More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3920 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU0344  NADH dehydrogenase I, G subunit, putative  68.28 
 
 		 826 aa  1186    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3349  NADH dehydrogenase I, G subunit, putative  69.57 
 
 		 828 aa  1186    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.407234  normal  0.217544 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4238  molybdopterin oxidoreductase  72.1 
 
 		 828 aa  1248    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3132  molybdopterin oxidoreductase  62.73 
 
 		 815 aa  1025    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4004  molybdopterin oxidoreductase  97.81 
 
 		 821 aa  1566    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.08061e-23 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3920  molybdopterin oxidoreductase  100 
 
 		 821 aa  1679    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.403816  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0386  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.71 
 
 		 917 aa  572  1e-161  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.118073  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3507  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.97 
 
 		 893 aa  560  1e-158  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3503  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.51 
 
 		 900 aa  554  1e-156  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0156  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.16 
 
 		 898 aa  550  1e-155  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0100  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.02 
 
 		 893 aa  546  1e-154  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000102152  hitchhiker  0.000000000000206048 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3520  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.09 
 
 		 904 aa  545  1e-153  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2312  formate dehydrogenase subunit alpha  36.62 
 
 		 899 aa  541  9.999999999999999e-153  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0941024  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1398  formate dehydrogenase, alpha subunit  35.29 
 
 		 893 aa  536  1e-151  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0704  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.82 
 
 		 900 aa  534  1e-150  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3022  Fe(III) reductase, alpha subunit  37.97 
 
 		 831 aa  530  1e-149  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0509  Fe(III) reductase, alpha subunit  37.53 
 
 		 844 aa  520  1e-146  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0660  molybdopterin oxidoreductase  37.86 
 
 		 822 aa  521  1e-146  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.672989  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3639  molybdopterin oxidoreductase  36.98 
 
 		 843 aa  503  1e-141  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.424964  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4113  formate dehydrogenase, alpha subunit  35.45 
 
 		 901 aa  503  1e-141  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.163208  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0673  molybdopterin oxidoreductase  36.67 
 
 		 822 aa  493  9.999999999999999e-139  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.01358e-20 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1538  molybdopterin oxidoreductase  36.81 
 
 		 879 aa  487  1e-136  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0167  formate dehydrogenase, alpha subunit  35.58 
 
 		 886 aa  485  1e-135  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0530728  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3509  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.77 
 
 		 905 aa  483  1e-135  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.434543  normal  0.526227 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0915  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.81 
 
 		 920 aa  450  1e-125  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0808  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.37 
 
 		 879 aa  448  1.0000000000000001e-124  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0661  molybdopterin oxidoreductase  35.51 
 
 		 808 aa  449  1.0000000000000001e-124  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3617  molybdopterin oxidoreductase  33.21 
 
 		 850 aa  444  1e-123  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1043  NADH-quinone oxidoreductase, chain G  33.33 
 
 		 903 aa  441  9.999999999999999e-123  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3087  NADH-quinone oxidoreductase, chain G  33.15 
 
 		 913 aa  439  1e-121  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0720  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.39 
 
 		 949 aa  427  1e-118  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3389  NADH-quinone oxidoreductase, chain G  36.16 
 
 		 923 aa  417  9.999999999999999e-116  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25280  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.44 
 
 		 911 aa  416  9.999999999999999e-116  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0556633 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2249  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.37 
 
 		 903 aa  414  1e-114  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.580662  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00220  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.02 
 
 		 906 aa  411  1e-113  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.0797991 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2237  NADH-quinone oxidoreductase, chain G  33.26 
 
 		 918 aa  411  1e-113  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4024  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.81 
 
 		 966 aa  407  1.0000000000000001e-112  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0809  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.37 
 
 		 1410 aa  409  1.0000000000000001e-112  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0964  NAD-dependent formate dehydrogenase, alpha subunit  31.49 
 
 		 982 aa  408  1.0000000000000001e-112  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.133867  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3023  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.38 
 
 		 982 aa  408  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0162015  normal  0.0152175 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0641  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.1 
 
 		 979 aa  403  1e-111  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0031  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.86 
 
 		 1000 aa  403  1e-111  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2185  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.6 
 
 		 960 aa  401  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.602321  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0990  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.86 
 
 		 951 aa  400  9.999999999999999e-111  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4651  formate dehydrogenase, alpha subunit  29.72 
 
 		 937 aa  402  9.999999999999999e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1708  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.45 
 
 		 959 aa  401  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1391  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.63 
 
 		 947 aa  396  1e-109  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1809  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.67 
 
 		 960 aa  399  1e-109  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.550904  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06362  oxidoreductase  33.42 
 
