More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1602 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1602  inner-membrane translocator  100 
 
 		 336 aa  653    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.47347  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1140  inner-membrane translocator  88.41 
 
 		 328 aa  533  1e-150  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.129861 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1708  inner-membrane translocator  37.93 
 
 		 348 aa  192  9e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.550604  normal  0.0112984 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2128  inner-membrane translocator  36.75 
 
 		 344 aa  191  2e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.212047  normal  0.208516 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1500  inner-membrane translocator  38.38 
 
 		 336 aa  187  2e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.101712  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1090  inner-membrane translocator  36.84 
 
 		 359 aa  184  1.0000000000000001e-45  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.538994  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1100  inner-membrane translocator  35.53 
 
 		 343 aa  184  3e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0111942  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0006  inner-membrane translocator  35.2 
 
 		 344 aa  177  2e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.273042  hitchhiker  0.0000215345 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3618  inner-membrane translocator  37.58 
 
 		 328 aa  177  2e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.466346  normal  0.345258 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1663  inner-membrane translocator  34.29 
 
 		 326 aa  176  5e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1849  inner-membrane translocator  36.6 
 
 		 328 aa  176  5e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.200349 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3750  ABC transporter related  39.47 
 
 		 603 aa  175  9.999999999999999e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.408417  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0897  inner-membrane translocator  34.82 
 
 		 357 aa  174  2.9999999999999996e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1618  ABC transporter related  38.6 
 
 		 616 aa  173  2.9999999999999996e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.103337  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2886  putative ABC transporter permiase component  33.55 
 
 		 334 aa  172  1e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0441971 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1950  inner-membrane translocator  34.02 
 
 		 328 aa  167  2e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5993  putative branched-chain amino acid ABC transporter (permease protein)  37.04 
 
 		 323 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.329288  normal  0.170989 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0337  branched-chain amino acid ABC transporter, permease/ATP-binding protein  36.61 
 
 		 609 aa  164  2.0000000000000002e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0794  inner-membrane translocator  37.63 
 
 		 327 aa  162  6e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.605525  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1564  inner-membrane translocator  39.86 
 
 		 339 aa  162  1e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0851  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.85 
 
 		 333 aa  160  2e-38  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.589569  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0312  inner-membrane translocator  31.71 
 
 		 326 aa  160  3e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.950676  normal  0.481983 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2283  inner-membrane translocator  34.04 
 
 		 318 aa  160  3e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1906  inner-membrane translocator  36.89 
 
 		 326 aa  157  3e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.257462 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1828  inner-membrane translocator  33.23 
 
 		 331 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000769607  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1929  inner-membrane translocator  37.86 
 
 		 318 aa  150  4e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.456236  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0863  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  35.94 
 
 		 334 aa  149  8e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0562534  normal  0.217688 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1582  inner-membrane translocator  34.06 
 
 		 313 aa  145  9e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1532  inner-membrane translocator  33.43 
 
 		 368 aa  139  7e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.378741  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1437  inner-membrane translocator  33.43 
 
 		 368 aa  139  7.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0361  inner-membrane translocator  36.36 
 
 		 333 aa  135  8e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2301  inner-membrane translocator  33.85 
 
 		 328 aa  134  1.9999999999999998e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.281867 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1453  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 366 aa  128  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.230295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3398  inner-membrane translocator  31.07 
 
 		 335 aa  129  1.0000000000000001e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0288037 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2007  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.18 
 
 		 357 aa  126  5e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.551976  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0261  inner-membrane translocator  29.05 
 
 		 324 aa  122  6e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2426  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  34.04 
 
 		 368 aa  120  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3027  inner-membrane translocator  29.81 
 
 		 393 aa  114  3e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.56847  normal  0.739943 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4441  ABC transporter related  29.11 
 
 		 603 aa  114  3e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1424  inner-membrane translocator  28.97 
 
 		 381 aa  112  8.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132982  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2365  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.64 
 
 		 339 aa  111  2.0000000000000002e-23  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.554509  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1673  inner-membrane translocator  31.33 
 
 		 319 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2458  inner-membrane translocator  29.63 
 
 		 318 aa  110  2.0000000000000002e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2128  inner-membrane translocator  31.49 
 
 		 337 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0908  inner-membrane translocator  30.77 
 
 		 338 aa  110  4.0000000000000004e-23  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.579851  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1679  inner-membrane translocator  29.17 
 
 		 317 aa  109  6e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0366  inner-membrane translocator  27.95 
 
 		 310 aa  108  2e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000392686  unclonable  0.0000000558621 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3688  inner-membrane translocator  29.8 
 
 		 330 aa  107  3e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2395  inner-membrane translocator  27.76 
 
