269 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2904 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_2904  prepilin peptidase  100 
 
 		 280 aa  556  1e-157  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0768  prepilin peptidase  76.56 
 
 		 283 aa  422  1e-117  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.312939  normal  0.130991 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0843  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  73.82 
 
 		 285 aa  397  1e-109  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.120524  normal  0.609016 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5490  prepilin peptidase  66.32 
 
 		 294 aa  377  1e-104  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.16559  normal  0.184138 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3921  prepilin peptidase  65.49 
 
 		 294 aa  372  1e-102  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.164827  normal  0.369065 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0803  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  65.23 
 
 		 293 aa  363  2e-99  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.414773  normal  0.890784 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0766  Prepilin peptidase  64.87 
 
 		 293 aa  361  7.0000000000000005e-99  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3682  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  67.38 
 
 		 295 aa  343  2e-93  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.948084 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0507  signal peptidase  61.74 
 
 		 283 aa  328  8e-89  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0697104 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1173  Prepilin peptidase  53.73 
 
 		 283 aa  273  2.0000000000000002e-72  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2632  type IV prepilin peptidase PilD (type IV-A prepilin peptidase PilD) (leader peptidase PilD)  53.23 
 
 		 295 aa  270  2e-71  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4222  Prepilin peptidase  49.67 
 
 		 321 aa  264  1e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.32554  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0632  prepilin peptidase  53.26 
 
 		 288 aa  263  3e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0673  prepilin peptidase  52.87 
 
 		 288 aa  262  4e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0406181 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4538  prepilin peptidase  52.87 
 
 		 288 aa  259  3e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0678  prepilin peptidase  53.36 
 
 		 288 aa  259  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2225  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  52.49 
 
 		 288 aa  254  9e-67  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000075446  normal  0.643146 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3110  type 4 prepilin peptidase 1  54.05 
 
 		 289 aa  254  1.0000000000000001e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3342  prepilin peptidase  51.12 
 
 		 300 aa  253  3e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.501054  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2368  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  54.51 
 
 		 283 aa  252  5.000000000000001e-66  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.66665  normal  0.125964 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2657  prepilin peptidase  52.69 
 
 		 309 aa  250  2e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.956099  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0796  prepilin peptidase  53.31 
 
 		 290 aa  245  6e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03471  Type II secretory pathway, prepilin signal peptidase PulO  48.51 
 
 		 289 aa  243  1.9999999999999999e-63  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0785  type IV pilus prepilin peptidase PilD  52.06 
 
 		 288 aa  243  3e-63  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.460819  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2002  leader peptidase PilD  48.35 
 
 		 291 aa  241  9e-63  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00673434  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002543  leader peptidase (Prepilin peptidase)/N-methyltransferase  48.51 
 
 		 289 aa  241  1e-62  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000528098  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0502  Type 4 prepilin-like peptidase, leader peptide processing enzyme  50.76 
 
 		 318 aa  240  2e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.209111 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0924  type IV pilus prepilin peptidase PilD  51.85 
 
 		 290 aa  238  8e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2176  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  50.58 
 
 		 280 aa  238  8e-62  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.464128  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2131  prepilin peptidase  45.83 
 
 		 302 aa  237  2e-61  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0411  prepilin peptidase  47.62 
 
 		 303 aa  236  3e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2683  prepilin peptidase  48.73 
 
 		 291 aa  235  6e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000151009  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4449  type 4 prepilin-like proteins leader peptide processing enzyme PilD  48.39 
 
 		 301 aa  233  2.0000000000000002e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.255527  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0310  prepilin peptidase  50.58 
 
 		 288 aa  234  2.0000000000000002e-60  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3869  Prepilin peptidase  45.35 
 
 		 308 aa  232  6e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000036956 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1581  Prepilin peptidase  48.7 
 
 		 294 aa  231  7.000000000000001e-60  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03233  Type 4 prepilin-like proteins leader peptide processing enzyme  50.93 
 
 		 297 aa  231  1e-59  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0166212  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3944  prepilin peptidase  45.72 
 
 		 308 aa  231  1e-59  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3921  prepilin peptidase  44.61 
 
 		 304 aa  229  4e-59  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.985112  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0303  prepilin peptidase  43.77 
 
 		 303 aa  229  4e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4062  prepilin peptidase  44.61 
 
 		 304 aa  228  6e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.81553  normal  0.488715 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2962  prepilin peptidase  52.99 
 
 		 295 aa  227  1e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2186  Prepilin peptidase  50.57 
 
 		 296 aa  227  1e-58  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.295989  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2707  Prepilin peptidase  49.1 
 
 		 293 aa  226  3e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3072  Prepilin peptidase  48.92 
 
 		 293 aa  226  3e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.373458  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0504  prepilin peptidase  48.09 
 
 		 303 aa  225  5.0000000000000005e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.613081  normal  0.615675 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3325  prepilin peptidase  48.47 
 
 		 290 aa  225  7e-58  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1481  Type 4 prepilin-like proteins leader peptide processing enzyme  45.56 
 
