More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2874 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4999  Radical SAM domain protein  54.8 
 
 		 591 aa  639    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.694875  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1507  Radical SAM domain protein  54.55 
 
 		 591 aa  652    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1899  radical SAM family protein  54.28 
 
 		 591 aa  653    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.807924 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2874  radical SAM family protein  100 
 
 		 605 aa  1248    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.108963  normal  0.169432 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3468  radical SAM family protein  53.68 
 
 		 592 aa  655    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.453671  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1705  Radical SAM domain protein  55.48 
 
 		 589 aa  654    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.871388  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2772  Radical SAM domain protein  54.81 
 
 		 598 aa  628  1e-179  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2490  radical SAM family protein  53.9 
 
 		 605 aa  625  1e-178  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.497518  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4810  radical SAM family protein  52.79 
 
 		 607 aa  619  1e-176  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3993  Radical SAM domain protein  26.56 
 
 		 449 aa  127  4.0000000000000003e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0831  radical SAM family protein  28.39 
 
 		 444 aa  121  3e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00311604  normal  0.515432 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0323  Radical SAM domain protein  27.45 
 
 		 433 aa  120  9e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.733207  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2428  radical SAM domain-containing protein  28.46 
 
 		 477 aa  116  2.0000000000000002e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000104661  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1994  radical SAM domain-containing protein  24.11 
 
 		 462 aa  114  4.0000000000000004e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.725365  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3130  Radical SAM domain protein  23.96 
 
 		 448 aa  114  7.000000000000001e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0021  Radical SAM domain protein  25.19 
 
 		 445 aa  112  3e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1178  radical SAM domain-containing protein  26.82 
 
 		 439 aa  110  6e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2205  Radical SAM domain protein  26.67 
 
 		 428 aa  110  6e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13580  Radical SAM domain protein  28.16 
 
 		 446 aa  109  1e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3089  radical SAM domain-containing protein  25.63 
 
 		 444 aa  108  2e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2566  radical SAM family protein  26.27 
 
 		 441 aa  107  4e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2351  Radical SAM domain protein  27.98 
 
 		 470 aa  108  4e-22  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2599  radical SAM domain-containing protein  27.81 
 
 		 486 aa  106  1e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  27.42 
 
 		 441 aa  105  3e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1459  Radical SAM domain protein  27.41 
 
 		 477 aa  105  3e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.71373  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0200  radical SAM domain-containing protein  24.64 
 
 		 468 aa  105  3e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0997671  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0241  BchE/P-methylase family protein  25.63 
 
 		 430 aa  104  4e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.222091  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2302  Radical SAM domain protein  27.53 
 
 		 471 aa  103  8e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000207035  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5391  Radical SAM domain protein  26.04 
 
 		 471 aa  103  9e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1700  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  27.55 
 
 		 434 aa  103  9e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000292659  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2118  Radical SAM domain protein  28.73 
 
 		 502 aa  103  1e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2462  radical SAM domain-containing protein  26.28 
 
 		 480 aa  102  1e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1537  Elongator protein 3/MiaB/NifB  25.86 
 
 		 462 aa  103  1e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.537529  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3135  radical SAM family Fe-S protein  27.51 
 
 		 490 aa  103  1e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.183959  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3611  radical SAM domain-containing protein  27.89 
 
 		 429 aa  102  2e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2116  Radical SAM domain protein  26.21 
 
 		 475 aa  102  2e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000436427  normal  0.738755 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0116  Elongator protein 3/MiaB/NifB  25.8 
 
 		 461 aa  101  3e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6080  radical SAM domain-containing protein  27.2 
 
 		 527 aa  102  3e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0853304  hitchhiker  0.00330735 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2757  Radical SAM domain protein  25.12 
 
 		 462 aa  101  4e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0251  radical SAM domain-containing protein  29.43 
 
 		 493 aa  101  5e-20  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0104  Elongator protein 3/MiaB/NifB  26.54 
 
 		 471 aa  100  6e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.016324  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  27.68 
 
 		 441 aa  100  7e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1975  Radical SAM domain protein  27.45 
 
 		 468 aa  98.6  3e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00675749  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0940  Elongator protein 3/MiaB/NifB  27.8 
 
 		 461 aa  98.6  3e-19  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.481544 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2171  radical SAM domain-containing protein  29.41 
 
 		 512 aa  98.2  4e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2273  radical SAM domain-containing protein  26.33 
 
 		 498 aa  97.8  5e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2731  Radical SAM domain protein  25.55 
 
 		 465 aa  96.7  1e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2895  cobalamin vitamin B12-binding / radical SAM protein  28.24 
 
 		 546 aa  96.7  1e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0215  Radical SAM domain protein  27.22 
 
 		 483 aa  95.9  2e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1516  Radical SAM domain protein  26.45 
 
 		 469 aa  95.5  2e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0112694  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1466  Radical SAM domain protein  26.04 
 
 		 467 aa  95.1  3e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0159808  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0407  Elongator protein 3/MiaB/NifB  25.71 
 
