More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1094 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_1094  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  100 
 
 
166 aa  343  8e-94  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0774  hypothetical protein  61.45 
 
 
166 aa  213  9.999999999999999e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.00906515  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1491  putative cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  61.39 
 
 
180 aa  209  2e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0201643  normal  0.443288 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3082  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  60.76 
 
 
170 aa  205  2e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.598256  normal  0.775972 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2635  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  59.49 
 
 
180 aa  203  9e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.824071 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4186  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  60 
 
 
180 aa  199  9.999999999999999e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3962  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  59.24 
 
 
158 aa  198  3e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0842  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  59.62 
 
 
178 aa  196  1.0000000000000001e-49  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1141  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  57.32 
 
 
174 aa  185  3e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.935538  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2431  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  52.98 
 
 
194 aa  179  1e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0944  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  45.75 
 
 
160 aa  154  6e-37  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.91853  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5084  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  49.01 
 
 
163 aa  145  2.0000000000000003e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.326252  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1094  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  57.14 
 
 
119 aa  145  3e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2127  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  48.47 
 
 
168 aa  140  9e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2730  cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding region  50.32 
 
 
169 aa  139  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2704  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  47.02 
 
 
158 aa  136  1e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.426066  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2065  putative cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  44.67 
 
 
240 aa  130  6e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.448828  normal  0.178855 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2056  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  49.01 
 
 
169 aa  130  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0971976  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0700  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  40.67 
 
 
157 aa  112  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.192591  normal  0.865877 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0797  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  40.67 
 
 
158 aa  112  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1723  hypothetical protein  39.47 
 
 
163 aa  90.5  1e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1995  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  37.5 
 
 
158 aa  89.4  2e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.410686 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1137  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  36.77 
 
 
171 aa  87  1e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1083  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  38.24 
 
 
169 aa  85.1  4e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3453  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  35.95 
 
 
157 aa  82.8  0.000000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3970  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  34.84 
 
 
176 aa  80.5  0.000000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.440685  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2118  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  34.78 
 
 
174 aa  80.5  0.00000000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.154407  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4125  cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding region  37.01 
 
 
159 aa  80.1  0.00000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.551525  normal  0.0879812 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1211  cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding region  35.06 
 
 
153 aa  79.7  0.00000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.728122  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1158  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  36.84 
 
 
164 aa  76.3  0.0000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.325867  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4330  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  33.74 
 
 
163 aa  75.1  0.0000000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.278025  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2797  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  38.22 
 
 
159 aa  73.6  0.000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.129572  normal  0.840022 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2770  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding protein  38.22 
 
 
159 aa  73.6  0.000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.168453  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2814  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  38.22 
 
 
159 aa  73.6  0.000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.14611 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1535  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  30.72 
 
 
159 aa  71.6  0.000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.346938  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00510  cytosine/adenosine deaminase  34.9 
 
 
163 aa  70.9  0.000000000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3057  dCMP deaminase  35.58 
 
 
157 aa  70.1  0.00000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.876762  normal  0.403626 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2902  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  41.58 
 
 
157 aa  69.7  0.00000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000164713  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11560  cytosine/adenosine deaminase  32.68 
 
 
163 aa  69.3  0.00000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.40278  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1525  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  32.89 
 
 
147 aa  69.7  0.00000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4568  cytosine/adenosine deaminase  39.02 
 
 
141 aa  68.9  0.00000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0674269 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1704  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  35.1 
 
 
163 aa  68.9  0.00000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.541533  normal  0.158626 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3058  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  35.53 
 
 
159 aa  69.3  0.00000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.315568 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3332  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  32.67 
 
 
163 aa  68.2  0.00000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.760354  normal  0.0291564 
 
 
-
 
NC_002950  PG1728  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  38.24 
 
 
150 aa  68.2  0.00000000005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04155  putative cytosine/adenosine deaminase  41.57 
 
 
149 aa  68.2  0.00000000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.411988  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1618  tRNA-adenosine deaminase  43.3 
 
 
158 aa  68.2  0.00000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3001  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  40.52 
 
 
145 aa  67.8  0.00000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.341603 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2050  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  27.95 
 
 
165 aa  67.4  0.00000000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.932057  normal  0.385935 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4204  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  38.18 
 
