More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0674 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0674  methionyl-tRNA formyltransferase  100 
 
 		 312 aa  625  1e-178  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0080  methionyl-tRNA formyltransferase  93.46 
 
 		 310 aa  577  1.0000000000000001e-163  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.450016  normal  0.0632026 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0626  methionyl-tRNA formyltransferase  87.38 
 
 		 310 aa  551  1e-156  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.274146  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7336  methionyl-tRNA formyltransferase  77.02 
 
 		 311 aa  493  9.999999999999999e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.685492  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3694  methionyl-tRNA formyltransferase  80 
 
 		 310 aa  484  1e-135  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3065  methionyl-tRNA formyltransferase  74.76 
 
 		 314 aa  478  1e-134  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.38579  normal  0.372111 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0806  methionyl-tRNA formyltransferase  78.88 
 
 		 310 aa  461  1e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.283838 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1345  methionyl-tRNA formyltransferase  60.2 
 
 		 306 aa  385  1e-106  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1034  methionyl-tRNA formyltransferase  60.2 
 
 		 306 aa  380  1e-104  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.79271  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0975  methionyl-tRNA formyltransferase  59.87 
 
 		 306 aa  378  1e-104  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.569216  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4748  methionyl-tRNA formyltransferase  59.68 
 
 		 310 aa  365  1e-100  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.130868  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0393  methionyl-tRNA formyltransferase  57.23 
 
 		 311 aa  360  1e-98  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1635  methionyl-tRNA formyltransferase  61.04 
 
 		 309 aa  361  1e-98  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.138536  normal  0.117912 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3304  methionyl-tRNA formyltransferase  61.49 
 
 		 307 aa  356  2.9999999999999997e-97  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0607232  normal  0.664052 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0541  methionyl-tRNA formyltransferase  56.65 
 
 		 320 aa  356  2.9999999999999997e-97  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.743734  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1599  methionyl-tRNA formyltransferase  60.33 
 
 		 309 aa  356  2.9999999999999997e-97  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0493449 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0055  methionyl-tRNA formyltransferase  58.88 
 
 		 311 aa  355  6.999999999999999e-97  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000555853 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1917  methionyl-tRNA formyltransferase  59.74 
 
 		 309 aa  354  1e-96  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.741308  normal  0.233989 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3147  methionyl-tRNA formyltransferase  61.22 
 
 		 313 aa  353  2e-96  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.222101  normal  0.377579 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0058  methionyl-tRNA formyltransferase  57.23 
 
 		 311 aa  353  2e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.820848  normal  0.0373513 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4239  methionyl-tRNA formyltransferase  58.39 
 
 		 310 aa  348  5e-95  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.856785  decreased coverage  0.00163892 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0075  methionyl-tRNA formyltransferase  56.59 
 
 		 311 aa  345  7e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.716754  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0262  methionyl-tRNA formyltransferase  55.81 
 
 		 310 aa  334  1e-90  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0875  methionyl-tRNA formyltransferase  55.81 
 
 		 302 aa  326  4.0000000000000003e-88  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1129  methionyl-tRNA formyltransferase  59.14 
 
 		 312 aa  323  3e-87  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.158103 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1320  methionyl-tRNA formyltransferase  52.94 
 
 		 309 aa  322  4e-87  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2535  methionyl-tRNA formyltransferase  55.16 
 
 		 302 aa  321  8e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.614949  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0151  methionyl-tRNA formyltransferase  54.84 
 
 		 302 aa  316  3e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.338305  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4568  methionyl-tRNA formyltransferase  53.72 
 
 		 312 aa  314  9.999999999999999e-85  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0642  methionyl-tRNA formyltransferase  56.38 
 
 		 297 aa  309  2.9999999999999997e-83  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.183207  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0181  methionyl-tRNA formyltransferase  56.04 
 
 		 299 aa  303  3.0000000000000004e-81  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.142178  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2577  methionyl-tRNA formyltransferase  51.61 
 
