More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_01219 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_01219  putative LysR-family transcriptional regulator  100 
 
 		 302 aa  624  1e-178  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0639  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 296 aa  233  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.87643  normal  0.130782 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0949  transcriptional regulator, LysR family  39.31 
 
 		 292 aa  200  1.9999999999999998e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.634879  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1156  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 		 308 aa  165  6.9999999999999995e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3536  transcriptional regulator, LysR family  35.94 
 
 		 318 aa  161  1e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.246229  normal  0.724782 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1578  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 298 aa  160  3e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.492151  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2825  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 297 aa  155  8e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0726357  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1350  transcriptional regulator, LysR family  34.83 
 
 		 303 aa  154  1e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3361  transcriptional regulator, LysR family  35.12 
 
 		 298 aa  155  1e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0107379  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3502  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 310 aa  152  7e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3381  transcriptional regulator, LysR family  34.71 
 
 		 296 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3271  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 298 aa  142  9.999999999999999e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0045725 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1832  LysR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 298 aa  139  7e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2423  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 316 aa  135  6.0000000000000005e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.537567  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 298 aa  97.1  4e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 297 aa  94.4  2e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0310  transcriptional regulator, LysR family  31.25 
 
 		 287 aa  91.7  2e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.76271  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6757  transcriptional regulator, LysR family  23.91 
 
 		 300 aa  90.5  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.782335  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1269  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 298 aa  90.1  4e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.151838 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0758  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 301 aa  90.1  4e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.733983  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1243  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 298 aa  89.7  5e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4089  transcriptional regulator, LysR family  27.64 
 
 		 297 aa  88.2  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0884  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 298 aa  88.2  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1366  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 298 aa  88.2  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1471  transcriptional regulator, LysR family  23.64 
 
 		 307 aa  85.9  7e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0676455 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1344  LysR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 298 aa  85.9  8e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.749958  normal  0.0693843 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0053  transcriptional regulator, LysR family  27.17 
 
 		 307 aa  85.5  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0050  transcriptional regulator, LysR family  26.42 
 
 		 307 aa  80.9  0.00000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0160  transcription regulator protein  26.79 
 
 		 308 aa  80.1  0.00000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.603691  normal  0.705877 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5763  LysR family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 316 aa  80.1  0.00000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2358  chromosome replication initiation inhibitor protein  25.99 
 
 		 302 aa  79.3  0.00000000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.17613  normal  0.155084 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2690  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  29.25 
 
 		 297 aa  79  0.00000000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02429  DNA-binding transcriptional activator of 3-phenylpropionic acid catabolism  29.21 
 
 		 296 aa  79  0.0000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1131  transcriptional regulator, LysR family  29.21 
 
 		 296 aa  78.6  0.0000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02393  hypothetical protein  29.21 
 
 		 296 aa  79  0.0000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3769  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  29.21 
 
 		 296 aa  79  0.0000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1140  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  29.21 
 
 		 296 aa  79  0.0000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2689  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  29.21 
 
 		 296 aa  79  0.0000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00584589  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2822  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  29.21 
 
 		 296 aa  79  0.0000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.922303  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5949  DNA-binding transcriptional regulator CynR  25.36 
 
 		 295 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.233312  normal  0.638196 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5705  DNA-binding transcriptional regulator CynR  25 
 
 		 295 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.202456 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46330  putative transcriptional regulator  31.35 
 
 		 306 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0116434 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0270  transcriptional regulator, LysR family  24.42 
 
 		 298 aa  74.3  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3182  LysR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 300 aa  73.9  0.000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5762  LysR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 302 aa  73.9  0.000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2331  LysR family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 307 aa  73.9  0.000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3942  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 310 aa  73.6  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2418  transcriptional regulator, LysR family  26.6 
 
 		 312 aa  73.6  0.000000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1115  transcriptional regulator, LysR family  27.75 
 
 		 301 aa  73.2  0.000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5919  transcriptional regulator, LysR family  24.59 
 
 		 296 aa  73.2  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0746  leucine transcriptional activator  25.18 
 
