267 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0632 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0632  prepilin peptidase  100 
 
 		 288 aa  571  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0673  prepilin peptidase  97.92 
 
 		 288 aa  558  1e-158  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0406181 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0678  prepilin peptidase  90.28 
 
 		 288 aa  503  1e-141  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4538  prepilin peptidase  79.86 
 
 		 288 aa  461  1e-129  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0924  type IV pilus prepilin peptidase PilD  65.05 
 
 		 290 aa  360  1e-98  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0796  prepilin peptidase  64.71 
 
 		 290 aa  358  4e-98  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5164  type 4 prepilin peptidase PilD  66.44 
 
 		 290 aa  350  2e-95  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.413095  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58770  type 4 prepilin peptidase PilD  64.71 
 
 		 290 aa  346  2e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.896389  normal  0.522546 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12070  type IV Pilus Prepilin peptidase, PilD  61.11 
 
 		 289 aa  329  3e-89  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0974512  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4822  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  60.42 
 
 		 290 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.823452  normal  0.401287 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0773  prepilin peptidase  65.38 
 
 		 289 aa  319  3e-86  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3342  prepilin peptidase  50.51 
 
 		 300 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.501054  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1173  Prepilin peptidase  53.93 
 
 		 283 aa  301  9e-81  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2683  prepilin peptidase  54.81 
 
 		 291 aa  298  7e-80  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000151009  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4449  type 4 prepilin-like proteins leader peptide processing enzyme PilD  50 
 
 		 301 aa  294  1e-78  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.255527  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0785  type IV pilus prepilin peptidase PilD  54.93 
 
 		 288 aa  289  3e-77  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.460819  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2225  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  50.18 
 
 		 288 aa  286  2e-76  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000075446  normal  0.643146 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03233  Type 4 prepilin-like proteins leader peptide processing enzyme  53 
 
 		 297 aa  284  1.0000000000000001e-75  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0166212  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2131  prepilin peptidase  47.83 
 
 		 302 aa  284  1.0000000000000001e-75  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0411  prepilin peptidase  45.97 
 
 		 303 aa  283  2.0000000000000002e-75  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2632  type IV prepilin peptidase PilD (type IV-A prepilin peptidase PilD) (leader peptidase PilD)  50.35 
 
 		 295 aa  280  1e-74  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0310  prepilin peptidase  53.19 
 
 		 288 aa  280  2e-74  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2002  leader peptidase PilD  52.35 
 
 		 291 aa  276  2e-73  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00673434  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3110  type 4 prepilin peptidase 1  52.54 
 
 		 289 aa  275  5e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0303  prepilin peptidase  46.02 
 
 		 303 aa  272  4.0000000000000004e-72  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3921  prepilin peptidase  43.81 
 
 		 304 aa  272  4.0000000000000004e-72  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.985112  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4062  prepilin peptidase  43.81 
 
 		 304 aa  271  1e-71  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.81553  normal  0.488715 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3869  Prepilin peptidase  44.11 
 
 		 308 aa  268  5.9999999999999995e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000036956 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3944  prepilin peptidase  44.11 
 
 		 308 aa  268  1e-70  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002543  leader peptidase (Prepilin peptidase)/N-methyltransferase  49.64 
 
 		 289 aa  266  2.9999999999999995e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000528098  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1581  Prepilin peptidase  50.72 
 
 		 294 aa  266  2.9999999999999995e-70  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03471  Type II secretory pathway, prepilin signal peptidase PulO  49.28 
 
 		 289 aa  266  4e-70  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2904  prepilin peptidase  53.26 
 
 		 280 aa  263  3e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3325  prepilin peptidase  48.77 
 
 		 290 aa  263  3e-69  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3785  prepilin peptidase  45.12 
 
 		 308 aa  261  6.999999999999999e-69  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3607  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  45.45 
 
 		 308 aa  261  1e-68  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.551443  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2368  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  53.24 
 
 		 283 aa  260  2e-68  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.66665  normal  0.125964 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0417  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  46.13 
 
 		 309 aa  260  2e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.167807  hitchhiker  0.00108139 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1481  Type 4 prepilin-like proteins leader peptide processing enzyme  46.07 
 
 		 287 aa  258  1e-67  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2186  Prepilin peptidase  52.36 
 
 		 296 aa  258  1e-67  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.295989  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0502  Type 4 prepilin-like peptidase, leader peptide processing enzyme  50.74 
 
 		 318 aa  256  2e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.209111 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0418  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  45.79 
 
 		 308 aa  257  2e-67  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2081  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  53.21 
 
 		 293 aa  257  2e-67  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.587572 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1502  Type 4 prepilin-like proteins leader peptide processing enzyme  45.71 
 
 		 287 aa  256  3e-67  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0768  prepilin peptidase  48.57 
 
 		 283 aa  256  3e-67  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.312939  normal  0.130991 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2962  prepilin peptidase  55.43 
 
 		 295 aa  256  4e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0507  signal peptidase  51.55 
 
 		 283 aa  256  4e-67  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0697104 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2657  prepilin peptidase  50 
 
 		 309 aa  255  7e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.956099  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0414  type 4 prepilin-like proteins leader peptide processing enzyme  44.75 
 
