More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_2178 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013235  Namu_2178  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  100 
 
 		 372 aa  748    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0846545  hitchhiker  0.000495188 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2114  radical SAM enzyme, Cfr family  78.57 
 
 		 368 aa  578  1e-164  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0781681  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5902  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  77.32 
 
 		 368 aa  568  1e-161  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.185229  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1678  radical SAM enzyme, Cfr family  74.46 
 
 		 371 aa  558  1e-158  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09960  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  76.22 
 
 		 370 aa  560  1e-158  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.434962  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4121  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  73.64 
 
 		 365 aa  538  9.999999999999999e-153  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2223  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  73.64 
 
 		 365 aa  540  9.999999999999999e-153  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.522742  normal  0.264818 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0683  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  71.07 
 
 		 365 aa  507  9.999999999999999e-143  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.882739  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1987  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  71.39 
 
 		 374 aa  504  9.999999999999999e-143  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0876088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2006  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  71.39 
 
 		 374 aa  504  9.999999999999999e-143  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.578114  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3404  radical SAM enzyme, Cfr family  72.58 
 
 		 388 aa  505  9.999999999999999e-143  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00306025  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2052  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  71.39 
 
 		 374 aa  504  9.999999999999999e-143  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12894  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  69.61 
 
 		 364 aa  497  1e-139  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.942196  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3677  radical SAM enzyme, Cfr family  69.53 
 
 		 365 aa  491  1e-137  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1235  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  67.58 
 
 		 380 aa  475  1e-133  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.478405  hitchhiker  0.00730149 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1327  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  68.66 
 
 		 353 aa  477  1e-133  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3980  radical SAM enzyme, Cfr family  69.51 
 
 		 395 aa  472  1e-132  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.118303  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2203  radical SAM enzyme, Cfr family  67.4 
 
 		 388 aa  470  1.0000000000000001e-131  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00426672  normal  0.359249 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3237  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  65.85 
 
 		 376 aa  467  9.999999999999999e-131  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1869  radical SAM protein  66.67 
 
 		 374 aa  462  1e-129  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.340482 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23560  radical SAM enzyme, Cfr family  65.27 
 
 		 364 aa  462  1e-129  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.208843 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1536  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  64.82 
 
 		 395 aa  459  9.999999999999999e-129  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0799869 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1000  radical SAM enzyme, Cfr family  68.32 
 
 		 388 aa  456  1e-127  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.189733  normal  0.570497 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1009  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  62.91 
 
 		 376 aa  456  1e-127  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.834278 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2502  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  65.75 
 
 		 383 aa  454  1.0000000000000001e-126  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.293735  normal  0.506779 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1420  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  63.36 
 
 		 391 aa  451  1e-125  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0340942  normal  0.291727 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1489  radical SAM enzyme, Cfr family  66.2 
 
 		 375 aa  451  1e-125  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11240  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  56.82 
 
 		 426 aa  437  1e-121  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.43214  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_21300  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  59.03 
 
 		 465 aa  434  1e-120  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.830404  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1536  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  63.56 
 
 		 430 aa  431  1e-120  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.571829 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0409  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  58.99 
 
 		 389 aa  419  1e-116  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.112692  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1166  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  67.12 
 
 		 385 aa  420  1e-116  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.800858  normal  0.253487 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10170  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  59.12 
 
 		 429 aa  416  9.999999999999999e-116  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3577  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  63.96 
 
 		 421 aa  410  1e-113  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1185  radical SAM enzyme, Cfr family  60.72 
 
 		 389 aa  411  1e-113  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4305  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  49.72 
 
 		 363 aa  312  5.999999999999999e-84  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0286  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  49.86 
 
 		 361 aa  308  1.0000000000000001e-82  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1376  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  47.79 
 
 		 399 aa  296  4e-79  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.503977 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3583  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  47 
 
 		 399 aa  290  2e-77  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1403  radical SAM enzyme, Cfr family  44.82 
 
 		 371 aa  283  4.0000000000000003e-75  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0164  radical SAM enzyme, Cfr family  50.58 
 
 		 353 aa  277  3e-73  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0906  hypothetical protein  48.08 
 
 		 354 aa  266  4e-70  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000883258  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2783  radical SAM enzyme, Cfr family  45.4 
 
 		 408 aa  260  3e-68  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09940  radical SAM enzyme, Cfr family  42.11 
 
 		 349 aa  254  1.0000000000000001e-66  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0633  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  44.95 
 
 		 344 aa  254  1.0000000000000001e-66  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1385  radical SAM protein  41.13 
 
 		 351 aa  254  1.0000000000000001e-66  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0331  radical SAM enzyme, Cfr family  41.64 
 
