More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3351 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A3351  methionyl-tRNA formyltransferase  100 
 
 		 309 aa  617  1e-176  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2577  methionyl-tRNA formyltransferase  60.78 
 
 		 308 aa  352  5.9999999999999994e-96  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.4212  hitchhiker  0.000000800769 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0642  methionyl-tRNA formyltransferase  60.13 
 
 		 297 aa  332  5e-90  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.183207  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0151  methionyl-tRNA formyltransferase  57.43 
 
 		 302 aa  324  1e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.338305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0262  methionyl-tRNA formyltransferase  56.45 
 
 		 310 aa  323  3e-87  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0347  methionyl-tRNA formyltransferase  56.35 
 
 		 305 aa  319  3e-86  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.342124  normal  0.0280325 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1034  methionyl-tRNA formyltransferase  57.95 
 
 		 306 aa  318  6e-86  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.79271  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0975  methionyl-tRNA formyltransferase  57.62 
 
 		 306 aa  317  2e-85  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.569216  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1345  methionyl-tRNA formyltransferase  57.62 
 
 		 306 aa  317  2e-85  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0181  methionyl-tRNA formyltransferase  59.54 
 
 		 299 aa  314  9.999999999999999e-85  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.142178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2535  methionyl-tRNA formyltransferase  55.12 
 
 		 302 aa  311  1e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.614949  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0875  methionyl-tRNA formyltransferase  54.79 
 
 		 302 aa  308  8e-83  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0541  methionyl-tRNA formyltransferase  55.31 
 
 		 320 aa  305  8.000000000000001e-82  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.743734  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0469  methionyl-tRNA formyltransferase  54.58 
 
 		 301 aa  301  7.000000000000001e-81  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.516302  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0058  methionyl-tRNA formyltransferase  53.5 
 
 		 311 aa  297  1e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.820848  normal  0.0373513 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4042  methionyl-tRNA formyltransferase  54.4 
 
 		 308 aa  297  2e-79  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.618576 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0055  methionyl-tRNA formyltransferase  54.93 
 
 		 311 aa  296  3e-79  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000555853 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1599  methionyl-tRNA formyltransferase  51.45 
 
 		 309 aa  290  1e-77  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0493449 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0075  methionyl-tRNA formyltransferase  51.91 
 
 		 311 aa  290  3e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.716754  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4748  methionyl-tRNA formyltransferase  53.53 
 
 		 310 aa  290  3e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.130868  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0080  methionyl-tRNA formyltransferase  51.14 
 
 		 310 aa  289  4e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.450016  normal  0.0632026 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0393  methionyl-tRNA formyltransferase  51.91 
 
 		 311 aa  289  5.0000000000000004e-77  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4239  methionyl-tRNA formyltransferase  53.21 
 
 		 310 aa  288  8e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.856785  decreased coverage  0.00163892 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0446  methionyl-tRNA formyltransferase  52.88 
 
 		 311 aa  288  9e-77  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1320  methionyl-tRNA formyltransferase  51.64 
 
 		 309 aa  287  1e-76  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2894  methionyl-tRNA formyltransferase  53.38 
 
 		 301 aa  286  2e-76  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3065  methionyl-tRNA formyltransferase  52.43 
 
 		 314 aa  286  2.9999999999999996e-76  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.38579  normal  0.372111 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1635  methionyl-tRNA formyltransferase  52.41 
 
 		 309 aa  286  4e-76  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.138536  normal  0.117912 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3304  methionyl-tRNA formyltransferase  52.9 
 
 		 307 aa  286  4e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0607232  normal  0.664052 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0806  methionyl-tRNA formyltransferase  53.16 
 
 		 310 aa  285  8e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.283838 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0249  methionyl-tRNA formyltransferase  52.1 
 
 		 306 aa  285  9e-76  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.153512 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0674  methionyl-tRNA formyltransferase  50.48 
 
 		 312 aa  284  1.0000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3694  methionyl-tRNA formyltransferase  53.44 
 