 		 308 aa  252  5.000000000000001e-66  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3425  prepilin peptidase  45.12 
 
 		 308 aa  252  5.000000000000001e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.195496  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2094  leader peptidase PilD  50.36 
 
 		 289 aa  252  6e-66  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0861  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  50 
 
 		 298 aa  251  1e-65  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3391  prepilin peptidase  44.93 
 
 		 305 aa  249  3e-65  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0367  prepilin peptidase  46.96 
 
 		 304 aa  246  3e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0600095  unclonable  0.00000838241 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3440  prepilin peptidase  45.45 
 
 		 303 aa  245  6.999999999999999e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.823823  normal  0.0376305 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0843  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  49.82 
 
 		 285 aa  244  8e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.120524  normal  0.609016 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0062  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  45.45 
 
 		 299 aa  244  9e-64  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000282125  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3072  Prepilin peptidase  51.46 
 
 		 293 aa  241  7e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.373458  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5490  prepilin peptidase  50.76 
 
 		 294 aa  239  2.9999999999999997e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.16559  normal  0.184138 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1480  Prepilin peptidase  52.4 
 
 		 283 aa  239  5e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2707  Prepilin peptidase  51.09 
 
 		 293 aa  238  5.999999999999999e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3178  Prepilin peptidase  47.89 
 
 		 287 aa  238  8e-62  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2820  prepilin peptidase  45.96 
 
 		 303 aa  237  2e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0392488  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3454  Prepilin peptidase  48.88 
 
 		 306 aa  237  2e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0110375  hitchhiker  0.0033362 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0766  Prepilin peptidase  47.16 
 
 		 293 aa  237  2e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0504  prepilin peptidase  45.58 
 
 		 303 aa  235  7e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.613081  normal  0.615675 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0803  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  47.16 
 
 		 293 aa  235  7e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.414773  normal  0.890784 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2022  prepilin peptidase  49.22 
 
 		 296 aa  235  8e-61  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0169642  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04888  type IV prepilin peptidase  43.31 
 
 		 287 aa  233  3e-60  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.528237  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0423  prepilin peptidase  43.96 
 
 		 303 aa  233  3e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00039468 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2176  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  46.38 
 
 		 280 aa  233  3e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.464128  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0637  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  51.76 
 
 		 284 aa  232  5e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000248086  normal  0.774777 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3921  prepilin peptidase  47.23 
 
 		 294 aa  228  9e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.164827  normal  0.369065 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0479  prepilin peptidase  45.23 
 
 		 303 aa  228  1e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.508512  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2827  type 4 prepilin peptidase bifunctionnal: leader peptidase and N-methyltransferase transmembrane protein  51.09 
 
 		 294 aa  227  2e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00920454  normal  0.142968 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2533  type IV pilus prepilin peptidase PilD  48.51 
 
 		 304 aa  226  3e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3508  type IV prepilin leader peptidase  48.51 
 
 		 304 aa  226  3e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1953  type 4 prepilin peptidase  42.16 
 
 		 286 aa  226  3e-58  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3249  type IV pilus prepilin peptidase PilD  48.51 
 
 		 304 aa  226  3e-58  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0455  type IV pilus prepilin peptidase PilD  48.51 
 
 		 304 aa  226  3e-58  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1313  type IV pilus prepilin peptidase PilD  48.51 
 
 		 304 aa  226  3e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3529  peptidase A24 N- domain-containing protein  48.13 
 
 		 351 aa  224  1e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0067  prepilin peptidase  45.45 
 
 		 299 aa  224  1e-57  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000398253  normal  0.330687 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3533  type IV prepilin leader peptidase  48.13 
 
 		 304 aa  224  2e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0546  prepilin peptidase  45.96 
 
 		 303 aa  223  2e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0204548  normal  0.0306295 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3682  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  49.11 
 
 		 295 aa  223  2e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.948084 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1134  type IV pilus prepilin peptidase PilD  47.76 
 
 		 351 aa  222  6e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0245  type 4 prepilin peptidase PilD  41.42 
 
 		 286 aa  221  9.999999999999999e-57  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1309  Prepilin peptidase  48.97 
 
 		 283 aa  218  7.999999999999999e-56  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3661  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  45.61 
 
 		 303 aa  218  1e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.301605  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2849  Prepilin peptidase  45.08 
 
 		 281 aa  217  2e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.993621  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0094  prepilin peptidase  45.96 
 
 		 303 aa  217  2e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0576  prepilin peptidase  45.96 
 
 		 303 aa  217  2e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0251238  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4222  Prepilin peptidase  44.78 
 
 		 321 aa  209  5e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.32554  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1391  prepilin peptidase  42.26 
 
 		 261 aa  206  3e-52  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1422  Prepilin peptidase  43.77 
 
 		 282 aa  205  6e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0149  peptidase A24A domain-containing protein  42.61 
 
 		 306 aa  202  4e-51  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0186  type IV pilus prepilin peptidase PilD  44.19 
 
 		 266 aa  199  3e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0986593  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0365  peptidase A24A domain protein  44.19 
 
 		 266 aa  199  3e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.449957  normal  0.439628 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0963  type IV prepilin peptidase  39.63 
 
 		 277 aa  196  3e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>