238 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2924 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



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Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

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Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010159  YpAngola_A2608  4-amino-4-deoxy-L-arabinose transferase  57.33 
 
 
554 aa  647    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2924  4-amino-4-deoxy-L-arabinose transferase  100 
 
 
556 aa  1113    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2158  4-amino-4-deoxy-L-arabinose transferase  57.69 
 
 
555 aa  640    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1354  4-amino-4-deoxy-L-arabinose transferase  91.19 
 
 
556 aa  1016    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.515777  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1835  4-amino-4-deoxy-L-arabinose transferase  57.51 
 
 
554 aa  649    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.590917  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1729  4-amino-4-deoxy-L-arabinose transferase  57.33 
 
 
554 aa  647    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2075  4-amino-4-deoxy-L-arabinose transferase  55.99 
 
 
553 aa  586  1e-166  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4019  4-amino-4-deoxy-L-arabinose transferase  55.97 
 
 
550 aa  577  1.0000000000000001e-163  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4228  4-amino-4-deoxy-L-arabinose transferase  54.73 
 
 
552 aa  566  1e-160  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2411  4-amino-4-deoxy-L-arabinose transferase  52.03 
 
 
550 aa  548  1e-155  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3398  4-amino-4-deoxy-L-arabinose transferase  51.48 
 
 
550 aa  544  1e-153  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2633  4-amino-4-deoxy-L-arabinose transferase  51.66 
 
 
550 aa  543  1e-153  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.283519  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02183  4-amino-4-deoxy-L-arabinose transferase  51.29 
 
 
550 aa  540  9.999999999999999e-153  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1401  glycosyl transferase family 39  51.29 
 
 
550 aa  540  9.999999999999999e-153  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02142  hypothetical protein  51.29 
 
 
550 aa  540  9.999999999999999e-153  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1392  4-amino-4-deoxy-L-arabinose transferase  51.29 
 
 
550 aa  540  9.999999999999999e-153  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2402  4-amino-4-deoxy-L-arabinose transferase  51.48 
 
 
550 aa  541  9.999999999999999e-153  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.770556  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2552  4-amino-4-deoxy-L-arabinose transferase  51.29 
 
 
550 aa  540  9.999999999999999e-153  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2541  4-amino-4-deoxy-L-arabinose transferase  51.2 
 
 
548 aa  506  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.17594  normal  0.550042 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2437  4-amino-4-deoxy-L-arabinose transferase  51.02 
 
 
548 aa  506  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2645  4-amino-4-deoxy-L-arabinose transferase  51.02 
 
 
548 aa  506  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2486  4-amino-4-deoxy-L-arabinose transferase  50.83 
 
 
548 aa  504  1e-141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2529  4-amino-4-deoxy-L-arabinose transferase  51.02 
 
 
548 aa  504  1e-141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0922  4-amino-4-deoxy-L-arabinose transferase  42.53 
 
 
546 aa  404  1e-111  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.248037 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2835  4-amino-4-deoxy-L-arabinose transferase  40.55 
 
 
569 aa  391  1e-107  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18330  4-amino-4-deoxy-L-arabinose transferase  42.83 
 
 
549 aa  373  1e-102  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0521799  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1589  4-amino-4-deoxy-L-arabinose transferase  42.65 
 
 
549 aa  370  1e-101  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2845  4-amino-4-deoxy-L-arabinose transferase  42.04 
 
 
549 aa  363  3e-99  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.108671  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2693  4-amino-4-deoxy-L-arabinose transferase  41.82 
 
 
550 aa  349  6e-95  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.421151  normal  0.435819 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0887  glycosyl transferase family protein  30.59 
 
 
554 aa  192  9e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00658553  hitchhiker  0.00000000299113 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3271  glycosyl transferase family 39  37.82 
 
 
575 aa  188  3e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0147361  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2984  glycosyl transferase family 39  32.16 
 
 
553 aa  179  2e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.117969  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1409  glycosyl transferase family protein  32.22 
 