 		 310 aa  284  1.0000000000000001e-75  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4568  methionyl-tRNA formyltransferase  51.91 
 
 		 312 aa  283  3.0000000000000004e-75  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3147  methionyl-tRNA formyltransferase  52.63 
 
 		 313 aa  281  1e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.222101  normal  0.377579 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7336  methionyl-tRNA formyltransferase  50.8 
 
 		 311 aa  280  2e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.685492  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0626  methionyl-tRNA formyltransferase  50.32 
 
 		 310 aa  280  2e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.274146  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0497  methionyl-tRNA formyltransferase  51.29 
 
 		 317 aa  276  4e-73  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.12463  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1917  methionyl-tRNA formyltransferase  50.8 
 
 		 309 aa  276  4e-73  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.741308  normal  0.233989 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2844  methionyl-tRNA formyltransferase  49.67 
 
 		 308 aa  274  2.0000000000000002e-72  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03138  methionyl-tRNA formyltransferase  49.34 
 
 		 315 aa  273  4.0000000000000004e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.511897  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0426  methionyl-tRNA formyltransferase  49.34 
 
 		 315 aa  273  4.0000000000000004e-72  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3583  methionyl-tRNA formyltransferase  49.01 
 
 		 315 aa  273  4.0000000000000004e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.291651  normal  0.0987748 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0426  methionyl-tRNA formyltransferase  49.34 
 
 		 315 aa  273  4.0000000000000004e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459204  hitchhiker  0.00147266 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3481  methionyl-tRNA formyltransferase  49.34 
 
 		 315 aa  273  4.0000000000000004e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000745387  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0410  methionyl-tRNA formyltransferase  50.81 
 
 		 301 aa  273  4.0000000000000004e-72  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03089  hypothetical protein  49.34 
 
 		 315 aa  273  4.0000000000000004e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.633166  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0023  methionyl-tRNA formyltransferase  48.04 
 
 		 318 aa  271  7e-72  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0031  methionyl-tRNA formyltransferase  47.87 
 
 		 318 aa  271  8.000000000000001e-72  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3774  methionyl-tRNA formyltransferase  49.67 
 
 		 315 aa  271  8.000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3770  methionyl-tRNA formyltransferase  48.68 
 
 		 315 aa  271  9e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0147386  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4610  methionyl-tRNA formyltransferase  49.01 
 
 		 315 aa  271  1e-71  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0267184  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0034  methionyl-tRNA formyltransferase  48.2 
 
 		 318 aa  271  1e-71  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000257015 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3603  methionyl-tRNA formyltransferase  49.34 
 
 		 315 aa  270  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.109792  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3604  methionyl-tRNA formyltransferase  49.34 
 
 		 315 aa  270  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.575944 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3676  methionyl-tRNA formyltransferase  49.34 
 
 		 315 aa  270  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3711  methionyl-tRNA formyltransferase  49.34 
 
 		 315 aa  270  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.734888  normal  0.143925 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0028  methionyl-tRNA formyltransferase  47.87 
 
 		 318 aa  270  2.9999999999999997e-71  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.709441  hitchhiker  0.00475764 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0030  methionyl-tRNA formyltransferase  48.2 
 
 		 318 aa  269  4e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000188499 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0026  methionyl-tRNA formyltransferase  47.54 
 
 		 318 aa  269  5e-71  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0905739 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0031  methionyl-tRNA formyltransferase  48.2 
 
 		 318 aa  268  5.9999999999999995e-71  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3672  methionyl-tRNA formyltransferase  48.68 
 
 		 315 aa  268  7e-71  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0030  methionyl-tRNA formyltransferase  47.87 
 
 		 318 aa  267  2e-70  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00109779 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1129  methionyl-tRNA formyltransferase  50.33 
 
 		 312 aa  267  2e-70  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.158103 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0026  methionyl-tRNA formyltransferase  47.54 
 
 		 318 aa  265  5.999999999999999e-70  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2096  methionyl-tRNA formyltransferase  46.53 
 
