More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_0415 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008709  Ping_0415  ABC transporter extracellular solute-binding protein  100 
 
 
276 aa  561  1.0000000000000001e-159  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.162998 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4558  extracellular solute-binding protein  44.53 
 
 
289 aa  240  2e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.776949 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0156  extracellular solute-binding protein  44.49 
 
 
307 aa  239  4e-62  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1064  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  46.72 
 
 
289 aa  226  3e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00655066  normal  0.28594 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6090  extracellular solute-binding protein  34.98 
 
 
285 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.574363 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1147  extracellular solute-binding protein  32.05 
 
 
280 aa  138  1e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.421653 
 
 
-
 
NC_004310  BR1953  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.63 
 
 
281 aa  137  2e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.450219  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1879  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.26 
 
 
281 aa  135  7.000000000000001e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0716  extracellular solute-binding protein  34.02 
 
 
272 aa  133  3e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1051  extracellular solute-binding protein family 3  31.8 
 
 
257 aa  126  3e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310082  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02131  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  30.17 
 
 
283 aa  124  2e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4844  extracellular solute-binding protein family 3  30.65 
 
 
275 aa  122  6e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.732367  normal  0.095648 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6445  extracellular solute-binding protein family 3  30.04 
 
 
275 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0216332 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5110  extracellular solute-binding protein  30.65 
 
 
279 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.539737  hitchhiker  0.00536253 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1819  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  30.49 
 
 
275 aa  120  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.309777  normal  0.651618 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5967  ABC-type amino acid transport/signal transduction periplasmic protein  30.4 
 
 
275 aa  119  4.9999999999999996e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.594037  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4637  extracellular solute-binding protein family 3  27.84 
 
 
275 aa  112  8.000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.350827  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0501  extracellular solute-binding protein  28.1 
 
 
281 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1295  extracellular solute-binding protein  27.31 
 
 
292 aa  108  1e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.914061  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2113  extracellular solute-binding protein  30.04 
 
 
290 aa  107  1e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04090  putative binding protein component of ABC transporter  30.04 
 
 
256 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0407  putative ABC transporter binding protein subunit  29.48 
 
 
256 aa  105  6e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0131  glutamine transport system substrate-binding protein  31.74 
 
 
285 aa  101  1e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.210199  normal  0.0525108 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0588  extracellular solute-binding protein family 3  28.04 
 
 
247 aa  97.4  2e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00341778  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3131  extracellular solute-binding protein  27.89 
 
 
266 aa  94.7  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2053  extracellular solute-binding protein family 3  27.16 
 
 
271 aa  94.4  2e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1148  extracellular solute-binding protein  30.3 
 
 
283 aa  94.4  2e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  29.25 
 
 
250 aa  94.4  2e-18  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3442  extracellular solute-binding protein  29.26 
 
 
285 aa  93.6  3e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2239  flagellar hook protein FlgE  25.47 
 
 
257 aa  93.6  3e-18  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.000000435982  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0398  extracellular solute-binding protein  30.09 
 
 
257 aa  92.8  5e-18  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.00000000444097  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5481  extracellular solute-binding protein  27.27 
 
 
270 aa  92.8  6e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0589  extracellular solute-binding protein family 3  28.78 
 
 
247 aa  92  1e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0251025  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3807  extracellular solute-binding protein  30.83 
 
 
255 aa  91.3  2e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0339434  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1986  extracellular solute-binding protein  28.82 
 
 
253 aa  90.9  2e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.647291  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1824  extracellular solute-binding protein  29.24 
 
 
246 aa  90.9  2e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0824863  normal  0.890252 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_362  amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  29.07 
 
 
260 aa  89.7  5e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.000000000000733431  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4772  extracellular solute-binding protein  27.35 
 
 
266 aa  89.4  7e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1377  extracellular solute-binding protein  23.46 
 
 
277 aa  89  8e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000115158  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4248  extracellular solute-binding protein  27.07 
 
 
266 aa  89  8e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0312845 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2658  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.91 
 
 
282 aa  89  9e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1330  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.1 
 
 
282 aa  88.6  9e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1459  extracellular solute-binding protein family 3  30.47 
 
 
246 aa  88.2  1e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3136  extracellular solute-binding protein  27.39 
 
 
257 aa  88.6  1e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.598939  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0419  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29 
 
 
260 aa  87.8  2e-16  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000266261  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  28.19 
 
 
265 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0971  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  28.06 
 
 
259 aa  87  3e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000530479  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1719  cystine transporter subunit  25.4 
 
 
285 aa  87  3e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.470206 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2694  cystine transporter subunit  25.4 
 
 
266 aa  86.7  4e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.520163  normal  0.0574677 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1726  extracellular solute-binding protein family 3  25.4 
 
 
285 aa  86.7  4e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0106098  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1048  cystine transporter subunit  25.4 
 
