58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sbal195_2300 on replicon NC_009997
Organism: Shewanella baltica OS195



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009997  Sbal195_2292  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 
127 aa  261  3e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.625502 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2296  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 
127 aa  261  3e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.488898  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2300  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 
127 aa  261  3e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2304  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 
127 aa  261  3e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1067  cryptic phage CTXphi transcriptional repressor RstR  40.32 
 
 
111 aa  49.7  0.00001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.745753  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0505  cryptic phage CTXphi transcriptional repressor RstR  40.32 
 
 
111 aa  49.7  0.00001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.451167  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1070  cryptic phage CTXphi transcriptional repressor RstR  40.32 
 
 
111 aa  49.7  0.00001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0239  XRE family transcriptional regulator  40.35 
 
 
115 aa  50.1  0.00001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000283783  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18420  predicted transcriptional regulator  38.89 
 
 
149 aa  48.5  0.00003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.189768  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1349  immunity repressor protein  33.65 
 
 
144 aa  46.6  0.0001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2912  XRE family transcriptional regulator  36.07 
 
 
200 aa  46.6  0.0001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0117  transcriptional regulator, XRE family  36.84 
 
 
118 aa  47  0.0001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1922  XRE family transcriptional regulator  31.58 
 
 
93 aa  45.8  0.0002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0282739 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1538  XRE family transcriptional regulator  39.22 
 
 
374 aa  45.1  0.0003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007107  pE33L9_0007  DNA-binding protein  36.07 
 
 
143 aa  43.9  0.0007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.479978  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0776  helix-turn-helix domain-containing protein  35.09 
 
 
123 aa  43.9  0.0008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000212762  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0918  XRE family transcriptional regulator  31.58 
 
 
229 aa  43.9  0.0008  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0000791351  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1626  putative phage repressor  31.25 
 
 
244 aa  43.1  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3160  protein of unknown function DUF955  40.82 
 
 
404 aa  43.5  0.001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.208418  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0511  DNA-binding protein  33.93 
 
 
210 aa  43.1  0.001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00239636 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25890  predicted transcriptional regulator  38.89 
 
 
272 aa  43.1  0.001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1979  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 
71 aa  42.4  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000012505  normal  0.0449192 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3486  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 
71 aa  42.4  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.106619  unclonable  0.00000623032 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3390  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 
71 aa  42.4  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00303754 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0099  XRE-family DNA-binding domain-containing protein  31.51 
 
 
296 aa  42.4  0.002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3362  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 
71 aa  42.4  0.002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.826369  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3253  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 
71 aa  42.4  0.002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2554  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 
71 aa  42.4  0.002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1974  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 
71 aa  42.4  0.002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.030681  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1862  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 
71 aa  42.4  0.002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000787798  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25910  looped-hinge helix DNA binding domain, AbrB family  54.55 
 
 
144 aa  42  0.003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5021  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 
147 aa  42  0.003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.621734  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3015  putative prophage repressor  40.35 
 
 
227 aa  42  0.003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1531  XRE family transcriptional regulator  32.08 
 
 
189 aa  42  0.003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  unclonable  0.0000000256618  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00980  predicted transcriptional regulator  32.76 
 
 
459 aa  41.2  0.004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.224409  normal  0.709118 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1191  transcriptional regulator, XRE family  35.48 
 
 
134 aa  41.6  0.004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000106363  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1621  transcriptional regulator  36.21 
 
 
146 aa  41.2  0.004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2029  XRE family transcriptional regulator  46.15 
 
 
71 aa  41.6  0.004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0082126  normal  0.318531 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1965  putative phage repressor  32.81 
 
 
263 aa  41.6  0.004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.526038  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12052  transcriptional regulator  31.87 
 
 
346 aa  41.6  0.004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.12403  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2142  helix-turn-helix domain protein  33.93 
 
 
96 aa  41.2  0.005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0097  XRE family transcriptional regulator  35 
 
 
163 aa  41.2  0.005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000000770328  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3019  DNA-binding protein; transcriptional regulator  33.33 
 
 
374 aa  41.2  0.005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.28018  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3347  DNA-binding protein  33.33 
 
 
374 aa  40.8  0.006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1053  DNA-binding protein  33.33 
 
 
348 aa  40.8  0.006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.101358  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3877  helix-turn-helix domain protein  36 
 
 
383 aa  40.8  0.006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.862285 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3051  XRE family transcriptional regulator  34.48 
 
 
242 aa  40.8  0.007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0338218  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4487  transcriptional regulator, XRE family  39.02 
 
 
177 aa  40.4  0.008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.181354  normal  0.422127 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3127  DNA-binding protein  31.67 
 
 
374 aa  40.4  0.008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.81107  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4620  transcriptional regulator, XRE family  39.02 
 
 
177 aa  40.4  0.008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.157225  normal  0.499919 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4388  helix-turn-helix domain-containing protein  33.9 
 
 
355 aa  40.4  0.008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3373  DNA-binding protein  31.67 
 
 
374 aa  40.4  0.008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.645168  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0637  XRE family transcriptional regulator  36 
 
 
115 aa  40.4  0.009  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000152617  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0575  XRE family transcriptional regulator  36 
 
 
115 aa  40.4  0.009  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000142648  normal  0.969931 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3113  transcriptional regulator  31.67 
 
 
374 aa  40.4  0.009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.694615  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01906  hypothetical protein  39.02 
 
 
180 aa  40  0.01  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.610922  normal  0.293874 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3349  DNA-binding protein  32.76 
 
 
374 aa  40  0.01  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.166445  n/a   
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0188  DNA-binding protein  27.06 
 
 
108 aa  40  0.01  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000978101  hitchhiker  1.67724e-41 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>