 		 314 aa  265  7e-70  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.156857  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0090  methionyl-tRNA formyltransferase  46.53 
 
 		 314 aa  265  7e-70  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0186427  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2868  methionyl-tRNA formyltransferase  51.42 
 
 		 325 aa  261  8e-69  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0030  methionyl-tRNA formyltransferase  47.02 
 
 		 321 aa  261  1e-68  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0034  methionyl-tRNA formyltransferase  46.47 
 
 		 329 aa  259  5.0000000000000005e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0590691 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0022  methionyl-tRNA formyltransferase  46.82 
 
 		 315 aa  258  8e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3123  methionyl-tRNA formyltransferase  50.95 
 
 		 327 aa  257  2e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.760657  normal  0.204185 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0054  methionyl-tRNA formyltransferase  50 
 
 		 314 aa  257  2e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0023  methionyl-tRNA formyltransferase  46.95 
 
 		 319 aa  256  3e-67  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2084  methionyl-tRNA formyltransferase  47.19 
 
 		 311 aa  256  4e-67  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.198796  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0037  methionyl-tRNA formyltransferase  45.83 
 
 		 320 aa  255  5e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.553222 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0310  methionyl-tRNA formyltransferase  50.63 
 
 		 328 aa  256  5e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3354  methionyl-tRNA formyltransferase  50 
 
 		 327 aa  255  6e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00392  methionyl-tRNA formyltransferase  45.51 
 
 		 315 aa  255  7e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0019  methionyl-tRNA formyltransferase  49.68 
 
 		 310 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.107334  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0355  methionyl-tRNA formyltransferase  47.02 
 
 		 313 aa  254  1.0000000000000001e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.36252  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3677  methionyl-tRNA formyltransferase  50.31 
 
 		 327 aa  254  1.0000000000000001e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4512  methionyl-tRNA formyltransferase  46.84 
 
 		 314 aa  254  2.0000000000000002e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.017466  hitchhiker  0.000185831 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3877  methionyl-tRNA formyltransferase  49.06 
 
 		 323 aa  253  3e-66  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3719  methionyl-tRNA formyltransferase  46.82 
 
 		 315 aa  252  5.000000000000001e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.236435  hitchhiker  0.00730816 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0143  methionyl-tRNA formyltransferase  50.65 
 
 		 327 aa  252  7e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.853701  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0129  methionyl-tRNA formyltransferase  50.32 
 
 		 328 aa  252  7e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0023  methionyl-tRNA formyltransferase  45.51 
 
 		 318 aa  252  7e-66  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2353  methionyl-tRNA formyltransferase  50.65 
 
 		 337 aa  251  8.000000000000001e-66  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0196  methionyl-tRNA formyltransferase  48.51 
 
 		 318 aa  251  8.000000000000001e-66  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00869838  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2275  methionyl-tRNA formyltransferase  50.65 
 
 		 337 aa  251  8.000000000000001e-66  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2805  methionyl-tRNA formyltransferase  50.65 
 
 		 337 aa  251  8.000000000000001e-66  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0347  methionyl-tRNA formyltransferase  50.32 
 
 		 327 aa  251  1e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4415  methionyl-tRNA formyltransferase  49.84 
 
 		 328 aa  251  1e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.628902 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0151  methionyl-tRNA formyltransferase  49.68 
 
 		 327 aa  251  1e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0072  methionyl-tRNA formyltransferase  51.28 
 
 		 327 aa  250  2e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.603691  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0160  methionyl-tRNA formyltransferase  49.68 
 
 		 327 aa  250  2e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6477  methionyl-tRNA formyltransferase  50.63 
 
 		 327 aa  250  2e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.79537 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0614  methionyl-tRNA formyltransferase  46.33 
 
 		 315 aa  249  3e-65  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00549944  normal  0.0281332 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0315  methionyl-tRNA formyltransferase  46.33 
 
 		 315 aa  249  3e-65  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>