 		 1412 aa  398  1e-109  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2805  formate dehydrogenase, alpha subunit  29.81 
 
 		 945 aa  397  1e-109  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.685721 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3552  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.37 
 
 		 960 aa  399  1e-109  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3266  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.52 
 
 		 988 aa  398  1e-109  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.271284  normal  0.20027 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0838  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.54 
 
 		 1440 aa  399  1e-109  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2576  formate dehydrogenase, alpha subunit  29.93 
 
 		 925 aa  394  1e-108  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0255  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.18 
 
 		 952 aa  394  1e-108  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0971632  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0990  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.78 
 
 		 983 aa  394  1e-108  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.656443 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2058  formate dehydrogenase, alpha subunit  29.8 
 
 		 967 aa  395  1e-108  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.896651  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4869  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.46 
 
 		 950 aa  395  1e-108  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0187329 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0450  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.81 
 
 		 984 aa  393  1e-108  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.858013  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2595  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.81 
 
 		 984 aa  393  1e-108  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.619743  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0180  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.81 
 
 		 984 aa  393  1e-108  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3012  NAD-dependent formate dehydrogenase alpha subunit  30.81 
 
 		 984 aa  393  1e-108  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.467116  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4144  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.07 
 
 		 983 aa  394  1e-108  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.110494  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0967  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.81 
 
 		 984 aa  393  1e-108  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0398  NAD-dependent formate dehydrogenase alpha subunit  34.09 
 
 		 1385 aa  395  1e-108  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2964  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.49 
 
 		 984 aa  393  1e-108  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3051  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.21 
 
 		 1424 aa  393  1e-108  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0552  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.78 
 
 		 983 aa  394  1e-108  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.918724  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0895  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.62 
 
 		 983 aa  394  1e-108  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.99873  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0907  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.62 
 
 		 983 aa  394  1e-108  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.979482  decreased coverage  0.00925571 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1031  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.78 
 
 		 983 aa  394  1e-108  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.52357  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2902  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.38 
 
 		 984 aa  394  1e-108  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.679741  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3616  formate dehydrogenase, alpha subunit  33 
 
 		 1421 aa  392  1e-107  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4914  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.12 
 
 		 950 aa  390  1e-107  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.263268 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4406  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.46 
 
 		 950 aa  392  1e-107  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2366  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.85 
 
 		 983 aa  391  1e-107  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.739285 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1622  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.81 
 
 		 984 aa  390  1e-107  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.437101  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0754  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.36 
 
 		 1440 aa  392  1e-107  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0389  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.4 
 
 		 944 aa  387  1e-106  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0988  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.97 
 
 		 1428 aa  386  1e-106  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0110  molybdopterin oxidoreductase  34.16 
 
 		 998 aa  389  1e-106  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3710  NAD-dependent formate dehydrogenase alpha subunit  30.72 
 
 		 977 aa  386  1e-106  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.749683  normal  0.699855 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1318  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.05 
 
 		 973 aa  389  1e-106  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001399  formate dehydrogenase-O major subunit  32.07 
 
 		 1387 aa  388  1e-106  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0727  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.17 
 
 		 979 aa  389  1e-106  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0216931  normal  0.398444 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2684  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.22 
 
 		 951 aa  389  1e-106  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.801873  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2383  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.93 
 
 		 959 aa  389  1e-106  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4998  formate dehydrogenase, alpha subunit  29.79 
 
 		 953 aa  386  1e-105  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.217845  hitchhiker  0.000835215 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3493  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.33 
 
 		 1425 aa  383  1e-105  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8358  formate dehydrogenase, alpha subunit  29.86 
 
 		 988 aa  384  1e-105  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0843  formate dehydrogenase, alpha subunit  28.96 
 
 		 994 aa  385  1e-105  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5226  formate dehydrogenase, alpha subunit  29.86 
 
 		 988 aa  384  1e-105  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.24763  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3479  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.34 
 
 		 946 aa  386  1e-105  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.389807 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2274  formate dehydrogenase, alpha subunit  29.44 
 
 		 956 aa  384  1e-105  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.217783 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3421  formate dehydrogenase, alpha subunit  33 
 
 		 1425 aa  383  1e-105  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0792  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.37 
 
 		 1406 aa  386  1e-105  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1282  formate dehydrogenase, alpha subunit  28.99 
 
 		 933 aa  379  1e-104  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.402771 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0735  formate dehydrogenase, alpha subunit  29.58 
 
 		 952 aa  381  1e-104  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6171  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.17 
 
 		 989 aa  380  1e-104  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.796652 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3298  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.22 
 
 		 1432 aa  382  1e-104  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>