 		 308 aa  302  6.000000000000001e-81  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.4212  hitchhiker  0.000000800769 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0446  methionyl-tRNA formyltransferase  50.16 
 
 		 311 aa  300  2e-80  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0497  methionyl-tRNA formyltransferase  51.95 
 
 		 317 aa  296  4e-79  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.12463  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4042  methionyl-tRNA formyltransferase  54.34 
 
 		 308 aa  296  4e-79  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.618576 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0249  methionyl-tRNA formyltransferase  52.09 
 
 		 306 aa  294  2e-78  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.153512 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0469  methionyl-tRNA formyltransferase  49.18 
 
 		 301 aa  279  5e-74  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.516302  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0410  methionyl-tRNA formyltransferase  50.65 
 
 		 301 aa  279  6e-74  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3351  methionyl-tRNA formyltransferase  50.48 
 
 		 309 aa  273  3e-72  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2894  methionyl-tRNA formyltransferase  50.97 
 
 		 301 aa  273  3e-72  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0347  methionyl-tRNA formyltransferase  47.42 
 
 		 305 aa  273  3e-72  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.342124  normal  0.0280325 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0192  methionyl-tRNA formyltransferase  43.81 
 
 		 312 aa  256  3e-67  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0143  methionyl-tRNA formyltransferase  44.55 
 
 		 312 aa  255  5e-67  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0856282  normal  0.608581 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0030  methionyl-tRNA formyltransferase  42.72 
 
 		 321 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0054  methionyl-tRNA formyltransferase  46.98 
 
 		 314 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3677  methionyl-tRNA formyltransferase  46.6 
 
 		 327 aa  253  3e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3354  methionyl-tRNA formyltransferase  46.6 
 
 		 327 aa  253  4.0000000000000004e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0072  methionyl-tRNA formyltransferase  46.46 
 
 		 327 aa  252  5.000000000000001e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.603691  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0178  methionyl-tRNA formyltransferase  46.84 
 
 		 314 aa  252  6e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4053  methionyl-tRNA formyltransferase  45.48 
 
 		 323 aa  249  4e-65  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0037  methionyl-tRNA formyltransferase  42.05 
 
 		 320 aa  248  8e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.553222 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3398  methionyl-tRNA formyltransferase  45.17 
 
 		 323 aa  248  1e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.726388  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0074  methionyl-tRNA formyltransferase  41.72 
 
 		 321 aa  247  2e-64  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0034  methionyl-tRNA formyltransferase  41.96 
 
 		 329 aa  247  2e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0590691 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0022  methionyl-tRNA formyltransferase  45.31 
 
 		 307 aa  246  3e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.402535 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0016  methionyl-tRNA formyltransferase  46.51 
 
 		 319 aa  246  3e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000109798  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0090  methionyl-tRNA formyltransferase  43.09 
 
 		 314 aa  246  4e-64  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0186427  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2096  methionyl-tRNA formyltransferase  43.09 
 
 		 314 aa  246  4e-64  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.156857  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3877  methionyl-tRNA formyltransferase  43.12 
 
 		 323 aa  246  4e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0026  methionyl-tRNA formyltransferase  40 
 
 		 318 aa  245  6e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0905739 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3123  methionyl-tRNA formyltransferase  46.25 
 
 		 327 aa  245  8e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.760657  normal  0.204185 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0031  methionyl-tRNA formyltransferase  40 
 
 		 318 aa  245  9e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4415  methionyl-tRNA formyltransferase  44.97 
 
 		 328 aa  244  9e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.628902 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0083  methionyl-tRNA formyltransferase  46.67 
 
 		 310 aa  245  9e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.417966  decreased coverage  0.00000000000000611556 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3852  methionyl-tRNA formyltransferase  42.99 
 
 		 320 aa  244  1.9999999999999999e-63  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6477  methionyl-tRNA formyltransferase  45.62 
 
