More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_1958 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010571  Oter_1958  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
405 aa  825    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0985941  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1221  extracellular solute-binding protein family 1  32.52 
 
 
359 aa  196  7e-49  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2730  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  30.67 
 
 
369 aa  186  8e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2645  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  30.67 
 
 
369 aa  186  8e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1563  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  30.67 
 
 
369 aa  186  8e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2386  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  31.73 
 
 
369 aa  185  1.0000000000000001e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5404  extracellular solute-binding protein  32.32 
 
 
375 aa  177  3e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000245963 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1958  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  29.68 
 
 
369 aa  175  9.999999999999999e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2287  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  30.48 
 
 
369 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0344  extracellular solute-binding protein  31.18 
 
 
365 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.574749 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0346  extracellular solute-binding protein  32.16 
 
 
363 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.596503 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1692  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  29.87 
 
 
369 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1645  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  28.88 
 
 
369 aa  172  6.999999999999999e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0561958 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1061  extracellular solute-binding protein  34.29 
 
 
366 aa  172  1e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2642  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  32 
 
 
366 aa  171  2e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00909614  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1270  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  32.4 
 
 
367 aa  171  2e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1094  extracellular solute-binding protein  32.49 
 
 
366 aa  171  2e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.799805  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1501  extracellular solute-binding protein  31.54 
 
 
371 aa  171  2e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0819  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  30.43 
 
 
371 aa  171  3e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0946  extracellular solute-binding protein  34.11 
 
 
366 aa  170  4e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3192  extracellular solute-binding protein family 1  33.05 
 
 
366 aa  169  7e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.683038  hitchhiker  0.00622676 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0310  extracellular solute-binding protein  29.74 
 
 
364 aa  169  9e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2829  extracellular solute-binding protein  31.87 
 
 
362 aa  169  9e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2105  extracellular solute-binding protein  31.16 
 
 
371 aa  169  1e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.681994 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0882  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  29.37 
 
 
370 aa  168  2e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.360261  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1556  putative spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  31.09 
 
 
367 aa  168  2e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0163  extracellular solute-binding protein  31.2 
 
 
365 aa  167  2e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1368  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  29.63 
 
 
370 aa  168  2e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3097  extracellular solute-binding protein  32.21 
 
 
387 aa  168  2e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0218628  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2918  extracellular solute-binding protein  32.21 
 
 
387 aa  168  2e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000482793  normal  0.320993 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3000  extracellular solute-binding protein  32.21 
 
 
387 aa  167  2e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00190221  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0926  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  28.91 
 
 
370 aa  168  2e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00859  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  28.91 
 
 
370 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0957  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  28.91 
 
 
370 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00865  hypothetical protein  28.91 
 
 
370 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3009  extracellular solute-binding protein  32.57 
 
 
366 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.274617  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2742  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  28.91 
 
 
370 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.602994  normal  0.252845 
 
 
-
 
NC_004310  BR1612  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein, putative  30.79 
 
 
367 aa  167  4e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.875795  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2788  extracellular solute-binding protein family 1  28.91 
 
 
370 aa  166  5e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1108  extracellular solute-binding protein  32.47 
 
 
366 aa  166  5e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000316767  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1131  extracellular solute-binding protein  33.14 
 
 
366 aa  166  5e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2477  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  28.91 
 
 
370 aa  166  5e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.996224  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1010  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  28.99 
 
 
370 aa  166  5.9999999999999996e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.274464  normal  0.285031 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0283  extracellular solute-binding protein  31.96 
 
 
401 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1264  transcription factor jumonji, JmjC  31.58 
 
 
366 aa  166  8e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48760  Polyamine transporter periplasmic protein PotF  32.28 
 
 
371 aa  166  8e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3928  extracellular solute-binding protein  30.59 
 
 
367 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3516  putrescine ABC transporter, periplasmic binding protein  30.86 
 
 
368 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0677178  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5180  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  31.67 
 
 
364 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1166  extracellular solute-binding protein  32.47 
 
 
366 aa  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000290123  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5240  extracellular solute-binding protein  31.86 
 
 
364 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2816  extracellular solute-binding protein  28.31 
 
 
354 aa  164  2.0000000000000002e-39  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.293576  normal  0.888288 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1030  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  28.84 
 
