More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_6475 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_6475  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  100 
 
 
466 aa  928    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0920236 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0340  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  72.98 
 
 
463 aa  625  1e-178  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3183  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.78 
 
 
466 aa  404  1e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.679895  normal  0.0141006 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0834  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50.45 
 
 
479 aa  394  1e-108  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.302338  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3565  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.45 
 
 
465 aa  395  1e-108  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.853167  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3241  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.13 
 
 
477 aa  395  1e-108  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5865  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50.55 
 
 
463 aa  389  1e-107  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.4469  normal  0.493066 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0782  putative CoA transferase family protein  49 
 
 
463 aa  389  1e-107  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0819  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.69 
 
 
483 aa  390  1e-107  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.108175 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2581  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.01 
 
 
463 aa  389  1e-107  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.122671  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2557  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50.79 
 
 
463 aa  386  1e-106  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00106454 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2451  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.12 
 
 
463 aa  386  1e-106  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000018113 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2533  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.25 
 
 
463 aa  381  1e-104  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0437802  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0762  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50.22 
 
 
463 aa  377  1e-103  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.554982  normal  0.0223549 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0551  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.87 
 
 
464 aa  364  1e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0649535 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3367  hypothetical protein  51.12 
 
 
482 aa  364  2e-99  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1904  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.67 
 
 
498 aa  360  4e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0993  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.67 
 
 
458 aa  360  4e-98  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.566125  normal  0.236668 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3562  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.47 
 
 
465 aa  351  1e-95  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.409097 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1921  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51 
 
 
480 aa  346  4e-94  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2009  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.37 
 
 
465 aa  331  2e-89  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.408823  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3260  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.61 
 
 
464 aa  295  9e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.58458  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8350  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.33 
 
 
465 aa  271  1e-71  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1688  CAIB/BAIF family CoA transferase  40.77 
 
 
472 aa  268  2e-70  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1105  CAIB/BAIF family CoA transferase  40.54 
 
 
472 aa  266  4e-70  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.287357  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1273  CAIB/BAIF family CoA transferase  40.54 
 
 
472 aa  266  4e-70  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0104  CAIB/BAIF family CoA transferase  40.54 
 
 
472 aa  266  4e-70  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0320  CAIB/BAIF family CoA transferase  40.54 
 
 
472 aa  266  4e-70  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1776  CAIB/BAIF family CoA transferase  40.54 
 
 
472 aa  266  5e-70  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0257  CAIB/BAIF family CoA transferase  40.54 
 
 
472 aa  266  5e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1154  CAIB/BAIF family CoA transferase  39.86 
 
 
472 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4907  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.43 
 
 
469 aa  246  4.9999999999999997e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.999323  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3047  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.3 
 
 
462 aa  242  7.999999999999999e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1149  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.58 
 
 
477 aa  238  2e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0744033  normal  0.374556 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4866  CoA transferase  46.3 
 
 
482 aa  234  3e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.341254  normal  0.621208 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3686  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.86 
 
 
451 aa  232  9e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.355974  normal  0.187253 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3247  hypothetical protein  43.82 
 
 
463 aa  220  3.9999999999999997e-56  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.175754  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36470  predicted acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  39.39 
 
 
469 aa  217  2.9999999999999998e-55  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.539398  normal  0.557708 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4383  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.72 
 
 
448 aa  215  9.999999999999999e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0487302 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0544  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.71 
 
 
448 aa  213  7.999999999999999e-54  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0034  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.05 
 
 
487 aa  204  2e-51  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25580  predicted acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  38.18 
 
 
416 aa  204  4e-51  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2634  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.88 
 
 
528 aa  196  6e-49  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3954  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.15 
 
 
478 aa  179  9e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.104533 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_86521  predicted protein  26.69 
 
 
549 aa  139  1e-31  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06798  conserved hypothetical protein  30.37 
 
 
539 aa  138  2e-31  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0320103 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2223  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  29.47 
 
