More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3328 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3328  response regulator receiver protein  100 
 
 
352 aa  712    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2903  putative transcriptional regulator  81.82 
 
 
361 aa  566  1e-160  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34150  putative transcriptional regulator  81.53 
 
 
361 aa  566  1e-160  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.093709  normal  0.232942 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2771  sigma-54 dependent transcriptional regulator  62.96 
 
 
367 aa  437  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2982  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  63.25 
 
 
367 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.165911  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2908  putative transcriptional regulator  62.82 
 
 
376 aa  438  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.259707  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34210  putative transcriptional regulator  62.82 
 
 
376 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0247085  normal  0.0127418 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0881  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  64.31 
 
 
373 aa  436  1e-121  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.588109 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43900  Sigma54-dependent transcriptional activator protein  62.57 
 
 
367 aa  437  1e-121  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3918  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  62.5 
 
 
367 aa  434  1e-120  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.84668  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0556  response regulator receiver protein  61.03 
 
 
367 aa  428  1e-119  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.154413  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2162  putative sigma54 specific transcriptional regulator  61.89 
 
 
366 aa  428  1e-119  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0332569  normal  0.224007 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7716  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  63.04 
 
 
366 aa  425  1e-118  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.416499  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3248  helix-turn-helix, Fis-type  59.89 
 
 
368 aa  421  1e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.12684  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3467  sigma-54 dependent transcriptional regulator, putative  59.03 
 
 
368 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.154738  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5791  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  63.61 
 
 
375 aa  409  1e-113  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6156  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  63.61 
 
 
375 aa  409  1e-113  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.164312  normal  0.688082 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0564  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  55.96 
 
 
391 aa  398  9.999999999999999e-111  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6033  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  62.43 
 
 
376 aa  397  1e-109  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.516137  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6636  putative sigma54 specific transcriptional regulator  62.69 
 
 
375 aa  393  1e-108  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.992107 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5803  putative sigma54 specific transcriptional regulator  63.58 
 
 
376 aa  394  1e-108  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1567  sigma-54 factor, interaction region  57.5 
 
 
381 aa  390  1e-107  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0116194  hitchhiker  0.0000311693 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6136  putative sigma54 specific transcriptional regulator  62.43 
 
 
389 aa  389  1e-107  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0424882  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2612  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  53.37 
 
 
372 aa  372  1e-102  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3526  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  54.44 
 
 
377 aa  368  1e-101  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.658574  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3993  putative sigma54 specific transcriptional regulator  53.37 
 
 
375 aa  366  1e-100  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.717934  normal  0.104831 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22350  sigma54-dependent activator protein  51.35 
 
 
343 aa  315  6e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1248  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.95 
 
 
373 aa  312  4.999999999999999e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.81595 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1772  putative sigma54 specific transcriptional regulator  48.48 
 
 
386 aa  295  7e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1993  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.39 
 
 
486 aa  280  2e-74  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5217  sigma-54-binding protein  53.11 
 
 
316 aa  279  4e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1003  nitrogen regulation protein NR(I)  43.45 
 
 
481 aa  278  8e-74  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.158383  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31690  Sigma54 -dependent activator protein  53.85 
 
 
309 aa  278  1e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0775  helix-turn-helix, Fis-type  43.02 
 
 
457 aa  275  9e-73  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.118214 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42680  sigma54-dependent response regulator, CbrB  44.92 
 
 
466 aa  275  1.0000000000000001e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0327  sigma-54 factor, interaction region  53.21 
 
 
316 aa  274  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.768789  normal  0.257375 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2563  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.5 
 
 
480 aa  275  1.0000000000000001e-72  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00247378 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1472  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.65 
 
 
451 aa  273  3e-72  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1016  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.13 
 
 
455 aa  273  3e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.963955  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0299  putative sigma54 specific transcriptional regulator  54.2 
 
 
276 aa  271  1e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0686936 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4389  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.62 
 
 
495 aa  271  1e-71  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.205713  normal  0.107293 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2853  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.55 
 
 
476 aa  270  2e-71  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2923  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.25 
 
 
450 aa  270  2.9999999999999997e-71  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.726219 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4383  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.68 
 
 
483 aa  270  2.9999999999999997e-71  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.246116  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4406  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.68 
 
 
483 aa  269  4e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.378923  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4250  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.68 
 
