195 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0304 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0304  hypothetical protein  100 
 
 		 290 aa  545  1e-154  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.219486  normal  0.268304 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0534  protein of unknown function DUF6 transmembrane  87.85 
 
 		 288 aa  422  1e-117  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0506  hypothetical protein  81.12 
 
 		 290 aa  422  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0252698 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0507  hypothetical protein  91.7 
 
 		 289 aa  409  1e-113  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.402835  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3690  hypothetical protein  76.22 
 
 		 288 aa  409  1e-113  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7612  hypothetical protein  76.92 
 
 		 290 aa  381  1e-105  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.236304  normal  0.110479 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3062  hypothetical protein  75.96 
 
 		 288 aa  379  1e-104  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.161297  normal  0.319648 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2060  hypothetical protein  65.12 
 
 		 294 aa  335  7e-91  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.267021  hitchhiker  0.00448812 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0450  protein of unknown function DUF6 transmembrane  63.73 
 
 		 294 aa  331  7.000000000000001e-90  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.267531  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5123  hypothetical protein  62.32 
 
 		 304 aa  310  1e-83  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.142445  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3584  protein of unknown function DUF6 transmembrane  57.3 
 
 		 295 aa  309  4e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.151305 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3580  hypothetical protein  59.46 
 
 		 294 aa  306  2.0000000000000002e-82  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.122357  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4039  Premeases of the drub/metabolic transporter protein  56.58 
 
 		 294 aa  305  6e-82  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3079  hypothetical protein  59.07 
 
 		 296 aa  305  7e-82  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.334626  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2554  hypothetical protein  55.79 
 
 		 296 aa  298  9e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3877  protein of unknown function DUF6 transmembrane  56.23 
 
 		 296 aa  294  1e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0848809 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2587  hypothetical protein  57.54 
 
 		 284 aa  292  4e-78  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0394  hypothetical protein  56.99 
 
 		 298 aa  263  2e-69  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.236549  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4998  hypothetical protein  51.23 
 
 		 300 aa  248  8e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.390809  normal  0.999953 
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6429  hypothetical protein  46.02 
 
 		 307 aa  192  5e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6084  hypothetical protein  46.02 
 
 		 307 aa  192  5e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3738  hypothetical protein  50.18 
 
 		 303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1798  hypothetical protein  40 
 
 		 314 aa  167  2e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4887  protein of unknown function DUF6 transmembrane  41.81 
 
 		 283 aa  166  5.9999999999999996e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0311  hypothetical protein  43.4 
 
 		 314 aa  155  7e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.012738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0240  hypothetical protein  40.99 
 
 		 280 aa  145  6e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.904701 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1560  hypothetical protein  43.94 
 
 		 282 aa  136  4e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00112464 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0343  hypothetical protein  38.93 
 
 		 289 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.99772  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5668  hypothetical protein  36.82 
 
 		 297 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3144  protein of unknown function DUF6 transmembrane  38.12 
 
 		 281 aa  90.1  4e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000163961  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1646  hypothetical protein  31.31 
 
 		 321 aa  84  0.000000000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.866595  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2045  hypothetical protein  30.27 
 
 		 295 aa  83.6  0.000000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000341344  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1897  hypothetical protein  29.78 
 
 		 295 aa  75.1  0.000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2175  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.88 
 
 		 293 aa  74.3  0.000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.233434  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1556  hypothetical protein  27.88 
 
 		 293 aa  74.3  0.000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.137384  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2084  hypothetical protein  27.88 
 
 		 293 aa  74.3  0.000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1701  hypothetical protein  27.88 
 
 		 293 aa  73.9  0.000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.138708  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3219  hypothetical protein  45.24 
 
 		 273 aa  73.9  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.759716  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1653  hypothetical protein  27.88 
 
 		 293 aa  73.6  0.000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2190  hypothetical protein  30.4 
 
 		 298 aa  72.4  0.000000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.962602  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0384  hypothetical protein  26.87 
 
 		 302 aa  71.2  0.00000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.128804  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0186  hypothetical protein  29.08 
 
 		 293 aa  69.3  0.00000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2056  hypothetical protein  26.62 
 
 		 295 aa  68.9  0.00000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00560  permease  26.48 
 
 		 302 aa  67.4  0.0000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1593  hypothetical protein  28.68 
 
 		 307 aa  67.4  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01431  predicted methyl viologen efflux pump  25.94 
 
 		 274 aa  67  0.0000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1686  hypothetical protein  28.25 
 
 		 293 aa  67  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.605003 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2184  hypothetical protein  25.94 
 
 		 274 aa  67  0.0000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.733406  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01443  hypothetical protein  25.94 
 
 		 274 aa  67  0.0000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1959  hypothetical protein  29.97 
 
