More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2353 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03520  conserved hypothetical protein  79.81 
 
 		 452 aa  724    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1611  major facilitator superfamily MFS_1  81.52 
 
 		 433 aa  721    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.585379  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03471  hypothetical protein  79.81 
 
 		 452 aa  724    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3599  major facilitator transporter  77.73 
 
 		 435 aa  685    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00583195  normal  0.308839 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1642  major facilitator superfamily MFS_1  83.37 
 
 		 432 aa  733    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.3142  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2627  major facilitator superfamily MFS_1  96.79 
 
 		 436 aa  860    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0926  putative hexuronate transporter  76.5 
 
 		 435 aa  684    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0978  major facilitator transporter  76.5 
 
 		 435 aa  684    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3361  putative hexuronate transporter  76.5 
 
 		 435 aa  684    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2353  major facilitator superfamily MFS_1  100 
 
 		 436 aa  879    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1313  major facilitator transporter  86.54 
 
 		 433 aa  768    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.720769  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1871  major facilitator transporter  47.16 
 
 		 423 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00153919  normal  0.351915 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1012  major facilitator superfamily MFS_1  47.38 
 
 		 430 aa  400  9.999999999999999e-111  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.318414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0947  major facilitator superfamily MFS_1  47.38 
 
 		 430 aa  399  9.999999999999999e-111  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.35328  normal  0.0858315 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3128  major facilitator transporter  45.71 
 
 		 435 aa  389  1e-107  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1080  putative hexuronate transporter transmembrane protein  46.46 
 
 		 432 aa  385  1e-105  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.503694  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4207  major facilitator transporter  46.68 
 
 		 423 aa  380  1e-104  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0961062  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4159  major facilitator transporter  46.68 
 
 		 423 aa  380  1e-104  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.718979  decreased coverage  0.00263409 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3357  major facilitator transporter  46.68 
 
 		 423 aa  377  1e-103  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0473601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4048  major facilitator transporter  45.73 
 
 		 423 aa  374  1e-102  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0187179  normal  0.633628 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3566  major facilitator transporter  45.73 
 
 		 443 aa  374  1e-102  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.000684429  normal  0.364964 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4445  major facilitator superfamily MFS_1  43.23 
 
 		 433 aa  374  1e-102  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0453314  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4579  major facilitator superfamily MFS_1  43.23 
 
 		 433 aa  374  1e-102  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.571903 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3380  hexuronate transporter  44.52 
 
 		 434 aa  370  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.586322  normal  0.6284 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3479  hexuronate transporter  44.52 
 
 		 434 aa  369  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.474263  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3316  hexuronate transporter  44.52 
 
 		 434 aa  370  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.433687  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3306  hexuronate transporter  44.52 
 
 		 434 aa  370  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.123622  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3386  hexuronate transporter  44.52 
 
 		 434 aa  372  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.333246  normal  0.392835 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3561  putative hexuronate transporter  44.47 
 
 		 432 aa  364  2e-99  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02962  hexuronate transporter  44.47 
 
 		 472 aa  363  3e-99  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02913  hypothetical protein  44.47 
 
 		 472 aa  363  3e-99  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0834  hexuronate transporter transmembrane protein  44.08 
 
 		 435 aa  362  6e-99  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00560856 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3529  hexuronate transporter  43.98 
 
 		 432 aa  356  3.9999999999999996e-97  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0608  d-galactonate transporter  44.23 
 
 		 432 aa  354  2e-96  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3276  putative hexuronate transporter  44.23 
 
 		 432 aa  354  2e-96  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0607  d-galactonate transporter  44.23 
 
 		 432 aa  354  2e-96  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4408  hexuronate transporter  44.23 
 
 		 432 aa  354  2e-96  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.591703 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3385  hexuronate transporter  44.23 
 
 		 432 aa  354  2e-96  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0745  d-galactonate transporter  43.58 
 
 		 433 aa  352  5e-96  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4322  d-galactonate transporter  42.62 
 
 		 432 aa  351  1e-95  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.743401 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4247  major facilitator transporter  42.89 
 
 		 429 aa  351  1e-95  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04071  Hexuronate transporter  43.54 
 
 		 425 aa  351  2e-95  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04033  hypothetical protein  43.54 
 
 		 425 aa  351  2e-95  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0528  d-galactonate transporter  43.1 
 
 		 433 aa  350  2e-95  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.888492  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3386  d-galactonate transporter  43.47 
 
 		 434 aa  348  9e-95  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3547  d-galactonate transporter  44.28 
 
 		 474 aa  348  1e-94  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.48586 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0490  putative hexuronate MFS transporter ExuT  42.11 
 
 		 433 aa  345  6e-94  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  2.40951e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0553  d-galactonate transporter  42.11 
 
 		 434 aa  345  7e-94  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.351291  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1105  putative hexuronate MFS transporter ExuT  42.11 
 
 		 434 aa  345  7e-94  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.0000000000998284  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0610  major facilitator transporter  43.54 
 
 		 430 aa  343  2.9999999999999997e-93  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.400877  normal  0.0253848 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3512  d-galactonate transporter  43.38 
 