 
483 aa  269  5.9999999999999995e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.126719  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0751  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.71 
 
 
485 aa  267  2e-70  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0880271  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3589  two-component response regulator CbrB  55.36 
 
 
477 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1999  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.73 
 
 
481 aa  266  2.9999999999999995e-70  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3471  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.65 
 
 
489 aa  266  2.9999999999999995e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6059  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.52 
 
 
458 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0839917 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5223  putative sigma54 specific transcriptional regulator  53.41 
 
 
276 aa  266  4e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.6189  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0964  sigma-54 dependent transcriptional regulator/response regulator  44.14 
 
 
478 aa  266  5e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0707  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.38 
 
 
469 aa  266  5e-70  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.112148  normal  0.322603 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1972  response regulator receiver protein  43.66 
 
 
455 aa  265  8e-70  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2827  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.73 
 
 
470 aa  265  8e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0126149 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4561  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.21 
 
 
480 aa  265  1e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.601271  hitchhiker  0.000975449 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3555  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.34 
 
 
489 aa  264  1e-69  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.369206  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3623  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.34 
 
 
489 aa  264  1e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.568637  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4696  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.21 
 
 
480 aa  264  2e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.511164  decreased coverage  0.00000622606 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5166  sigma-54 dependent transcriptional regulator  53.41 
 
 
276 aa  264  2e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.648773 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4695  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  52.48 
 
 
480 aa  264  2e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000157524 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5443  two-component response regulator CbrB  54.15 
 
 
477 aa  263  2e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1994  two component signal transduction response regulator  44.01 
 
 
477 aa  263  2e-69  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4240  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.08 
 
 
469 aa  264  2e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4396  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.08 
 
 
469 aa  263  3e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0079  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  53.69 
 
 
433 aa  263  3e-69  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.819278  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4399  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.33 
 
 
484 aa  263  3e-69  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.400124  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0214  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.59 
 
 
455 aa  263  3e-69  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.662344 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62540  two-component response regulator CbrB  54.15 
 
 
478 aa  263  3e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.349279  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4373  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.08 
 
 
469 aa  263  3e-69  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2942  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.54 
 
 
451 aa  263  4e-69  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5073  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  53.41 
 
 
276 aa  263  4e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0540  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.9 
 
 
445 aa  263  4e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0831  response regulator receiver:sigma-54 factor, interaction region  44.14 
 
 
494 aa  262  6e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00148287 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0916  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.87 
 
 
480 aa  262  6.999999999999999e-69  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0737  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  54.19 
 
 
479 aa  262  8e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000126889 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0446  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  52.46 
 
 
481 aa  261  1e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0445  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  52.46 
 
 
481 aa  261  1e-68  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0595  helix-turn-helix, Fis-type  41.92 
 
 
459 aa  261  1e-68  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1698  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.27 
 
 
457 aa  261  1e-68  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000740904 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2442  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.04 
 
 
480 aa  261  1e-68  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.79 
 
 
463 aa  261  1e-68  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3351  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  49.81 
 
 
465 aa  260  2e-68  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0988  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.43 
 
 
468 aa  261  2e-68  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0945  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.54 
 
 
459 aa  261  2e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.540348  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1461  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.91 
 
 
459 aa  261  2e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.402822  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2245  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.47 
 
 
460 aa  260  2e-68  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1588  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.12 
 
 
458 aa  260  2e-68  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.13799 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4836  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.52 
 
 
456 aa  261  2e-68  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50180  two-component response regulator  51.45 
 
 
473 aa  261  2e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.966541  hitchhiker  0.00555849 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1129  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  42.2 
 
 
453 aa  260  3e-68  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0674  two-component response regulator CbrB  47.9 
 
 
453 aa  260  3e-68  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0916838  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13000  transcriptional regulator  51.5 
 
 
324 aa  260  3e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.597599 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3981  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  53.66 
 
 
433 aa  259  4e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1577  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.73 
 
 
458 aa  259  4e-68  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0427  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.89 
 
 
458 aa  259  4e-68  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3749  Sigma 54 interacting domain protein  49.59 
 
 
596 aa  259  5.0000000000000005e-68  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.552068  normal  0.248061 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0417  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  52.05 
 
 
474 aa  259  5.0000000000000005e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.45134  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1397  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.95 
 
 
458 aa  259  6e-68  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>