More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3913 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_1308  major facilitator transporter  92.64 
 
 
420 aa  699    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.120753  normal  0.191945 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3913  major facilitator transporter  100 
 
 
421 aa  827    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4797  major facilitator superfamily MFS_1  91.69 
 
 
421 aa  667    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.292232  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2972  major facilitator transporter  71.73 
 
 
422 aa  569  1e-161  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4112  major facilitator transporter  73.48 
 
 
397 aa  560  1e-158  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0806371  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1115  major facilitator transporter  74.81 
 
 
415 aa  556  1e-157  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4588  major facilitator transporter  61.13 
 
 
412 aa  451  1e-125  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0649  major facilitator transporter  56.78 
 
 
403 aa  449  1e-125  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.298965  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0656  fosmidomycin resistance protein  56.78 
 
 
403 aa  448  1.0000000000000001e-124  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.231636  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0930  fosmidomycin resistance protein  60.95 
 
 
416 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1849  fosmidomycin resistance protein  60.95 
 
 
417 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1694  fosmidomycin resistance protein  60.95 
 
 
417 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.511968  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2632  major facilitator transporter  55.92 
 
 
403 aa  445  1.0000000000000001e-124  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.224364  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2630  fosmidomycin resistance protein  57.67 
 
 
420 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0419  fosmidomycin resistance protein  60.69 
 
 
416 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.423949  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1672  fosmidomycin resistance protein  60.95 
 
 
417 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0744  fosmidomycin resistance protein  60.69 
 
 
416 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.944019  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1463  fosmidomycin resistance protein  60.95 
 
 
416 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1422  major facilitator transporter  61.74 
 
 
412 aa  438  9.999999999999999e-123  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0962  major facilitator transporter  61.74 
 
 
412 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1326  major facilitator transporter  60.95 
 
 
412 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.686197  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1444  major facilitator transporter  61.74 
 
 
412 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1871  major facilitator transporter  61.21 
 
 
413 aa  435  1e-121  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.565485  hitchhiker  0.00660368 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1365  major facilitator transporter  60.69 
 
 
412 aa  436  1e-121  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.399503 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2794  major facilitator superfamily MFS_1  60.95 
 
 
419 aa  435  1e-121  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.572754  normal  0.513078 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1116  major facilitator superfamily MFS_1  53.71 
 
 
410 aa  437  1e-121  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.298595 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4717  major facilitator superfamily MFS_1  59.49 
 
 
410 aa  435  1e-121  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00521537 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1587  major facilitator transporter  60 
 
 
412 aa  435  1e-121  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3640  major facilitator superfamily MFS_1  59.49 
 
 
410 aa  435  1e-121  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3837  major facilitator transporter  54.74 
 
 
415 aa  432  1e-120  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1340  major facilitator superfamily multidrug (fosmidomycin) efflux transporter  60.16 
 
 
420 aa  429  1e-119  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1146  major facilitator transporter  58.17 
 
 
406 aa  424  1e-117  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.155488  unclonable  0.000000029988 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1260  fosmidomycin resistance protein  59.16 
 
 
404 aa  418  1e-116  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0237353  hitchhiker  0.0000222003 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3033  fosmidomycin resistance protein  59.32 
 
 
404 aa  419  1e-116  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00068897  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2007  major facilitator transporter  60.26 
 
 
423 aa  420  1e-116  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.28785 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0023  major facilitator transporter  58.81 
 
 
409 aa  417  9.999999999999999e-116  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1645  major facilitator superfamily MFS_1  59.47 
 
 
403 aa  413  1e-114  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.849012  hitchhiker  0.000565509 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0958  major facilitator transporter  56.61 
 
 
406 aa  412  1e-114  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1977  fosmidomycin resistance protein, putative  59.47 
 
 
403 aa  413  1e-114  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.85297  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6092  major facilitator superfamily MFS_1  57.54 
 
 
400 aa  413  1e-114  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2458  major facilitator transporter  56.74 
 
 
410 aa  413  1e-114  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.396008  normal  0.250194 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2104  major facilitator transporter  59.53 
 
 
391 aa  412  1e-114  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.314279 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0412  putative fosmidomycin resistance antibiotic resistance transmembrane protein  59.53 
 
 
411 aa  409  1e-113  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.22156  normal  0.519743 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0720  major facilitator transporter  54 
 
 
403 aa  408  1e-113  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00588429 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0156  major facilitator superfamily MFS_1  53.3 
 
 
408 aa  409  1e-113  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0474  major facilitator transporter  57.28 
 
 
398 aa  408  1e-113  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.812694  normal 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6505  major facilitator superfamily MFS_1  57.18 
 
 
400 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.127279  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3923  major facilitator superfamily MFS_1  52.54 
 
 
418 aa  406  1.0000000000000001e-112  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1603  major facilitator superfamily MFS_1  54.11 
 
 
408 aa  403  1e-111  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.501272  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3131  major facilitator superfamily MFS_1  55.11 
 
 
406 aa  399  9.999999999999999e-111  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3799  fosmidomycin resistance protein  53.54 
 
 
402 aa  398  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.319996  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1681  major facilitator transporter  54.06 
 
