136 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3489 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_1161  Phage portal protein, HK97  78.04 
 
 		 391 aa  639    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.255409  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3489  Phage portal protein, HK97  100 
 
 		 391 aa  787    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1801  Phage portal protein, HK97  85.9 
 
 		 391 aa  681    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.595196  normal  0.0740588 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1966  Phage portal protein, HK97  89.26 
 
 		 391 aa  710    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.811617 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1410  Phage portal protein, HK97  78.04 
 
 		 391 aa  637    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2092  phage portal protein, HK97 family  85.93 
 
 		 391 aa  689    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3150  HK97 family phage portal protein  61.56 
 
 		 393 aa  459  9.999999999999999e-129  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.273725  normal  0.0302627 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0903  HK97 family phage portal protein  62.97 
 
 		 391 aa  454  1.0000000000000001e-126  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.580107 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1433  HK97 family phage portal protein  61.15 
 
 		 390 aa  431  1e-119  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.273066 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1707  phage portal protein, HK97 family  61.15 
 
 		 390 aa  425  1e-118  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.449207  normal  0.0531802 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3916  HK97 family phage portal protein  59.73 
 
 		 384 aa  424  1e-117  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0348958 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1429  phage portal protein, HK97 family  63.25 
 
 		 386 aa  421  1e-116  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.659761  normal  0.284789 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4963  HK97 family phage portal protein  63.03 
 
 		 397 aa  412  1e-114  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000373526 
 
 
-
 
NC_004310  BR0586  HK97 family portal protein  58.89 
 
 		 397 aa  410  1e-113  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0587  HK97 family phage portal protein  58.89 
 
 		 397 aa  410  1e-113  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1058  Phage portal protein, HK97  54.26 
 
 		 401 aa  392  1e-108  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0489201 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2901  HK97 family phage portal protein  54.29 
 
 		 400 aa  390  1e-107  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.149993  normal  0.456883 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1334  phage portal protein HK97 family  56.94 
 
 		 400 aa  389  1e-107  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.00597949  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2177  putative phage portal protein  54.84 
 
 		 396 aa  382  1e-105  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2468  putative portal protein  55.76 
 
 		 391 aa  381  1e-104  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1632  Phage portal protein, HK97  54.05 
 
 		 386 aa  377  1e-103  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.872037 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1130  HK97 family phage portal protein  55.65 
 
 		 390 aa  377  1e-103  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.868122  normal  0.923959 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1075  HK97 family phage portal protein  54.97 
 
 		 388 aa  376  1e-103  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.529897  normal  0.723665 
 
 
-
 
NC_002978  WD1012  HK97 family phage portal protein  46.76 
 
 		 397 aa  345  1e-93  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.982443  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0033  HK97 family phage portal protein  43.75 
 
 		 393 aa  335  7e-91  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.13061  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0013  HK97 family phage portal protein  43.75 
 
 		 393 aa  330  4e-89  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0007  HK97 family phage portal protein  42.74 
 
 		 396 aa  311  1e-83  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.0000540327  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0919  HK97 family phage portal protein  52.16 
 
 		 351 aa  302  6.000000000000001e-81  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.38293 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3119  Phage portal protein, HK97  51.29 
 
 		 389 aa  299  5e-80  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2002  Phage portal protein, HK97  49.29 
 
 		 368 aa  281  1e-74  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.443505  hitchhiker  0.004041 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3705  HK97 family phage portal protein  42.49 
 
 		 477 aa  268  1e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0697  HK97 family phage portal protein  33.53 
 
 		 399 aa  150  5e-35  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.25481e-17 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1630  HK97 family phage portal protein  31.54 
 
 		 440 aa  124  3e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.506997  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2836  phage portal protein, HK97 family  28.49 
 
 		 414 aa  117  3e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0398  HK97 family phage portal protein  28.7 
 
 		 414 aa  117  5e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1087  HK97 family portal protein , putative  30.07 
 
 		 444 aa  116  6e-25  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1252  HK97 family phage portal protein  28.65 
 
 		 420 aa  116  6.9999999999999995e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1483  hypothetical protein  29.33 
 
 		 421 aa  108  1e-22  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2265  phage portal protein, HK97 family  31.1 
 
 		 413 aa  108  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0612775 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2269  phage portal protein, HK97 family  31.1 
 
 		 413 aa  108  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000275865 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1188  HK97 family phage portal protein  31.1 
 
 		 413 aa  107  3e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000136411 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4463  phage portal protein, HK97 family  26.86 
 
 		 434 aa  107  5e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000679414 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7142  HK97 family phage portal protein  26.55 
 
 		 524 aa  106  8e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.994183  hitchhiker  0.00715135 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1286  HK97 family phage portal protein  29.97 
 
 		 384 aa  106  9e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.242  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1670  Phage portal protein, HK97  28.21 
 
 		 407 aa  105  1e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1657  phage portal protein, HK97 family  29.53 
 
 		 408 aa  102  1e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1586  HK97 family phage portal protein  25.85 
 
 		 415 aa  100  4e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00170734  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1721  HK97 family phage portal protein  25.73 
 
 		 419 aa  100  5e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1469  HK97 family portal protein  25.86 
 
 		 390 aa  99  1e-19  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4113  HK97 family phage portal protein  27.12 
 