 		 407 aa  106  6e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1395  inner-membrane translocator  30.87 
 
 		 293 aa  105  8e-22  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3820  inner-membrane translocator  31.78 
 
 		 328 aa  105  1e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0270491  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1821  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 328 aa  105  1e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1097  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.87 
 
 		 315 aa  105  1e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.701299  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2167  inner-membrane translocator  28.75 
 
 		 325 aa  105  1e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0143  inner-membrane translocator  31.01 
 
 		 311 aa  104  2e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1722  inner-membrane translocator  27.36 
 
 		 300 aa  104  2e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0174624  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2501  inner-membrane translocator  26.37 
 
 		 345 aa  105  2e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3647  inner-membrane translocator  28.32 
 
 		 315 aa  104  2e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0606167  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2142  inner-membrane translocator  29.94 
 
 		 324 aa  104  2e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.711821 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0828  inner-membrane translocator  28.75 
 
 		 350 aa  103  3e-21  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0221  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  29.64 
 
 		 328 aa  103  5e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.126663  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2587  inner-membrane translocator  29.68 
 
 		 317 aa  103  6e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.629922  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0801  inner-membrane translocator  32.45 
 
 		 326 aa  102  7e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.950338 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1482  inner-membrane translocator  28.57 
 
 		 360 aa  102  9e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2754  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  27.94 
 
 		 325 aa  102  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.129032  normal  0.265528 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5640  inner-membrane translocator  29.9 
 
 		 317 aa  101  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0944  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  27.48 
 
 		 350 aa  100  5e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.223424  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2609  inner-membrane translocator  28.04 
 
 		 415 aa  100  5e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1652  inner-membrane translocator  28.33 
 
 		 336 aa  99.8  7e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1863  inner-membrane translocator  29.11 
 
 		 321 aa  99  1e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0934  inner-membrane translocator  28.26 
 
 		 327 aa  98.6  1e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000511533  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4764  inner-membrane translocator  30.89 
 
 		 308 aa  98.6  2e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.498502 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3659  inner-membrane translocator  26.91 
 
 		 341 aa  98.2  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0462  inner-membrane translocator  31.18 
 
 		 331 aa  97.8  2e-19  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_815  ABC-type branched-chain amino acid transport system, permease component  26.84 
 
 		 350 aa  97.8  2e-19  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.488573  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1850  inner-membrane translocator  29.87 
 
 		 340 aa  97.4  3e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.2267  normal  0.119632 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4183  inner-membrane translocator  29.22 
 
 		 358 aa  97.4  3e-19  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.708738  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3835  ABC transporter related  31.23 
 
 		 830 aa  96.3  7e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4096  inner-membrane translocator  30.45 
 
 		 358 aa  95.9  8e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.949458  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1732  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.56 
 
 		 326 aa  95.9  9e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0858  inner-membrane translocator  26.96 
 
 		 345 aa  95.9  9e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1480  inner-membrane translocator  25.16 
 
 		 407 aa  94.4  2e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6116  branched chain amino acid ABC transporter permease  28.57 
 
 		 332 aa  94.7  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661138  normal  0.287958 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0988  inner-membrane translocator  28.72 
 
 		 349 aa  95.1  2e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000237918 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2697  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system  27.22 
 
 		 367 aa  94.7  2e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.611923  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3393  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  25.57 
 
 		 307 aa  94.4  3e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0643  inner-membrane translocator  27.94 
 
 		 347 aa  94.4  3e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2111  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  27.21 
 
 		 298 aa  94  3e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5535  inner-membrane translocator  28.9 
 
 		 361 aa  93.6  4e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.875545  hitchhiker  0.00000782274 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0792  inner-membrane translocator  30.5 
 
 		 335 aa  93.6  4e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.756221 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1079  inner-membrane translocator  27.41 
 
 		 333 aa  93.2  6e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.710188  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2040  inner-membrane translocator  29.47 
 
 		 320 aa  92.8  8e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000437253 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6433  inner-membrane translocator  26.8 
 
 		 344 aa  92.4  9e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0224691  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1944  inner-membrane translocator  26.92 
 
 		 297 aa  92  1e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2015  inner-membrane translocator  28.47 
 
 		 287 aa  92.4  1e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.60727  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7433  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  28.62 
 
 		 363 aa  92.4  1e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0634  inner-membrane translocator  27.22 
 
 		 324 aa  91.7  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2016  inner-membrane translocator  31.53 
 
 		 318 aa  92.4  1e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.292526 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1517  inner-membrane translocator  29.66 
 
 		 309 aa  92.4  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1471  inner-membrane translocator  26.51 
 
 		 353 aa  91.7  1e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0927911  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>