More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2898 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2898  exodeoxyribonuclease III  100 
 
 		 284 aa  580  1e-164  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.696489  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3728  exodeoxyribonuclease III Xth  81.71 
 
 		 256 aa  432  1e-120  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0579  exodeoxyribonuclease III (xth)  73.83 
 
 		 274 aa  393  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1207  exodeoxyribonuclease III (xth)  68.48 
 
 		 256 aa  360  1e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3799  exodeoxyribonuclease III  68.36 
 
 		 256 aa  360  1e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.602523  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4299  exodeoxyribonuclease III Xth  64.2 
 
 		 257 aa  337  9e-92  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.231101  normal  0.275572 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4910  exodeoxyribonuclease III  63.04 
 
 		 283 aa  332  3e-90  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.38033  decreased coverage  0.000445359 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1085  exodeoxyribonuclease III  62.5 
 
 		 259 aa  332  3e-90  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.647883  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2061  exodeoxyribonuclease III (exonuclease III)  60.55 
 
 		 255 aa  330  2e-89  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.240867  normal  0.343531 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1964  exodeoxyribonuclease III Xth  63.67 
 
 		 260 aa  328  8e-89  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.917664  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5537  exodeoxyribonuclease III Xth  63.28 
 
 		 308 aa  326  3e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0199533 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0921  exodeoxyribonuclease III  64.2 
 
 		 261 aa  324  1e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.784471  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09930  putative exonuclease III  63.42 
 
 		 266 aa  322  4e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0994533  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2668  exodeoxyribonuclease III Xth  62.26 
 
 		 260 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.276969  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0913  exodeoxyribonuclease III Xth  59.77 
 
 		 261 aa  319  3e-86  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.515839  normal  0.110771 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2159  exodeoxyribonuclease III Xth  60.62 
 
 		 260 aa  317  1e-85  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00188855  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3424  exodeoxyribonuclease III  61.33 
 
 		 272 aa  317  2e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.903718  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3378  exodeoxyribonuclease III Xth  59.3 
 
 		 259 aa  316  3e-85  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0851015 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2221  exodeoxyribonuclease III  62.16 
 
 		 270 aa  316  3e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.162729  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5283  exodeoxyribonuclease III Xth  61.72 
 
 		 269 aa  315  5e-85  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.974803  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1964  exodeoxyribonuclease III Xth  59.06 
 
 		 258 aa  312  2.9999999999999996e-84  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0747161  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1868  exodeoxyribonuclease III  61.81 
 
 		 264 aa  312  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0445089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2122  exodeoxyribonuclease III  60.16 
 
 		 262 aa  312  2.9999999999999996e-84  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.443475  normal  0.589868 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0877  exodeoxyribonuclease III Xth  57.98 
 
 		 264 aa  311  5.999999999999999e-84  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00278743 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3010  exodeoxyribonuclease III Xth  62.11 
 
 		 265 aa  310  2e-83  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5986  exodeoxyribonuclease III Xth  60.62 
 
 		 270 aa  309  2.9999999999999997e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.294616 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3068  exodeoxyribonuclease III Xth  64.57 
 
 		 255 aa  308  9e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.504533 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3456  exodeoxyribonuclease III Xth  58.37 
 
 		 303 aa  305  5.0000000000000004e-82  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3045  exodeoxyribonuclease III  60.55 
 
 		 265 aa  304  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0213415  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1491  exodeoxyribonuclease III Xth  58.59 
 
 		 264 aa  303  2.0000000000000002e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.74554 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3423  exodeoxyribonuclease III  62.89 
 
 		 255 aa  301  7.000000000000001e-81  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2707  exodeoxyribonuclease III, putative  59.77 
 
 		 265 aa  297  2e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1386  exodeoxyribonuclease III Xth  56.64 
 
 		 263 aa  296  2e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.031293  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3911  exodeoxyribonuclease III  53.67 
 
 		 271 aa  277  2e-73  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2180  exodeoxyribonuclease III (xth)  53.12 
 
 		 256 aa  270  2e-71  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0156  exodeoxyribonuclease III  49.03 
 
 		 259 aa  261  6e-69  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2232  exodeoxyribonuclease III Xth  48.47 
 
 		 264 aa  248  6e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.410107 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3018  exodeoxyribonuclease III Xth  49.23 
 
 		 261 aa  246  2e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.176682  normal  0.802869 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1956  exodeoxyribonuclease III Xth  48.09 
 
 		 264 aa  246  2e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0751549  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1911  exodeoxyribonuclease III Xth  47.71 
 
 		 264 aa  245  6.999999999999999e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.566879  normal  0.517852 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0929  exodeoxyribonuclease III Xth  48.28 
 
 		 261 aa  242  5e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1784  exodeoxyribonuclease III  51.13 
 
 		 266 aa  240  2e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.144543  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1810  exodeoxyribonuclease III xth  46.54 
 
 		 266 aa  237  2e-61  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.962919 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1315  exodeoxyribonuclease III  48.26 
 
 		 259 aa  237  2e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2657  exodeoxyribonuclease III  47.88 
 
 		 259 aa  236  3e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.107023  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2496  exodeoxyribonuclease III  47.15 
 
 		 267 aa  236  4e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.0083215  normal  0.338343 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1755  exodeoxyribonuclease III (xth)  47.69 
 
 		 266 aa  236  4e-61  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2921  exodeoxyribonuclease III Xth  47.66 
 