 		 455 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1680  HK97 family phage portal protein  27.53 
 
 		 416 aa  97.8  3e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.905165  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0953  HK97 family phage portal protein  27.73 
 
 		 404 aa  97.1  5e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0463  phage portal protein  28.17 
 
 		 411 aa  95.5  1e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.390433 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2854  portal protein  28 
 
 		 1102 aa  95.9  1e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0279665  hitchhiker  0.00446406 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1602  phage portal protein, HK97 family  29.72 
 
 		 434 aa  91.3  2e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1544  Phage portal protein, HK97  32.88 
 
 		 424 aa  90.5  5e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3880  portal protein  25.43 
 
 		 479 aa  89  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.100107  normal  0.024166 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0243  HK97 family phage portal protein  27.12 
 
 		 441 aa  87.8  3e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0858  phage lambdaBa02, DNA replication protein  28.41 
 
 		 408 aa  87.4  4e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2069  HK97 family phage portal protein  25.28 
 
 		 416 aa  85.9  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008265  CPR_C0014  phage portal protein, HK97 family  26.11 
 
 		 409 aa  85.9  0.000000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3316  HK97 family phage portal protein  25.28 
 
 		 416 aa  85.9  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.246565 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0862  phage portal protein, HK97 family  23.56 
 
 		 389 aa  85.1  0.000000000000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000000555494  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4004  phage portal protein, HK97 family  23.43 
 
 		 413 aa  84.3  0.000000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1337  HK97 family phage portal protein  24.57 
 
 		 444 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.253916 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1565  HK97 family phage portal protein  24.57 
 
 		 431 aa  84  0.000000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000649364 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4078  phage portal protein, HK97 family  26.4 
 
 		 457 aa  84  0.000000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.333282  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0869  HK97 family phage portal protein  26.88 
 
 		 409 aa  82.8  0.000000000000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2245  putative phage portal protein, HK97 family  25.27 
 
 		 859 aa  82.4  0.00000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000140812 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2891  putative phage portal protein, HK97 family  25.27 
 
 		 833 aa  82  0.00000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000639413 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2273  phage portal protein, HK97 family  25.52 
 
 		 425 aa  81.6  0.00000000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1697  phage portal protein, HK97 family  25.52 
 
 		 425 aa  81.6  0.00000000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1313  phage portal protein, HK97 family  25.52 
 
 		 425 aa  81.6  0.00000000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1540  putative phage portal protein, HK97 family  25.27 
 
 		 833 aa  82  0.00000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.533039 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1356  HK97 family phage portal protein  30 
 
 		 393 aa  81.3  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.423386 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3396  HK97 family phage portal protein  24.39 
 
 		 445 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0697474  hitchhiker  0.00000000693474 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1898  HK97 family phage portal protein  29.05 
 
 		 416 aa  80.9  0.00000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0360  HK97 family phage portal protein  25.42 
 
 		 445 aa  80.5  0.00000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0989  HK97 family phage portal protein  25.42 
 
 		 445 aa  80.5  0.00000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1336  HK97 family phage portal protein  25.28 
 
 		 417 aa  79.7  0.00000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.352989  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5065  phage portal protein, HK97 family  25.28 
 
 		 455 aa  78.2  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3484  portal protein  23.45 
 
 		 460 aa  77.4  0.0000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014149  Plim_4251  phage portal protein, HK97 family  25.81 
 
 		 544 aa  77  0.0000000000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0644  HK97 family phage portal protein  25.76 
 
 		 401 aa  76.6  0.0000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010721  Mpop_5463  hypothetical protein  27.53 
 
 		 412 aa  76.6  0.0000000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2997  putative head portal protein  26.13 
 
 		 408 aa  76.3  0.0000000000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.429219  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4284  phage portal protein, HK97 family  26.01 
 
 		 454 aa  76.3  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2611  phage portal protein, HK97 family  26.01 
 
 		 454 aa  76.3  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.864605  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0274  HK97 family phage portal protein  27.61 
 
 		 392 aa  75.1  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2622  phage portal protein, HK97 family  24.22 
 
 		 417 aa  74.3  0.000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.830928  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2595  HK97 family phage portal protein  24.02 
 
 		 436 aa  74.7  0.000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3314  phage portal protein, HK97 family  31.34 
 
 		 433 aa  73.9  0.000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000016128 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3972  HK97 family phage portal protein  25.53 
 
 		 411 aa  73.2  0.000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.25148 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7331  phage portal protein, HK97 family  29.66 
 
 		 428 aa  72.8  0.000000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.110514  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1682  phage phi-105 ORF25-like protein  24.32 
 
 		 407 aa  71.6  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.844077 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2965  prophage LambdaSo, HK97 family portal protein  26.92 
 
 		 432 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3945  HK97 family phage portal protein  21.69 
 
 		 404 aa  70.5  0.00000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00231416  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2594  phage portal protein, HK97 family  25.57 
 
 		 434 aa  70.5  0.00000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.601506  normal  0.257209 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3879  HK97 family phage portal protein  23.53 
 
 		 423 aa  70.1  0.00000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.49861  normal  0.0112805 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0671  HK97 family phage portal protein  23.43 
 
 		 372 aa  67.8  0.0000000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>