 		 297 aa  66.2  0.0000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.101778  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0872  hypothetical protein  31.06 
 
 		 306 aa  66.2  0.0000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.419848 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1688  hypothetical protein  27.88 
 
 		 293 aa  65.5  0.0000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.355526 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1749  hypothetical protein  27.88 
 
 		 307 aa  65.1  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.880774  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1771  hypothetical protein  27.24 
 
 		 307 aa  65.1  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.860733 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2435  hypothetical protein  25.96 
 
 		 303 aa  64.7  0.000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2994  integral membrane protein  26.27 
 
 		 303 aa  63.2  0.000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3081  hypothetical protein  27.31 
 
 		 304 aa  62.4  0.00000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_02670  predicted permease, DMT superfamily  33.97 
 
 		 319 aa  61.2  0.00000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5633  hypothetical protein  29.06 
 
 		 311 aa  61.2  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001929  permease  26.13 
 
 		 302 aa  61.6  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3483  hypothetical protein  26.28 
 
 		 314 aa  60.5  0.00000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.556411  normal  0.164721 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4623  hypothetical protein  27.94 
 
 		 328 aa  60.5  0.00000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4555  hypothetical protein  26.28 
 
 		 314 aa  60.5  0.00000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.253023  normal  0.785302 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2512  integral membrane domain-containing protein  29.41 
 
 		 303 aa  59.7  0.00000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.106417  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1021  hypothetical protein  28.81 
 
 		 277 aa  59.7  0.00000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2058  hypothetical protein  26.01 
 
 		 303 aa  59.3  0.00000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0938431  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1390  hypothetical protein  31.19 
 
 		 303 aa  59.3  0.00000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1367  hypothetical protein  29.21 
 
 		 318 aa  59.3  0.00000007  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1143  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.01 
 
 		 292 aa  59.3  0.00000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0271281  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0292  protein of unknown function DUF6 transmembrane  32.22 
 
 		 292 aa  58.5  0.0000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1951  hypothetical protein  30.13 
 
 		 308 aa  58.5  0.0000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0393459  normal  0.0245996 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2845  hypothetical protein  27.62 
 
 		 308 aa  58.9  0.0000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.244787 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3584  hypothetical protein  26.01 
 
 		 306 aa  57.8  0.0000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0998298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3856  hypothetical protein  25.38 
 
 		 302 aa  58.2  0.0000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2630  hypothetical protein  37.7 
 
 		 309 aa  57.4  0.0000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.815333 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1370  hypothetical protein  26.1 
 
 		 321 aa  57  0.0000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.803424  normal  0.119538 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3357  hypothetical protein  30.26 
 
 		 295 aa  57  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000721544  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0557  hypothetical protein  28.46 
 
 		 305 aa  56.6  0.0000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.552621 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3485  hypothetical protein  30.26 
 
 		 295 aa  57  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000551734  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2825  hypothetical protein  28.37 
 
 		 301 aa  56.6  0.0000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.693217  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1026  hypothetical protein  29.93 
 
 		 295 aa  55.8  0.0000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.715879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00805  integral membrane protein  28.42 
 
 		 303 aa  56.2  0.0000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0905837  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0562  hypothetical protein  33.86 
 
 		 328 aa  55.8  0.0000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.368396  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2109  hypothetical protein  26.97 
 
 		 316 aa  55.1  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0115021  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1754  hypothetical protein  27.83 
 
 		 319 aa  55.5  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.302164  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3538  hypothetical protein  25.27 
 
 		 308 aa  55.1  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.149446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3410  hypothetical protein  25.37 
 
 		 307 aa  55.5  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.708924  hitchhiker  0.00480919 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1215  hypothetical protein  25.21 
 
 		 299 aa  55.1  0.000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4849  drug/metabolite transporter (DMT) superfamily permease  29.87 
 
 		 297 aa  54.7  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.551565  normal  0.306112 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1374  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.03 
 
 		 300 aa  53.9  0.000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000124016  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2070  hypothetical protein  26.4 
 
 		 297 aa  53.1  0.000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3320  hypothetical protein  24.91 
 
 		 308 aa  53.1  0.000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.507234  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3468  hypothetical protein  25.86 
 
 		 297 aa  53.1  0.000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.889932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05416  hypothetical protein  26.42 
 
 		 300 aa  52.8  0.000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2972  hypothetical protein  26.63 
 
 		 311 aa  52.8  0.000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0872  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.47 
 
 		 303 aa  52.4  0.000008  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.187128  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1802  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.96 
 
 		 365 aa  52.4  0.000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2701  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.95 
 
 		 312 aa  52.4  0.000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0994  hypothetical protein  27.47 
 
 		 306 aa  51.6  0.00001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0772792  normal  0.692299 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4484  hypothetical protein  25.17 
 
 		 321 aa  52  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>