More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_3825 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_3825  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 255 aa  498  1e-140  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.862228 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4134  osmolarity response regulator  44.93 
 
 		 241 aa  186  2e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4338  osmolarity response regulator  44.93 
 
 		 241 aa  186  2e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4206  osmolarity response regulator  44.93 
 
 		 241 aa  186  2e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4017  osmolarity response regulator  44.49 
 
 		 241 aa  186  3e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0259  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.81 
 
 		 240 aa  186  3e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3637  osmolarity response regulator  44.05 
 
 		 241 aa  185  5e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0151  two component transcriptional regulator  47.84 
 
 		 241 aa  185  5e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0208  two component transcriptional regulator  47.19 
 
 		 240 aa  184  8e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4633  osmolarity response regulator  44.05 
 
 		 241 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4017  osmolarity response regulator  44.05 
 
 		 241 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3846  osmolarity response regulator  44.49 
 
 		 241 aa  182  3e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0218  osmolarity response regulator  44.05 
 
 		 241 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0168  osmolarity response regulator  43.17 
 
 		 241 aa  182  6e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3811  osmolarity response regulator  43.61 
 
 		 241 aa  182  6e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0373241 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3902  osmolarity response regulator  43.61 
 
 		 241 aa  182  6e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.140952 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3538  osmolarity response regulator  43.86 
 
 		 240 aa  181  1e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000279148  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0150  osmolarity response regulator  43.86 
 
 		 241 aa  179  2.9999999999999997e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6199  OmpR family two component response transcriptional regulator  44.3 
 
 		 255 aa  179  2.9999999999999997e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.59766  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0510  two component transcriptional regulator  46.67 
 
 		 234 aa  179  2.9999999999999997e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3219  two component transcriptional regulator  44.54 
 
 		 241 aa  178  5.999999999999999e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.699117  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3403  two component transcriptional regulator  43.56 
 
 		 236 aa  178  9e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03947  osmolarity response regulator  43.17 
 
 		 240 aa  178  9e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3510  osmolarity response regulator  43.17 
 
 		 241 aa  177  1e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4597  osmolarity response regulator  42.29 
 
 		 240 aa  176  3e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0311  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  43.3 
 
 		 228 aa  176  4e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00012342  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2983  two component transcriptional regulator  43.24 
 
 		 228 aa  175  5e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0225  osmolarity response regulator  40.97 
 
 		 240 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22760  putative two-component response regulator  44.34 
 
 		 225 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0539892 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3620  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.56 
 
 		 235 aa  173  2.9999999999999996e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0827  two component transcriptional regulator  46.19 
 
 		 256 aa  172  3.9999999999999995e-42  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00211389  normal  0.244563 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1922  putative two-component response regulator  43.89 
 
 		 225 aa  172  5e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.804247  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2286  osmolarity response regulator  42.73 
 
 		 240 aa  172  5.999999999999999e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15610  Response regulator, transciptional regulatory protein  43.89 
 
 		 225 aa  171  9e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0572115  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3000  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.77 
 
 		 234 aa  171  1e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0204  osmolarity response regulator  41.85 
 
 		 239 aa  171  1e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3106  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.77 
 
 		 234 aa  170  2e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0318  two component transcriptional regulator  44.69 
 
 		 241 aa  170  2e-41  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.523003  normal  0.212939 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2981  two component transcriptional regulator  41.18 
 
 		 229 aa  169  3e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000201285  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0940  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.33 
 
 		 237 aa  170  3e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.324642  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8578  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.7 
 
 		 231 aa  169  4e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0565107  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5210  two component response regulator  41.7 
 
 		 241 aa  169  6e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2914  two component transcriptional regulator  48.44 
 
 		 245 aa  168  6e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.634998  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2643  two component transcriptional regulator  46.19 
 
 		 236 aa  169  6e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03257  osmolarity response regulator  39.91 
 
 		 239 aa  168  7e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03209  hypothetical protein  39.91 
 
 		 239 aa  168  7e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00149  transcriptional regulator CpxR  41.96 
 
 		 229 aa  168  8e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0373  two component transcriptional regulator  45.18 
 
 		 238 aa  168  8e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.873901 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4621  osmolarity response regulator  39.91 
 
 		 239 aa  168  8e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2155  two component transcriptional regulator  44.59 
 
 		 261 aa  168  8e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.102637  normal  0.128892 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3029  two component transcriptional regulator  42.79 
 
