170 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3012 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3012  peptidase A24A, prepilin type IV  100 
 
 		 170 aa  318  3e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.449683 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0908  peptidase A24A prepilin type IV  53.25 
 
 		 202 aa  125  3e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.465654 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2105  peptidase A24A prepilin type IV  51.45 
 
 		 195 aa  108  5e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.96246 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4241  prepilin peptidase  36.64 
 
 		 287 aa  75.9  0.0000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.204549 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0731  peptidase A24A, prepilin type IV  39.42 
 
 		 159 aa  70.1  0.00000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.465055  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3921  prepilin peptidase  28.57 
 
 		 304 aa  65.5  0.0000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.985112  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0785  type IV pilus prepilin peptidase PilD  31.62 
 
 		 288 aa  65.1  0.0000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.460819  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4062  prepilin peptidase  29.29 
 
 		 304 aa  64.7  0.0000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.81553  normal  0.488715 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2022  prepilin peptidase  35.51 
 
 		 296 aa  64.3  0.0000000009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0169642  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3869  Prepilin peptidase  28.57 
 
 		 308 aa  63.9  0.0000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000036956 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3944  prepilin peptidase  28.57 
 
 		 308 aa  63.9  0.0000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2122  peptidase A24A domain-containing protein  32.37 
 
 		 255 aa  63.9  0.0000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.711302  normal  0.198446 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2176  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  30.71 
 
 		 280 aa  63.2  0.000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.464128  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06881  leader peptidase (prepilin peptidase) / N-methyltransferase  29.86 
 
 		 267 aa  62.8  0.000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2820  prepilin peptidase  33.82 
 
 		 303 aa  62  0.000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0392488  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4538  prepilin peptidase  31.39 
 
 		 288 aa  61.2  0.000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2657  prepilin peptidase  32.37 
 
 		 309 aa  60.8  0.000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.956099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0678  prepilin peptidase  31.33 
 
 		 288 aa  60.8  0.000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0502  Type 4 prepilin-like peptidase, leader peptide processing enzyme  33.82 
 
 		 318 aa  60.5  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.209111 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2632  type IV prepilin peptidase PilD (type IV-A prepilin peptidase PilD) (leader peptidase PilD)  27.86 
 
 		 295 aa  60.5  0.00000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0673  prepilin peptidase  30.87 
 
 		 288 aa  60.5  0.00000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0406181 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03471  Type II secretory pathway, prepilin signal peptidase PulO  28.78 
 
 		 289 aa  60.5  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1527  peptidase A24A domain protein  35.26 
 
 		 261 aa  60.5  0.00000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.295629 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1309  Prepilin peptidase  33.33 
 
 		 283 aa  59.3  0.00000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1480  Prepilin peptidase  33.07 
 
 		 283 aa  58.9  0.00000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3342  prepilin peptidase  27.14 
 
 		 300 aa  58.9  0.00000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.501054  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0303  prepilin peptidase  29.23 
 
 		 303 aa  58.9  0.00000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1288  putative Type II secretory pathway, prepilin signal peptidase  36.59 
 
 		 163 aa  58.9  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0693178  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002543  leader peptidase (Prepilin peptidase)/N-methyltransferase  27.66 
 
 		 289 aa  59.3  0.00000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000528098  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4449  type 4 prepilin-like proteins leader peptide processing enzyme PilD  30 
 
 		 301 aa  58.5  0.00000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.255527  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2225  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  26.72 
 
 		 288 aa  58.5  0.00000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000075446  normal  0.643146 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1581  Prepilin peptidase  33.58 
 
 		 294 aa  58.9  0.00000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0411  prepilin peptidase  28.47 
 
 		 303 aa  58.9  0.00000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2002  leader peptidase PilD  29.29 
 
 		 291 aa  58.2  0.00000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00673434  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2849  Prepilin peptidase  31.88 
 
 		 281 aa  58.2  0.00000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.993621  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3178  Prepilin peptidase  30.3 
 
 		 287 aa  57  0.0000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0479  prepilin peptidase  31.62 
 
 		 303 aa  57.4  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.508512  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0504  prepilin peptidase  31.62 
 
 		 303 aa  57  0.0000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.613081  normal  0.615675 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2186  Prepilin peptidase  34.31 
 
 		 296 aa  56.6  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.295989  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04888  type IV prepilin peptidase  30.2 
 
 		 287 aa  56.2  0.0000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.528237  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2368  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  30.37 
 
 		 283 aa  55.8  0.0000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.66665  normal  0.125964 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1173  Prepilin peptidase  30.08 
 
 		 283 aa  55.8  0.0000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0768  prepilin peptidase  28.57 
 
 		 283 aa  55.8  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.312939  normal  0.130991 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1422  Prepilin peptidase  31.5 
 
 		 282 aa  55.8  0.0000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0200  peptidase A24A prepilin type IV  29.08 
 
 		 166 aa  55.5  0.0000004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.267087 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0326  peptidase A24A, prepilin type IV  40.95 
 
 		 260 aa  55.1  0.0000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0094  prepilin peptidase  32.03 
 
 		 303 aa  55.1  0.0000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0576  prepilin peptidase  32.03 
 
 		 303 aa  55.1  0.0000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0251238  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0546  prepilin peptidase  32.03 
 
 		 303 aa  55.1  0.0000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0204548  normal  0.0306295 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3661  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  32.03 
 
