More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_3929 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_3929  hypothetical protein  100 
 
 		 299 aa  565  1e-160  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.632836  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1949  hypothetical protein  93.31 
 
 		 299 aa  508  1e-143  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.386969  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2139  cation ABC transporter, permease protein  92.64 
 
 		 299 aa  504  9.999999999999999e-143  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2850  ABC transporter permease  87.92 
 
 		 301 aa  461  1e-129  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.878186  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33540  putative permease of ABC transporter  88.26 
 
 		 301 aa  462  1e-129  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00783017  normal  0.0257803 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3803  hypothetical protein  88.55 
 
 		 299 aa  431  1e-120  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.208083  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1966  ABC-3 protein  88.55 
 
 		 299 aa  431  1e-120  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0747184 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2088  ABC-3 protein  87.88 
 
 		 299 aa  426  1e-118  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.446379  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2113  ABC-3 protein  88.22 
 
 		 299 aa  423  1e-117  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.236887 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3593  ABC-3 protein  68.24 
 
 		 295 aa  381  1e-105  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.234025 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2388  ABC-3 transporter component  71.18 
 
 		 296 aa  333  2e-90  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0307  ABC-3 protein  50 
 
 		 297 aa  283  2.0000000000000002e-75  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0125  ABC-3 transporter protein, membrane component  51.58 
 
 		 291 aa  258  8e-68  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.291057  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06743  hypothetical protein  53.28 
 
 		 291 aa  258  1e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000834  putative permease of ABC transporter  53.28 
 
 		 291 aa  253  2.0000000000000002e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.121337  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3413  ABC-3 protein  34.36 
 
 		 278 aa  134  1.9999999999999998e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1010  ABC-3 protein  33.45 
 
 		 288 aa  131  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0335  ABC-3 protein  31.82 
 
 		 283 aa  129  7.000000000000001e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0205271  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3489  ABC-3 protein  32.25 
 
 		 280 aa  128  1.0000000000000001e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000201508  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4571  ABC-3 protein  38.43 
 
 		 289 aa  126  4.0000000000000003e-28  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.222583  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1531  manganese ABC transporter, permease protein  33.95 
 
 		 277 aa  124  2e-27  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0231944  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0655  ABC-3 protein  30.57 
 
 		 278 aa  122  8e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00255792  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0670  ABC-3 protein  30.57 
 
 		 278 aa  122  8e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0026627  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0952  ABC-type Mn2+/Zn2+ transport systems, permease component  31.52 
 
 		 280 aa  121  9.999999999999999e-27  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.139683  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1913  ABC-3 protein  35.69 
 
 		 280 aa  120  3e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1590  ABC-3 protein  38.72 
 
 		 268 aa  118  9e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0373612 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2735  ABC-3 protein  35.97 
 
 		 277 aa  117  1.9999999999999998e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0402  ABC-3 protein  37.64 
 
 		 273 aa  117  3e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1653  ATP-binding domain-containing protein  30.27 
 
 		 272 aa  116  3.9999999999999997e-25  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007105  pE33L54_0037  manganese ABC transporter, permease  28.41 
 
 		 288 aa  115  6.9999999999999995e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000000275951  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3000  ABC-3 protein  34.2 
 
 		 285 aa  115  8.999999999999998e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0223089  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2066  metal ABC transporter, permease protein  29.17 
 
 		 288 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1439  ABC-type Mn2+/Zn2+ transport system, permease component  30.32 
 
 		 279 aa  114  2.0000000000000002e-24  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.315206  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0841  ABC-3 protein  30 
 
 		 280 aa  113  4.0000000000000004e-24  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.522367  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1017  ABC transporter, inner membrane subunit  32.42 
 
 		 275 aa  112  8.000000000000001e-24  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2965  ABC transporter permease  28.79 
 
 		 288 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000539845  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3190  ABC transporter permease  28.79 
 
 		 288 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1727  cation ABC transporter, permease protein  33.59 
 
 		 275 aa  111  1.0000000000000001e-23  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1038  high-affinity zinc uptake system, membrane protein  28.3 
 
 		 261 aa  110  3e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3940  ABC-3 protein  31.87 
 
 		 272 aa  110  4.0000000000000004e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0593953 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1143  hypothetical protein  36.64 
 
 		 287 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0518  ABC-3 protein  30.08 
 
 		 269 aa  110  4.0000000000000004e-23  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3890  ABC-3 protein  31.25 
 
 		 272 aa  109  6e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0027  ABC-3 protein  36.88 
 
 		 275 aa  109  6e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3008  ABC-3 protein  30.15 
 
 		 277 aa  108  7.000000000000001e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.576652  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1013  ABC-3 protein  35 
 
 		 279 aa  108  9.000000000000001e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4182  ABC-3 protein  31.39 
 
 		 285 aa  108  9.000000000000001e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000173146  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1781  ABC-3 protein  31.13 
 
 		 261 aa  108  1e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000666084  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1952  high-affinity zinc transporter membrane component  31.13 
 
 		 261 aa  108  1e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0398109  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1710  ABC-3 protein  33.33 
 
 		 273 aa  108  1e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.793327  normal  0.78687 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1599  hypothetical protein  30.22 
 
