More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_2755 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013061  Phep_2755  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  100 
 
 
383 aa  787    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.353022  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4123  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  62.27 
 
 
380 aa  477  1e-133  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3487  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  55.41 
 
 
389 aa  437  1e-121  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2274  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  55.7 
 
 
387 aa  433  1e-120  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.643103  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2754  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50.53 
 
 
387 aa  411  1e-114  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.605498  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2550  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  55.91 
 
 
384 aa  407  1.0000000000000001e-112  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000605815  normal  0.321822 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4124  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.59 
 
 
378 aa  398  9.999999999999999e-111  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0305  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.95 
 
 
385 aa  372  1e-102  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4992  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.47 
 
 
386 aa  370  1e-101  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00329749 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2496  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.27 
 
 
385 aa  242  1e-62  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0919487 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1077  CAIB/BAIF family protein  36.05 
 
 
420 aa  222  9.999999999999999e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.674108  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5748  Formyl-CoA transferase  31.91 
 
 
397 aa  217  2e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1535  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.64 
 
 
412 aa  216  5.9999999999999996e-55  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0204  Alpha-methylacyl-CoA racemase  34.81 
 
 
435 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491396  normal  0.983612 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8224  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.6 
 
 
396 aa  215  8e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.204991  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4272  Formyl-CoA transferase  33.77 
 
 
393 aa  211  2e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.329604  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0849  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.08 
 
 
433 aa  209  7e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6417  Formyl-CoA transferase  32.2 
 
 
418 aa  208  1e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.478883  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6129  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.94 
 
 
418 aa  207  3e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5950  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.81 
 
 
386 aa  206  4e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.12278  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2770  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.69 
 
 
410 aa  207  4e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.68571  normal  0.674174 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6415  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.9 
 
 
394 aa  206  5e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.835321 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3771  Formyl-CoA transferase  32.64 
 
 
395 aa  206  5e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.531066  normal  0.292423 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2211  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.51 
 
 
426 aa  206  6e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.859864 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3300  acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  31.2 
 
 
389 aa  205  1e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.217224 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2908  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.9 
 
 
411 aa  204  3e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.35571  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5148  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.61 
 
 
407 aa  204  3e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.392977  normal  0.592286 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2408  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.59 
 
 
418 aa  203  4e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2980  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.59 
 
 
418 aa  203  4e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1398  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.81 
 
 
418 aa  203  5e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3480  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.33 
 
 
406 aa  202  6e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0880  Formyl-CoA transferase  32.45 
 
 
389 aa  201  9.999999999999999e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000116287  normal  0.673423 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4099  acyl-CoA transferase/L-carnitine dehydratase CaiB  34.37 
 
 
411 aa  202  9.999999999999999e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0342589  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4086  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.87 
 
 
390 aa  202  9.999999999999999e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0908917  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3734  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.33 
 
 
411 aa  201  1.9999999999999998e-50  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1225  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.16 
 
 
382 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0131268  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0409  Formyl-CoA transferase  34.46 
 
 
396 aa  200  3e-50  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1531  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.38 
 
 
400 aa  200  3e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.447397 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3677  hypothetical protein  32.56 
 
 
390 aa  201  3e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0288524  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1329  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.33 
 
 
423 aa  199  5e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.94269  normal  0.646992 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6581  acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  32.55 
 
 
385 aa  199  5e-50  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.377335  normal  0.24257 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3015  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.07 
 
 
411 aa  199  6e-50  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.472695  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0637  CAIB/BAIF family protein  33.33 
 
 
401 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4713  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.16 
 
 
391 aa  198  1.0000000000000001e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.221715 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2825  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.31 
 
 
406 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0265401 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2624  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.43 
 
 
399 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1886  Alpha-methylacyl-CoA racemase  32.64 
 
 
384 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.494704 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24920  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.25 
 
 
407 aa  198  1.0000000000000001e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.534139  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0473  CAIB/BAIF family protein  33.33 
 
 
401 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.471572  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4668  CAIB/BAIF family protein  31.81 
 