 		 303 aa  54.7  0.0000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.301605  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0021  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  27.27 
 
 		 265 aa  54.7  0.0000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0417  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  27.08 
 
 		 309 aa  54.7  0.0000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.167807  hitchhiker  0.00108139 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0418  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  27.08 
 
 		 308 aa  54.7  0.0000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0632  prepilin peptidase  29.79 
 
 		 288 aa  54.3  0.0000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0414  type 4 prepilin-like proteins leader peptide processing enzyme  26.43 
 
 		 308 aa  53.9  0.0000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2131  prepilin peptidase  30.66 
 
 		 302 aa  54.3  0.0000009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0392  peptidase A24A, prepilin type IV  32.87 
 
 		 160 aa  53.5  0.000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.354362 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0970  prepilin peptidase  32.61 
 
 		 273 aa  53.5  0.000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2533  type IV pilus prepilin peptidase PilD  34.04 
 
 		 304 aa  52.8  0.000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3259  prepilin peptidase  31.78 
 
 		 301 aa  53.1  0.000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000482568  hitchhiker  0.0000000000000925794 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3607  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  28.47 
 
 		 308 aa  53.1  0.000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.551443  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3785  prepilin peptidase  26.39 
 
 		 308 aa  53.1  0.000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3325  prepilin peptidase  27.74 
 
 		 290 aa  52.8  0.000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2683  prepilin peptidase  29.68 
 
 		 291 aa  53.1  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000151009  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0455  type IV pilus prepilin peptidase PilD  34.04 
 
 		 304 aa  52.8  0.000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1313  type IV pilus prepilin peptidase PilD  34.04 
 
 		 304 aa  52.8  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3508  type IV prepilin leader peptidase  34.04 
 
 		 304 aa  52.8  0.000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3533  type IV prepilin leader peptidase  34.04 
 
 		 304 aa  52.8  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3249  type IV pilus prepilin peptidase PilD  34.04 
 
 		 304 aa  52.8  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1014  prepilin peptidase  31.78 
 
 		 280 aa  53.1  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0963  type IV prepilin peptidase  31.78 
 
 		 277 aa  53.1  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1134  type IV pilus prepilin peptidase PilD  35.04 
 
 		 351 aa  52.4  0.000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3425  prepilin peptidase  28.57 
 
 		 308 aa  52.4  0.000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.195496  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3529  peptidase A24 N- domain-containing protein  34.04 
 
 		 351 aa  52  0.000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0013  Peptidase A24 N- domain protein  34.09 
 
 		 274 aa  52  0.000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.846368 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0184  peptidase A24A, prepilin type IV  34.53 
 
 		 166 aa  51.6  0.000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0397814  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2707  Prepilin peptidase  36.96 
 
 		 293 aa  51.6  0.000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3454  Prepilin peptidase  32.35 
 
 		 306 aa  50.8  0.000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0110375  hitchhiker  0.0033362 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0365  peptidase A24A domain protein  33.57 
 
 		 266 aa  50.4  0.00001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.449957  normal  0.439628 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2904  prepilin peptidase  28.99 
 
 		 280 aa  50.1  0.00001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0186  type IV pilus prepilin peptidase PilD  33.57 
 
 		 266 aa  50.4  0.00001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0986593  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3072  Prepilin peptidase  36.96 
 
 		 293 aa  49.7  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.373458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2985  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  28.68 
 
 		 269 aa  49.7  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00797438  normal  0.749856 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0861  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  27.82 
 
 		 298 aa  50.1  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2579  peptidase A24A domain protein  31.88 
 
 		 239 aa  49.7  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.844894  normal  0.691194 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2023  peptidase A24A prepilin type IV  41 
 
 		 192 aa  49.7  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.674967  normal  0.217892 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0924  type IV pilus prepilin peptidase PilD  27.92 
 
 		 290 aa  49.3  0.00003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3921  prepilin peptidase  28.57 
 
 		 294 aa  48.9  0.00003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.164827  normal  0.369065 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1481  Type 4 prepilin-like proteins leader peptide processing enzyme  26.72 
 
 		 287 aa  48.5  0.00004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1502  Type 4 prepilin-like proteins leader peptide processing enzyme  25.78 
 
 		 287 aa  48.5  0.00004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3110  type 4 prepilin peptidase 1  33.33 
 
 		 289 aa  48.5  0.00004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2094  leader peptidase PilD  23.53 
 
 		 289 aa  48.5  0.00005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0796  prepilin peptidase  28.37 
 
 		 290 aa  48.1  0.00006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3430  type IV prepilin peptidase family protein  31.5 
 
 		 269 aa  48.1  0.00006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2043  type 4 prepilin-like proteins leader peptide processing enzyme  27.78 
 
 		 259 aa  47.8  0.00007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0843  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  27.14 
 
 		 285 aa  47.8  0.00007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.120524  normal  0.609016 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3391  prepilin peptidase  29.29 
 
 		 305 aa  47.8  0.00008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1138  peptidase A24A domain-containing protein  30.53 
 
 		 240 aa  47.4  0.00009  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.120004  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0507  signal peptidase  29.41 
 
 		 283 aa  47.4  0.00009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0697104 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07790  prepilin signal peptidase PulO-like peptidase  36.36 
 
 		 253 aa  47  0.0001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.409927  normal  0.37383 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>