 		 344 aa  250  3e-65  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.81414 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_3052  predicted protein  43.06 
 
 		 378 aa  249  7e-65  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.100127  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1119  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.94 
 
 		 343 aa  248  1e-64  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1436  radical SAM enzyme, Cfr family  37.36 
 
 		 348 aa  247  2e-64  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1993  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.18 
 
 		 347 aa  246  4e-64  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2956  radical SAM enzyme, Cfr family  41.85 
 
 		 342 aa  246  4.9999999999999997e-64  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1711  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  36.9 
 
 		 347 aa  245  9e-64  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.294696  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1955  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.37 
 
 		 365 aa  245  9.999999999999999e-64  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1011  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.48 
 
 		 343 aa  243  3e-63  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1751  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.19 
 
 		 342 aa  242  7e-63  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.493385  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2488  radical SAM protein  39 
 
 		 356 aa  242  7.999999999999999e-63  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00360289  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2229  radical SAM enzyme, Cfr family  45.95 
 
 		 372 aa  242  9e-63  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.225702  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2317  radical SAM enzyme, Cfr family  44.93 
 
 		 372 aa  241  1e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.144753  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1313  radical SAM enzyme, Cfr family  45.43 
 
 		 360 aa  240  4e-62  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1631  hypothetical protein  44.35 
 
 		 372 aa  239  6.999999999999999e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.212269  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1758  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.33 
 
 		 361 aa  238  1e-61  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2516  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.97 
 
 		 362 aa  238  1e-61  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00628508  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1065  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.39 
 
 		 364 aa  238  2e-61  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3605  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.5 
 
 		 362 aa  237  3e-61  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1338  radical SAM enzyme, Cfr family  37.39 
 
 		 351 aa  237  3e-61  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0802459  normal  0.737261 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4057  radical SAM domain-containing protein  42 
 
 		 342 aa  236  3e-61  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.291969  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3906  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.97 
 
 		 362 aa  236  6e-61  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3715  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.97 
 
 		 362 aa  236  6e-61  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3623  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.97 
 
 		 362 aa  236  6e-61  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4002  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.97 
 
 		 362 aa  236  6e-61  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3878  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.97 
 
 		 362 aa  236  6e-61  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.42646e-19 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3963  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.97 
 
 		 362 aa  236  6e-61  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3912  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.97 
 
 		 362 aa  236  6e-61  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00181542  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0825  hypothetical protein  40.33 
 
 		 366 aa  235  7e-61  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1590  radical SAM protein  47.88 
 
 		 318 aa  234  1.0000000000000001e-60  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1280  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.68 
 
 		 362 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0793601 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0572  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  36.63 
 
 		 349 aa  233  3e-60  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00705994  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1503  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.92 
 
 		 340 aa  233  4.0000000000000004e-60  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.578618  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1323  radical SAM enzyme, Cfr family  42.33 
 
 		 348 aa  232  6e-60  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1699  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.89 
 
 		 348 aa  232  9e-60  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1442  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.35 
 
 		 340 aa  232  1e-59  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2184  radical SAM enzyme, Cfr family  43.37 
 
 		 382 aa  232  1e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1609  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.76 
 
 		 355 aa  231  2e-59  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00249025 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1479  hypothetical protein  41.28 
 
 		 382 aa  231  2e-59  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0665  radical SAM enzyme, Cfr family  36.44 
 
 		 341 aa  231  2e-59  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1468  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.35 
 
 		 340 aa  231  2e-59  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3687  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  36.81 
 
 		 362 aa  230  3e-59  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1533  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  36.36 
 
 		 349 aa  229  4e-59  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2310  radical SAM enzyme, Cfr family  39.31 
 
 		 349 aa  230  4e-59  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0772545  hitchhiker  0.000694436 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2180  radical SAM protein  46.2 
 
 		 377 aa  229  4e-59  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0906  radical SAM enzyme, Cfr family  40.36 
 
 		 356 aa  229  4e-59  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0784  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.68 
 
 		 364 aa  229  5e-59  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0834  radical SAM protein  41.47 
 
 		 428 aa  229  8e-59  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0281827 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1504  hypothetical protein  39.83 
 
 		 382 aa  227  2e-58  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0732  radical SAM enzyme, Cfr family  43.32 
 
 		 377 aa  227  2e-58  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1361  radical SAM enzyme, Cfr family  38.29 
 
 		 372 aa  227  2e-58  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1708  radical SAM protein  40.06 
 
 		 350 aa  227  3e-58  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1869  radical SAM protein  40.79 
 
 		 382 aa  226  4e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0444  hypothetical protein  42.09 
 
 		 355 aa  225  9e-58  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>