 
584 aa  163  6e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0435  glycosyl transferase family protein  32.08 
 
 
564 aa  161  2e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.58669  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3694  glycosyl transferase family protein  32.94 
 
 
553 aa  159  1e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00440665  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6130  family 39 glycosyltransferase  28.54 
 
 
541 aa  158  3e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0441  glycosyl transferase family 39  32.91 
 
 
563 aa  156  1e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.421293 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5962  family 39 glycosyltransferase  29.92 
 
 
561 aa  155  2e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00513205 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1803  glycosyl transferase family 39  32.35 
 
 
585 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00158078 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2384  putative transmembrane protein  31.5 
 
 
578 aa  143  7e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.709022  normal  0.190712 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3093  glycosyl transferase family 39  33.33 
 
 
527 aa  140  3.9999999999999997e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.798071  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2195  dolichyl-phosphate-mannose-protein mannosyltransferase family protein  29.53 
 
 
601 aa  139  1e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000000970207  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1416  glycosyl transferase family protein  31.5 
 
 
558 aa  139  2e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.13829  normal  0.139268 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2235  dolichyl-phosphate-mannose-protein mannosyltransferase family protein  29.33 
 
 
568 aa  138  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2399  dolichyl-phosphate-mannose-protein mannosyltransferase family protein  29.33 
 
 
553 aa  137  4e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1388  dolichyl-phosphate-mannose-protein mannosyltransferase family protein  29.33 
 
 
576 aa  137  7.000000000000001e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1150  dolichyl-phosphate-mannose-protein mannosyltransferase family protein  29.33 
 
 
576 aa  137  7.000000000000001e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1878  dolichyl-phosphate-mannose-protein mannosyltransferase family protein  29.33 
 
 
576 aa  137  7.000000000000001e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0019  dolichyl-phosphate-mannose-protein mannosyltransferase family protein  29.33 
 
 
576 aa  137  7.000000000000001e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2273  dolichyl-phosphate-mannose-protein mannosyltransferase family protein  29.33 
 
 
568 aa  136  8e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0282  glycosyl transferase family 39  27.88 
 
 
559 aa  136  8e-31  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1336  glycosyl transferase family protein  29.59 
 
 
586 aa  136  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.478809  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5966  glycosyltransferase  28.49 
 
 
535 aa  136  9.999999999999999e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0131214 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1749  glycosyl transferase family 39  28.49 
 
 
535 aa  136  9.999999999999999e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.327651 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2758  glycosyl transferase family protein  30.61 
 
 
534 aa  135  1.9999999999999998e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1260  glycosyl transferase family 39  32.55 
 
 
556 aa  135  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.367598  normal  0.736156 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5158  glycosyl transferase family protein  30.59 
 
 
558 aa  134  3e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.636503  normal  0.791629 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1324  hypothetical protein  33.67 
 
 
556 aa  134  5e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.127825  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1792  glycosyl transferase family 39  29.84 
 
 
528 aa  134  5e-30  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3427  glycosyl transferase family 39  30.19 
 
 
323 aa  133  6.999999999999999e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1199  glycosyl transferase family 39  32.68 
 
 
556 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0554948 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4587  4-amino-4-deoxy-L-arabinose transferase famly protein  31.3 
 
 
580 aa  132  2.0000000000000002e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.467811  hitchhiker  0.00235172 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1767  glycosyl transferase family protein  30.47 
 
 
558 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.224436  normal  0.355658 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0928  glycosyl transferase family protein  30.47 
 
 
600 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0620679  normal  0.549908 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1795  glycosyl transferase family protein  30.67 
 
 
558 aa  130  7.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5573  glycosyl transferase family 39  33.12 
 
 
537 aa  129  2.0000000000000002e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0245521  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4212  glycosyl transferase family protein  30.03 
 
 
557 aa  127  5e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.872167  normal  0.0154714 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3979  glycosyl transferase family protein  31.96 
 
 
573 aa  122  9.999999999999999e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1524  glycosyl transferase family 39  30.75 
 
