More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_0763 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU2475  sigma-54 dependent transcriptional regulator  87.04 
 
 
903 aa  1630    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.198348  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0176  transcriptional regulator  54.68 
 
 
940 aa  1025    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.544454  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0763  putative GAF sensor protein  100 
 
 
936 aa  1917    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0312  Sigma 54 interacting domain protein  67.2 
 
 
934 aa  1308    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3326  putative phytochrome sensor protein  65.27 
 
 
935 aa  1256    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0551  putative GAF sensor protein  76.38 
 
 
937 aa  1469    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0455  putative GAF sensor protein  64.49 
 
 
937 aa  1219    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.704561  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0330  putative phytochrome sensor protein  67.2 
 
 
925 aa  1305    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51000  Nif-specific sigma54-dependent transcriptional activator protein, NifA  35.53 
 
 
522 aa  186  1.0000000000000001e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.519777  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0508  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  32.76 
 
 
495 aa  184  7e-45  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2442  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.75 
 
 
480 aa  184  8.000000000000001e-45  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2290  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.93 
 
 
456 aa  182  2e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1326  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  36.42 
 
 
485 aa  182  2.9999999999999997e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2533  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  36.42 
 
 
483 aa  182  2.9999999999999997e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2629  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  36.42 
 
 
483 aa  181  4e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.14604  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49020  sigma54-dependent transcriptional activator for the iron only nitrogenase, AnfA  35.08 
 
 
537 aa  181  8e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0282  transcriptional regulator NifA  33.91 
 
 
525 aa  179  2e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.262632  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1811  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.93 
 
 
474 aa  179  3e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.053001 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0570  NifA subfamily transcriptional regulator  30.17 
 
 
508 aa  178  4e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.106051  normal  0.50757 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1244  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  30.62 
 
 
545 aa  177  6e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.771278 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1527  Nif-specific regulatory protein  30.62 
 
 
545 aa  177  6e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1701  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.67 
 
 
514 aa  177  7e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0309772 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1785  NifA subfamily transcriptional regulator  30.1 
 
 
507 aa  176  9.999999999999999e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1185  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.98 
 
 
480 aa  176  1.9999999999999998e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.170732  normal  0.829562 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3389  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.77 
 
 
462 aa  175  2.9999999999999996e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0512  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  30.96 
 
 
524 aa  175  2.9999999999999996e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0827  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  35.86 
 
 
447 aa  176  2.9999999999999996e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0776  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.55 
 
 
454 aa  175  3.9999999999999995e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2239  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.63 
 
 
457 aa  174  5.999999999999999e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26490  sigma54-dependent activator protein  41.05 
 
 
485 aa  174  5.999999999999999e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.593646  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1624  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  31.25 
 
 
561 aa  174  9e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.714408  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0058  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.58 
 
 
449 aa  173  1e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2554  type 4 fimbriae expression regulatory protein PilR  38.99 
 
 
452 aa  173  2e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1986  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.63 
 
 
457 aa  172  2e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.546437 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08281  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family protein  40.95 
 
 
388 aa  173  2e-41  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6438  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.67 
 
 
394 aa  172  3e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00615091  normal  0.383003 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1152  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  33.42 
 
 
534 aa  172  3e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0929318 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2061  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  39.3 
 
 
442 aa  172  3e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2198  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  33.9 
 
 
512 aa  172  3e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3620  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  36.09 
 
 
449 aa  171  4e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.351229  hitchhiker  0.00000838354 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4753  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  32.68 
 
 
557 aa  171  4e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.050677  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47100  sigma54-dependent activator protein  33.61 
 
 
517 aa  171  5e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.536607  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2510  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  40 
 
 
448 aa  171  6e-41  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4849  NifA subfamily transcriptional regulator  32.3 
 
 
566 aa  171  7e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.728864 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3475  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  32.65 
 
 
529 aa  171  7e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.232815  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0776  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  40.69 
 
 
465 aa  171  8e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1869  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.77 
 
 
464 aa  171  8e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2591  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  34.76 
 
 
457 aa  170  9e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.313706  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2084  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  38.82 
 
 
477 aa  170  9e-41  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.327808  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02780  vanadium nitrogenase sigma54-dependent transcriptional activator, VnfA  32.8 
 
 
522 aa  170  1e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.274487  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0183  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.2 
 
