More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0259 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0259  two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 		 240 aa  482  1e-135  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0510  two component transcriptional regulator  80.43 
 
 		 234 aa  372  1e-102  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0208  two component transcriptional regulator  78.24 
 
 		 240 aa  365  1e-100  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0151  two component transcriptional regulator  75.83 
 
 		 241 aa  356  9.999999999999999e-98  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0328  two component transcriptional regulator  75.9 
 
 		 252 aa  343  1e-93  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0194  two component transcriptional regulator  79.42 
 
 		 251 aa  343  1e-93  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0213  two component transcriptional regulator, winged helix family  79.5 
 
 		 238 aa  340  1e-92  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0395409  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0275  two component transcriptional regulator  78.42 
 
 		 239 aa  337  9.999999999999999e-92  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.295694  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2635  two component transcriptional regulator  76.15 
 
 		 239 aa  335  3.9999999999999995e-91  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.179803  normal  0.648849 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2643  two component transcriptional regulator  58.72 
 
 		 236 aa  268  5e-71  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0735  two component transcriptional regulator  58.92 
 
 		 235 aa  251  5.000000000000001e-66  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8578  two component transcriptional regulator, winged helix family  56.65 
 
 		 231 aa  248  7e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0565107  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2014  two component transcriptional regulator  54.89 
 
 		 239 aa  246  3e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.193015 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3564  two component transcriptional regulator  56.22 
 
 		 230 aa  245  4.9999999999999997e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.153344  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2160  two component transcriptional regulator  47.9 
 
 		 240 aa  218  6e-56  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1820  two component transcriptional regulator  47.48 
 
 		 240 aa  218  8.999999999999998e-56  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2103  two component transcriptional regulator  47.48 
 
 		 240 aa  217  1e-55  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0666731  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0196  two component transcriptional regulator  48.07 
 
 		 238 aa  216  2.9999999999999998e-55  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000815382  hitchhiker  0.00535544 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2022  two component transcriptional regulator  47.44 
 
 		 238 aa  215  5e-55  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.730555 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2325  two component transcriptional regulator  47.44 
 
 		 238 aa  215  5e-55  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0521181  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0318  two component transcriptional regulator  48.09 
 
 		 241 aa  213  2.9999999999999995e-54  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.523003  normal  0.212939 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3000  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.64 
 
 		 234 aa  209  2e-53  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3106  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.64 
 
 		 234 aa  209  4e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3571  two component transcriptional regulator  43.91 
 
 		 232 aa  206  3e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000262211  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2914  two component transcriptional regulator  49.36 
 
 		 245 aa  205  6e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.634998  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00330  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  46.75 
 
 		 240 aa  200  1.9999999999999998e-50  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.00972196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3302  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.22 
 
 		 231 aa  199  3e-50  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000343135 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4027  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.44 
 
 		 240 aa  199  3e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.886848  normal  0.528233 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2321  two component transcriptional regulator  45.76 
 
 		 244 aa  199  3e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.483652  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0852  two component transcriptional regulator  48.32 
 
 		 241 aa  199  3.9999999999999996e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3772  response regulator receiver  46.61 
 
 		 241 aa  199  3.9999999999999996e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0950932  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4066  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.61 
 
 		 241 aa  199  3.9999999999999996e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0669  two component transcriptional regulator  48.26 
 
 		 239 aa  199  3.9999999999999996e-50  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.851863  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1374  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.31 
 
 		 251 aa  198  5e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.287257  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2625  two component transcriptional regulator  45.26 
 
 		 232 aa  199  5e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000000000561273 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2354  two component transcriptional regulator  46.41 
 
 		 235 aa  198  6e-50  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.402981 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1349  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.18 
 
 		 237 aa  198  6e-50  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.421984 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1895  osmolarity response regulator  47.23 
 
 		 244 aa  197  1.0000000000000001e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0546897 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2732  osmolarity response regulator  46.75 
 
 		 243 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.744063  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4089  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.25 
 
 		 240 aa  196  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.404092  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2473  two component transcriptional regulator  44.77 
 
 		 251 aa  196  3e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.682013  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0772  DNA-binding response regulator  44.68 
 
 		 243 aa  196  3e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0880  two component transcriptional regulator  51.05 
 
 		 234 aa  196  3e-49  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.220279 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3153  osmolarity response regulator  46.35 
 
 		 243 aa  196  4.0000000000000005e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2286  osmolarity response regulator  45.65 
 
 		 240 aa  195  4.0000000000000005e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2500  osmolarity response regulator  46.35 
 
 		 243 aa  196  4.0000000000000005e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2582  osmolarity response regulator  45.73 
 
 		 243 aa  195  5.000000000000001e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.121294  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2852  osmolarity response regulator  46.78 
 
 		 243 aa  195  5.000000000000001e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14770  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  46.52 
 
