185 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3330 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3330  MerR family transcriptional regulator  100 
 
 		 272 aa  529  1e-149  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0993383  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1798  hypothetical protein  62.04 
 
 		 269 aa  294  1e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21070  MerR family transcriptional regulator  62.39 
 
 		 232 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.471821  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0149  transcriptional regulator, MerR family  47.93 
 
 		 248 aa  198  7.999999999999999e-50  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3016  transcriptional regulator, MerR family  44.05 
 
 		 272 aa  194  1e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3363  transcriptional regulator, MerR family  44.05 
 
 		 272 aa  193  2e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.65953  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0462  transcriptional regulator, MerR family  44.44 
 
 		 264 aa  192  5e-48  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.102966 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3602  MerR family transcriptional regulator  44 
 
 		 293 aa  192  6e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3080  transcription regulator protein  43.8 
 
 		 256 aa  189  2.9999999999999997e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.730873  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2333  MerR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 253 aa  189  4e-47  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1788  MerR family transcriptional regulator  42.74 
 
 		 297 aa  180  2e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000131469 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4881  transcriptional regulator, MerR family  42.62 
 
 		 288 aa  177  2e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.458694  normal  0.771198 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4022  MerR family transcriptional regulator  44.17 
 
 		 279 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.28056  normal  0.857059 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3698  MerR family transcriptional regulator  43.03 
 
 		 282 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.609999  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4670  MerR family transcriptional regulator  43.03 
 
 		 282 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.940044  normal  0.613988 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5630  MerR family transcriptional regulator  43.03 
 
 		 282 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.122388  normal  0.561699 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1153  MerR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 279 aa  170  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0304735  normal  0.508329 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2529  MerR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 285 aa  167  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1468  MerR family transcriptional regulator  41.13 
 
 		 285 aa  168  1e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0285  MerR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 285 aa  167  1e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.184763  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0555  MerR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 285 aa  167  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.119185  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1351  MerR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 285 aa  167  1e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0327248  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1273  MerR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 285 aa  167  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1013  MerR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 285 aa  167  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0106241  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1302  MerR family transcriptional regulator  41.39 
 
 		 268 aa  167  2e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4518  MerR family transcriptional regulator  42.8 
 
 		 282 aa  165  5.9999999999999996e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.584937  normal  0.575813 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4060  MerR family transcriptional regulator  42.4 
 
 		 282 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00710658  normal  0.227534 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0231  transcriptional regulator, MerR family  38.66 
 
 		 250 aa  150  2e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1518  MerR family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 288 aa  147  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.545801 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4902  MerR family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 287 aa  143  3e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.337456  normal  0.546417 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0776  regulatory protein MerR  32.92 
 
 		 272 aa  127  2.0000000000000002e-28  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4750  transcriptional regulator, MerR family  32.78 
 
 		 243 aa  112  5e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.772196  normal  0.219423 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4344  regulatory protein MerR  33.18 
 
 		 264 aa  108  9.000000000000001e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5121  transcriptional regulator, MerR family  34.02 
 
 		 242 aa  105  1e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3819  regulatory protein MerR  37.04 
 
 		 297 aa  103  3e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.977775  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1157  transcriptional regulator, MerR family  32.64 
 
 		 258 aa  97.1  3e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4271  transcriptional regulator, MerR family  29.05 
 
 		 262 aa  94.7  1e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.194258  normal  0.647019 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4126  MerR family transcriptional regulator  48.89 
 
 		 261 aa  92  9e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.711987 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2531  MerR family transcriptional regulator  47.78 
 
 		 246 aa  90.1  3e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.410302  normal  0.827752 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3650  MerR family transcriptional regulator  47.73 
 
 		 259 aa  87.4  2e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0795396  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3723  MerR family transcriptional regulator  47.73 
 
 		 259 aa  87.4  2e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.913976 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3663  MerR family transcriptional regulator  47.73 
 
 		 259 aa  87.4  2e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.532115 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5802  transcriptional regulator, MerR family  31.67 
 
 		 284 aa  82.8  0.000000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3512  transcriptional regulator, MerR family  50.77 
 
 		 251 aa  76.3  0.0000000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2120  MerR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 147 aa  62  0.00000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00663209  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000376  predicted transcriptional regulator LiuR of leucine degradation pathway MerR family  43.48 
 
