More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_5993 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_5993  putative branched-chain amino acid ABC transporter (permease protein)  100 
 
 		 323 aa  617  1e-175  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.329288  normal  0.170989 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1929  inner-membrane translocator  63.83 
 
 		 318 aa  323  3e-87  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.456236  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0794  inner-membrane translocator  48.12 
 
 		 327 aa  247  2e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.605525  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1906  inner-membrane translocator  46.54 
 
 		 326 aa  234  2.0000000000000002e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.257462 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1090  inner-membrane translocator  41.95 
 
 		 359 aa  201  9.999999999999999e-51  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.538994  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1618  ABC transporter related  40.65 
 
 		 616 aa  198  9e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.103337  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2886  putative ABC transporter permiase component  38.76 
 
 		 334 aa  188  1e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0441971 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1849  inner-membrane translocator  38.67 
 
 		 328 aa  183  3e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.200349 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3618  inner-membrane translocator  37.84 
 
 		 328 aa  182  9.000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.466346  normal  0.345258 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3750  ABC transporter related  39.04 
 
 		 603 aa  180  2e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.408417  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1663  inner-membrane translocator  37.37 
 
 		 326 aa  179  4e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0337  branched-chain amino acid ABC transporter, permease/ATP-binding protein  39.12 
 
 		 609 aa  177  2e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1950  inner-membrane translocator  36.49 
 
 		 328 aa  176  4e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1140  inner-membrane translocator  37.97 
 
 		 328 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.129861 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1828  inner-membrane translocator  36.28 
 
 		 331 aa  172  5.999999999999999e-42  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000769607  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0897  inner-membrane translocator  34.32 
 
 		 357 aa  169  4e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1708  inner-membrane translocator  35.24 
 
 		 348 aa  169  4e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.550604  normal  0.0112984 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1602  inner-membrane translocator  37.04 
 
 		 336 aa  166  6.9999999999999995e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.47347  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1500  inner-membrane translocator  37.68 
 
 		 336 aa  165  1.0000000000000001e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.101712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0006  inner-membrane translocator  35.02 
 
 		 344 aa  165  1.0000000000000001e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.273042  hitchhiker  0.0000215345 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0851  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.13 
 
 		 333 aa  163  4.0000000000000004e-39  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.589569  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2128  inner-membrane translocator  36.62 
 
 		 344 aa  162  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.212047  normal  0.208516 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1582  inner-membrane translocator  35.45 
 
 		 313 aa  162  1e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0361  inner-membrane translocator  40.73 
 
 		 333 aa  160  3e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0312  inner-membrane translocator  33.97 
 
 		 326 aa  160  4e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.950676  normal  0.481983 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1100  inner-membrane translocator  35.65 
 
 		 343 aa  157  2e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0111942  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2283  inner-membrane translocator  35.09 
 
 		 318 aa  153  4e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1532  inner-membrane translocator  34.1 
 
 		 368 aa  152  5e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.378741  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1437  inner-membrane translocator  34.1 
 
 		 368 aa  152  5.9999999999999996e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1453  inner-membrane translocator  36 
 
 		 366 aa  151  2e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.230295  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3647  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 315 aa  150  3e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0606167  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1564  inner-membrane translocator  41.05 
 
 		 339 aa  149  5e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2007  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.03 
 
 		 357 aa  142  8e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.551976  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2301  inner-membrane translocator  32.59 
 
 		 328 aa  141  9.999999999999999e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.281867 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2587  inner-membrane translocator  33.66 
 
 		 317 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.629922  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1097  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.64 
 
 		 315 aa  137  2e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.701299  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2958  ABC-type branched-chain amino acid transport system permease component-like protein  34.09 
 
 		 389 aa  137  4e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2128  inner-membrane translocator  33.54 
 
 		 337 aa  136  6.0000000000000005e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4441  ABC transporter related  31.82 
 
 		 603 aa  134  3e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3398  inner-membrane translocator  30.3 
 
 		 335 aa  134  3e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0288037 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2609  inner-membrane translocator  32.8 
 
 		 415 aa  133  3.9999999999999996e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0863  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  37.55 
 
 		 334 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0562534  normal  0.217688 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1863  inner-membrane translocator  35.05 
 
 		 321 aa  130  2.0000000000000002e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3838  inner-membrane translocator  33.1 
 
 		 315 aa  129  5.0000000000000004e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.242692  normal  0.204744 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.45 
 
 		 315 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3820  inner-membrane translocator  35.25 
 
 		 328 aa  129  7.000000000000001e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0270491  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5537  inner-membrane translocator  36.65 
 
 		 385 aa  128  2.0000000000000002e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5640  inner-membrane translocator  35.13 
 
