More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_4393 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_4393  major facilitator transporter  100 
 
 		 403 aa  771    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0689  major facilitator superfamily permease  64.11 
 
 		 407 aa  425  1e-118  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0005  major facilitator superfamily MFS_1  52.89 
 
 		 396 aa  345  6e-94  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0005  major facilitator superfamily MFS_1  52.11 
 
 		 396 aa  340  2e-92  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0005  major facilitator superfamily MFS_1  49.48 
 
 		 394 aa  334  2e-90  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.695547  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0005  major facilitator superfamily MFS_1  49.87 
 
 		 394 aa  318  2e-85  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.32076  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2034  major facilitator superfamily MFS_1  47.06 
 
 		 419 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.836232  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3708  major facilitator transporter  47.31 
 
 		 405 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1566  major facilitator transporter  49.62 
 
 		 405 aa  278  1e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.646941 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2519  major facilitator transporter  39.8 
 
 		 414 aa  218  2e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.573813 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1964  major facilitator transporter  37.22 
 
 		 440 aa  203  4e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2216  major facilitator superfamily transporter  36.32 
 
 		 411 aa  201  1.9999999999999998e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.167097 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2824  major facilitator transporter  34.71 
 
 		 420 aa  189  5e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.263377 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1850  major facilitator superfamily MFS_1  34.16 
 
 		 417 aa  189  5.999999999999999e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.918758  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1946  major facilitator transporter  34.76 
 
 		 420 aa  186  9e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.086986  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1507  major facilitator transporter  31.91 
 
 		 411 aa  176  9e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0613  major facilitator superfamily transporter  33.75 
 
 		 422 aa  167  2e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1556  putative transmembrane transport protein  33.84 
 
 		 422 aa  167  4e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.233072  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0039  major facilitator superfamily transporter  34.84 
 
 		 420 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.19043 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1885  major facilitator transporter  36.36 
 
 		 402 aa  161  2e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0059  major facilitator transporter  34.36 
 
 		 417 aa  160  3e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2012  major facilitator transporter  34.22 
 
 		 421 aa  149  8e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.147119 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0055  major facilitator superfamily MFS_1  34.84 
 
 		 415 aa  138  2e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.628299  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0083  major facilitator superfamily transporter  32.1 
 
 		 423 aa  131  2.0000000000000002e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_3973  major facilitator superfamily MFS_1  28.02 
 
 		 449 aa  113  6e-24  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3770  major facilitator superfamily MFS_1  26.32 
 
 		 418 aa  90.9  4e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0958  major facilitator transporter  30.34 
 
 		 406 aa  89  1e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1115  major facilitator transporter  29.67 
 
 		 415 aa  87  5e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00430  predicted fosmidomycin efflux system  29.97 
 
 		 406 aa  85.9  0.000000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00435  hypothetical protein  29.97 
 
 		 406 aa  85.9  0.000000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0156  major facilitator superfamily MFS_1  29.82 
 
 		 408 aa  86.3  0.000000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3131  major facilitator superfamily MFS_1  29.97 
 
 		 406 aa  85.1  0.000000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0523  fosmidomycin resistance protein  29.97 
 
 		 406 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0556  fosmidomycin resistance protein  29.97 
 
 		 406 aa  85.1  0.000000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3137  major facilitator transporter  29.97 
 
 		 406 aa  85.1  0.000000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.546423  hitchhiker  0.000000426482 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0571  fosmidomycin resistance protein  29.97 
 
 		 406 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.652835  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0518  fosmidomycin resistance protein  29.62 
 
 		 406 aa  83.6  0.000000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2972  major facilitator transporter  27.17 
 
 		 422 aa  82.4  0.00000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2104  major facilitator transporter  29.48 
 
 		 391 aa  82  0.00000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.314279 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6429  major facilitator transporter  27.37 
 
 		 403 aa  80.9  0.00000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1146  major facilitator transporter  27.68 
 
 		 406 aa  79.7  0.00000000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.155488  unclonable  0.000000029988 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1830  major facilitator superfamily MFS_1  25.71 
 
 		 402 aa  78.2  0.0000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000000414074  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4112  major facilitator transporter  28.08 
 
 		 397 aa  77.8  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0806371  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2007  major facilitator transporter  28.87 
 
 		 423 aa  77.4  0.0000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.28785 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0107  major facilitator superfamily MFS_1  28.3 
 
 		 390 aa  77  0.0000000000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.781532  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4025  major facilitator superfamily fosmidomycin resistant protein  28.01 
 
 		 401 aa  76.3  0.0000000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.164373  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1681  major facilitator transporter  24.77 
 
 		 402 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.112178  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0539  fosmidomycin resistance protein  26.91 
 
 		 406 aa  75.1  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0600  fosmidomycin resistance protein  26.91 
 
 		 406 aa  75.1  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.184073  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0541  fosmidomycin resistance protein  26.91 
 
 		 406 aa  75.1  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.404971  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0556  fosmidomycin resistance protein  26.91 
 