 
540 aa  121  3.9999999999999996e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4300  glycosyl transferase family 39  32.03 
 
 
551 aa  119  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4828  4-amino-4-deoxy-L-arabinose transferase famly protein  28.96 
 
 
575 aa  118  1.9999999999999998e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.277829  normal  0.0161554 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2325  glycosyl transferase family protein  31.37 
 
 
613 aa  119  1.9999999999999998e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1881  glycosyl transferase family protein  31.29 
 
 
558 aa  116  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.300143  hitchhiker  0.00000511252 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6222  glycosyl transferase family protein  31.29 
 
 
558 aa  116  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1857  glycosyl transferase family protein  31.29 
 
 
558 aa  116  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.894443  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5072  family 39 glycosyl transferase  26.28 
 
 
605 aa  115  2.0000000000000002e-24  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03137  hypothetical protein  32.35 
 
 
551 aa  113  8.000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.445477  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0533  glycosyl transferase family protein  32.74 
 
 
557 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_008639  Cpha266_0690  glycosyl transferase family protein  29.21 
 
 
514 aa  112  2.0000000000000002e-23  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_007512  Plut_0465  hypothetical protein  29.68 
 
 
515 aa  110  7.000000000000001e-23  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_007514  Cag_0606  hypothetical protein  26.63 
 
 
516 aa  110  1e-22  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0339392  n/a   
 
 
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NC_011059  Paes_1670  glycosyl transferase family 39  29.01 
 
 
514 aa  107  4e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000109819  normal  0.252715 
 
 
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NC_011060  Ppha_2202  glycosyl transferase family 39  27.44 
 
 
515 aa  107  4e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0432  glycosyl transferase family 39  26.61 
 
 
611 aa  107  7e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.623031  n/a   
 
 
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NC_010730  SYO3AOP1_0086  glycosyl transferase family 39  26.73 
 
 
512 aa  104  4e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00741033  n/a   
 
 
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NC_002939  GSU2555  melittin resistance protein, putative  26.48 
 
 
537 aa  103  9e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_007908  Rfer_0769  glycosyl transferase family protein  27.61 
 
 
522 aa  103  1e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.534204  n/a   
 
 
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NC_010002  Daci_2190  glycosyl transferase family protein  29.45 
 
 
541 aa  102  1e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.314824  normal 
 
 
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NC_011206  Lferr_2540  glycosyl transferase family 39  27.54 
 
 
563 aa  102  2e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_011761  AFE_2925  dolichyl-phosphate-mannose-protein mannosyltransferase family protein  27.54 
 
 
563 aa  102  2e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_007413  Ava_1034  glycosyl transferase family protein  28.06 
 
 
631 aa  99.8  1e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.370681 
 
 
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NC_013422  Hneap_1145  glycosyl transferase family 39  25.98 
 
 
519 aa  99.4  2e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.107817  n/a   
 
 
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NC_011138  MADE_00382  glycosyl transferase, family 39  28.05 
 
 
580 aa  98.2  3e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.528319  n/a   
 
 
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NC_003910  CPS_1864  dolichyl-phosphate-mannose-protein mannosyltransferase family protein  26.3 
 
 
479 aa  97.4  6e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.516095  n/a   
 
 
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NC_011761  AFE_0276  dolichyl-phosphate-mannose-protein mannosyltransferase family protein  29.59 
 
 
556 aa  97.1  7e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_011206  Lferr_0453  glycosyl transferase family 39  29.59 
 
 
556 aa  97.1  7e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000363312 
 
 
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NC_009665  Shew185_4325  glycosyl transferase family protein  29.34 
 
 
574 aa  96.7  1e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_011884  Cyan7425_4820  glycosyl transferase family 39  33.44 
 
 
528 aa  96.3  1e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.973939 
 
 
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NC_009997  Sbal195_4465  glycosyl transferase family protein  29.34 
 
 
574 aa  96.7  1e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_011663  Sbal223_4270  glycosyl transferase family 39  29.34 
 
 
574 aa  96.3  1e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
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