237 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3875 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3875  uracil-DNA glycosylase  100 
 
 		 248 aa  492  9.999999999999999e-139  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1846  uracil-DNA glycosylase  59.05 
 
 		 240 aa  225  6e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.963093  normal  0.33976 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0372  uracil-DNA glycosylase  55.05 
 
 		 237 aa  223  2e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0363  uracil-DNA glycosylase  55.05 
 
 		 237 aa  222  4e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.139499  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0580  uracil-DNA glycosylase  55.87 
 
 		 239 aa  215  5e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0773  uracil-DNA glycosylase  53.21 
 
 		 274 aa  215  5.9999999999999996e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.878372  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0587  uracil-DNA glycosylase  56.19 
 
 		 241 aa  214  7e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.392774  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4450  uracil-DNA glycosylase  54.59 
 
 		 249 aa  212  4.9999999999999996e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0313776  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3648  uracil-DNA glycosylase  51.71 
 
 		 245 aa  208  5e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3600  uracil-DNA glycosylase  52.16 
 
 		 250 aa  208  6e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0245858  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0528  uracil-DNA glycosylase  50.21 
 
 		 268 aa  206  4e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.822722  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0649  uracil-DNA glycosylase  50.21 
 
 		 259 aa  206  4e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0945  uracil-DNA glycosylase  50.21 
 
 		 259 aa  206  4e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1915  uracil-DNA glycosylase  50.21 
 
 		 259 aa  206  4e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3580  uracil-DNA glycosylase  49.79 
 
 		 271 aa  203  2e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.386025  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2914  uracil-DNA glycosylase  49.36 
 
 		 271 aa  203  2e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3561  uracil-DNA glycosylase  49.79 
 
 		 262 aa  203  2e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.922311  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3588  uracil-DNA glycosylase  49.79 
 
 		 262 aa  203  2e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0456  uracil-DNA glycosylase  49.36 
 
 		 279 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3501  uracil-DNA glycosylase  49.36 
 
 		 253 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000421907 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2576  uracil-DNA glycosylase  49.79 
 
 		 305 aa  199  3e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0529  uracil-DNA glycosylase  49.79 
 
 		 305 aa  199  3e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2764  uracil-DNA glycosylase  47.48 
 
 		 263 aa  198  5e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0501  uracil-DNA glycosylase  49.79 
 
 		 308 aa  198  7e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.699519 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3129  uracil-DNA glycosylase  47.68 
 
 		 263 aa  198  7.999999999999999e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.532075 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2865  uracil-DNA glycosylase  49.36 
 
 		 301 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.644996  normal  0.824735 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0434  uracil-DNA glycosylase  48.93 
 
 		 304 aa  196  3e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.227613  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3459  uracil-DNA glycosylase  56.88 
 
 		 235 aa  196  3e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.103316 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0458  uracil-DNA glycosylase  48.93 
 
 		 304 aa  196  3e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.22898 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3616  uracil-DNA glycosylase  49.36 
 
 		 301 aa  195  6e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13610  uracil-DNA glycosylase  54.55 
 
 		 232 aa  195  7e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3183  uracil-DNA glycosylase  46.72 
 
 		 256 aa  194  8.000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.315974  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2887  uracil-DNA glycosylase  48.1 
 
 		 266 aa  194  9e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.557481 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3560  uracil-DNA glycosylase  47.62 
 
 		 233 aa  192  6e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3256  uracil-DNA glycosylase  52.25 
 
 		 226 aa  190  2e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4288  uracil-DNA glycosylase  44.89 
 
 		 225 aa  187  1e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4770  uracil-DNA glycosylase  52.02 
 
 		 231 aa  186  4e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.740506  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54590  uracil-DNA glycosylase  52.02 
 
 		 231 aa  186  4e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000185097  normal  0.0296541 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2703  uracil-DNA glycosylase  46.85 
 
 		 270 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.528634  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5250  uracil-DNA glycosylase  45.37 
 
 		 225 aa  182  4.0000000000000006e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3028  uracil-DNA glycosylase  48.23 
 
 		 255 aa  182  4.0000000000000006e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0789088  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1822  uracil-DNA glycosylase  45.34 
 
 		 230 aa  182  4.0000000000000006e-45  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5648  uracil-DNA glycosylase  45.37 
 
 		 225 aa  182  4.0000000000000006e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2288  uracil-DNA glycosylase  45 
 
 		 223 aa  182  4.0000000000000006e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  1.4813e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1590  uracil-DNA glycosylase  43.18 
 
 		 269 aa  182  5.0000000000000004e-45  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000051966  hitchhiker  0.00000589305 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1413  uracil-DNA glycosylase  51.78 
 
 		 230 aa  182  6e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03325  uracil-DNA glycosylase  45.62 
 
 		 221 aa  182  6e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.100053  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2992  uracil-DNA glycosylase  52.33 
 
 		 235 aa  182  6e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3241  uracil-DNA glycosylase  44.59 
 
 		 233 aa  181  8.000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3919  uracil-DNA glycosylase  49.45 
 
 		 225 aa  181  1e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4308  uracil-DNA glycosylase  51.27 
 
 		 230 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1381  uracil-DNA glycosylase  51.79 
 
