246 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrad2831_3762 on replicon NC_010505
Organism: Methylobacterium radiotolerans JCM 2831



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010725  Mpop_2459  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  74.03 
 
 
467 aa  676    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.343521 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2531  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  74.84 
 
 
467 aa  684    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.695435  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3762  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  100 
 
 
462 aa  946    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.12101  normal  0.44256 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2754  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  74.62 
 
 
467 aa  697    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.853539 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6363  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  70 
 
 
465 aa  610  1e-173  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.111638 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0155  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  59.35 
 
 
476 aa  498  1e-139  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0663  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  52.7 
 
 
464 aa  465  9.999999999999999e-131  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3129  DNA photolyase, FAD-binding  49.13 
 
 
468 aa  410  1e-113  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2139  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44 
 
 
456 aa  380  1e-104  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04990  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.42 
 
 
466 aa  374  1e-102  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3221  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.89 
 
 
448 aa  362  7.0000000000000005e-99  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.147791  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0725  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.35 
 
 
455 aa  351  1e-95  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3500  DNA photolyase FAD-binding protein  38.6 
 
 
453 aa  344  2e-93  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1961  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  40.26 
 
 
468 aa  313  4.999999999999999e-84  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.351083  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4497  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  41.35 
 
 
446 aa  309  5.9999999999999995e-83  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.112755  normal  0.578419 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0876  DNA photolyase, class 2  38.82 
 
 
459 aa  309  8e-83  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_45715  predicted protein  39.74 
 
 
467 aa  305  1.0000000000000001e-81  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.380145  normal  0.059566 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0527  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  38.7 
 
 
462 aa  303  6.000000000000001e-81  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1775  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.91 
 
 
447 aa  293  3e-78  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00154316  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0767  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.29 
 
 
451 aa  291  2e-77  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.268516 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0179  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  41.78 
 
 
487 aa  289  9e-77  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1321  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.33 
 
 
469 aa  287  2.9999999999999996e-76  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.533615  normal  0.0703748 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0522  DNA photolyase, class 2  36.69 
 
 
495 aa  285  9e-76  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.372488 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2829  deoxyribodipyrimidine photolyase, putative  38.53 
 
 
461 aa  284  2.0000000000000002e-75  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.242896  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2012  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.46 
 
 
450 aa  280  3e-74  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1936  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.35 
 
 
494 aa  269  1e-70  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2851  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.22 
 
 
473 aa  264  3e-69  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0415  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.14 
 
 
452 aa  252  8.000000000000001e-66  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3125  DNA photolyase FAD-binding  37.17 
 
 
486 aa  250  4e-65  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.848481  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3226  DNA photolyase FAD-binding  36.96 
 
 
486 aa  248  2e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.575372  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3007  DNA photolyase FAD-binding  37.06 
 
 
493 aa  240  4e-62  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.742505 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_30886  predicted protein  36.98 
 
 
506 aa  238  2e-61  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.25268 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3028  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  37.17 
 
 
490 aa  233  8.000000000000001e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1430  DNA photolyase FAD-binding protein  31.75 
 
 
493 aa  226  6e-58  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2716  deoxyribodipyrimidine photolyase  33.54 
 
 
490 aa  225  1e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009375  OSTLU_36787  predicted protein  35.41 
 
 
477 aa  225  2e-57  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.00684152  hitchhiker  0.00249943 
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_41733  predicted protein  35.41 
 
 
477 aa  225  2e-57  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.908244  normal  0.188048 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2693  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.26 
 
 
449 aa  220  3.9999999999999997e-56  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_51952  class II CPD photolyase  33.68 
 
 
511 aa  215  1.9999999999999998e-54  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4973  DNA photolyase FAD-binding protein  32.6 
 
 
496 aa  204  3e-51  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.179925 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0288  DNA photolyase FAD-binding protein  32.08 
 
 
843 aa  196  5.000000000000001e-49  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1268a  deoxyribodipyrimidine photolyase  24.65 
 
 
452 aa  85.5  0.000000000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.432586  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1215  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.93 
 
 
477 aa  85.5  0.000000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.300983  hitchhiker  0.000693547 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0266  hypothetical protein  27.03 
 
 
471 aa  83.6  0.000000000000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0271  hypothetical protein  26.36 
 
 
471 aa  81.6  0.00000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1615  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.26 
 
 
471 aa  80.5  0.00000000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0820  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.25 
 