 
390 aa  197  2.0000000000000003e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4310  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.97 
 
 
424 aa  197  2.0000000000000003e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.201554 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2158  Formyl-CoA transferase  34.11 
 
 
382 aa  197  2.0000000000000003e-49  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2931  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.2 
 
 
401 aa  197  3e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.465124  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0453  CAIB/BAIF family protein  33.07 
 
 
401 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3593  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.03 
 
 
401 aa  196  5.000000000000001e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.717963  normal  0.229406 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1851  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.07 
 
 
404 aa  196  5.000000000000001e-49  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.990249  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0899  Formyl-CoA transferase  30.26 
 
 
427 aa  196  6e-49  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3231  CAIB/BAIF family protein  33.07 
 
 
401 aa  196  8.000000000000001e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2812  CAIB/BAIF family protein  33.07 
 
 
401 aa  196  8.000000000000001e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0207  CAIB/BAIF family protein  33.07 
 
 
401 aa  196  8.000000000000001e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.515803  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1385  CAIB/BAIF family protein  33.07 
 
 
401 aa  196  8.000000000000001e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.408143  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2484  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.71 
 
 
407 aa  195  9e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0601081  normal  0.0181338 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0114  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.07 
 
 
381 aa  195  1e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.112349 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1463  putative acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  32.98 
 
 
381 aa  195  1e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1614  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.53 
 
 
406 aa  195  1e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.553519 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2793  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.2 
 
 
401 aa  195  1e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.227769  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1310  Alpha-methylacyl-CoA racemase  31.28 
 
 
406 aa  195  1e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2206  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.32 
 
 
415 aa  194  2e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0738352 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0396  CAIB/BAIF family protein  32.9 
 
 
401 aa  194  2e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2751  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.23 
 
 
416 aa  194  2e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.31729 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3808  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.74 
 
 
430 aa  194  2e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1263  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.99 
 
 
390 aa  194  2e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.673224  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1642  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.84 
 
 
390 aa  193  3e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0656579 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1258  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  29.92 
 
 
389 aa  193  3e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.534766  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3546  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  29.87 
 
 
411 aa  194  3e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.906288  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2223  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.61 
 
 
395 aa  194  3e-48  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.17066  normal  0.946229 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5512  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  29.64 
 
 
403 aa  193  4e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2036  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.85 
 
 
390 aa  193  5e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.402932  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2884  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.68 
 
 
400 aa  192  6e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7130  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.32 
 
 
434 aa  192  6e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3791  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.22 
 
 
407 aa  192  6e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3874  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.28 
 
 
416 aa  192  7e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.535763  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0244  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.44 
 
 
395 aa  192  9e-48  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0057  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  29.74 
 
 
415 aa  191  1e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5651  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.99 
 
 
387 aa  192  1e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00857799  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02281  predicted CoA-transferase, NAD(P)-binding  31.35 
 
 
381 aa  191  2e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1286  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.35 
 
 
381 aa  191  2e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1084  CAIB/BAIF family protein  33.42 
 
 
381 aa  191  2e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.254633  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0806  L-carnitine dehydratase  33.67 
 
 
423 aa  191  2e-47  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.262656  normal  0.194155 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2774  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.99 
 
 
381 aa  191  2e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1045  CAIB/BAIF family protein  33.42 
 
 
381 aa  191  2e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.372992  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0062  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  29.66 
 
 
402 aa  191  2e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2508  hypothetical protein  31.35 
 
 
381 aa  191  2e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0122799  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1298  hypothetical protein  31.35 
 
 
381 aa  191  2e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02242  hypothetical protein  31.35 
 
 
381 aa  191  2e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1285  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.69 
 
 
426 aa  191  2e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0224  CAIB/BAIF family protein  32.9 
 
 
413 aa  190  2.9999999999999997e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0207  CAIB/BAIF family protein  32.9 
 
 
413 aa  190  2.9999999999999997e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3504  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.51 
 
 
399 aa  190  2.9999999999999997e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.607597  normal  0.100409 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2652  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.73 
 
 
391 aa  190  2.9999999999999997e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>