 
462 aa  133  6e-30  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03895  CAIB/BAIF family enzyme (AFU_orthologue; AFUA_1G05360)  30.13 
 
 
570 aa  128  2.0000000000000002e-28  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.0000514991  normal  0.831278 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07237  conserved hypothetical protein  32.47 
 
 
584 aa  125  2e-27  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.74024 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3421  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.45 
 
 
416 aa  114  4.0000000000000004e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0062  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.04 
 
 
402 aa  112  1.0000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4224  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.84 
 
 
384 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0326799  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1552  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.76 
 
 
391 aa  110  8.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1195  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.17 
 
 
389 aa  109  1e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1713  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.96 
 
 
402 aa  108  2e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0110  putative caiB/baiF CoA-transferase family protein  34.17 
 
 
400 aa  108  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.911969  normal  0.622204 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8312  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.63 
 
 
425 aa  107  3e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0250341  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3426  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.47 
 
 
403 aa  107  4e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0253848 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1038  Alpha-methylacyl-CoA racemase  32 
 
 
413 aa  107  4e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000337447  normal  0.997405 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5189  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.53 
 
 
406 aa  107  4e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0395978  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0839  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.53 
 
 
402 aa  107  5e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00466449  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1080  Formyl-CoA transferase  30.3 
 
 
419 aa  107  5e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.982565  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0058  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.34 
 
 
398 aa  107  6e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5111  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.08 
 
 
406 aa  106  8e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.658987  normal  0.523719 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3486  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.48 
 
 
420 aa  105  1e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.290572 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4784  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.34 
 
 
404 aa  105  2e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.873877  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4310  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.1 
 
 
424 aa  105  2e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.201554 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2771  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.99 
 
 
405 aa  105  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1057  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.62 
 
 
395 aa  105  2e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0637  CAIB/BAIF family protein  32.9 
 
 
401 aa  104  4e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0453  CAIB/BAIF family protein  32.9 
 
 
401 aa  104  4e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3504  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.49 
 
 
399 aa  104  4e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.607597  normal  0.100409 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1038  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.23 
 
 
394 aa  104  4e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2379  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.99 
 
 
409 aa  104  4e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6404  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.27 
 
 
407 aa  104  4e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.450101 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4648  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.18 
 
 
406 aa  104  4e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.166918 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5531  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.27 
 
 
406 aa  104  4e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5895  Formyl-CoA transferase  36.27 
 
 
406 aa  104  4e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.191567  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0473  CAIB/BAIF family protein  32.9 
 
 
401 aa  104  4e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.471572  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1916  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.03 
 
 
383 aa  103  6e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3087  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.67 
 
 
411 aa  103  6e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0077  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.49 
 
 
409 aa  103  6e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0187  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.66 
 
 
401 aa  103  6e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.944742  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5895  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.67 
 
 
379 aa  103  6e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3330  formyl-CoA transferase  33.04 
 
 
411 aa  103  6e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5625  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.58 
 
 
415 aa  103  7e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.344287  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2971  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.98 
 
 
419 aa  103  7e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.315436  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5761  putative Formyl-coenzyme A transferase (Formyl-CoA transferase  33.82 
 
 
422 aa  103  8e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.863224  normal  0.4759 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2948  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.22 
 
 
416 aa  103  9e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1398  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  29.33 
 
 
418 aa  102  1e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4490  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.85 
 
 
404 aa  102  1e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.274729  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4403  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.85 
 
 
404 aa  102  1e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0269703  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3874  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  28.07 
 
 
416 aa  102  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.535763  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0818  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33 
 
 
409 aa  102  2e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3487  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  29.21 
 
 
389 aa  102  2e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2590  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  29.61 
 
 
402 aa  102  2e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.323692  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1839  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.67 
 
 
377 aa  101  2e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.495897  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3414  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.66 
 
 
412 aa  102  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4851  putative acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  37.5 
 
 
412 aa  102  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.689997  normal  0.20469 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3565  putative Formyl-CoA transferase  30.85 
 
 
401 aa  102  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>