 
266 aa  86.7  4e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202301  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0860  extracellular solute-binding protein family 3  29.29 
 
 
246 aa  86.7  4e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.599972 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0324  extracellular solute-binding protein  29.29 
 
 
246 aa  86.7  4e-16  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0771  extracellular solute-binding protein  27.39 
 
 
264 aa  86.3  5e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000484393  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0836  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  25.79 
 
 
266 aa  86.3  5e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0996489 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0344  extracellular solute-binding protein  27.74 
 
 
264 aa  85.9  6e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2154  cystine transporter subunit  25 
 
 
266 aa  85.5  9e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0349557  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2019  cystine transporter subunit  25 
 
 
266 aa  85.5  9e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.579561  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1758  hook assembly protein, flagella  26.78 
 
 
250 aa  85.5  0.000000000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.000000345404  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18770  extracellular solute-binding protein family 3  27.95 
 
 
244 aa  85.1  0.000000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  1.74936e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1658  extracellular solute-binding protein  29.08 
 
 
243 aa  85.1  0.000000000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00000026827  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1262  cystine transporter subunit  25.82 
 
 
266 aa  85.1  0.000000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0848905  normal  0.0261829 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1942  extracellular solute-binding protein family 3  23.23 
 
 
266 aa  84.3  0.000000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000237139  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1166  cystine transporter subunit  28.51 
 
 
266 aa  84  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.379234  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4059  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  27.34 
 
 
259 aa  83.6  0.000000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000988465  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3898  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  27.34 
 
 
259 aa  83.6  0.000000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  1.3817799999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3905  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  27.34 
 
 
259 aa  83.6  0.000000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000878527  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2110  cystine transporter subunit  28.51 
 
 
266 aa  84  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.587115  normal  0.0126347 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2169  cystine transporter subunit  28.11 
 
 
266 aa  83.6  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000488454 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7224  ABC transporter substrate binding protein (nopaline)  29.51 
 
 
257 aa  83.6  0.000000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4376  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  27.34 
 
 
259 aa  83.6  0.000000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000139221  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2116  cystine transporter subunit  28.11 
 
 
266 aa  83.6  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000583389 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4285  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  27.34 
 
 
259 aa  83.6  0.000000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000352358  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1289  cystine transporter subunit  28.11 
 
 
266 aa  83.6  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000238805 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1924  glutamine-binding periplasmic protein/glutamine transport system permease protein  27.31 
 
 
259 aa  83.2  0.000000000000004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2936  cystine transporter subunit  26.15 
 
 
265 aa  82.8  0.000000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5122  extracellular solute-binding protein  27.67 
 
 
273 aa  83.2  0.000000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.123771  normal  0.372207 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2031  cystine transporter subunit  27.34 
 
 
266 aa  82.8  0.000000000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2274  cystine transporter subunit  27.34 
 
 
266 aa  82.8  0.000000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1298  glutamine ABC transporter periplasmic protein  25.38 
 
 
247 aa  82.8  0.000000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.219686  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2725  extracellular solute-binding protein  29.26 
 
 
255 aa  82.8  0.000000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.377172 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05529  ABC amino acid transporter periplasmic ligand binding protein  26.72 
 
 
247 aa  82.8  0.000000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2376  cystine transporter subunit  27.34 
 
 
266 aa  82.8  0.000000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4174  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  26.44 
 
 
259 aa  82.8  0.000000000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0433211 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2115  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.97 
 
 
604 aa  82.8  0.000000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00123104  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1050  extracellular solute-binding protein  29.26 
 
 
286 aa  82.8  0.000000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.875025  normal  0.0927945 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1531  extracellular solute-binding protein  26.03 
 
 
260 aa  82.8  0.000000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0450484  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3585  extracellular solute-binding protein  27.63 
 
 
266 aa  82.4  0.000000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.435512  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1231  extracellular solute-binding protein  27.04 
 
 
260 aa  82.4  0.000000000000007  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.62778 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1549  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.38 
 
 
266 aa  82.4  0.000000000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.356902  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1070  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein  24.15 
 
 
263 aa  82  0.000000000000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.623597  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4225  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  26.98 
 
 
259 aa  82  0.000000000000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000103966  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001573  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtI  27.59 
 
 
247 aa  82  0.000000000000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.74719  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2134  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.36 
 
 
264 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3091  ABC transporter, substrate binding component  25.94 
 
 
266 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4264  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  26.44 
 
 
259 aa  81.3  0.00000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000272293  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3995  extracellular solute-binding protein  26.71 
 
 
259 aa  81.3  0.00000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0155411  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0727  extracellular solute-binding protein  25.64 
 
 
264 aa  81.6  0.00000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00114827  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2649  extracellular solute-binding protein  26.36 
 
 
266 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0351  extracellular solute-binding protein  26.36 
 
 
266 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>