 
150 aa  66.6  0.0000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.906022  normal 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3645  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  35.83 
 
 
156 aa  66.2  0.0000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.174881  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1450  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  34.9 
 
 
163 aa  66.6  0.0000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.875484  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2072  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  34.86 
 
 
154 aa  66.6  0.0000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.466878  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4222  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  36.04 
 
 
157 aa  65.5  0.0000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1299  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  42 
 
 
178 aa  65.9  0.0000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00201602  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1272  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  40.38 
 
 
148 aa  65.5  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.658036 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3346  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  38.94 
 
 
143 aa  65.1  0.0000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.706534 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1065  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  31.01 
 
 
146 aa  64.7  0.0000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3035  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  38.18 
 
 
173 aa  64.3  0.0000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2644  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  40.66 
 
 
164 aa  64.7  0.0000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4941  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  36.19 
 
 
168 aa  64.3  0.0000000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1139  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  40 
 
 
189 aa  63.9  0.0000000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.414141  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0738  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  38.61 
 
 
150 aa  63.9  0.000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0289  zinc-binding domain-containing protein  41.49 
 
 
137 aa  63.2  0.000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1170  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  45.83 
 
 
148 aa  63.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.358945 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2805  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  37.27 
 
 
158 aa  63.5  0.000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3121  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  42.22 
 
 
177 aa  63.5  0.000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5394  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  36.56 
 
 
144 aa  62.4  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1686  hypothetical protein  41.25 
 
 
149 aa  63.2  0.000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1685  hypothetical protein  41.25 
 
 
149 aa  63.2  0.000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2515  guanine deaminase  34.83 
 
 
154 aa  62.4  0.000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0479995  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2142  tRNA-adenosine deaminase  35.09 
 
 
147 aa  62  0.000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0017  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  32.45 
 
 
151 aa  62  0.000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.484063  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1229  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  36.78 
 
 
156 aa  62.4  0.000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2982  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  42.05 
 
 
175 aa  62.4  0.000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4809  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  41.18 
 
 
475 aa  62.4  0.000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.779004  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20800  tRNA-adenosine deaminase  42.7 
 
 
159 aa  62  0.000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  2.3528e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1238  tRNA-adenosine deaminase  35.96 
 
 
222 aa  62  0.000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3140  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  42.05 
 
 
175 aa  62  0.000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.386014 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1562  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  37.37 
 
 
169 aa  62  0.000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0968895  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2704  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  38.38 
 
 
154 aa  61.6  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1532  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  36.14 
 
 
159 aa  61.6  0.000000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00420564  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1840  tRNA-adenosine deaminase  41.24 
 
 
168 aa  61.6  0.000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0533758  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0109  cytosine/adenosine deaminase  36.63 
 
 
148 aa  61.6  0.000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.329241 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3399  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  38.38 
 
 
154 aa  61.6  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.837271  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1461  hypothetical protein  36.14 
 
 
159 aa  61.6  0.000000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.252188  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1303  cytosine/adenosine deaminase  30.25 
 
 
148 aa  61.2  0.000000006  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1381  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  42.05 
 
 
175 aa  61.2  0.000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.366116  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004282  tRNA-specific adenosine-34 deaminase  38.46 
 
 
182 aa  61.2  0.000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3095  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  40.22 
 
 
147 aa  61.2  0.000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.786655  normal  0.970184 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3324  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  40.45 
 
 
176 aa  61.2  0.000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4636  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  41.3 
 
 
146 aa  61.2  0.000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1225  cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding region  35.79 
 
 
163 aa  60.8  0.000000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.800541  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2996  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  42.05 
 
 
174 aa  60.8  0.000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1482  cytosine/adenosine deaminase  38.95 
 
 
149 aa  60.8  0.000000009  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1216  tRNA-adenosine deaminase  36.7 
 
 
151 aa  60.5  0.00000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4544  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  34.91 
 
 
183 aa  60.5  0.00000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.285833  normal  0.383896 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1271  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  42 
 
 
177 aa  60.1  0.00000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000483662  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0014  tRNA-adenosine deaminase  34.51 
 
 
158 aa  60.5  0.00000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000574394  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3563  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  37.78 
 
 
166 aa  60.5  0.00000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>