More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2072 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_2072  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 308 aa  620  1e-177  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2930  LysR family transcriptional regulator  69.36 
 
 		 309 aa  411  1e-114  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30990  Transcriptional regulator LysR family protein  65.42 
 
 		 309 aa  391  1e-108  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1510  LysR family transcriptional regulator  62.12 
 
 		 312 aa  353  2e-96  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.451093  normal  0.28121 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5034  transcriptional regulator, LysR family  60.14 
 
 		 308 aa  352  5.9999999999999994e-96  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3875  putative transcriptional regulator  57.58 
 
 		 307 aa  340  1e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.656109  normal  0.908987 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3487  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  57.63 
 
 		 307 aa  335  7e-91  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0261  putative transcriptional regulator  55.89 
 
 		 310 aa  333  2e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.403227  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02290  LysR family transcriptional regulator  55.03 
 
 		 311 aa  328  7e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.107615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5381  LysR family transcriptional regulator  54.24 
 
 		 307 aa  315  4e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.5816 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1754  LysR family transcriptional regulator  48.37 
 
 		 328 aa  298  7e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1853  LysR family transcriptional regulator  50.34 
 
 		 312 aa  290  3e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0383468  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1429  LysR family transcriptional regulator  49.32 
 
 		 312 aa  287  2e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.382081 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3859  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 312 aa  287  2e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0499644 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1464  LysR family transcriptional regulator  48.99 
 
 		 325 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.944849  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4436  LysR family transcriptional regulator  46.58 
 
 		 305 aa  270  2e-71  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0720  transcriptional regulator, LysR family  40.34 
 
 		 319 aa  193  3e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 309 aa  188  1e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  35.81 
 
 		 307 aa  187  2e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3128  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 349 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.677462  normal  0.0859375 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6482  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 349 aa  182  7e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.833038 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3131  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 349 aa  182  7e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.154836  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2518  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 349 aa  182  7e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3147  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 349 aa  182  7e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.315246 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 294 aa  181  1e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3186  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 349 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.651713  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3069  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 349 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0634  transcription regulator protein  37.05 
 
 		 318 aa  180  2e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2347  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 351 aa  181  2e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.890874  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  35.84 
 
 		 302 aa  181  2e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0138  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 351 aa  181  2e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0342  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 351 aa  181  2e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  35.14 
 
 		 307 aa  180  2e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0153  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 351 aa  181  2e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  35.14 
 
 		 307 aa  180  2e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2811  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 351 aa  181  2e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 304 aa  180  2e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0145  transcriptional regulator  35.67 
 
 		 351 aa  181  2e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2270  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 351 aa  181  2e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.520231  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 294 aa  181  2e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1493  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 313 aa  180  2e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.994959  normal  0.0324489 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0124  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 351 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0526  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 302 aa  179  4.999999999999999e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 294 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2748  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 318 aa  178  1e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 294 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5076  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 313 aa  177  2e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 296 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1717  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 313 aa  176  3e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0305  transcriptional regulator, LysR family  36 
 
 		 367 aa  176  4e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4420  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 367 aa  176  4e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0287989 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 303 aa  176  4e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 302 aa  176  6e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 296 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1113  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 313 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.800719  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0145  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 294 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640079  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 301 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2043  LysR family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 310 aa  174  9.999999999999999e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.448688  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0031  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 362 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2204  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 311 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.587301  normal  0.0241601 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3066  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 313 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1128  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 313 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2283  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 306 aa  172  5e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.95602  normal  0.350255 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0600  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 310 aa  172  5e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2289  transcriptional regulator, LysR family  36.58 
 
 		 353 aa  172  5e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1802  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 316 aa  172  5e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0497764  normal  0.412734 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6302  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 316 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1777  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 316 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3226  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 309 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1689  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 313 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.15 
 
 		 298 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2575  transcriptional regulator, LysR family  34.9 
 
 		 301 aa  172  7.999999999999999e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0931431  normal  0.61434 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2502  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 308 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 		 299 aa  171  1e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4901  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 303 aa  171  1e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.795056  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 304 aa  171  1e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0363  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 307 aa  171  2e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4884  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 321 aa  171  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000596604  normal  0.487097 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4908  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 299 aa  171  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2856  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 305 aa  171  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.560087  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 299 aa  171  2e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1637  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 310 aa  171  2e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.661169 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3196  transcriptional regulator, LysR family  35.15 
 
 		 304 aa  170  3e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00241672  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1971  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 355 aa  170  3e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0397721 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3100  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 300 aa  169  4e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2016  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 297 aa  169  5e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3684  transcriptional regulator, LysR family  37.12 
 
 		 312 aa  169  5e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2693  LysR, substrate-binding  35.1 
 
 		 313 aa  169  5e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.426832  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2690  putative transcriptional regulator  38.93 
 
 		 301 aa  169  5e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31630  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 301 aa  169  6e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.469253  normal  0.129426 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3570  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 310 aa  169  6e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2700  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 303 aa  169  7e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.469247  normal  0.332498 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5503  transcriptional regulator, LysR family  36.21 
 
 		 302 aa  169  7e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4614  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 314 aa  169  7e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0515888  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 309 aa  168  8e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 305 aa  169  8e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2485  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 313 aa  168  8e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.434999  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 306 aa  168  9e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3431  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 309 aa  168  1e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3048  LysR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 313 aa  167  1e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0118588  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>