 
402 aa  401  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.112178  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4107  major facilitator transporter  50.88 
 
 
404 aa  400  9.999999999999999e-111  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.266046  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1968  major facilitator transporter  52.88 
 
 
410 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.620228  normal  0.0550042 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0571  fosmidomycin resistance protein  54.81 
 
 
406 aa  400  9.999999999999999e-111  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.652835  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2676  major facilitator transporter  53.05 
 
 
396 aa  401  9.999999999999999e-111  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.149282  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0556  fosmidomycin resistance protein  55.11 
 
 
406 aa  399  9.999999999999999e-111  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0523  fosmidomycin resistance protein  54.81 
 
 
406 aa  400  9.999999999999999e-111  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3137  major facilitator transporter  55.11 
 
 
406 aa  399  9.999999999999999e-111  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.546423  hitchhiker  0.000000426482 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2124  major facilitator superfamily transporter  53.93 
 
 
431 aa  399  9.999999999999999e-111  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.204693  normal  0.329933 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00430  predicted fosmidomycin efflux system  55.11 
 
 
406 aa  398  1e-109  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0518  fosmidomycin resistance protein  54.86 
 
 
406 aa  397  1e-109  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0053  major facilitator transporter  61.42 
 
 
419 aa  395  1e-109  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4757  major facilitator transporter  55.67 
 
 
405 aa  398  1e-109  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.54337  normal  0.253962 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00435  hypothetical protein  55.11 
 
 
406 aa  398  1e-109  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0701  MFS efflux transporter, putative  56.4 
 
 
404 aa  389  1e-107  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0734  major facilitator transporter  56.4 
 
 
404 aa  390  1e-107  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.459587 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0735  major facilitator transporter  56.4 
 
 
404 aa  389  1e-107  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3329  major facilitator transporter  52.86 
 
 
410 aa  382  1e-105  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.875992  normal  0.707628 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2162  major facilitator superfamily MFS_1  59.35 
 
 
411 aa  383  1e-105  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4483  major facilitator transporter  55.7 
 
 
403 aa  383  1e-105  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.706987 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0600  fosmidomycin resistance protein  57.07 
 
 
406 aa  380  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.184073  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0367  permease  49.35 
 
 
412 aa  380  1e-104  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.32941  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0539  fosmidomycin resistance protein  57.07 
 
 
406 aa  380  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0546  fosmidomycin resistance protein  57.07 
 
 
406 aa  380  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.268965  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4835  major facilitator transporter  53.44 
 
 
403 aa  379  1e-104  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.241713  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0556  fosmidomycin resistance protein  57.07 
 
 
406 aa  380  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.809506 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0541  fosmidomycin resistance protein  57.33 
 
 
406 aa  381  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.404971  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3577  hypothetical protein  52.09 
 
 
421 aa  378  1e-103  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.972735  normal 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4025  major facilitator superfamily fosmidomycin resistant protein  52.2 
 
 
401 aa  378  1e-103  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.164373  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1603  major facilitator superfamily MFS_1  52.36 
 
 
399 aa  376  1e-103  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0711095  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0973  major facilitator superfamily MFS_1  57.66 
 
 
435 aa  378  1e-103  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1857  major facilitator superfamily MFS_1  48.95 
 
 
408 aa  374  1e-102  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0541564  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1043  major facilitator transporter  59.25 
 
 
415 aa  372  1e-102  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0605275 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1170  major facilitator superfamily MFS_1  58.75 
 
 
415 aa  369  1e-101  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.147511  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1166  major facilitator transporter  52.28 
 
 
421 aa  371  1e-101  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6429  major facilitator transporter  53.12 
 
 
403 aa  365  1e-99  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2366  antibiotic MFS transporter, putative  52.6 
 
 
420 aa  364  2e-99  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.89438  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5829  major facilitator transporter  50.27 
 
 
422 aa  358  9.999999999999999e-98  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.50804  normal  0.878008 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1552  major facilitator superfamily MFS_1  45.43 
 
 
413 aa  341  2e-92  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00281859  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1830  major facilitator superfamily MFS_1  42.49 
 
 
402 aa  327  2.0000000000000001e-88  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000000414074  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1690  major facilitator transporter  43.9 
 
 
403 aa  316  5e-85  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3507  fosmidomycin resistance protein  43.64 
 
 
403 aa  315  9.999999999999999e-85  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1836  fosmidomycin resistance protein  43.64 
 
 
403 aa  313  2.9999999999999996e-84  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1696  fosmidomycin resistance protein  43.38 
 
 
403 aa  313  4.999999999999999e-84  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00774427  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1677  fosmidomycin resistance protein  43.38 
 
 
403 aa  313  4.999999999999999e-84  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0817289  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1652  fosmidomycin resistance protein  43.38 
 
 
403 aa  313  4.999999999999999e-84  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000459515  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1830  fosmidomycin resistance protein  43.38 
 
 
403 aa  313  4.999999999999999e-84  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1918  fosmidomycin resistance protein  43.38 
 
 
403 aa  312  6.999999999999999e-84  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.243949  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1874  fosmidomycin resistance protein  43.12 
 
 
403 aa  311  1e-83  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000194019 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>