translocator  34.85 
 
 		 357 aa  167  2e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0312  inner-membrane translocator  33.64 
 
 		 326 aa  166  5e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.950676  normal  0.481983 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0006  inner-membrane translocator  34.58 
 
 		 344 aa  166  5.9999999999999996e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.273042  hitchhiker  0.0000215345 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1564  inner-membrane translocator  39.8 
 
 		 339 aa  165  8e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1828  inner-membrane translocator  34.25 
 
 		 331 aa  157  3e-37  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000769607  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2283  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 318 aa  155  1e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1906  inner-membrane translocator  37.25 
 
 		 326 aa  154  2e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.257462 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0851  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.69 
 
 		 333 aa  154  2.9999999999999998e-36  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.589569  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0794  inner-membrane translocator  36.27 
 
 		 327 aa  152  5.9999999999999996e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.605525  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1582  inner-membrane translocator  33.96 
 
 		 313 aa  149  5e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0863  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  36.72 
 
 		 334 aa  149  7e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0562534  normal  0.217688 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1929  inner-membrane translocator  37.5 
 
 		 318 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.456236  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1437  inner-membrane translocator  33.12 
 
 		 368 aa  138  1e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1532  inner-membrane translocator  33.12 
 
 		 368 aa  138  2e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.378741  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2007  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.23 
 
 		 357 aa  133  3.9999999999999996e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.551976  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2301  inner-membrane translocator  33.75 
 
 		 328 aa  132  6e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.281867 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0361  inner-membrane translocator  34.75 
 
 		 333 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1453  inner-membrane translocator  32.58 
 
 		 366 aa  129  7.000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.230295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3398  inner-membrane translocator  29.29 
 
 		 335 aa  120  1.9999999999999998e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0288037 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2426  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  33.02 
 
 		 368 aa  119  6e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0143  inner-membrane translocator  32.14 
 
 		 311 aa  114  3e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1673  inner-membrane translocator  31.89 
 
 		 319 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4441  ABC transporter related  29.49 
 
 		 603 aa  112  7.000000000000001e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0908  inner-membrane translocator  29.67 
 
 		 338 aa  112  9e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.579851  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0261  inner-membrane translocator  27.94 
 
 		 324 aa  112  1.0000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3688  inner-membrane translocator  29.24 
 
 		 330 aa  110  3e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0801  inner-membrane translocator  33.67 
 
 		 326 aa  110  3e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.950338 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2128  inner-membrane translocator  30.58 
 
 		 337 aa  109  6e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2458  inner-membrane translocator  28.86 
 
 		 318 aa  109  7.000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1424  inner-membrane translocator  29.71 
 
 		 381 aa  108  9.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132982  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2365  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.03 
 
 		 339 aa  108  1e-22  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.554509  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2587  inner-membrane translocator  28.94 
 
 		 317 aa  108  1e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.629922  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0828  inner-membrane translocator  29.26 
 
 		 350 aa  108  1e-22  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0366  inner-membrane translocator  27.84 
 
 		 310 aa  108  2e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000392686  unclonable  0.0000000558621 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3027  inner-membrane translocator  28.7 
 
 		 393 aa  107  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.56847  normal  0.739943 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5640  inner-membrane translocator  29.51 
 
 		 317 aa  107  2e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0643  inner-membrane translocator  29.76 
 
 		 347 aa  106  7e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1679  inner-membrane translocator  29.55 
 
 		 317 aa  105  1e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0944  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  28.85 
 
 		 350 aa  104  2e-21  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.223424  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1675  inner-membrane translocator  31.08 
 
 		 314 aa  104  2e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.675221  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2142  inner-membrane translocator  28.92 
 
 		 324 aa  104  2e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.711821 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2501  inner-membrane translocator  26.14 
 
 		 345 aa  103  3e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1482  inner-membrane translocator  28.77 
 
 		 360 aa  103  3e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1722  inner-membrane translocator  28.57 
 
 		 300 aa  103  3e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0174624  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1652  inner-membrane translocator  29.67 
 
 		 336 aa  103  4e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3820  inner-membrane translocator  32.29 
 
 		 328 aa  102  7e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0270491  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0934  inner-membrane translocator  29.13 
 
 		 327 aa  102  9e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000511533  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_815  ABC-type branched-chain amino acid transport system, permease component  28.21 
 
 		 350 aa  102  9e-21  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.488573  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0221  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  29.8 
 
 		 328 aa  102  9e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.126663  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1101  urea ABC transporter, permease protein UrtC  28.53 
 
 		 383 aa  101  1e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1850  inner-membrane translocator  30.46 
 
 		 340 aa  101  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.2267  normal  0.119632 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6116  branched chain amino acid ABC transporter permease  28.9 
 
 		 332 aa  101  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661138  normal  0.287958 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3393  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  27.45 
 
 		 307 aa  100  3e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4764  inner-membrane translocator  29.87 
 
 		 308 aa  100  3e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.498502 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1821  inner-membrane translocator  32.46 
 
 		 328 aa  100  3e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1097  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  27.61 
 
 		 315 aa  100  5e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.701299  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4183  inner-membrane translocator  29.35 
 
 		 358 aa  100  5e-20  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.708738  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3659  inner-membrane translocator  26.74 
 
 		 341 aa  100  5e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1079  inner-membrane translocator  27.96 
 
 		 333 aa  100  5e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.710188  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3647  inner-membrane translocator  28.07 
 
 		 315 aa  100  5e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0606167  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3055  inner-membrane translocator  28.9 
 
 		 324 aa  99.8  6e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2395  inner-membrane translocator  28.31 
 
 		 407 aa  99.4  8e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2754  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  29.09 
 
 		 325 aa  98.6  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.129032  normal  0.265528 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2609  inner-membrane translocator  29.73 
 
 		 415 aa  98.6  1e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1517  inner-membrane translocator  31.33 
 
 		 309 aa  98.6  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3500  inner-membrane translocator  27.71 
 
 		 358 aa  97.8  2e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.674248  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2111  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  27.89 
 
 		 298 aa  98.2  2e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2167  inner-membrane translocator  27.02 
 
 		 325 aa  97.1  3e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6433  inner-membrane translocator  27.85 
 
 		 344 aa  96.7  5e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0224691  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1395  inner-membrane translocator  30.03 
 
 		 293 aa  96.7  5e-19  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3911  inner-membrane translocator  30.41 
 
 		 323 aa  96.7  5e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.658147  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1732  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.49 
 
 		 326 aa  95.5  1e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2430  inner-membrane translocator  29.14 
 
 		 340 aa  94.7  2e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.106551  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5535  inner-membrane translocator  30.77 
 
 		 361 aa  94.7  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.875545  hitchhiker  0.00000782274 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1990  inner-membrane translocator  27.65 
 
 		 315 aa  95.1  2e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.97086  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4096  inner-membrane translocator  30.03 
 
 		 358 aa  94.4  2e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.949458  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4939  inner-membrane translocator  29.23 
 
 		 358 aa  94.4  2e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.408733  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0634  inner-membrane translocator  27.88 
 
 		 324 aa  94.4  3e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1480  inner-membrane translocator  27.48 
 
 		 407 aa  94.4  3e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3206  inner-membrane translocator  27.52 
 
 		 318 aa  93.6  4e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0021  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  29.47 
 
 		 323 aa  93.6  4e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.901563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3835  ABC transporter related  30.46 
 
 		 830 aa  93.2  5e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0078  inner-membrane translocator  29.81 
 
 		 324 aa  93.2  5e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1863  inner-membrane translocator  29.03 
 
 		 321 aa  93.2  5e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>