More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4911 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_4911  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 333 aa  677    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.224202  normal  0.316622 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3891  extracellular solute-binding protein  41.41 
 
 		 327 aa  254  1.0000000000000001e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0924  extracellular solute-binding protein family 1  30.23 
 
 		 334 aa  149  7e-35  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1588  extracellular solute-binding protein  30.57 
 
 		 368 aa  142  9e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2139  extracellular solute-binding protein  32.71 
 
 		 347 aa  130  3e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0923  extracellular solute-binding protein family 1  28.43 
 
 		 347 aa  121  1.9999999999999998e-26  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1945  iron ABC transporter, iron-binding protein  29.58 
 
 		 345 aa  120  3e-26  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0833  extracellular solute-binding protein  28.61 
 
 		 343 aa  117  1.9999999999999998e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.752683 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4695  extracellular solute-binding protein  31.37 
 
 		 333 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0435  extracellular solute-binding protein, family 1  28.92 
 
 		 343 aa  116  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1366  extracellular solute-binding protein family 1  29.78 
 
 		 344 aa  116  5e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.755106  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2074  extracellular solute-binding protein  28.85 
 
 		 342 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0486  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  30.26 
 
 		 333 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.64062  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1117  extracellular solute-binding protein  28.22 
 
 		 361 aa  114  3e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1116  extracellular solute-binding protein  28.22 
 
 		 361 aa  114  3e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1545  extracellular solute-binding protein family 1  27.73 
 
 		 339 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.061269  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4343  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  28.66 
 
 		 370 aa  113  6e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1772  extracellular solute-binding protein family 1  28.84 
 
 		 344 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.320595  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0753  extracellular solute-binding protein  28.53 
 
 		 365 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1208  extracellular solute-binding protein  28.85 
 
 		 342 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.527758  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1234  extracellular solute-binding protein  28.53 
 
 		 365 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1419  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.36 
 
 		 353 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3115  extracellular solute-binding protein  29.62 
 
 		 342 aa  110  3e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0701659  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0652  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.06 
 
 		 353 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3071  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.06 
 
 		 353 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1412  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.06 
 
 		 353 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1215  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.06 
 
 		 353 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0399502  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0501  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.06 
 
 		 353 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1501  extracellular solute-binding protein  28.05 
 
 		 348 aa  109  5e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2917  extracellular solute-binding protein family 1  27.14 
 
 		 339 aa  109  8.000000000000001e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1418  extracellular solute-binding protein family 1  27.6 
 
 		 343 aa  108  1e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.58033  normal  0.12139 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1663  extracellular solute-binding protein family 1  29.9 
 
 		 335 aa  108  1e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2648  extracellular solute-binding protein family 1  27.04 
 
 		 362 aa  107  3e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.370022 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1913  extracellular solute-binding protein family 1  30.58 
 
 		 348 aa  107  3e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0831866  normal  0.645841 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1468  ABC polyamine transporter, periplasmic ligand binding protein  26.92 
 
 		 349 aa  107  3e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.119305 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2829  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  29.48 
 
 		 353 aa  106  4e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2993  extracellular solute-binding protein family 1  31.62 
 
 		 350 aa  106  6e-22  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1545  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.06 
 
 		 844 aa  106  6e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0643  Fe3+ ABC transporter, iron-binding protein  31.44 
 
 		 346 aa  105  7e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000121089  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1459  extracellular solute-binding protein family 1  27.39 
 
 		 343 aa  105  1e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0283759 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1282  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  27.86 
 
 		 347 aa  105  1e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1791  solute-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  27.39 
 
 		 343 aa  104  2e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.450613  normal  0.0698003 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2485  extracellular solute-binding protein family 1  27.59 
 
 		 343 aa  103  4e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.390798  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3752  extracellular solute-binding protein  31.93 
 
 		 342 aa  103  4e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.236177  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0625  iron(III) ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein  31.15 
 
 		 344 aa  103  6e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4840  putative ABC transporter periplasmic binding component  27.78 
 
 		 340 aa  102  8e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0305994 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0676  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.66 
 
 		 341 aa  102  1e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5525  extracellular solute-binding protein  28.71 
 
 		 340 aa  101  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.655164  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0720  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.36 
 
 		 341 aa  100  3e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.631762  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1273  putative periplasmic solute-binding protein  26.22 
 
 		 333 aa  99.8  5e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.384428  normal  0.646198 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0544  extracellular solute-binding protein  29.47 
 
 		 322 aa  99.4  7e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2152  putative periplasmic solute-binding protein  27.99 
 
 		 342 aa  99.4  9e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.282737  normal  0.123138 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4607  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  28.14 
 
 		 341 aa  99  1e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.980284  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4473  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  28.14 
 