 
387 aa  170  1e-40  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1954  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.77 
 
 
464 aa  170  1e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.611403  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0626  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.24 
 
 
460 aa  170  1e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3581  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  36.64 
 
 
490 aa  170  1e-40  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0374719 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1017  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.24 
 
 
445 aa  170  1e-40  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.246569  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4999  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  40.34 
 
 
523 aa  169  2e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1311  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  32.62 
 
 
538 aa  169  2e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0530064  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0532  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.68 
 
 
470 aa  169  2e-40  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00706375  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0106  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  34.86 
 
 
459 aa  169  2e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.327572  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3091  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35.23 
 
 
457 aa  169  2e-40  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2617  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  31.52 
 
 
535 aa  169  2e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3211  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  29.23 
 
 
535 aa  169  2e-40  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.050202  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1635  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  34.36 
 
 
457 aa  169  2e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1372  transcriptional regulator NifA  30.96 
 
 
593 aa  169  2e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1039  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  40.6 
 
 
566 aa  169  2.9999999999999998e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1397  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  34.8 
 
 
458 aa  169  2.9999999999999998e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3375  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.26 
 
 
461 aa  169  2.9999999999999998e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2355  two component Fis family transcriptional regulator  36.96 
 
 
465 aa  168  4e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.658958  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1028  response regulator receiver protein  33.85 
 
 
439 aa  168  4e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.163891  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0168  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  33.72 
 
 
459 aa  168  4e-40  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.564625  normal  0.730975 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2506  sensory box protein/sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  38.46 
 
 
564 aa  168  5e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.92979  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2519  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis Family  35.32 
 
 
468 aa  168  5e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45900  nitrogen regulation protein, sigma 54-dependent response regulator NtrC (NR(I))  34.94 
 
 
478 aa  168  5e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4669  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  33.06 
 
 
533 aa  168  5e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0286  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35.2 
 
 
488 aa  168  5e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.525369 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2901  nitrogen regulation protein NR(I)  35.32 
 
 
468 aa  168  5e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4025  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  33.52 
 
 
532 aa  167  5.9999999999999996e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.986503  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33440  sigma54-dependent activator protein  32.5 
 
 
493 aa  167  5.9999999999999996e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0113  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  34.56 
 
 
459 aa  167  5.9999999999999996e-40  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.212971  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0074  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.65 
 
 
483 aa  167  6.9999999999999995e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0181228  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3615  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.08 
 
 
383 aa  167  8e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.176603 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1495  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  35.54 
 
 
458 aa  167  9e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.301103  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04971  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  38.35 
 
 
444 aa  167  9e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4653  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  32.47 
 
 
517 aa  167  9e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.806427 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1161  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41 
 
 
496 aa  167  9e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.175427  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0115  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35.22 
 
 
481 aa  167  9e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0397  nitrogen regulation protein NR(I)  37.55 
 
 
466 aa  167  1.0000000000000001e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.482559  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0097  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.5 
 
 
448 aa  166  1.0000000000000001e-39  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1538  response regulator receiver protein  35.43 
 
 
579 aa  167  1.0000000000000001e-39  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.970597  normal  0.0596632 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1058  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.69 
 
 
462 aa  167  1.0000000000000001e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0191246 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2009  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.77 
 
 
463 aa  167  1.0000000000000001e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1788  sigma-54 factor, interaction region  35.07 
 
 
542 aa  167  1.0000000000000001e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.337598  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1577  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  31.06 
 
 
581 aa  167  1.0000000000000001e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1204  transcriptional regulator NifA  33.72 
 
 
550 aa  167  1.0000000000000001e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.132443  hitchhiker  0.00777378 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2200  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  33.98 
 
 
459 aa  167  1.0000000000000001e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5047  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.06 
 
 
387 aa  166  1.0000000000000001e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0897789  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1798  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.2 
 
 
466 aa  167  1.0000000000000001e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.634231  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0148  sigma-54-dependent transcriptional regulator  38.87 
 
 
417 aa  166  2.0000000000000002e-39  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0764  transcriptional regulator NifA  33.43 
 
 
511 aa  166  2.0000000000000002e-39  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4104  sigma54 specific transcriptional regulator  44.84 
 
 
661 aa  166  2.0000000000000002e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>