More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2672 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_2672  two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 		 229 aa  448  1e-125  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.665859  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1807  two component transcriptional regulator, winged helix family  68.28 
 
 		 232 aa  270  2e-71  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3081  two component signal transduction response regulator  49.55 
 
 		 223 aa  217  1e-55  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3559  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  53.78 
 
 		 225 aa  215  5e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.710681  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2946  DNA-binding heavy metal response regulator  50.44 
 
 		 223 aa  214  9.999999999999999e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3720  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  49.12 
 
 		 224 aa  210  1e-53  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03339  Response regulator consisting of a CheY-like receiver domain and a winged-helix DNA-binding domain  48.66 
 
 		 226 aa  209  3e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0998  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.02 
 
 		 223 aa  209  3e-53  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3615  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  48.23 
 
 		 224 aa  209  4e-53  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3383  two component transcriptional regulator  49.78 
 
 		 224 aa  208  6e-53  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2259  two component heavy metal response transcriptional regulator  51.56 
 
 		 225 aa  207  9e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0243  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.22 
 
 		 224 aa  207  1e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000226454  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2157  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.37 
 
 		 226 aa  207  1e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2033  DNA-binding response regulator  46.7 
 
 		 224 aa  206  2e-52  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.725953  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3258  two component heavy metal response transcriptional regulator  47.37 
 
 		 238 aa  205  4e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00206307  normal  0.0675777 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1478  two component transcriptional regulator  49.11 
 
 		 240 aa  205  4e-52  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000111909  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3221  DNA-binding response regulator  46.26 
 
 		 224 aa  205  4e-52  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0451  DNA-binding response regulator  48.46 
 
 		 224 aa  205  5e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.313098  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5186  two component heavy metal response transcriptional regulator  49.11 
 
 		 223 aa  205  5e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3235  DNA-binding response regulator  46.26 
 
 		 224 aa  205  6e-52  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0227  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.78 
 
 		 224 aa  204  7e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3349  two component heavy metal response transcriptional regulator  49.11 
 
 		 223 aa  204  1e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2957  two component transcriptional regulator  47.75 
 
 		 223 aa  203  2e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000000406961  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0528  two component heavy metal response transcriptional regulator  50.22 
 
 		 223 aa  203  2e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4293  two component transcriptional regulator  49.78 
 
 		 224 aa  203  2e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000934276  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4106  two component heavy metal response transcriptional regulator  48.44 
 
 		 223 aa  202  3e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.971428 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2999  DNA-binding response regulator  45.37 
 
 		 224 aa  202  5e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.227145  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2944  two component transcriptional regulator  46.26 
 
 		 224 aa  201  5e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0958095  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3229  DNA-binding response regulator  45.37 
 
 		 224 aa  202  5e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0537  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.23 
 
 		 224 aa  202  5e-51  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0716782  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0422  two component heavy metal response transcriptional regulator  50.22 
 
 		 227 aa  201  8e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4757  two component heavy metal response transcriptional regulator  48 
 
 		 223 aa  201  9e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0878196  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3410  two component heavy metal response transcriptional regulator  48 
 
 		 223 aa  201  9e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1699  two component heavy metal response transcriptional regulator  49.78 
 
 		 226 aa  200  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00419772 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2158  two component heavy metal response transcriptional regulator  49.33 
 
 		 226 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.144347  normal  0.036827 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0280  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.81 
 
 		 225 aa  201  9.999999999999999e-51  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3584  two component heavy metal response transcriptional regulator  49.78 
 
 		 226 aa  200  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3740  two component transcriptional regulator  48.65 
 
 		 226 aa  199  1.9999999999999998e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.487084  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5978  regulatory protein CzcR  47.81 
 
 		 225 aa  200  1.9999999999999998e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000269255  normal  0.0723212 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1760  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  47.37 
 
 		 225 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.133831  normal  0.402692 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5178  two component heavy metal response transcriptional regulator  47.79 
 
 		 225 aa  199  3e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.341313  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3502  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.35 
 
 		 232 aa  199  3.9999999999999996e-50  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2599  two component transcriptional regulator  51.35 
 
 		 232 aa  199  3.9999999999999996e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.268704  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0450  two component transcriptional regulator  50.67 
 
 		 227 aa  199  3.9999999999999996e-50  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2348  putative two-component response regulator  47.56 
 
 		 228 aa  198  5e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.804247  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3106  two component heavy metal response transcriptional regulator  46.19 
 
 		 225 aa  198  5e-50  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1091  two component heavy metal response transcriptional regulator  49.57 
 
 		 232 aa  198  6e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3985  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  48.46 
 
 		 226 aa  197  7.999999999999999e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4055  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  47.58 
 
 		 226 aa  197  9e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0489  response regulator for cobalt zinc cadmium resistance transcription regulator protein  46.9 
 
 		 224 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0019  two component heavy metal response transcriptional regulator  47.35 
 