 
371 aa  164  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.491177  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5087  extracellular solute-binding protein  31.67 
 
 
364 aa  164  3e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.940444  normal  0.403458 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1011  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  28.84 
 
 
371 aa  164  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0982  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  28.84 
 
 
371 aa  164  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.156512  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1199  extracellular solute-binding protein  32.18 
 
 
366 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000384833  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0914  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  28.84 
 
 
371 aa  163  5.0000000000000005e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2225  extracellular solute-binding protein family 1  30.18 
 
 
371 aa  163  6e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02285  hypothetical protein  30.09 
 
 
345 aa  163  6e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1566  extracellular solute-binding protein family 1  32.05 
 
 
346 aa  162  7e-39  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.127283  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2135  extracellular solute-binding protein  31.61 
 
 
368 aa  162  8.000000000000001e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.336157  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1551  extracellular solute-binding protein  30.79 
 
 
363 aa  162  1e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.161993  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003485  ABC transporter periplasmic spermidine putrescine-binding protein PotD  30.14 
 
 
345 aa  162  1e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00749522  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0950  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  28.57 
 
 
371 aa  161  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1064  extracellular solute-binding protein  30.66 
 
 
373 aa  161  2e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2082  extracellular solute-binding protein  28.77 
 
 
370 aa  160  3e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.472813  normal  0.985512 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0103  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  31.18 
 
 
369 aa  160  4e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0345  extracellular solute-binding protein  30.89 
 
 
364 aa  160  5e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.742207 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1035  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  31.07 
 
 
345 aa  159  7e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000879227  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1584  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor (SPBP)  27.42 
 
 
347 aa  159  9e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00366918  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0407  extracellular solute-binding protein family 1  30.41 
 
 
365 aa  159  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000173672 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4864  extracellular solute-binding protein  30.79 
 
 
364 aa  158  1e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2337  extracellular solute-binding protein  31.41 
 
 
368 aa  159  1e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2867  extracellular solute-binding protein  29.43 
 
 
345 aa  158  1e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5405  extracellular solute-binding protein  31.41 
 
 
370 aa  159  1e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.948456  decreased coverage  0.000259931 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1442  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  27.33 
 
 
349 aa  157  2e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.403507  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03920  polyamine transport protein  28.95 
 
 
367 aa  157  2e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.837862  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1401  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  27.33 
 
 
349 aa  157  3e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5306  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  31.41 
 
 
374 aa  157  3e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2898  extracellular solute-binding protein  30.57 
 
 
362 aa  157  3e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4004  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  27.03 
 
 
349 aa  157  3e-37  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000629977 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0391  polyamine transport protein  30.03 
 
 
367 aa  157  3e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03930  polyamine transport protein  31.91 
 
 
365 aa  157  3e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46220  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  30.98 
 
 
363 aa  157  3e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0209379  hitchhiker  0.00257917 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1888  extracellular solute-binding protein family 1  30.4 
 
 
357 aa  157  4e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3929  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  30.71 
 
 
363 aa  157  4e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3360  extracellular solute-binding protein  30.38 
 
 
371 aa  157  4e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.421619  normal  0.0114368 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1340  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  27.03 
 
 
349 aa  157  4e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1202  spermidine/putrescine ABC transporter spermidine/putrescine-binding protein  26.74 
 
 
345 aa  156  5.0000000000000005e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1300  spermidine/putrescine ABC transporter spermidine/putrescine-binding protein  26.74 
 
 
345 aa  156  5.0000000000000005e-37  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0973  extracellular solute-binding protein  31.81 
 
 
366 aa  156  6e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0429024  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3031  extracellular solute-binding protein  31.01 
 
 
366 aa  155  9e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000047309  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2583  extracellular solute-binding protein family 1  25.77 
 
 
349 aa  155  1e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000231381  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4949  extracellular solute-binding protein family 1  29.24 
 
 
366 aa  155  1e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.597771  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0392  polyamine transport protein  29.91 
 
 
365 aa  155  1e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2162  extracellular solute-binding protein  27.39 
 
 
374 aa  155  1e-36  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1182  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  27.03 
 
 
349 aa  154  2e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.69652  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4922  extracellular solute-binding protein  28.95 
 
 
365 aa  155  2e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1204  extracellular solute-binding protein  26.39 
 
 
349 aa  155  2e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>