 		 317 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1679  inner-membrane translocator  32.12 
 
 		 317 aa  127  2.0000000000000002e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1471  inner-membrane translocator  31.96 
 
 		 376 aa  126  4.0000000000000003e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.959824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2426  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  33.94 
 
 		 368 aa  126  6e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4183  inner-membrane translocator  35.54 
 
 		 358 aa  125  9e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.708738  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2395  inner-membrane translocator  32.26 
 
 		 407 aa  125  1e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0052  inner-membrane translocator  35.29 
 
 		 346 aa  125  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.460999  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2167  inner-membrane translocator  35.1 
 
 		 325 aa  125  1e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0997  inner-membrane translocator  34.74 
 
 		 321 aa  123  3e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.915307  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1595  inner-membrane translocator  37.02 
 
 		 355 aa  122  6e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1480  inner-membrane translocator  31.48 
 
 		 407 aa  122  6e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2857  inner-membrane translocator  34.17 
 
 		 393 aa  122  7e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0102974  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1821  inner-membrane translocator  35.14 
 
 		 328 aa  122  8e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0115  inner-membrane translocator  32.57 
 
 		 325 aa  122  9e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1990  inner-membrane translocator  34.56 
 
 		 315 aa  121  9.999999999999999e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.97086  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4055  ABC transporter related  34.77 
 
 		 663 aa  121  9.999999999999999e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1935  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.9 
 
 		 333 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1673  inner-membrane translocator  34.35 
 
 		 319 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2754  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  36.46 
 
 		 325 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.129032  normal  0.265528 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3407  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.17 
 
 		 298 aa  120  3e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000473911 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1732  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.75 
 
 		 326 aa  120  3.9999999999999996e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2035  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.23 
 
 		 333 aa  120  4.9999999999999996e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.226919  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0801  inner-membrane translocator  35.19 
 
 		 326 aa  119  7.999999999999999e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.950338 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0010  inner-membrane translocator  35.77 
 
 		 309 aa  119  9e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370487 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2142  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 324 aa  118  9.999999999999999e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.711821 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2358  inner-membrane translocator  34.04 
 
 		 348 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.165636  normal  0.556674 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0643  inner-membrane translocator  33.02 
 
 		 347 aa  117  1.9999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3393  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.79 
 
 		 307 aa  117  3e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2014  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.91 
 
 		 333 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.383431  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6000  branched-chain amino acid transport system permease protein  32.45 
 
 		 321 aa  116  5e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.108703  normal  0.0256137 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2501  inner-membrane translocator  29.51 
 
 		 345 aa  116  5e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0835  inner-membrane translocator  35.76 
 
 		 335 aa  115  6.9999999999999995e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0400978  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2082  inner-membrane translocator  31.67 
 
 		 456 aa  115  6.9999999999999995e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1395  inner-membrane translocator  34.42 
 
 		 293 aa  115  7.999999999999999e-25  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0221  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  32.01 
 
 		 328 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.126663  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2365  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.67 
 
 		 339 aa  115  1.0000000000000001e-24  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.554509  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0366  inner-membrane translocator  33.76 
 
 		 310 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000392686  unclonable  0.0000000558621 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7091  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  35.27 
 
 		 319 aa  115  1.0000000000000001e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.230305  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2530  inner-membrane translocator  31.32 
 
 		 398 aa  115  1.0000000000000001e-24  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.104634  normal  0.427798 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2719  inner-membrane translocator  35.74 
 
 		 310 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.68062  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3772  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 372 aa  114  2.0000000000000002e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00496124  hitchhiker  0.00284039 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2500  inner-membrane translocator  35.09 
 
 		 407 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.62609  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6025  inner-membrane translocator  36.95 
 
 		 333 aa  114  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2318  ABC transporter related protein  34.8 
 
 		 589 aa  114  3e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7433  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  33.77 
 
 		 363 aa  114  3e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2235  inner-membrane translocator  32.62 
 
 		 327 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.344649  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4851  ABC transporter related  39.55 
 
 		 823 aa  113  5e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.356064  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19630  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32.7 
 
 		 418 aa  113  5e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000188502  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0670  inner-membrane translocator  36.59 
 
 		 335 aa  112  7.000000000000001e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2122  inner-membrane translocator  36.17 
 
 		 304 aa  112  7.000000000000001e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.589332 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2363  inner-membrane translocator  36.05 
 
 		 325 aa  112  7.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0322104  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1753  branched chain amino acid ABC transporter, permease  33.23 
 
 		 333 aa  112  8.000000000000001e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.20801  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6489  inner-membrane translocator  33.96 
 
 		 320 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.635062  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>