 		 287 aa  224  1e-57  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2094  leader peptidase PilD  51.53 
 
 		 289 aa  221  9e-57  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3785  prepilin peptidase  46.47 
 
 		 308 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3454  Prepilin peptidase  50 
 
 		 306 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0110375  hitchhiker  0.0033362 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2820  prepilin peptidase  47.71 
 
 		 303 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0392488  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2081  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  48.69 
 
 		 293 aa  220  1.9999999999999999e-56  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.587572 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1502  Type 4 prepilin-like proteins leader peptide processing enzyme  44.81 
 
 		 287 aa  219  3e-56  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0479  prepilin peptidase  47.33 
 
 		 303 aa  219  3e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.508512  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12070  type IV Pilus Prepilin peptidase, PilD  49.81 
 
 		 289 aa  219  5e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0974512  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3178  Prepilin peptidase  49.61 
 
 		 287 aa  219  5e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2827  type 4 prepilin peptidase bifunctionnal: leader peptidase and N-methyltransferase transmembrane protein  50 
 
 		 294 aa  218  6e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00920454  normal  0.142968 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0637  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  52.65 
 
 		 284 aa  218  1e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000248086  normal  0.774777 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5164  type 4 prepilin peptidase PilD  53.49 
 
 		 290 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.413095  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58770  type 4 prepilin peptidase PilD  53.1 
 
 		 290 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.896389  normal  0.522546 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0546  prepilin peptidase  48.47 
 
 		 303 aa  216  5e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0204548  normal  0.0306295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3607  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  44.89 
 
 		 308 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.551443  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0773  prepilin peptidase  52.02 
 
 		 289 aa  212  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3391  prepilin peptidase  44.61 
 
 		 305 aa  210  2e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0548  peptidase A24A domain-containing protein  44.64 
 
 		 315 aa  210  2e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1134  type IV pilus prepilin peptidase PilD  47.69 
 
 		 351 aa  209  6e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2022  prepilin peptidase  42.34 
 
 		 296 aa  208  6e-53  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0169642  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0062  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  41.82 
 
 		 299 aa  208  7e-53  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000282125  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2533  type IV pilus prepilin peptidase PilD  47.31 
 
 		 304 aa  208  8e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3249  type IV pilus prepilin peptidase PilD  47.31 
 
 		 304 aa  208  8e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3508  type IV prepilin leader peptidase  47.31 
 
 		 304 aa  208  8e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0455  type IV pilus prepilin peptidase PilD  47.31 
 
 		 304 aa  208  8e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1313  type IV pilus prepilin peptidase PilD  47.31 
 
 		 304 aa  208  8e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3529  peptidase A24 N- domain-containing protein  46.92 
 
 		 351 aa  206  3e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0094  prepilin peptidase  48.09 
 
 		 303 aa  206  3e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3533  type IV prepilin leader peptidase  46.92 
 
 		 304 aa  206  3e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0576  prepilin peptidase  48.09 
 
 		 303 aa  206  3e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0251238  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3425  prepilin peptidase  41.55 
 
 		 308 aa  206  3e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.195496  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3661  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  47.71 
 
 		 303 aa  205  8e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.301605  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4822  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  48.06 
 
 		 290 aa  203  2e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.823452  normal  0.401287 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0418  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  43.07 
 
 		 308 aa  204  2e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2849  Prepilin peptidase  45.62 
 
 		 281 aa  203  3e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.993621  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0861  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  47.96 
 
 		 298 aa  203  3e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0417  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  42.61 
 
 		 309 aa  202  7e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.167807  hitchhiker  0.00108139 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0414  type 4 prepilin-like proteins leader peptide processing enzyme  41.9 
 
 		 308 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1422  Prepilin peptidase  45.96 
 
 		 282 aa  201  9.999999999999999e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1480  Prepilin peptidase  44.36 
 
 		 283 aa  201  9.999999999999999e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3440  prepilin peptidase  43.21 
 
 		 303 aa  200  3e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.823823  normal  0.0376305 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04888  type IV prepilin peptidase  46.18 
 
 		 287 aa  199  3e-50  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.528237  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0067  prepilin peptidase  42.18 
 
 		 299 aa  191  9e-48  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000398253  normal  0.330687 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1391  prepilin peptidase  41.86 
 
 		 261 aa  190  2e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0304  prepilin peptidase  43.55 
 
 		 311 aa  190  2e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.194253 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0423  prepilin peptidase  41.28 
 
 		 303 aa  189  4e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00039468 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1309  Prepilin peptidase  43.03 
 
 		 283 aa  189  5e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1953  type 4 prepilin peptidase  39.47 
 
 		 286 aa  189  5e-47  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0367  prepilin peptidase  44.24 
 
 		 304 aa  187  1e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0600095  unclonable  0.00000838241 
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0013  Peptidase A24 N- domain protein  42.69 
 
 		 274 aa  186  4e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.846368 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0245  type 4 prepilin peptidase PilD  38.72 
 
 		 286 aa  184  1.0000000000000001e-45  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0963  type IV prepilin peptidase  40.6 
 
 		 277 aa  171  9e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>