More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_0308 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_0308  periplasmic binding protein from ABC-type transporter  100 
 
 
162 aa  329  8e-90  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0940761 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5157  hypothetical protein  81.48 
 
 
162 aa  273  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.809512 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5210  hypothetical protein  81.6 
 
 
163 aa  273  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5064  hypothetical protein  80.86 
 
 
162 aa  269  1e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5389  extracellular solute-binding protein  41.62 
 
 
192 aa  139  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0190359 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04090  putative binding protein component of ABC transporter  42.86 
 
 
256 aa  92  3e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2113  extracellular solute-binding protein  42.86 
 
 
290 aa  91.7  4e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0407  putative ABC transporter binding protein subunit  43.81 
 
 
256 aa  91.7  4e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3131  extracellular solute-binding protein  34.23 
 
 
266 aa  80.5  0.00000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0296  extracellular solute-binding protein  27.97 
 
 
263 aa  78.6  0.00000000000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0682  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.83 
 
 
257 aa  64.3  0.0000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0638  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.83 
 
 
257 aa  64.3  0.0000000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.890453  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1549  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.7 
 
 
266 aa  63.9  0.0000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.356902  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4132  putative ABC transporter binding protein subunit  36.27 
 
 
273 aa  62.4  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3808  extracellular solute-binding protein  27.35 
 
 
257 aa  62  0.000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.902335  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4248  extracellular solute-binding protein  28.23 
 
 
266 aa  62  0.000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0312845 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0212  amino acid ABC transporter, substrate-binding  30.3 
 
 
260 aa  62  0.000000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2239  flagellar hook protein FlgE  26.5 
 
 
257 aa  62  0.000000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.000000435982  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3056  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  30.11 
 
 
320 aa  61.2  0.000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.114315  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3091  ABC transporter, substrate binding component  30.11 
 
 
266 aa  61.2  0.000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3003  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  30.11 
 
 
315 aa  61.2  0.000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47920  putative binding protein component of ABC transporter  35.29 
 
 
273 aa  60.8  0.000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0688655  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0836  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  27.42 
 
 
266 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0996489 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3868  extracellular solute-binding protein  34.65 
 
 
268 aa  60.1  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0231  extracellular solute-binding protein family 3  24.79 
 
 
255 aa  60.5  0.00000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1060  extracellular solute-binding protein  30.11 
 
 
252 aa  60.1  0.00000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.703174  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5576  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  24.39 
 
 
503 aa  60.1  0.00000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1232  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  25.69 
 
 
503 aa  60.5  0.00000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0615942 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00417  prephrenate dehydratase  32.06 
 
 
258 aa  59.7  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1295  extracellular solute-binding protein  32.05 
 
 
292 aa  59.7  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.914061  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2507  cystine transporter subunit  27.59 
 
 
266 aa  59.7  0.00000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.292922  normal  0.810962 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  30.43 
 
 
265 aa  59.7  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  28.46 
 
 
250 aa  59.3  0.00000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0790  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  27.27 
 
 
483 aa  59.7  0.00000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.124129  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2588  extracellular solute-binding protein  27.27 
 
 
270 aa  58.9  0.00000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3585  extracellular solute-binding protein  27.27 
 
 
266 aa  58.9  0.00000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.435512  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3496  extracellular solute-binding protein  24.31 
 
 
258 aa  58.9  0.00000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0013  extracellular solute-binding protein  28.35 
 
 
253 aa  58.5  0.00000003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.126244  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2694  cystine transporter subunit  27.59 
 
 
266 aa  58.9  0.00000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.520163  normal  0.0574677 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0759  extracellular solute-binding protein  30.09 
 
 
265 aa  58.5  0.00000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.221068  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002034  cyclohexadienyl dehydratase  31.25 
 
 
258 aa  58.2  0.00000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1719  cystine transporter subunit  26.72 
 
 
285 aa  58.2  0.00000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.470206 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1048  cystine transporter subunit  26.72 
 
 
266 aa  58.2  0.00000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202301  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2154  cystine transporter subunit  26.72 
 
 
266 aa  58.2  0.00000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0349557  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1726  extracellular solute-binding protein family 3  26.72 
 
 
285 aa  58.2  0.00000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0106098  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02131  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  29.73 
 
 
283 aa  57.8  0.00000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1925  solute-binding family 1 protein  29.13 
 
 
250 aa  57.8  0.00000006  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0235  extracellular solute-binding protein family 3  23.97 
 
 
255 aa  57.8  0.00000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1262  cystine transporter subunit  26.72 
 
 
266 aa  57.8  0.00000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0848905  normal  0.0261829 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1787  extracellular solute-binding protein  32.93 
 