 		 225 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.593373  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0017  two component heavy metal response transcriptional regulator  47.35 
 
 		 225 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0468746 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0017  two component heavy metal response transcriptional regulator  47.35 
 
 		 225 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0944  two component transcriptional regulator  46.46 
 
 		 225 aa  196  2.0000000000000003e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.091613  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5383  two component heavy metal response transcriptional regulator  46.7 
 
 		 225 aa  196  3e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.651671 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2330  DNA-binding response regulator  47.77 
 
 		 228 aa  196  3e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1748a  hypothetical protein  50.45 
 
 		 223 aa  196  3e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0697031  normal  0.305387 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3855  two component heavy metal response transcriptional regulator  47.11 
 
 		 226 aa  195  5.000000000000001e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.845216 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2768  two component heavy metal response transcriptional regulator  48.89 
 
 		 223 aa  195  5.000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0451  two component heavy metal response transcriptional regulator  49.12 
 
 		 230 aa  195  5.000000000000001e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1208  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  48.9 
 
 		 226 aa  195  5.000000000000001e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1986  two component heavy metal response transcriptional regulator  46.22 
 
 		 223 aa  195  6e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0566795  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27810  putative two-component response regulator  46.46 
 
 		 226 aa  195  6e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0785  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.89 
 
 		 226 aa  194  7e-49  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1497  heavy metal response regulator  47.37 
 
 		 228 aa  194  7e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4933  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  50.22 
 
 		 223 aa  194  7e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.461594  normal  0.344735 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2337  two component heavy metal response transcriptional regulator  48.67 
 
 		 227 aa  194  8.000000000000001e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2474  heavy metal response regulator  47.77 
 
 		 223 aa  194  1e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3961  heavy metal response regulator  47.35 
 
 		 229 aa  194  1e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00889091  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6295  two component heavy metal response transcriptional regulator  46.88 
 
 		 223 aa  193  1e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.803537  normal  0.219108 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2913  two component transcriptional regulator  46.29 
 
 		 227 aa  194  1e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0379396  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001641  putative two component response regulator transcription regulator protein  45.81 
 
 		 230 aa  193  2e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.170142  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1599  two component transcriptional regulator  47.09 
 
 		 228 aa  193  2e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.118902  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1629  two-component response regulator  49.56 
 
 		 228 aa  193  2e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.128663 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0435  DNA-binding response regulator  45.58 
 
 		 228 aa  192  3e-48  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4798  two component transcriptional regulator  47.75 
 
 		 230 aa  192  4e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.358461 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1749  two component heavy metal response transcriptional regulator  48.44 
 
 		 242 aa  192  5e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0851  two component transcriptional regulator  47.3 
 
 		 222 aa  192  5e-48  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3002  two component transcriptional regulator  46.88 
 
 		 230 aa  192  5e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.67465  normal  0.369251 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3962  two component heavy metal response transcriptional regulator  49.33 
 
 		 225 aa  192  5e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3888  two component transcriptional regulator  46.19 
 
 		 223 aa  192  5e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.130623  normal  0.799765 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2215  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  50.66 
 
 		 228 aa  191  6e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0197  transcriptional activator protein, response regulator  44.3 
 
 		 227 aa  191  7e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.0086442  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3374  heavy metal response regulator  48.44 
 
 		 229 aa  191  8e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1815  two component heavy metal response transcriptional regulator  47.35 
 
 		 224 aa  191  9e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.275759  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1389  two component heavy metal response transcriptional regulator  50.67 
 
 		 225 aa  191  9e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.717226  normal  0.091392 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1780  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  48.02 
 
 		 228 aa  191  9e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.817023  normal  0.826624 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4389  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  49.11 
 
 		 226 aa  191  9e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2201  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  47.79 
 
 		 227 aa  190  1e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5224  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  50.67 
 
 		 225 aa  191  1e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.57611  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3603  DNA-binding heavy metal response regulator  48.44 
 
 		 229 aa  190  1e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.203952  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1026  two component transcriptional regulator  44.98 
 
 		 224 aa  191  1e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000442073 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1948  response regulator receiver domain-containing protein  48.26 
 
 		 226 aa  191  1e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.679676 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2165  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  48 
 
 		 232 aa  190  1e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.77286 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1236  two component heavy metal response transcriptional regulator  49.55 
 
 		 219 aa  190  1e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3379  two component heavy metal response transcriptional regulator  47.98 
 
 		 223 aa  190  2e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1461  two component heavy metal response transcriptional regulator  49.33 
 
 		 227 aa  190  2e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1370  two component response regulator  47.14 
 
 		 252 aa  189  2.9999999999999997e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0943  two component transcriptional regulator  45.13 
 
 		 223 aa  189  2.9999999999999997e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0172896  normal  0.994999 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5335  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  48.02 
 
 		 228 aa  189  2.9999999999999997e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.733276  normal  0.970872 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>