 		 229 aa  181  1e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.541157  normal  0.225249 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2059  uracil-DNA glycosylase  49.51 
 
 		 245 aa  179  2e-44  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.963745 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3206  uracil-DNA glycosylase  52.79 
 
 		 261 aa  179  2.9999999999999997e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.240216 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3970  uracil-DNA glycosylase  44.35 
 
 		 230 aa  179  4e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.439338  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5430  uracil-DNA glycosylase  48.42 
 
 		 225 aa  179  4.999999999999999e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5521  uracil-DNA glycosylase  48.42 
 
 		 225 aa  178  7e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4236  uracil-DNA glycosylase  45.02 
 
 		 230 aa  178  9e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1349  uracil-DNA glycosylase  43.48 
 
 		 231 aa  177  1e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.170175  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5493  uracil-DNA glycosylase  44.91 
 
 		 225 aa  177  1e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2551  uracil-DNA glycosylase  42.47 
 
 		 224 aa  177  1e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00945  uracil-DNA glycosylase  43.61 
 
 		 226 aa  177  1e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2929  uracil-DNA glycosylase  46.61 
 
 		 219 aa  177  2e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000416129  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004450  uracil-DNA glycosylase  43.86 
 
 		 226 aa  176  2e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0252327  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5527  uracil-DNA glycosylase  47.37 
 
 		 225 aa  176  3e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.77536  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5079  uracil-DNA glycosylase  44.91 
 
 		 225 aa  176  3e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000684584  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5096  uracil-DNA glycosylase  47.37 
 
 		 225 aa  176  3e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.601619  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5577  uracil-DNA glycosylase  47.37 
 
 		 225 aa  176  3e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0112  uracil-DNA glycosylase  42.92 
 
 		 232 aa  176  4e-43  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5191  uracil-DNA glycosylase  46.84 
 
 		 225 aa  176  5e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1054  uracil-DNA glycosylase  45.13 
 
 		 230 aa  175  7e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2820  uracil-DNA glycosylase  53.37 
 
 		 241 aa  175  7e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.840691 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4397  uracil-DNA glycosylase  50.51 
 
 		 230 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1058  uracil-DNA glycosylase  48.5 
 
 		 225 aa  174  9.999999999999999e-43  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4244  uracil-DNA glycosylase  45.92 
 
 		 232 aa  174  9.999999999999999e-43  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.106427  normal  0.0153666 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2378  uracil-DNA glycosylase  55.84 
 
 		 234 aa  174  9.999999999999999e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.155716  normal  0.0973542 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5297  uracil-DNA glycosylase  51.05 
 
 		 225 aa  174  9.999999999999999e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.355342  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2586  uracil-DNA glycosylase  46.28 
 
 		 222 aa  174  1.9999999999999998e-42  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2033  uracil-DNA glycosylase  42.17 
 
 		 221 aa  173  1.9999999999999998e-42  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0400  hypothetical protein  41.26 
 
 		 220 aa  173  1.9999999999999998e-42  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1218  uracil-DNA glycosylase  47.96 
 
 		 218 aa  172  2.9999999999999996e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.145482  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03712  uracil-DNA glycosylase  44.44 
 
 		 241 aa  173  2.9999999999999996e-42  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3318  uracil-DNA glycosylase  46.12 
 
 		 228 aa  172  3.9999999999999995e-42  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0407603  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3371  uracil-DNA glycosylase  51.1 
 
 		 224 aa  172  3.9999999999999995e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000031363  n/a   
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_12267  predicted protein  43.89 
 
 		 227 aa  172  3.9999999999999995e-42  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_94976  predicted protein  41.25 
 
 		 244 aa  172  3.9999999999999995e-42  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.978497 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0126  uracil-DNA glycosylase  39.3 
 
 		 229 aa  172  3.9999999999999995e-42  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.560482  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3683  uracil-DNA glycosylase  50.26 
 
 		 227 aa  171  7.999999999999999e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000721221  normal  0.0564802 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0808  uracil-DNA glycosylase  44.91 
 
 		 231 aa  171  9e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4548  uracil-DNA glycosylase  44.65 
 
 		 225 aa  171  1e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1556  uracil-DNA glycosylase  42.51 
 
 		 225 aa  170  2e-41  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.478183 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0093  uracil-DNA glycosylase  40.83 
 
 		 231 aa  170  2e-41  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3314  uracil-DNA glycosylase  42.08 
 
 		 222 aa  170  2e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.518113  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2269  uracil-DNA glycosylase  47.19 
 
 		 243 aa  170  2e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2912  uracil-DNA glycosylase  44.55 
 
 		 221 aa  170  2e-41  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0496469  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02474  uracil-DNA glycosylase  46.05 
 
 		 229 aa  169  3e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.386825  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1497  uracil-DNA glycosylase  46.84 
 
 		 247 aa  169  3e-41  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0754216  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02438  hypothetical protein  46.05 
 
 		 229 aa  169  3e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.372619  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1088  uracil-DNA glycosylase  46.05 
 
 		 229 aa  169  4e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0467841  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1097  uracil-DNA glycosylase  46.05 
 
 		 229 aa  169  4e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00580941  normal  0.146724 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>