 
281 aa  57.4  0.00000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.571059  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5481  extracellular solute-binding protein  26.45 
 
 
270 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3855  extracellular solute-binding protein family 3  24.8 
 
 
256 aa  57.4  0.00000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.868062  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1295  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.93 
 
 
267 aa  57.4  0.00000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.397869 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3698  extracellular solute-binding protein family 3  23.88 
 
 
256 aa  57.4  0.00000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0477  extracellular solute-binding protein family 3  29.31 
 
 
278 aa  57  0.00000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.225572 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4844  extracellular solute-binding protein family 3  30.85 
 
 
275 aa  57  0.00000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.732367  normal  0.095648 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1395  amino acid ABC transporter, permease/amino acid-binding protein, putative  26.67 
 
 
485 aa  57  0.0000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1946  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  26.15 
 
 
485 aa  56.6  0.0000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.00000538211  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1534  extracellular solute-binding protein  29.21 
 
 
253 aa  56.6  0.0000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.195786  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0358  cystine transporter subunit  28.83 
 
 
265 aa  57  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.95727 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3814  cyclohexadienyl dehydratase  36 
 
 
284 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.607683  normal  0.874975 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1912  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  26.15 
 
 
485 aa  56.6  0.0000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.000000291813  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0207  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.47 
 
 
260 aa  57  0.0000001  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.670956  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2743  extracellular solute-binding protein  32.61 
 
 
276 aa  56.6  0.0000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0284405  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2019  cystine transporter subunit  27.19 
 
 
266 aa  57  0.0000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.579561  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1166  cystine transporter subunit  29.41 
 
 
266 aa  56.2  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.379234  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5180  cystine ABC transporter, periplasmic cystine binding protein  27.93 
 
 
268 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4772  extracellular solute-binding protein  27.66 
 
 
266 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4123  cyclohexadienyl dehydratase  30.77 
 
 
263 aa  56.2  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0829887  normal  0.672072 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2134  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.11 
 
 
264 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1051  extracellular solute-binding protein family 3  24.18 
 
 
257 aa  55.8  0.0000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310082  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1758  hook assembly protein, flagella  28.57 
 
 
250 aa  56.2  0.0000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.000000345404  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2512  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.46 
 
 
264 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.226859  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2003  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  30.11 
 
 
313 aa  55.8  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.385413  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1924  glutamine-binding periplasmic protein/glutamine transport system permease protein  27.34 
 
 
259 aa  55.8  0.0000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3136  extracellular solute-binding protein  25 
 
 
257 aa  55.5  0.0000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.598939  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0777  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  30.11 
 
 
313 aa  55.8  0.0000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.277559  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1819  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  30.85 
 
 
275 aa  55.5  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.309777  normal  0.651618 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2848  extracellular solute-binding protein  25.32 
 
 
261 aa  55.8  0.0000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0787958  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2611  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  30.11 
 
 
313 aa  55.8  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0217  extracellular solute-binding protein family 3  26.85 
 
 
255 aa  55.1  0.0000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0945  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  29.2 
 
 
265 aa  55.1  0.0000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.336039  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0812  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  29.2 
 
 
265 aa  55.1  0.0000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00534966  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0760  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  29.2 
 
 
265 aa  55.1  0.0000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0753  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  29.2 
 
 
265 aa  55.1  0.0000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00539884  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1385  extracellular solute-binding protein  25.66 
 
 
271 aa  55.1  0.0000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00529871  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0855  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  29.2 
 
 
265 aa  55.1  0.0000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0947  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  29.2 
 
 
265 aa  55.1  0.0000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4430  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  29.2 
 
 
265 aa  55.1  0.0000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.10616  normal  0.255053 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1035  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  29.2 
 
 
265 aa  55.1  0.0000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00041367  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5323  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  24.75 
 
 
489 aa  54.7  0.0000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1531  extracellular solute-binding protein  23.58 
 
 
260 aa  54.7  0.0000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0450484  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2116  cystine transporter subunit  28.57 
 
 
266 aa  54.7  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000583389 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4942  amino acid ABC transporter permease  24.75 
 
 
489 aa  54.7  0.0000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1289  cystine transporter subunit  28.57 
 
 
266 aa  54.7  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000238805 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2169  cystine transporter subunit  28.57 
 
 
266 aa  54.7  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000488454 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1619  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.85 
 
 
276 aa  54.7  0.0000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.00000231456  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5030  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  24.75 
 
 
489 aa  54.7  0.0000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2603  extracellular solute-binding protein  23.26 
 
 
262 aa  54.7  0.0000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.426319  hitchhiker  0.00328337 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0781  amino-acid ABC transporter extracellular-binding protein yckK  28.24 
 
 
252 aa  54.3  0.0000006  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>