55 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_2142 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_2142  helix-turn-helix domain protein  100 
 
 		 96 aa  190  6e-48  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2141  helix-turn-helix domain protein  50 
 
 		 82 aa  80.9  0.000000000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6747  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 115 aa  48.5  0.00003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4266  XRE family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 111 aa  48.5  0.00003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  unclonable  0.0000000000000773837  hitchhiker  0.00000479642 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0552  XRE family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 117 aa  47  0.00009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.747826 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0511  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 210 aa  46.2  0.0002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00239636 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0641  transcriptional regulator, XRE family  45.1 
 
 		 806 aa  45.8  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1478  XRE family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 72 aa  45.1  0.0003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007107  pE33L9_0007  DNA-binding protein  32.53 
 
 		 143 aa  44.7  0.0004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.479978  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0095  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 107 aa  44.3  0.0006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1666  transcriptional regulator, XRE family  36.67 
 
 		 205 aa  43.9  0.0007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.130033  hitchhiker  0.00224482 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3686  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 133 aa  43.5  0.0009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1414  XRE family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 179 aa  43.5  0.0009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0298473 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0956  DNA-binding protein  36.07 
 
 		 92 aa  42.7  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00187553  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0575  XRE family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 115 aa  42.4  0.002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000142648  normal  0.969931 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2436  transcriptional regulator, XRE family  32.14 
 
 		 104 aa  42.7  0.002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3015  putative prophage repressor  32.88 
 
 		 227 aa  42.7  0.002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4032  transcriptional regulator, XRE family  38.71 
 
 		 187 aa  42.7  0.002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.45676  normal  0.0335955 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0945  XRE family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 149 aa  42  0.002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000414379  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0669  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 75 aa  42.4  0.002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0637  XRE family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 115 aa  42.4  0.002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000152617  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1022  DNA-binding protein  36.07 
 
 		 149 aa  41.6  0.003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000116919  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3468  helix-turn-helix domain protein  39.34 
 
 		 367 aa  42  0.003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1103  hypothetical protein  36.07 
 
 		 149 aa  41.6  0.003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.23911e-56 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05170  hypothetical protein  38.46 
 
 		 436 aa  42  0.003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.602534  normal  0.439559 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0944  DNA-binding protein transcriptional regulator  36.07 
 
 		 149 aa  42  0.003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000485883  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 176 aa  42  0.003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25910  looped-hinge helix DNA binding domain, AbrB family  47.5 
 
 		 144 aa  41.6  0.003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6540  XRE family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 113 aa  42  0.003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0239  XRE family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 115 aa  42  0.003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000283783  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1965  putative phage repressor  35.48 
 
 		 263 aa  41.6  0.003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.526038  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  33.33 
 
 		 188 aa  42  0.003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0823  helix-turn-helix domain-containing protein  39.34 
 
 		 367 aa  42  0.003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3329  transcriptional regulator  40 
 
 		 201 aa  41.6  0.004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.855836  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0440  DNA-binding protein  40.62 
 
 		 91 aa  41.6  0.004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000000374773  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20570  Helix-turn-helix protein  39.68 
 
 		 289 aa  41.6  0.004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.936379 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2460  XRE family transcriptional regulator  30 
 
 		 142 aa  41.6  0.004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0113682  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0921  XRE family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 132 aa  41.6  0.004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000830973  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08540  predicted transcriptional regulator  34.48 
 
 		 76 aa  41.2  0.005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00102347 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2143  helix-turn-helix domain protein  31.43 
 
 		 82 aa  41.2  0.005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2304  XRE family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 127 aa  41.2  0.005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2300  XRE family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 127 aa  41.2  0.005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2296  XRE family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 127 aa  41.2  0.005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.488898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2292  XRE family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 127 aa  41.2  0.005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.625502 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5468  XRE family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 174 aa  41.2  0.005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.624713 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1951  helix-turn-helix domain-containing protein  39.34 
 
 		 367 aa  41.2  0.005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1063  hypothetical protein  36.07 
 
 		 149 aa  40.8  0.006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0001043  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2877  transcriptional regulator, XRE family  35.59 
 
 		 207 aa  40.8  0.006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1096  Xre family transcriptional regulator  40 
 
 		 362 aa  40.8  0.006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0300761  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4582  transcriptional regulator, XRE family  37.74 
 
 		 99 aa  40.8  0.006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.752323 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0730  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 85 aa  40.4  0.008  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.00000239544  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0429  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 109 aa  40.4  0.008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00138099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4024  putative transcriptional regulator  36.92 
 
 		 195 aa  40.4  0.009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.181748  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1292  transcriptional regulator, XRE family  30.16 
 
 		 110 aa  40  0.01  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.020008  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1603  adenine deaminase  40 
 
 		 347 aa  40  0.01  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.000000366307  hitchhiker  0.000640003 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>