 		 264 aa  235  6e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1195  exodeoxyribonuclease III Xth  46.72 
 
 		 259 aa  235  7e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.206462  normal  0.651553 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2700  exodeoxyribonuclease III Xth  46.54 
 
 		 270 aa  231  9e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.6811 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3266  exodeoxyribonuclease III Xth  46.92 
 
 		 263 aa  231  1e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4438  exodeoxyribonuclease III  45.53 
 
 		 263 aa  229  3e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1993  exodeoxyribonuclease III (xth)  46.39 
 
 		 260 aa  228  8e-59  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0563751  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2815  exodeoxyribonuclease III  46.15 
 
 		 261 aa  228  9e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0879261  normal  0.730816 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0946  exodeoxyribonuclease III Xth  47.08 
 
 		 256 aa  228  1e-58  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.416202  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2804  exodeoxyribonuclease III  45.14 
 
 		 263 aa  226  4e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.96481  normal  0.323562 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1920  exodeoxyribonuclease III  45.49 
 
 		 262 aa  224  1e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.19654  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3202  exodeoxyribonuclease III Xth  44.75 
 
 		 263 aa  223  4e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.840556  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2758  exodeoxyribonuclease III  45.53 
 
 		 276 aa  222  6e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.139698  normal  0.30939 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1402  exodeoxyribonuclease III  45.38 
 
 		 258 aa  220  1.9999999999999999e-56  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.941543  normal  0.632012 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1154  exodeoxyribonuclease III Xth  44.53 
 
 		 263 aa  220  1.9999999999999999e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.311062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1886  putative Exodeoxyribonuclease III  44.02 
 
 		 259 aa  217  2e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0111436  normal  0.144129 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1683  exodeoxyribonuclease III  46.74 
 
 		 258 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.122396 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1686  exodeoxyribonuclease III  44.06 
 
 		 262 aa  215  7e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4240  exodeoxyribonuclease III Xth  44.75 
 
 		 262 aa  213  1.9999999999999998e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.381888  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0864  exodeoxyribonuclease III  40.89 
 
 		 279 aa  212  5.999999999999999e-54  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0873  exodeoxyribonuclease III  41.54 
 
 		 260 aa  211  7.999999999999999e-54  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2680  exonuclease III  44.14 
 
 		 264 aa  210  3e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.112967  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1677  exodeoxyribonuclease III Xth  43.97 
 
 		 263 aa  209  3e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0897  exodeoxyribonuclease III  41.42 
 
 		 268 aa  209  4e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2355  exodeoxyribonuclease III Xth  42.69 
 
 		 260 aa  209  5e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.936665  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1479  exodeoxyribonuclease III Xth  43.19 
 
 		 263 aa  209  6e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.688806 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3127  exodeoxyribonuclease III Xth  44.79 
 
 		 262 aa  200  1.9999999999999998e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.427624 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0660  exodeoxyribonuclease III  39.23 
 
 		 263 aa  199  3.9999999999999996e-50  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000969043  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0692  exodeoxyribonuclease III  39.23 
 
 		 263 aa  199  3.9999999999999996e-50  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000190547  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0446  exodeoxyribonuclease III Xth  48.25 
 
 		 258 aa  198  7e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.255564  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2435  exodeoxyribonuclease III  40.48 
 
 		 255 aa  186  4e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.147349  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1246  exodeoxyribonuclease III Xth  41.41 
 
 		 254 aa  182  7e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0137674 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1460  exodeoxyribonuclease III Xth  41.8 
 
 		 254 aa  182  7e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.178949  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2418  exodeoxyribonuclease III  37.5 
 
 		 277 aa  181  2e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0007  exodeoxyribonuclease III Xth  38.74 
 
 		 255 aa  178  7e-44  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.669681 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2765  exodeoxyribonuclease III  39.37 
 
 		 322 aa  176  3e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1847  exodeoxyribonuclease III  39.37 
 
 		 258 aa  176  3e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5454  exodeoxyribonuclease III  39.15 
 
 		 258 aa  176  4e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2622  exodeoxyribonuclease III Xth  39.92 
 
 		 254 aa  175  7e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.128111  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2283  exodeoxyribonuclease III Xth  40.24 
 
 		 267 aa  175  8e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.703686  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2687  exodeoxyribonuclease III  38.91 
 
 		 258 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2247  exodeoxyribonuclease III  38.91 
 
 		 258 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1738  exodeoxyribonuclease III  38.91 
 
 		 258 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2631  exodeoxyribonuclease III  38.91 
 
 		 258 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.223347  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1520  exodeoxyribonuclease III  38.91 
 
 		 258 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.746689  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3071  exodeoxyribonuclease III  38.91 
 
 		 258 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3648  exodeoxyribonuclease III  37.4 
 
 		 254 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2163  exodeoxyribonuclease III Xth  39.84 
 
 		 258 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.924471  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1126  exodeoxyribonuclease III Xth  37.93 
 
 		 272 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00222533  normal  0.38819 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5932  exodeoxyribonuclease III (xth)  38.98 
 
 		 258 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.342329  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2145  exodeoxyribonuclease III Xth  38.98 
 
 		 258 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.447148  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0913  exodeoxyribonuclease III Xth  39.69 
 
 		 264 aa  172  5e-42  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0172  exodeoxyribonuclease III  37.11 
 
 		 255 aa  172  5e-42  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000298085 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2055  exodeoxyribonuclease III Xth  37.36 
 
 		 271 aa  171  1e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>