 		 406 aa  75.1  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.809506 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1603  major facilitator superfamily MFS_1  27.68 
 
 		 399 aa  74.7  0.000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0711095  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0546  fosmidomycin resistance protein  26.91 
 
 		 406 aa  75.1  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.268965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0720  major facilitator transporter  30.82 
 
 		 403 aa  72.8  0.00000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00588429 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1968  major facilitator transporter  25.69 
 
 		 410 aa  72  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.620228  normal  0.0550042 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1166  major facilitator transporter  27.78 
 
 		 421 aa  71.6  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0710  major facilitator transporter  26.17 
 
 		 454 aa  71.6  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00331318 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0053  major facilitator transporter  29.01 
 
 		 419 aa  71.2  0.00000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0962  major facilitator transporter  26.94 
 
 		 412 aa  71.2  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1444  major facilitator transporter  26.94 
 
 		 412 aa  71.2  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1871  major facilitator transporter  27.78 
 
 		 413 aa  70.9  0.00000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.565485  hitchhiker  0.00660368 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1422  major facilitator transporter  26.94 
 
 		 412 aa  70.9  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4592  major facilitator transporter  29.9 
 
 		 440 aa  70.5  0.00000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.947939 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4107  major facilitator transporter  24.22 
 
 		 404 aa  70.5  0.00000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.266046  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0023  major facilitator transporter  27.02 
 
 		 409 aa  70.5  0.00000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1260  fosmidomycin resistance protein  25.74 
 
 		 404 aa  70.5  0.00000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0237353  hitchhiker  0.0000222003 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5052  major facilitator transporter  27.73 
 
 		 423 aa  70.5  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.344485  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3033  fosmidomycin resistance protein  25.74 
 
 		 404 aa  70.5  0.00000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00068897  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5808  major facilitator transporter  27.73 
 
 		 423 aa  70.5  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.499125  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7622  major facilitator transporter  27.51 
 
 		 439 aa  70.1  0.00000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.388014  normal  0.362364 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4254  major facilitator transporter  25.65 
 
 		 428 aa  69.7  0.00000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.189853  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1432  major facilitator superfamily MFS_1  26.62 
 
 		 390 aa  69.7  0.00000000009  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1918  fosmidomycin resistance protein  25.99 
 
 		 403 aa  68.9  0.0000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.243949  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4757  major facilitator transporter  26.24 
 
 		 405 aa  69.3  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.54337  normal  0.253962 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4588  major facilitator transporter  26.57 
 
 		 412 aa  69.3  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6092  major facilitator superfamily MFS_1  27.72 
 
 		 400 aa  68.6  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3799  fosmidomycin resistance protein  23.53 
 
 		 402 aa  68.6  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.319996  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1365  major facilitator transporter  27.41 
 
 		 412 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.399503 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2630  fosmidomycin resistance protein  25.91 
 
 		 420 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1308  major facilitator transporter  26.21 
 
 		 420 aa  68.2  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.120753  normal  0.191945 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0734  major facilitator transporter  24.63 
 
 		 404 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.459587 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1874  fosmidomycin resistance protein  25.99 
 
 		 403 aa  68.6  0.0000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000194019 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1953  fosmidomycin resistance protein  25.99 
 
 		 403 aa  68.6  0.0000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.11477  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1696  fosmidomycin resistance protein  25.63 
 
 		 403 aa  67.8  0.0000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00774427  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1677  fosmidomycin resistance protein  25.63 
 
 		 403 aa  67.8  0.0000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0817289  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1652  fosmidomycin resistance protein  25.63 
 
 		 403 aa  67.8  0.0000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000459515  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0474  major facilitator transporter  26.04 
 
 		 398 aa  68.2  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.812694  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3507  fosmidomycin resistance protein  25.54 
 
 		 403 aa  67.8  0.0000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1690  major facilitator transporter  25.63 
 
 		 403 aa  67.8  0.0000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2676  major facilitator transporter  26.67 
 
 		 396 aa  67.8  0.0000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.149282  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1830  fosmidomycin resistance protein  25.63 
 
 		 403 aa  67.8  0.0000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2772  major facilitator superfamily MFS_1  28.61 
 
 		 429 aa  67.8  0.0000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0735  major facilitator transporter  24.63 
 
 		 404 aa  67.4  0.0000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3577  hypothetical protein  26.98 
 
 		 421 aa  67.4  0.0000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.972735  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6505  major facilitator superfamily MFS_1  25.44 
 
 		 400 aa  67.4  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.127279  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1836  fosmidomycin resistance protein  26.09 
 
 		 403 aa  67.4  0.0000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1326  major facilitator transporter  27.21 
 
 		 412 aa  67.4  0.0000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.686197  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1437  major facilitator transporter  24.82 
 
 		 402 aa  67.4  0.0000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0701  MFS efflux transporter, putative  24.63 
 
 		 404 aa  67.4  0.0000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2766  major facilitator transporter  33.33 
 
 		 429 aa  67  0.0000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>