 		 341 aa  99  1e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.144148 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0641  Fe3+ ABC transporter, iron-binding protein  31.18 
 
 		 343 aa  99  1e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.147653  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2476  ABC-type iron(III)-binding periplasmic protein precursor  27.4 
 
 		 364 aa  99  1e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000339151  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3124  extracellular solute-binding protein  25.82 
 
 		 345 aa  98.6  1e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1265  extracellular solute-binding protein family 1  28.11 
 
 		 337 aa  97.8  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.11396  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4046  putative periplasmic solute-binding protein  26.52 
 
 		 335 aa  97.4  3e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0699034  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3312  putative periplasmic solute-binding protein  28.68 
 
 		 339 aa  97.4  3e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.00706911  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6061  extracellular solute-binding protein family 1  27.63 
 
 		 342 aa  97.4  3e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2404  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein, putative  23.93 
 
 		 324 aa  95.5  1e-18  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1201  extracellular solute-binding protein family 1  25.36 
 
 		 320 aa  95.5  1e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.941139  normal  0.523727 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4317  extracellular solute-binding protein  31.47 
 
 		 343 aa  94.4  2e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.362014 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1761  extracellular solute-binding protein family 1  30.42 
 
 		 341 aa  94.4  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.893641  normal  0.0475771 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1948  extracellular solute-binding protein  27.92 
 
 		 326 aa  94  3e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.113804  normal  0.383853 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0283  extracellular solute-binding protein family 1  28.15 
 
 		 342 aa  94  3e-18  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3454  putative periplasmic solute-binding protein  28.68 
 
 		 337 aa  93.6  4e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.357351  normal  0.433387 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1586  extracellular solute-binding protein family 1  25.72 
 
 		 333 aa  92.4  1e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5854  hypothetical protein  24.63 
 
 		 335 aa  91.3  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.103507  normal  0.680592 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1363  extracellular solute-binding protein  28.94 
 
 		 340 aa  91.3  2e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.634696  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2833  extracellular solute-binding protein  25.74 
 
 		 320 aa  91.3  2e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.235826  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0215  hypothetical protein  26.69 
 
 		 322 aa  90.9  3e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0209  ABC-type Fe3+ transport system periplasmic component-like protein  26.69 
 
 		 322 aa  90.9  3e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6060  extracellular solute-binding protein family 1  30.04 
 
 		 340 aa  89.7  6e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4977  extracellular solute-binding protein family 1  27.74 
 
 		 347 aa  89.4  8e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.187207  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3171  extracellular solute-binding protein  25.93 
 
 		 382 aa  89  1e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4877  extracellular solute-binding protein  27.68 
 
 		 340 aa  88.6  1e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.713524  normal  0.38801 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5135  ABC transporter, periplasmic binding protein  25.87 
 
 		 341 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.659918  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1107  extracellular solute-binding protein  27.55 
 
 		 343 aa  87.8  2e-16  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.695758  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1237  extracellular metal-binding protein  24.86 
 
 		 358 aa  88.2  2e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0051  extracellular solute-binding protein family 1  27.41 
 
 		 378 aa  88.2  2e-16  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.115612  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6494  ABC Fe3+ siderophore transporter, periplasmic ligand binding protein  27.86 
 
 		 351 aa  87  4e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000128013  normal  0.750448 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2294  extracellular solute-binding protein  25.93 
 
 		 381 aa  87  4e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5008  extracellular solute-binding protein  25.93 
 
 		 341 aa  87  4e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1570  extracellular solute-binding protein  27.21 
 
 		 350 aa  86.3  6e-16  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.840173  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3135  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  26.73 
 
 		 351 aa  86.3  7e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000124491 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1436  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein, putative  24.61 
 
 		 346 aa  86.3  8e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1235  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  24.29 
 
 		 358 aa  85.9  8e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1212  iron ABC transporter solute-binding protein  24.29 
 
 		 358 aa  85.9  8e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1214  iron ABC transporter solute-binding protein  24.29 
 
 		 358 aa  85.9  8e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1337  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  24.29 
 
 		 358 aa  85.9  8e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4694  extracellular solute-binding protein  25.88 
 
 		 349 aa  85.9  8e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1411  putative iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  24.29 
 
 		 358 aa  85.9  8e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5367  extracellular solute-binding protein  24.61 
 
 		 341 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5188  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  25.62 
 
 		 341 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.491174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2070  extracellular solute-binding protein  24.59 
 
 		 322 aa  85.1  0.000000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0330  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  25.93 
 
 		 341 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.631264 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1476  putative iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  24.01 
 
 		 358 aa  84  0.000000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3159  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  27.31 
 
 		 351 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.451295  normal  0.0280644 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>