 		 226 aa  195  7e-49  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.383411  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_926  two-component system, OmpR family, response regulator  43.42 
 
 		 227 aa  194  1e-48  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00200634  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4235  two component transcriptional regulator  46.38 
 
 		 232 aa  194  1e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.207223  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11690  response regulator with CheY-like receiver domain protein and winged-helix DNA-binding domain protein  45.45 
 
 		 236 aa  194  1e-48  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.52451  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1584  osmolarity response regulator  45.92 
 
 		 243 aa  194  1e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.131787  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3061  two component transcriptional regulator  44.16 
 
 		 227 aa  193  2e-48  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.799336  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2121  osmolarity response regulator  44.3 
 
 		 248 aa  192  4e-48  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.201602  normal  0.531848 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0225  osmolarity response regulator  43.53 
 
 		 240 aa  192  4e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1193  two component transcriptional regulator  46.09 
 
 		 232 aa  192  5e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0519929  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2713  osmolarity response regulator  45.02 
 
 		 245 aa  192  5e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.394419  normal  0.0259821 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4363  osmolarity response regulator  45.49 
 
 		 243 aa  191  6e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.127883 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2259  osmolarity response regulator  42.32 
 
 		 257 aa  192  6e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0634187  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4633  osmolarity response regulator  44.21 
 
 		 241 aa  191  7e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1211  two component transcriptional regulator  45.69 
 
 		 232 aa  191  7e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.676109  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1980  osmolarity response regulator  44.78 
 
 		 243 aa  191  7e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.431202  normal  0.459947 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2546  osmolarity response regulator  44.59 
 
 		 245 aa  191  7e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.16006 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1181  winged helix family two component transcriptional regulator  45.69 
 
 		 232 aa  191  9e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.037877  normal  0.73042 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0258  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.45 
 
 		 236 aa  191  1e-47  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.606292  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3219  two component transcriptional regulator  45.99 
 
 		 241 aa  191  1e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.699117  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0168  osmolarity response regulator  44.4 
 
 		 241 aa  190  2e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0070  two component transcriptional regulator  41.81 
 
 		 229 aa  190  2e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.834843 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6216  two component transcriptional regulator  45.11 
 
 		 246 aa  189  2e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4597  osmolarity response regulator  43.53 
 
 		 240 aa  189  2.9999999999999997e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001870  two-component system response regulator OmpR  44.59 
 
 		 239 aa  189  2.9999999999999997e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.360284  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0353  two component transcriptional regulator  45.18 
 
 		 230 aa  189  2.9999999999999997e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.683455 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00621  osmolarity response regulator  44.78 
 
 		 239 aa  189  2.9999999999999997e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2286  response regulator GltR  42.98 
 
 		 241 aa  189  2.9999999999999997e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.336147  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0243  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.74 
 
 		 235 aa  189  4e-47  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0646165  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0126  osmolarity response regulator  44.83 
 
 		 254 aa  189  4e-47  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3146  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  43.53 
 
 		 234 aa  189  4e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.119762  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0135  osmolarity response regulator  44.83 
 
 		 254 aa  189  4e-47  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4017  osmolarity response regulator  44.4 
 
 		 241 aa  188  5e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3811  osmolarity response regulator  43.97 
 
 		 241 aa  188  5e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0373241 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3902  osmolarity response regulator  43.97 
 
 		 241 aa  188  5e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.140952 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0218  osmolarity response regulator  44.4 
 
 		 241 aa  189  5e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4017  osmolarity response regulator  43.97 
 
 		 241 aa  189  5e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4338  osmolarity response regulator  43.97 
 
 		 241 aa  188  5.999999999999999e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0050  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.02 
 
 		 235 aa  188  5.999999999999999e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3637  osmolarity response regulator  43.97 
 
 		 241 aa  188  5.999999999999999e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4206  osmolarity response regulator  43.97 
 
 		 241 aa  188  5.999999999999999e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4134  osmolarity response regulator  43.97 
 
 		 241 aa  188  5.999999999999999e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0311  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  41.41 
 
 		 228 aa  188  7e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00012342  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03947  osmolarity response regulator  43.53 
 
 		 240 aa  188  8e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0207  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.44 
 
 		 262 aa  187  9e-47  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.00814931  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2589  two component transcriptional regulator  45.06 
 
 		 237 aa  187  9e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.521157  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0088  two component transcriptional regulator  43.86 
 
 		 228 aa  187  9e-47  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3871  osmolarity response regulator  43.91 
 
 		 239 aa  187  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3686  osmolarity response regulator  43.91 
 
 		 239 aa  187  1e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.550003 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0204  osmolarity response regulator  44.16 
 
 		 239 aa  187  1e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3775  osmolarity response regulator  43.91 
 
 		 239 aa  187  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3703  osmolarity response regulator  43.91 
 
 		 239 aa  187  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4621  osmolarity response regulator  43.91 
 
 		 239 aa  187  1e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>