More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_2334 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011365  Gdia_2334  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 
318 aa  616  1e-175  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4166  LysR family transcriptional regulator  48.9 
 
 
318 aa  261  1e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.949115  normal  0.20425 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4109  transcriptional regulator, LysR family  39.47 
 
 
323 aa  187  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4287  LysR family transcriptional regulator  39.27 
 
 
295 aa  176  4e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0108565 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2566  transcriptional regulator, LysR family  37.34 
 
 
297 aa  169  5e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3495  LysR family transcriptional regulator  37.38 
 
 
296 aa  167  2e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.222915  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3138  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
296 aa  166  4e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.20157 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 
317 aa  151  1e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4210  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 
294 aa  144  2e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0331474  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.46 
 
 
303 aa  138  1e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.79 
 
 
303 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.46 
 
 
303 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.46 
 
 
303 aa  136  4e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.46 
 
 
303 aa  136  4e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.46 
 
 
303 aa  136  4e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.46 
 
 
303 aa  136  4e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.46 
 
 
303 aa  136  6.0000000000000005e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.46 
 
 
303 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.46 
 
 
303 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.13 
 
 
303 aa  135  8e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.13 
 
 
303 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0291  transcriptional regulator  37.02 
 
 
297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.13 
 
 
303 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.36 
 
 
308 aa  133  3.9999999999999996e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.49 
 
 
303 aa  132  9e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.8 
 
 
303 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3473  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 
302 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.878224 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.13 
 
 
303 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.22 
 
 
309 aa  130  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3368  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 
307 aa  129  8.000000000000001e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.39 
 
 
308 aa  129  9.000000000000001e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.39 
 
 
307 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.07 
 
 
304 aa  129  1.0000000000000001e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.1 
 
 
306 aa  127  2.0000000000000002e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.72 
 
 
307 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2113  LysR family transcriptional regulator  35.28 
 
 
296 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6163  LysR family transcriptional regulator  35.95 
 
 
292 aa  127  3e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.804904  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  30.79 
 
 
305 aa  126  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  30.79 
 
 
305 aa  126  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0325  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.52 
 
 
320 aa  127  4.0000000000000003e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.79 
 
 
305 aa  126  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  30.79 
 
 
305 aa  126  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.79 
 
 
305 aa  126  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.79 
 
 
305 aa  126  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.79 
 
 
305 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.79 
 
 
305 aa  126  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6456  LysR family transcriptional regulator  35.95 
 
 
306 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.450926  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.79 
 
 
305 aa  126  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4194  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 
302 aa  126  5e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0402435 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  33 
 
 
314 aa  126  6e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4553  hypothetical protein  32.56 
 
 
302 aa  125  7e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2267  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 
302 aa  125  7e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000460407  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0181  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.29 
 
 
320 aa  125  7e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4415  LysR family transcriptional regulator  36.1 
 
 
295 aa  125  1e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1542  LysR family transcriptional regulator  32.91 
 
 
296 aa  125  1e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.222997  normal  0.870899 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2331  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 
305 aa  125  1e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0724376  normal  0.145615 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4774  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 
296 aa  125  1e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5893  LysR family transcriptional regulator  33.97 
 
 
295 aa  125  1e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0058  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.77 
 
 
297 aa  125  1e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1692  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 
305 aa  124  2e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  30.1 
 
 
306 aa  124  2e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 
308 aa  124  3e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1431  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 
306 aa  124  3e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53118  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6398  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 
306 aa  124  3e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.737732  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS01684  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.81 
 
 
313 aa  123  4e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 
311 aa  123  4e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3605  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 
312 aa  123  4e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.245309  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4773  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 
295 aa  122  6e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0187  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.08 
 
 
320 aa  122  7e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.163484  normal  0.742641 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3829  LysR family transcriptional regulator  34.31 
 
 
292 aa  122  8e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.13066 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2192  LysR family transcriptional regulator  34.31 
 
 
292 aa  122  8e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.12141  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3540  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 
310 aa  122  8e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1948  transcriptional regulator, LysR family  33.01 
 
 
311 aa  122  9e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.244059  normal  0.065003 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1385  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 
311 aa  121  9.999999999999999e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.765137  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.19 
 
 
310 aa  121  9.999999999999999e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.42 
 
 
305 aa  122  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.42 
 
 
305 aa  122  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.42 
 
 
305 aa  122  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.42 
 
 
305 aa  122  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.42 
 
 
305 aa  122  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.8 
 
 
306 aa  120  1.9999999999999998e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2541  LysR family transcriptional regulator  35.32 
 
 
294 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5325  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 
301 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.972364  normal  0.036575 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2089  LysR substrate-binding  32.28 
 
 
314 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.127405 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2364  transcriptional regulator, LysR family  32.28 
 
 
314 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0308026 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.1 
 
 
305 aa  120  3.9999999999999996e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.1 
 
 
305 aa  120  3.9999999999999996e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0010  LysR family transcriptional regulator  32.37 
 
 
301 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1256  LysR family transcriptional regulator  32.36 
 
 
310 aa  120  3.9999999999999996e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.196796  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.1 
 
 
305 aa  120  3.9999999999999996e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2900  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.08 
 
 
329 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2275  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.08 
 
 
329 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3358  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 
293 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2890  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.08 
 
 
329 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4215  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.44 
 
 
322 aa  119  6e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0248  LysR family transcriptional regulator  31.35 
 
 
302 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319703  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2548  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 
328 aa  119  7.999999999999999e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0381  LysR family transcriptional regulator  33.01 
 
 
327 aa  119  7.999999999999999e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.54152  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4430  LysR family transcriptional regulator  32.59 
 
 
298 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3079  normal  0.432703 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6674  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 
296 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.143364 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>