More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1566 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_1566  major facilitator transporter  100 
 
 		 405 aa  773    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.646941 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3708  major facilitator transporter  91.11 
 
 		 405 aa  615  1e-175  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2034  major facilitator superfamily MFS_1  90.37 
 
 		 419 aa  612  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.836232  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0005  major facilitator superfamily MFS_1  53.18 
 
 		 394 aa  357  1.9999999999999998e-97  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.695547  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0005  major facilitator superfamily MFS_1  54.24 
 
 		 396 aa  355  5.999999999999999e-97  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0005  major facilitator superfamily MFS_1  54.24 
 
 		 396 aa  355  6.999999999999999e-97  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0005  major facilitator superfamily MFS_1  51.93 
 
 		 394 aa  352  5e-96  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.32076  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4393  major facilitator transporter  49.23 
 
 		 403 aa  296  3e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0689  major facilitator superfamily permease  46.27 
 
 		 407 aa  259  6e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2519  major facilitator transporter  39.53 
 
 		 414 aa  190  4e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.573813 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1964  major facilitator transporter  38.2 
 
 		 440 aa  189  7e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2824  major facilitator transporter  33.92 
 
 		 420 aa  186  8e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.263377 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1507  major facilitator transporter  30.47 
 
 		 411 aa  176  5e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2216  major facilitator superfamily transporter  33.42 
 
 		 411 aa  176  6e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.167097 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1946  major facilitator transporter  32.38 
 
 		 420 aa  174  2.9999999999999996e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.086986  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1850  major facilitator superfamily MFS_1  33.92 
 
 		 417 aa  169  1e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.918758  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1556  putative transmembrane transport protein  34.44 
 
 		 422 aa  164  3e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.233072  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0059  major facilitator transporter  31.55 
 
 		 417 aa  148  2.0000000000000003e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0613  major facilitator superfamily transporter  36.29 
 
 		 422 aa  145  1e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2012  major facilitator transporter  31.93 
 
 		 421 aa  144  3e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.147119 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0039  major facilitator superfamily transporter  35.79 
 
 		 420 aa  144  3e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.19043 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1885  major facilitator transporter  32.05 
 
 		 402 aa  136  9e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0083  major facilitator superfamily transporter  32.78 
 
 		 423 aa  131  2.0000000000000002e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0055  major facilitator superfamily MFS_1  34.08 
 
 		 415 aa  130  5.0000000000000004e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.628299  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3770  major facilitator superfamily MFS_1  27.3 
 
 		 418 aa  97.1  5e-19  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_3973  major facilitator superfamily MFS_1  25.32 
 
 		 449 aa  84  0.000000000000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2972  major facilitator transporter  29.05 
 
 		 422 aa  82.4  0.00000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1166  major facilitator transporter  29.85 
 
 		 421 aa  79.7  0.00000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1603  major facilitator superfamily MFS_1  28.72 
 
 		 399 aa  79  0.0000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0711095  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4797  major facilitator superfamily MFS_1  29.43 
 
 		 421 aa  78.2  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.292232  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0023  major facilitator transporter  26.98 
 
 		 409 aa  78.6  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1308  major facilitator transporter  28.62 
 
 		 420 aa  77  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.120753  normal  0.191945 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1422  major facilitator transporter  29.93 
 
 		 412 aa  74.7  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0958  major facilitator transporter  29.21 
 
 		 406 aa  74.3  0.000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0962  major facilitator transporter  29.93 
 
 		 412 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1444  major facilitator transporter  29.93 
 
 		 412 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1681  major facilitator transporter  28.47 
 
 		 402 aa  73.6  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.112178  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0724  XRE family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 406 aa  73.6  0.000000000005  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0248517  normal  0.732521 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1146  major facilitator transporter  25.9 
 
 		 406 aa  72.4  0.00000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.155488  unclonable  0.000000029988 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0053  major facilitator transporter  28.16 
 
 		 419 aa  72.8  0.00000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1115  major facilitator transporter  25.46 
 
 		 415 aa  72.8  0.00000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2104  major facilitator transporter  28.68 
 
 		 391 aa  71.6  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.314279 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3799  fosmidomycin resistance protein  27.78 
 
 		 402 aa  70.9  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.319996  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4025  major facilitator superfamily fosmidomycin resistant protein  27.78 
 
 		 401 aa  70.9  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.164373  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0102  major facilitator superfamily MFS_1  27.18 
 
 		 382 aa  71.2  0.00000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.346364  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1968  major facilitator transporter  24.72 
 
 		 410 aa  70.9  0.00000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.620228  normal  0.0550042 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2676  major facilitator transporter  26.04 
 
 		 396 aa  70.9  0.00000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.149282  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0184  major facilitator transporter  23.72 
 
 		 401 aa  69.7  0.00000000009  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.133276  normal  0.55787 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00430  predicted fosmidomycin efflux system  28.32 
 
 		 406 aa  69.3  0.0000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3131  major facilitator superfamily MFS_1  28.32 
 
 		 406 aa  69.3  0.0000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0556  fosmidomycin resistance protein  28.32 
 