 		 466 aa  94.4  5e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.201202  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1690  radical SAM family protein  25.75 
 
 		 428 aa  94.4  5e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1806  Radical SAM domain protein  27.32 
 
 		 468 aa  94.4  5e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0267  Radical SAM domain protein  25.85 
 
 		 469 aa  93.6  9e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.626864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0986  radical SAM domain-containing protein  28.79 
 
 		 600 aa  93.2  1e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2171  Radical SAM domain protein  23.42 
 
 		 509 aa  93.2  1e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1023  Radical SAM domain protein  26.45 
 
 		 467 aa  92.8  1e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1503  Elongator protein 3/MiaB/NifB  25.92 
 
 		 478 aa  92.4  2e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0448289  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1034  Radical SAM domain protein  24.38 
 
 		 474 aa  92.4  2e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3160  Radical SAM domain protein  26.91 
 
 		 539 aa  92.4  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2324  radical SAM domain-containing protein  25.17 
 
 		 434 aa  92.8  2e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.242927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2939  radical SAM domain-containing protein  30.89 
 
 		 521 aa  91.3  4e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.379543 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0931  Elongator protein 3/MiaB/NifB  25.83 
 
 		 465 aa  91.3  4e-17  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.988397  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0248  BchE/P-methylase family protein  24.49 
 
 		 428 aa  90.9  6e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0376  radical SAM domain-containing protein  26.55 
 
 		 433 aa  90.9  7e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0414491  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3558  radical SAM domain-containing protein  25.64 
 
 		 490 aa  90.5  8e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1898  Radical SAM domain protein  25.56 
 
 		 459 aa  90.1  1e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.147153  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1895  radical SAM domain-containing protein  24.73 
 
 		 476 aa  89.7  1e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4335  radical SAM domain-containing protein  28.16 
 
 		 498 aa  90.1  1e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1443  radical SAM domain-containing protein  25.57 
 
 		 531 aa  90.1  1e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0671  Radical SAM domain protein  26.74 
 
 		 468 aa  90.1  1e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1320  Elongator protein 3/MiaB/NifB  24.65 
 
 		 472 aa  89.4  2e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0069427  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2195  Radical SAM domain protein  23.98 
 
 		 471 aa  89  2e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2147  Radical SAM domain protein  23.98 
 
 		 471 aa  88.6  3e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1598  Radical SAM domain protein  25.44 
 
 		 477 aa  87.8  5e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0154  Elongator protein 3/MiaB/NifB  28.98 
 
 		 479 aa  87.8  5e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000374319  normal  0.695654 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2204  Radical SAM domain protein  24.46 
 
 		 426 aa  87.8  5e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3182  radical SAM domain-containing protein  28.45 
 
 		 534 aa  88.2  5e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0165397  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1318  Elongator protein 3/MiaB/NifB  26.33 
 
 		 471 aa  87.4  6e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0513  radical SAM domain-containing protein  28.37 
 
 		 445 aa  87  8e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000241934  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1280  radical SAM/B12 binding domain-containing protein  23.53 
 
 		 503 aa  87  9e-16  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1063  radical SAM domain protein  25.84 
 
 		 503 aa  86.3  0.000000000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.000246609  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2971  radical SAM family protein  26.42 
 
 		 504 aa  86.7  0.000000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2276  Fe-S oxidoreductase  27.48 
 
 		 553 aa  85.9  0.000000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0810466  normal  0.289169 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4531  Radical SAM domain protein  30.39 
 
 		 533 aa  85.9  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.410992 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2140  radical SAM domain-containing protein  26.02 
 
 		 604 aa  85.9  0.000000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1644  radical SAM domain-containing protein  27.05 
 
 		 468 aa  85.9  0.000000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1724  radical SAM family protein  27.98 
 
 		 533 aa  85.9  0.000000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0919  radical SAM domain-containing protein  23.84 
 
 		 422 aa  85.9  0.000000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3848  hypothetical protein  26.02 
 
 		 532 aa  85.1  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0151131  normal  0.930541 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2393  radical SAM domain-containing protein  26.32 
 
 		 490 aa  85.1  0.000000000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.386797  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2322  radical SAM family Fe-S protein  24.66 
 
 		 523 aa  85.1  0.000000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.3784  normal  0.0341381 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1896  Radical SAM domain protein  25.82 
 
 		 554 aa  84.7  0.000000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.620591  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1708  Radical SAM domain protein  25 
 
 		 473 aa  84.7  0.000000000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.995289  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1424  Radical SAM domain protein  25.78 
 
 		 520 aa  84.7  0.000000000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.186266 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0202  radical SAM domain-containing protein  30.25 
 
 		 454 aa  84.3  0.000000000000005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2166  radical SAM family Fe-S protein  29.77 
 
 		 495 aa  84.3  0.000000000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1456  radical SAM domain-containing protein  26.74 
 
 		 504 aa  84.3  0.000000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.213421  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2963  radical SAM domain-containing protein  26.55 
 
 		 476 aa  84  0.000000000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000286011  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>