 		 128 aa  59.7  0.00000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2071  MerR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 177 aa  59.3  0.00000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.776641  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2796  MerR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 132 aa  57.8  0.0000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1363  MerR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 134 aa  57.4  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.381305 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1898  transcriptional regulator, putative  40.58 
 
 		 134 aa  56.2  0.0000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2972  MerR family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 135 aa  56.2  0.0000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.54764  normal  0.504684 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2845  MerR family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 135 aa  56.2  0.0000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05481  hypothetical protein  35.37 
 
 		 127 aa  56.2  0.0000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1720  MerR family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 134 aa  56.2  0.0000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1531  transcriptional regulator, MerR family  40.58 
 
 		 135 aa  56.2  0.0000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.152534  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2321  MerR family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 134 aa  56.2  0.0000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2393  MerR family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 134 aa  56.2  0.0000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.790409 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1673  MerR family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 134 aa  56.2  0.0000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2827  MerR family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 135 aa  56.2  0.0000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2726  transcriptional regulator, MerR family protein  38.03 
 
 		 136 aa  55.8  0.0000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.505695  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001544  predicted transcriptional regulator LiuR of leucine degradation pathway MerR family  38.36 
 
 		 124 aa  55.8  0.0000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3222  MerR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 132 aa  55.1  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.012049 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2244  regulatory protein, MerR  36.62 
 
 		 135 aa  55.1  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4116  transcriptional regulator, MerR family  36.11 
 
 		 133 aa  54.3  0.000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1459  MerR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 132 aa  54.3  0.000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.425414 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2569  MerR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 133 aa  53.9  0.000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2996  transcriptional regulator, MerR family  37.78 
 
 		 152 aa  52.4  0.000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1604  MerR family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 132 aa  52  0.00001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.408044  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38430  regulatory gene of gnyRDBHAL cluster, GnyR  40.58 
 
 		 134 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.187805 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35600  predicted transcriptional regulator  37.08 
 
 		 319 aa  50.4  0.00003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.172761  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3653  MerR family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 133 aa  50.1  0.00004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0576381 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3273  regulatory protein GnyR  40.58 
 
 		 134 aa  49.7  0.00005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2851  transcriptional regulator, MerR family  34.78 
 
 		 135 aa  49.3  0.00006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1097  transcriptional regulator, MerR family  33.33 
 
 		 133 aa  49.7  0.00006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2924  MerR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 131 aa  49.3  0.00007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2453  transcriptional regulator, MerR family  46.27 
 
 		 155 aa  49.3  0.00008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00000100878  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0464  transcriptional regulator, MerR family  35.44 
 
 		 134 aa  48.5  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4252  MerR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 134 aa  48.5  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.285942  normal  0.211109 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1944  MerR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 132 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0920422  hitchhiker  0.000346668 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2617  transcriptional regulator MerR family  33.8 
 
 		 130 aa  48.5  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0874214  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0181  MerR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 144 aa  48.5  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.911706  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2788  MerR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 127 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.291885  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1749  MerR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 241 aa  48.1  0.0002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.682518  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1538  MerR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 153 aa  47.8  0.0002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.129222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2967  MerR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 127 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3539  transcriptional regulator, putative  39.13 
 
 		 132 aa  47.4  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1265  transcriptional regulator, MerR family  41.43 
 
 		 252 aa  47  0.0003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2385  MerR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 132 aa  47.4  0.0003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.857198 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3843  MerR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 154 aa  47.4  0.0003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0461  MerR family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 174 aa  47.4  0.0003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0313707  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4735  transcriptional regulator, MerR family  33.93 
 
 		 132 aa  47  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2733  MerR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 135 aa  47  0.0003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2235  MerR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 132 aa  47.4  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49570  transcriptional regulatory protein, MerR family  34.52 
 
 		 133 aa  46.6  0.0004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0397848  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0453  MerR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 131 aa  46.6  0.0004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2034  MerR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 128 aa  46.6  0.0004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.327556  normal  0.554633 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2068  transcriptional regulator, MerR family  36.49 
 
 		 128 aa  46.6  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4378  transcriptional regulator, MerR family  42.86 
 
 		 242 aa  46.6  0.0005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4372  MerR family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 137 aa  46.2  0.0005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1865  transcriptional regulator, MerR family  36.49 
 
 		 128 aa  46.2  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.261396  normal  0.0420495 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>