 		 406 aa  69.3  0.0000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0523  fosmidomycin resistance protein  28.32 
 
 		 406 aa  68.9  0.0000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2007  major facilitator transporter  27.52 
 
 		 423 aa  69.3  0.0000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.28785 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3137  major facilitator transporter  28.32 
 
 		 406 aa  69.3  0.0000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.546423  hitchhiker  0.000000426482 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0734  major facilitator transporter  27.27 
 
 		 404 aa  69.3  0.0000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.459587 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00435  hypothetical protein  28.32 
 
 		 406 aa  69.3  0.0000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1871  major facilitator transporter  28.83 
 
 		 413 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.565485  hitchhiker  0.00660368 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0571  fosmidomycin resistance protein  28.32 
 
 		 406 aa  68.9  0.0000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.652835  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2124  major facilitator superfamily transporter  27.3 
 
 		 431 aa  69.3  0.0000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.204693  normal  0.329933 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0701  MFS efflux transporter, putative  27.27 
 
 		 404 aa  68.6  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4112  major facilitator transporter  26.01 
 
 		 397 aa  68.6  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0806371  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2794  major facilitator superfamily MFS_1  28.47 
 
 		 419 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.572754  normal  0.513078 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3913  major facilitator transporter  27.03 
 
 		 421 aa  67.8  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0518  fosmidomycin resistance protein  27.96 
 
 		 406 aa  67.8  0.0000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0735  major facilitator transporter  27.27 
 
 		 404 aa  67.4  0.0000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1437  major facilitator transporter  24.3 
 
 		 402 aa  67  0.0000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3640  major facilitator superfamily MFS_1  26.2 
 
 		 410 aa  66.6  0.0000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4717  major facilitator superfamily MFS_1  26.2 
 
 		 410 aa  66.6  0.0000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00521537 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4588  major facilitator transporter  29.2 
 
 		 412 aa  67  0.0000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3329  major facilitator transporter  26.17 
 
 		 410 aa  66.6  0.0000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.875992  normal  0.707628 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3577  hypothetical protein  26.02 
 
 		 421 aa  66.2  0.0000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.972735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4483  major facilitator transporter  27.24 
 
 		 403 aa  66.2  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.706987 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1830  major facilitator superfamily MFS_1  24.32 
 
 		 402 aa  66.2  0.000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000000414074  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1340  major facilitator superfamily multidrug (fosmidomycin) efflux transporter  28.1 
 
 		 420 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3507  fosmidomycin resistance protein  24.48 
 
 		 403 aa  65.5  0.000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1690  major facilitator transporter  24.83 
 
 		 403 aa  65.5  0.000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3939  major facilitator superfamily MFS_1  26.25 
 
 		 407 aa  65.5  0.000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1836  fosmidomycin resistance protein  23.4 
 
 		 403 aa  64.7  0.000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1226  major facilitator transporter  25.41 
 
 		 391 aa  64.7  0.000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.184807  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1326  major facilitator transporter  28.47 
 
 		 412 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.686197  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1918  fosmidomycin resistance protein  24.48 
 
 		 403 aa  64.3  0.000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.243949  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4757  major facilitator transporter  26.07 
 
 		 405 aa  63.9  0.000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.54337  normal  0.253962 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6429  major facilitator transporter  24.73 
 
 		 403 aa  64.3  0.000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1696  fosmidomycin resistance protein  24.48 
 
 		 403 aa  63.9  0.000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00774427  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1677  fosmidomycin resistance protein  24.48 
 
 		 403 aa  63.9  0.000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0817289  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1652  fosmidomycin resistance protein  24.48 
 
 		 403 aa  63.9  0.000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000459515  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1830  fosmidomycin resistance protein  24.48 
 
 		 403 aa  63.9  0.000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0645  major facilitator transporter  23.92 
 
 		 382 aa  63.9  0.000000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.080187  normal  0.0394754 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1953  fosmidomycin resistance protein  24.48 
 
 		 403 aa  63.9  0.000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.11477  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1874  fosmidomycin resistance protein  24.48 
 
 		 403 aa  63.5  0.000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000194019 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2366  antibiotic MFS transporter, putative  25.77 
 
 		 420 aa  63.5  0.000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.89438  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2766  major facilitator transporter  35.51 
 
 		 429 aa  63.2  0.000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1189  major facilitator superfamily MFS_1  27.56 
 
 		 400 aa  62.4  0.00000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.051319  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0367  permease  24.46 
 
 		 412 aa  62.4  0.00000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.32941  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1982  major facilitator superfamily MFS_1  28.99 
 
 		 434 aa  62.4  0.00000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.130406  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0546  fosmidomycin resistance protein  27.08 
 
 		 406 aa  62  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.268965  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0539  fosmidomycin resistance protein  27.08 
 
 		 406 aa  62  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0556  fosmidomycin resistance protein  27.08 
 
 		 406 aa  62  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.809506 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0541  fosmidomycin resistance protein  27.08 
 
 		 406 aa  61.6  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.404971  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1365  major facilitator transporter  27.74 
 
 		 412 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.399503 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>