 
469 aa  79.3  0.0000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.627339 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0513  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.61 
 
 
475 aa  78.2  0.0000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.237418 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1364  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.64 
 
 
473 aa  78.2  0.0000000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02016  DNA photolyase  30.43 
 
 
474 aa  77.8  0.0000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0782959  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0377  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.49 
 
 
486 aa  75.1  0.000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.215425 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1759  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  28.27 
 
 
454 aa  75.5  0.000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0257219  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3098  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.02 
 
 
487 aa  75.5  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.383524  normal  0.0341678 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2747  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  26.55 
 
 
474 aa  75.9  0.000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00995843  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4086  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.53 
 
 
449 aa  73.2  0.000000000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.703366  normal  0.759953 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3356  deoxyribodipyrimidine photolyase  27.04 
 
 
483 aa  72.8  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.617341  normal 
 
 
-
 
NC_011689  PHATRDRAFT_49165  predicted protein  28.25 
 
 
495 aa  71.2  0.00000000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.69324  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3589  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.38 
 
 
483 aa  71.2  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0870  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.15 
 
 
479 aa  71.2  0.00000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.040956 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4676  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.96 
 
 
500 aa  70.9  0.00000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.499221 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2364  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.1 
 
 
487 aa  70.9  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.513248 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1604  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.35 
 
 
486 aa  69.7  0.00000000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4411  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25 
 
 
487 aa  69.3  0.0000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00088119  normal  0.0752784 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1562  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.93 
 
 
471 aa  68.6  0.0000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.51951  normal  0.490223 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4932  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  26.25 
 
 
481 aa  68.2  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2257  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.9 
 
 
442 aa  67  0.0000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0430  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  29.67 
 
 
541 aa  67  0.0000000007  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2469  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.42 
 
 
475 aa  66.6  0.0000000009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000205711 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1613  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.35 
 
 
425 aa  65.9  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2903  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  31.54 
 
 
478 aa  65.9  0.000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.599485  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2844  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  26.32 
 
 
499 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0758456  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0810  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  29 
 
 
470 aa  65.5  0.000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0636  deoxyribodipyrimidine photolyase  32.9 
 
 
497 aa  65.1  0.000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2800  deoxyribodipyrimidine photolyase  32.9 
 
 
486 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2376  deoxyribodipyrimidine photolyase  32.9 
 
 
486 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1691  deoxyribodipyrimidine photolyase  32.9 
 
 
486 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.647987  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2911  deoxyribodipyrimidine photolyase  32.9 
 
 
534 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.152719  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2734  deoxyribodipyrimidine photolyase  32.9 
 
 
486 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.913993  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3211  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.19 
 
 
499 aa  64.3  0.000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.941968 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1262  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.97 
 
 
463 aa  64.3  0.000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.103305  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1166  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  30.63 
 
 
493 aa  64.3  0.000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1309  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.19 
 
 
499 aa  63.9  0.000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1165  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  30.63 
 
 
493 aa  63.9  0.000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2256  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  26.83 
 
 
479 aa  63.9  0.000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.786952  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3054  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.82 
 
 
505 aa  63.9  0.000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.746759  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1815  deoxyribodipyrimidine photolyase  33.55 
 
 
486 aa  63.5  0.000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.496869  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1236  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  30.63 
 
 
493 aa  63.5  0.000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3068  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.82 
 
 
500 aa  63.5  0.000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0465  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.49 
 
 
541 aa  63.5  0.000000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2677  deoxyribodipyrimidine photolyase  32.9 
 
 
486 aa  63.5  0.000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1112  deoxyribodipyrimidine photolyase  30.21 
 
 
487 aa  63.2  0.000000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.196695  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5849  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.3 
 
 
505 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1163  deoxyribodipyrimidine photolyase  31.67 
 
 
487 aa  63.2  0.00000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0998  deoxyribodipyrimidine photolyase  26.65 
 
 
457 aa  62.8  0.00000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.50142  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2924  deoxyribodipyrimidine photolyase  32.05 
 
 
476 aa  63.2  0.00000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3586  deoxyribodipyrimidine photolyase  30.21 
 
 
487 aa  63.2  0.00000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3384  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.38 
 
 
512 aa  62.4  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1394  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.91 
 
 
483 aa  62.4  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41430  Deoxyribodipyrimidine photolyase  30.52 
 
 
468 aa  62.4  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3038  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.74 
 
 
477 aa  61.2  0.00000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>