 		 433 aa  343  2.9999999999999997e-93  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3670  major facilitator transporter  43.7 
 
 		 411 aa  325  1e-87  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5219  MFS transporter, phthalate permease family  42.24 
 
 		 436 aa  323  4e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0935  major facilitator transporter  42.05 
 
 		 427 aa  319  7.999999999999999e-86  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.881993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0325  general substrate transporter:TonB box, N-terminal  43.32 
 
 		 436 aa  317  3e-85  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0000282343  normal  0.265981 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1806  major facilitator superfamily metabolite(phthalate/hexuronate)/H(+) symporter  39.81 
 
 		 433 aa  303  5.000000000000001e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0119934 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4857  major facilitator superfamily MFS_1  39.9 
 
 		 430 aa  301  1e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0133188  normal  0.643957 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03865  hexuranate transporter  32.68 
 
 		 433 aa  216  7e-55  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3106  major facilitator transporter  30.48 
 
 		 428 aa  213  4.9999999999999996e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2910  major facilitator transporter  32.19 
 
 		 441 aa  208  2e-52  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2068  major facilitator superfamily MFS_1  30.69 
 
 		 434 aa  207  4e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3282  putative hexuronate transporter  29.57 
 
 		 424 aa  204  3e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0854544  normal  0.252683 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2345  transporter, putative  32.94 
 
 		 439 aa  202  9e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1023  major facilitator superfamily MFS_1  32.99 
 
 		 431 aa  202  9.999999999999999e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0652623  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2129  major facilitator transporter  33.49 
 
 		 442 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.526702  normal  0.377982 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2219  major facilitator superfamily MFS_1  31.83 
 
 		 441 aa  198  2.0000000000000003e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.200056 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0404  major facilitator superfamily MFS_1  31.67 
 
 		 432 aa  197  3e-49  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.90763  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3239  major facilitator transporter  32.55 
 
 		 441 aa  194  3e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.935103  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2843  major facilitator superfamily MFS_1  30.25 
 
 		 426 aa  193  4e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.088157  normal  0.111913 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3121  major facilitator transporter  32.55 
 
 		 441 aa  193  5e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2604  major facilitator family transporter  32.55 
 
 		 480 aa  192  7e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0399959 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0325  MFS family transporter  31.21 
 
 		 442 aa  192  8e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.334434  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5749  major facilitator superfamily MFS_1  30.46 
 
 		 436 aa  191  2e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3116  major facilitator superfamily MFS_1  31.11 
 
 		 430 aa  190  4e-47  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  unclonable  0.0000115925  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1766  major facilitator transporter  31.89 
 
 		 424 aa  190  5e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.601014  normal  0.308968 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5030  major facilitator transporter  30.32 
 
 		 441 aa  189  5.999999999999999e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.580497  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1170  major facilitator superfamily MFS_1  34.13 
 
 		 425 aa  187  3e-46  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02990  putative MFS transporter  30.64 
 
 		 441 aa  187  4e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00105539 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1017  major facilitator superfamily MFS_1  32.77 
 
 		 431 aa  186  7e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.451459  normal  0.743333 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4307  major facilitator transporter  29.63 
 
 		 430 aa  185  2.0000000000000003e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.622363  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3510  major facilitator transporter  29.23 
 
 		 427 aa  184  2.0000000000000003e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.935373  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51130  MFS (major facilitator superfamily) transporter  30.86 
 
 		 439 aa  183  4.0000000000000006e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.845287  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3956  major facilitator superfamily MFS_1  31.3 
 
 		 449 aa  183  7e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.621866  normal  0.612872 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5166  major facilitator transporter  28.96 
 
 		 429 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.733081 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4907  major facilitator transporter  29.98 
 
 		 445 aa  178  1e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11473  putative hexuronate transport protein (MFS family)  27.79 
 
 		 424 aa  176  6e-43  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.485615  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3179  major facilitator transporter  31.51 
 
 		 432 aa  176  7e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.107398  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1244  major facilitator superfamily MFS_1  29.11 
 
 		 439 aa  176  9.999999999999999e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.477377  normal  0.0341715 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3400  major facilitator transporter  28.64 
 
 		 430 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2718  major facilitator transporter  28.64 
 
 		 430 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5234  major facilitator transporter  28.64 
 
 		 430 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4070  major facilitator transporter  28.39 
 
 		 430 aa  173  5e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3451  major facilitator transporter  28.39 
 
 		 430 aa  173  5e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.225334  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6194  major facilitator superfamily MFS_1  29.4 
 
 		 453 aa  172  2e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4383  major facilitator superfamily MFS_1  28.54 
 
 		 420 aa  171  2e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00326845  normal  0.997814 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5675  major facilitator transporter  27.74 
 
 		 429 aa  170  4e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3045  major facilitator transporter  31.37 
 
 		 435 aa  170  4e-41  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.116198 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6282  major facilitator superfamily MFS_1  28.92 
 
 		 429 aa  169  7e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1058  major facilitator superfamily MFS_1  28.78 
 
 		 449 aa  165  2.0000000000000002e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.494018  normal  0.557281 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6829  major facilitator superfamily MFS_1  28.2 
 
 		 454 aa  164  4.0000000000000004e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>