More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3359 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3359  anti-FecI sigma factor, FecR  100 
 
 		 327 aa  651    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.643029  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3272  anti-FecI sigma factor, FecR  47.48 
 
 		 327 aa  265  5.999999999999999e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.104014  normal  0.0390784 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2680  putative FecR  41.59 
 
 		 320 aa  251  8.000000000000001e-66  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5618  putative transmembrane sensor  44.52 
 
 		 340 aa  241  2e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.680128  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39810  putative transmembrane sensor  44.03 
 
 		 316 aa  237  2e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13450  putative transmembrane sensor  42.54 
 
 		 317 aa  236  4e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.315618  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64690  putative transmembrane sensor  44.94 
 
 		 340 aa  236  4e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0240897  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5891  anti-FecI sigma factor, FecR  42.95 
 
 		 327 aa  235  6e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.914486 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1205  putative transmembrane sensor  42.22 
 
 		 317 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.95753  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3373  putative transmembrane sensor  43.71 
 
 		 316 aa  232  7.000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.15441  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3797  putative FecR  42.59 
 
 		 319 aa  231  1e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.253699  normal  0.359505 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2780  anti-FecI sigma factor, FecR  43.83 
 
 		 320 aa  230  2e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603267  normal  0.262675 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4503  putative FecR  42.45 
 
 		 328 aa  224  1e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0323465  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3275  anti-FecI sigma factor, FecR  40.69 
 
 		 327 aa  219  3.9999999999999997e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0559044 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3085  transmembrane sensor, putative  44.44 
 
 		 321 aa  219  6e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4000  FecR-like transmembrane sensor, Fe2+-dicitrate sensor  43.04 
 
 		 314 aa  219  6e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0775508  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1360  putative FecR  40.51 
 
 		 330 aa  215  7e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.690627  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0878  putative FecR  40.51 
 
 		 330 aa  215  7e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0873  anti-FecI sigma factor, FecR  41.21 
 
 		 313 aa  215  8e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5130  putative FecR  41.74 
 
 		 318 aa  210  3e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.293737  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3281  anti-FecI sigma factor, FecR  40.52 
 
 		 307 aa  208  9e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.911043  normal  0.795886 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40930  Anti-sigma factor protein, FecR family  43.17 
 
 		 311 aa  206  4e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.868078  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3269  anti-FecI sigma factor, FecR  38.6 
 
 		 336 aa  202  6e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.349605  hitchhiker  0.00253082 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2736  putative FecR  38.3 
 
 		 326 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000117212 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47180  Anti-sigma factor, FecR family  36.59 
 
 		 313 aa  201  9.999999999999999e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.735537  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21540  Anti-sigma factor, FecR family  40.76 
 
 		 317 aa  197  2.0000000000000003e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3327  anti-FecI sigma factor, FecR  38.04 
 
 		 327 aa  194  2e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3477  fec operon regulator FecR  37.81 
 
 		 320 aa  193  3e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1039  FecR protein  38.19 
 
 		 325 aa  193  3e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.278865 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5452  putative FecR  41.4 
 
 		 321 aa  192  5e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1382  FecR family protein  40 
 
 		 334 aa  192  5e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00451744  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3562  anti-FecI sigma factor, FecR  38.71 
 
 		 323 aa  192  6e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.252432  normal  0.0132448 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4193  anti-FecI sigma factor, FecR  35.96 
 
 		 329 aa  192  6e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.980346  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01110  Anti-sigma factor, FecR family  39.34 
 
 		 313 aa  191  1e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0694  anti-FecI sigma factor, FecR  38.01 
 
 		 318 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.957328  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1934  anti-FecI sigma factor, FecR  41.74 
 
 		 328 aa  189  8e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0227277 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5894  anti-FecI sigma factor, FecR  36.89 
 
 		 353 aa  188  1e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4073  anti-FecI sigma factor, FecR  38.22 
 
 		 313 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.749827 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0744  fec operon regulator FecR  36.86 
 
 		 317 aa  186  6e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.117429  normal  0.426183 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04158  transmembrane signal transducer for ferric citrate transport  36.86 
 
 		 317 aa  185  9e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3708  anti-FecI sigma factor, FecR  36.86 
 
 		 317 aa  185  9e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.142917  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04121  hypothetical protein  36.86 
 
 		 317 aa  185  9e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4869  fec operon regulator FecR  36.86 
 
 		 317 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1208  regulatory protein, putative  36.25 
 
 		 325 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2771  transmembrane sensor  37.85 
 
 		 332 aa  181  2e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.24235  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32720  transmembrane sensor  36.08 
 
 		 328 aa  181  2e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000433484 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4160  anti-FecI sigma factor, FecR  34.59 
 
 		 329 aa  177  2e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4498  anti FecI sigma factor, regulatory protein iron uptake  37.5 
 
 		 328 aa  176  4e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0023667  normal  0.0499598 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3323  anti-FecI sigma factor, FecR  37.3 
 