 		 327 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.79537 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04056  methionyl-tRNA formyltransferase  46.67 
 
 		 307 aa  244  1.9999999999999999e-63  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0310  methionyl-tRNA formyltransferase  44.65 
 
 		 328 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0028  methionyl-tRNA formyltransferase  40.13 
 
 		 318 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.709441  hitchhiker  0.00475764 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0020  methionyl-tRNA formyltransferase  43.71 
 
 		 322 aa  243  3e-63  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0031  methionyl-tRNA formyltransferase  40 
 
 		 318 aa  243  3e-63  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0030  methionyl-tRNA formyltransferase  40 
 
 		 318 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00109779 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2868  methionyl-tRNA formyltransferase  45.74 
 
 		 325 aa  243  3.9999999999999997e-63  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03138  methionyl-tRNA formyltransferase  44 
 
 		 315 aa  242  5e-63  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.511897  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0426  methionyl-tRNA formyltransferase  44 
 
 		 315 aa  242  5e-63  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4610  methionyl-tRNA formyltransferase  44 
 
 		 315 aa  242  5e-63  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0267184  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03089  hypothetical protein  44 
 
 		 315 aa  242  5e-63  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.633166  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0018  methionyl-tRNA formyltransferase  46.18 
 
 		 314 aa  242  5e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0426  methionyl-tRNA formyltransferase  44 
 
 		 315 aa  242  5e-63  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459204  hitchhiker  0.00147266 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3481  methionyl-tRNA formyltransferase  44 
 
 		 315 aa  242  5e-63  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000745387  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0034  methionyl-tRNA formyltransferase  40 
 
 		 318 aa  242  5e-63  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000257015 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3583  methionyl-tRNA formyltransferase  43.71 
 
 		 315 aa  242  6e-63  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.291651  normal  0.0987748 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0083  methionyl-tRNA formyltransferase  46.33 
 
 		 310 aa  242  6e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.217446 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0831  methionyl-tRNA formyltransferase  45.4 
 
 		 327 aa  242  6e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3770  methionyl-tRNA formyltransferase  43.67 
 
 		 315 aa  241  7.999999999999999e-63  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0147386  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0026  methionyl-tRNA formyltransferase  39.68 
 
 		 318 aa  241  9e-63  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4638  methionyl-tRNA formyltransferase  44.86 
 
 		 357 aa  241  9e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.857325  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0030  methionyl-tRNA formyltransferase  39.68 
 
 		 318 aa  241  1e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000188499 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0635  methionyl-tRNA formyltransferase  41.69 
 
 		 318 aa  241  1e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0157901  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0186  methionyl-tRNA formyltransferase  41.99 
 
 		 308 aa  241  1e-62  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000823971 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3064  methionyl-tRNA formyltransferase  44.69 
 
 		 327 aa  241  1e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0067  methionyl-tRNA formyltransferase  46 
 
 		 310 aa  240  2e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.196453  unclonable  0.000000439837 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0649  methionyl-tRNA formyltransferase  41.37 
 
 		 318 aa  240  2e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.95229e-24 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2549  methionyl-tRNA formyltransferase  43.17 
 
 		 320 aa  240  2e-62  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.31631  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0086  methionyl-tRNA formyltransferase  46 
 
 		 310 aa  241  2e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.2251  hitchhiker  0.0000000986218 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3181  methionyl-tRNA formyltransferase  44.69 
 
 		 327 aa  240  2e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0042  methionyl-tRNA formyltransferase  42.54 
 
 		 320 aa  241  2e-62  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.601603  normal  0.144256 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3672  methionyl-tRNA formyltransferase  43.38 
 
 		 315 aa  239  4e-62  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3859  methionyl-tRNA formyltransferase  44.06 
 
 		 323 aa  237  2e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3737  methionyl-tRNA formyltransferase  40.76 
 
 		 324 aa  237  2e-61  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00219855 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>