 		 281 aa  107  2e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000345254  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0502  ABC-3 protein  30.04 
 
 		 266 aa  108  2e-22  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.24311  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1889  ABC 3 transport family protein  32.34 
 
 		 266 aa  108  2e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3635  ABC-3 protein  29.41 
 
 		 288 aa  107  3e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2804  ABC-3 protein  31.84 
 
 		 289 aa  107  3e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01830  high-affinity zinc transporter membrane component  30.74 
 
 		 261 aa  106  4e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0395688  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1773  high-affinity zinc transporter membrane component  30.74 
 
 		 261 aa  106  4e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000387167  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2052  high-affinity zinc transporter membrane component  30.74 
 
 		 261 aa  106  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00746645  normal  0.157438 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2089  high-affinity zinc transporter membrane component  30.74 
 
 		 261 aa  106  4e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000234028  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01818  hypothetical protein  30.74 
 
 		 261 aa  106  4e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0233663  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1197  ABC-3 protein  32.23 
 
 		 273 aa  106  5e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.620873  normal  0.0904555 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2595  high-affinity zinc transporter membrane component  30.35 
 
 		 261 aa  105  7e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0140343  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0129  ABC-3 protein  32.2 
 
 		 269 aa  105  7e-22  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.765691  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0955  high-affinity zinc transporter membrane component  30.35 
 
 		 261 aa  105  7e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0177046  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2047  high-affinity zinc transporter membrane component  30.35 
 
 		 261 aa  105  8e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.397318  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2107  high-affinity zinc transporter membrane component  30.35 
 
 		 261 aa  105  8e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0995017  normal  0.378427 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1231  high-affinity zinc transporter membrane component  30.35 
 
 		 261 aa  105  8e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0480731  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1327  high-affinity zinc transporter membrane component  30.35 
 
 		 261 aa  105  8e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0274583  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1355  high-affinity zinc transporter membrane component  30.35 
 
 		 261 aa  105  9e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.637528  hitchhiker  0.00410518 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1111  ABC-3 protein  29.39 
 
 		 268 aa  105  9e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1547  ABC-3 protein  32.03 
 
 		 279 aa  105  1e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1043  ABC-3 protein  33.21 
 
 		 312 aa  105  1e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.151088 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0280  ABC-3 protein  32.48 
 
 		 278 aa  104  2e-21  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0347715  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1595  ABC-3 protein  37.8 
 
 		 263 aa  104  2e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.425587  normal  0.666267 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0575  hypothetical protein  30.8 
 
 		 268 aa  103  4e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1789  oligoendopeptidase F  30.42 
 
 		 268 aa  103  4e-21  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0048  ABC-3 protein  31.34 
 
 		 272 aa  102  5e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4436  hypothetical protein  35.82 
 
 		 294 aa  102  6e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.44647  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11810  ABC-type Mn2+/Zn2+ transport system, permease component  31.9 
 
 		 330 aa  102  6e-21  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00721282  normal  0.650554 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2550  ABC-3 protein  31.7 
 
 		 300 aa  102  7e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2428  high-affinity zinc transporter membrane component  29.18 
 
 		 261 aa  102  9e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000440867  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0518  cation ABC transporter, permease protein  30.26 
 
 		 264 aa  101  1e-20  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06291  ABC transporter  29.81 
 
 		 290 aa  101  1e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06591  ABC transporter  29.43 
 
 		 290 aa  101  1e-20  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.591644  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0098  cation ABC transporter, permease protein  32.06 
 
 		 268 aa  101  2e-20  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00199714  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0838  putative cation ABC transporter, permease protein  29.55 
 
 		 277 aa  100  2e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0184549  hitchhiker  0.000162112 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1710  putative zinc ABC transporter, permease protein  28.46 
 
 		 269 aa  101  2e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.223491  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1443  metal (zinc) transport protein (ABC transporter, permease protein) zurM  28.46 
 
 		 269 aa  101  2e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.834179  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3532  ABC-3 protein  28.29 
 
 		 274 aa  100  2e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4398  putative cation ABC transporter, permease protein  29.55 
 
 		 277 aa  100  2e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0373331  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0291  ABC transporter, permease protein  27.17 
 
 		 278 aa  100  3e-20  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4182  cation ABC transporter permease  29.17 
 
 		 277 aa  100  3e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4020  zinc ABC transporter permease  29.17 
 
 		 277 aa  100  3e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.143815  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4030  zinc ABC transporter permease  29.17 
 
 		 277 aa  100  3e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.440136  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4302  putative cation ABC transporter, permease protein  29.17 
 
 		 277 aa  100  3e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.28596e-18 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4504  cation ABC transporter permease protein  29.17 
 
 		 277 aa  100  3e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.370908  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2315  ABC-3 protein  32.97 
 
 		 272 aa  100  3e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2716  ABC-3 protein  31.27 
 
 		 271 aa  100  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.585165  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1213  ABC-3 protein  31.27 
 
 		 268 aa  100  3e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2421  ABC Mn2+/Zn2+ transporter,inner membrane subunit  31.54 
 
 		 276 aa  100  4e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>