 		 315 aa  176  6e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0668  transmembrane sensor, putative  36.86 
 
 		 321 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1586  anti-FecI sigma factor, FecR  35.24 
 
 		 311 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.546792  normal  0.198446 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0605  anti-FecI sigma factor, FecR  37.07 
 
 		 325 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4367  anti-FecI sigma factor, FecR  34.28 
 
 		 329 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4232  anti-FecI sigma factor, FecR  33.96 
 
 		 329 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1508  sigma factor regulatory protein FecR/PupR family  38.75 
 
 		 334 aa  172  5e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.392411  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1421  sigma factor regulatory protein FecR/PupR family  39.06 
 
 		 334 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.133192  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0019  FecR family protein  39.06 
 
 		 334 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.32658  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0445  regulatory protein, putative  35.05 
 
 		 330 aa  169  4e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.563383  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5188  putative FecR  36.2 
 
 		 323 aa  169  8e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.639422  normal  0.488195 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3665  anti-FecI sigma factor, FecR  35.74 
 
 		 311 aa  166  4e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.234972 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4612  FecR protein, putative  33.65 
 
 		 308 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3326  anti-FecI sigma factor, FecR  36.02 
 
 		 323 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4851  anti-FecI sigma factor, FecR  34.26 
 
 		 318 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2674  putative FecR  35.87 
 
 		 318 aa  165  9e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.249504  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4595  anti-FecI sigma factor, FecR  33.23 
 
 		 308 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2581  FecR protein  34.71 
 
 		 321 aa  163  3e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.175988  normal  0.154477 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0746  anti-FecI sigma factor, FecR  37.03 
 
 		 314 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3125  putative FecR  34.89 
 
 		 315 aa  162  1e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.25811 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3316  anti-FecI sigma factor, FecR  35.87 
 
 		 317 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0122  putative FecR  33.43 
 
 		 333 aa  160  2e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.818445  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0924  putative FecR  32.69 
 
 		 305 aa  161  2e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2066  anti-FecI sigma factor, FecR  35.26 
 
 		 324 aa  159  4e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1181  FecR family protein  43.38 
 
 		 314 aa  158  1e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.265134  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0140  FecR family protein  43.38 
 
 		 314 aa  158  1e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0998258  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4730  FecR protein  34.78 
 
 		 327 aa  157  2e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0419  FecR family protein  42.92 
 
 		 314 aa  156  4e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.954336  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0379  anti-FecI sigma factor, FecR  33.73 
 
 		 318 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.45013  normal  0.45289 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0351  anti-FecI sigma factor, FecR  33.54 
 
 		 318 aa  155  7e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.547847  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0377  anti-FecI sigma factor, FecR  33.23 
 
 		 318 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.435624  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1170  anti-FecI sigma factor, FecR  36.31 
 
 		 356 aa  152  7e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3811  anti-FecI sigma factor, FecR  32.52 
 
 		 328 aa  149  4e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0610777  normal  0.956547 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4480  anti-FecI sigma factor, FecR  33.87 
 
 		 318 aa  149  9e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.876181  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28980  Fe2+-dicitrate sensor  35.81 
 
 		 316 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000419388 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2338  anti-FecI sigma factor, FecR  35.69 
 
 		 314 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.633615  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0161  anti-FecI sigma factor, FecR  31.6 
 
 		 318 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.39146  hitchhiker  0.0000661034 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1204  regulatory protein, putative  35.08 
 
 		 320 aa  145  1e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0179  anti-FecI sigma factor, FecR  31.35 
 
 		 318 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.424869  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0180  anti-FecI sigma factor, FecR  31.79 
 
 		 318 aa  144  3e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.282303 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44140  PupR/FecR-like anti-sigma factor protein  35.65 
 
 		 324 aa  142  6e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.272255  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2195  anti-FecI sigma factor, FecR  34.68 
 
 		 314 aa  142  8e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.67028  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06170  putative transmembrane sensor  34.23 
 
 		 323 aa  142  8e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.202236  normal  0.0195078 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3576  anti-FecI sigma factor, FecR  35.91 
 
 		 314 aa  142  9e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45010  Anti-sigma factor, FecR-like protein  36.96 
 
 		 311 aa  140  3e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0758  anti-FecI sigma factor, FecR  33.12 
 
 		 315 aa  139  7e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.845455  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0703  anti-FecI sigma factor, FecR  32.59 
 
 		 316 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.973533 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0736  anti-FecI sigma factor, FecR  32.59 
 
 		 318 aa  139  8.999999999999999e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0737  anti-FecI sigma factor, FecR  32.28 
 
 		 318 aa  138  2e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0689  anti-FecI sigma factor, FecR  29.78 
 
 		 315 aa  137  4e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0577  putative transmembrane sensor  33.13 
 
 		 323 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0691  anti-FecI sigma factor, FecR  32.52 
 
 		 332 aa  135  8e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>