 		 315 aa  72.8  0.000000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4050  LysR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 308 aa  72.4  0.000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0640  LysR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 318 aa  72.4  0.000000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.404969  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1255  LysR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 304 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.515451  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3123  transcriptional regulator, LysR family  27.35 
 
 		 293 aa  72  0.00000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1131  LysR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 294 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5612  LysR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 294 aa  72  0.00000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6562  transcriptional regulator, LysR family  24.59 
 
 		 296 aa  72  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30850  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 302 aa  71.6  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2713  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  25.8 
 
 		 299 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.565858  normal  0.203644 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1524  LysR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 297 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.365371  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3264  transcriptional regulator, LysR family  25.44 
 
 		 290 aa  71.2  0.00000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6244  transcriptional regulator, LysR family  25.6 
 
 		 296 aa  70.9  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.235646  normal  0.352956 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2434  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 301 aa  70.5  0.00000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6323  MarR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 294 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.482978  normal  0.771209 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5722  transcriptional regulator, LysR family  26 
 
 		 296 aa  70.1  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.437697  normal  0.903757 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0396  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 300 aa  70.1  0.00000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.21777  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2959  LysR family transcriptional regulator  24.82 
 
 		 290 aa  69.7  0.00000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2431  LysR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 299 aa  69.7  0.00000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0553  transcriptional regulator, LysR family  24.8 
 
 		 293 aa  69.7  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7065  transcriptional regulator, LysR family  26 
 
 		 296 aa  69.7  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000862794  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3285  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 301 aa  69.7  0.00000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.840822 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4972  transcriptional regulator, LysR family  26 
 
 		 296 aa  69.7  0.00000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2289  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 297 aa  69.7  0.00000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.650155 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0352  transcriptional regulator, LysR family  27.11 
 
 		 294 aa  69.7  0.00000000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7050  transcriptional regulator, LysR family  24.59 
 
 		 296 aa  69.7  0.00000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4227  LysR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 345 aa  69.3  0.00000000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3038  LysR family transcriptional regulator  25.44 
 
 		 290 aa  69.3  0.00000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000600808  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3271  LysR family transcriptional regulator  25.44 
 
 		 290 aa  69.3  0.00000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4970  transcriptional regulator, LysR family  25.6 
 
 		 296 aa  68.9  0.00000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1145  transcriptional regulator CysB-like protein  29.92 
 
 		 308 aa  68.9  0.00000000009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.207377  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2775  transcriptional regulator, LysR family  26.59 
 
 		 297 aa  68.9  0.00000000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.332368  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1656  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 297 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3436  LysR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 294 aa  68.6  0.0000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4958  LysR family transcriptional regulator  24.61 
 
 		 295 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.468232 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4438  LysR family transcriptional regulator  24.61 
 
 		 295 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000948245 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4199  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.52 
 
 		 298 aa  68.6  0.0000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0535  LysR family transcriptional regulator  24.39 
 
 		 296 aa  67.8  0.0000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.524385  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1855  transcriptional regulator, LysR family  25.28 
 
 		 308 aa  67.8  0.0000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3960  LysR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 320 aa  68.2  0.0000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.583838  normal  0.331614 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2293  LysR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 301 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2246  transcriptional regulator, LysR family  37.7 
 
 		 321 aa  67.8  0.0000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.604756 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1639  LysR family transcriptional regulator  24.51 
 
 		 291 aa  67.8  0.0000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6486  LysR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 301 aa  67.8  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.898531  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1225  LysR family transcriptional regulator  23.18 
 
 		 306 aa  68.2  0.0000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4367  LysR family transcriptional regulator  22.43 
 
 		 300 aa  68.2  0.0000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2269  transcriptional regulator, LysR family  25.72 
 
 		 303 aa  67.4  0.0000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3365  LysR substrate-binding  23.64 
 
 		 320 aa  67.4  0.0000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.415783  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0613  LysR family transcriptional regulator  25.98 
 
 		 304 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.723423  normal  0.0745761 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2086  transcriptional regulator, LysR family  26.48 
 
 		 307 aa  67.4  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.363313  normal  0.654508 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>