 		 238 aa  168  8e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.452516  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0308  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.91 
 
 		 239 aa  168  9e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3809  osmolarity response regulator  39.91 
 
 		 239 aa  168  9e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3818  osmolarity response regulator  39.91 
 
 		 239 aa  168  9e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.339561  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4711  osmolarity response regulator  39.91 
 
 		 239 aa  168  9e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3703  osmolarity response regulator  39.91 
 
 		 239 aa  168  9e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3686  osmolarity response regulator  39.91 
 
 		 239 aa  168  9e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.550003 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3602  osmolarity response regulator  39.91 
 
 		 239 aa  168  9e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2404  two component transcriptional regulator  44.1 
 
 		 255 aa  168  9e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3775  osmolarity response regulator  39.91 
 
 		 239 aa  168  9e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3871  osmolarity response regulator  39.91 
 
 		 239 aa  168  9e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3879  osmolarity response regulator  39.91 
 
 		 239 aa  168  9e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3700  osmolarity response regulator  39.91 
 
 		 239 aa  168  9e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001870  two-component system response regulator OmpR  41.85 
 
 		 239 aa  168  9e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.360284  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0308  osmolarity response regulator  39.91 
 
 		 239 aa  168  9e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0516186 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3784  osmolarity response regulator  39.91 
 
 		 239 aa  168  9e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3898  osmolarity response regulator  39.91 
 
 		 239 aa  167  1e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1813  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.22 
 
 		 236 aa  167  1e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.106078  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1456  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.73 
 
 		 223 aa  167  1e-40  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000183373  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4075  osmolarity response regulator  39.91 
 
 		 239 aa  167  1e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0324  osmolarity response regulator  39.91 
 
 		 239 aa  168  1e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.566854  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00621  osmolarity response regulator  41.85 
 
 		 239 aa  167  1e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3980  osmolarity response regulator  39.91 
 
 		 239 aa  167  1e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.75818  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3741  osmolarity response regulator  39.91 
 
 		 239 aa  168  1e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5849  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.67 
 
 		 237 aa  167  1e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.848973 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0244  osmolarity response regulator  39.91 
 
 		 239 aa  167  1e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0172  osmolarity response regulator  39.91 
 
 		 239 aa  168  1e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0050  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.11 
 
 		 235 aa  167  2e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0908  two component transcriptional regulator  44.93 
 
 		 395 aa  167  2e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.446668  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2259  osmolarity response regulator  41.41 
 
 		 257 aa  167  2e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0634187  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_14041  two-component response regulator  44.05 
 
 		 241 aa  166  2.9999999999999998e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.117879 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2619  two component transcriptional regulator  43.48 
 
 		 240 aa  166  2.9999999999999998e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1374  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.05 
 
 		 251 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.287257  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002219  copper-sensing two-component system response regulator CpxR  42.22 
 
 		 229 aa  166  2.9999999999999998e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000572967  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3432  response regulator receiver protein  45.54 
 
 		 228 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000345172  normal  0.351937 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00535  Transcriptional regulatory protein CpxR  41.41 
 
 		 247 aa  166  4e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.774728  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1839  two component transcriptional regulator  45.06 
 
 		 255 aa  166  4e-40  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.1183  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2059  two component transcriptional regulator  44.05 
 
 		 236 aa  166  4e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1028  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.58 
 
 		 237 aa  166  4e-40  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46550  response regulator  41.49 
 
 		 267 aa  165  5e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0203573  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0852  two component transcriptional regulator  44.3 
 
 		 241 aa  165  5e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0882  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.41 
 
 		 230 aa  166  5e-40  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.148935 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0772  DNA-binding response regulator  41.05 
 
 		 243 aa  165  5.9999999999999996e-40  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2264  transcriptional regulator CpxR  41.96 
 
 		 228 aa  165  5.9999999999999996e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000005667  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2387  two component transcriptional regulator  42.22 
 
 		 229 aa  165  6.9999999999999995e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00115026  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1897  two component transcriptional regulator  42.15 
 
 		 227 aa  165  6.9999999999999995e-40  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.151466  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2582  osmolarity response regulator  38.82 
 
 		 243 aa  165  6.9999999999999995e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.121294  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4066  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.46 
 
 		 241 aa  165  6.9999999999999995e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3772  response regulator receiver  43.46 
 
 		 241 aa  165  6.9999999999999995e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0950932  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0987  two component transcriptional regulator  39.83 
 
 		 235 aa  165  8e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000260123  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>