More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_4340 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_4340  short chain dehydrogenase  100 
 
 
280 aa  549  1e-155  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0293254  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3000  short chain dehydrogenase  62.22 
 
 
272 aa  275  4e-73  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0641388  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0215  short chain dehydrogenase  48.71 
 
 
275 aa  234  9e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2508  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.48 
 
 
277 aa  211  7e-54  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18450  short chain dehydrogenase  40.22 
 
 
279 aa  204  2e-51  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0882393  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1001  short chain dehydrogenase  39.85 
 
 
301 aa  180  2e-44  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.903414 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.67 
 
 
306 aa  149  5e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.90193 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4740  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.91 
 
 
285 aa  141  9.999999999999999e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5611  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.09 
 
 
279 aa  137  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.288274  normal  0.29741 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5812  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.48 
 
 
280 aa  133  3e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.439013  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0344  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.08 
 
 
278 aa  130  3e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0130127 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5319  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.48 
 
 
266 aa  129  5.0000000000000004e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.64422 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5231  short chain dehydrogenase  33.2 
 
 
252 aa  117  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0476444  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1024  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.22 
 
 
277 aa  111  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2074  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.64 
 
 
257 aa  89.4  6e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00108701 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1669  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.74 
 
 
242 aa  87.8  2e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3724  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.58 
 
 
247 aa  84  0.000000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2028  acetoin reductase  29.23 
 
 
256 aa  83.6  0.000000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.24531 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2585  short chain dehydrogenase  31.44 
 
 
259 aa  83.2  0.000000000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.25122  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3711  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.58 
 
 
247 aa  82.8  0.000000000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3784  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.58 
 
 
247 aa  82.8  0.000000000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.513657  normal  0.265032 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4707  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.45 
 
 
234 aa  80.5  0.00000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.283479  normal  0.582134 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2469  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.14 
 
 
249 aa  78.2  0.0000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3305  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.07 
 
 
268 aa  77.8  0.0000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.552464 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0325  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.85 
 
 
304 aa  77.8  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0303  acetoin reductase  27.27 
 
 
257 aa  76.6  0.0000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.506804  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2377  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.21 
 
 
249 aa  76.6  0.0000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.496864  normal  0.812615 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4185  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.64 
 
 
248 aa  76.6  0.0000000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2060  short chain dehydrogenase  29.69 
 
 
257 aa  75.9  0.0000000000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.256692  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2043  short chain dehydrogenase  29.69 
 
 
257 aa  75.9  0.0000000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4062  short chain dehydrogenase  29.69 
 
 
257 aa  75.9  0.0000000000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.171649  normal  0.787909 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2106  short chain dehydrogenase  29.69 
 
 
257 aa  75.9  0.0000000000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.077628 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1193  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  29.93 
 
 
252 aa  75.5  0.0000000000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0154  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.09 
 
 
255 aa  75.5  0.0000000000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.649375  normal  0.270956 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4175  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.27 
 
 
258 aa  74.7  0.000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1954  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  30.55 
 
 
250 aa  75.1  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04691  D-arabinitol dehydrogenase (EC 1.1.1.250) [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q6T5L8]  31.25 
 
 
358 aa  73.9  0.000000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5253  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.41 
 
 
273 aa  73.9  0.000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.7 
 
 
254 aa  74.7  0.000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000395  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  28.94 
 
 
252 aa  74.3  0.000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.36672  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3603  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.31 
 
 
249 aa  73.9  0.000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2143  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.67 
 
 
251 aa  73.6  0.000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  decreased coverage  0.00162277  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1137  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.32 
 
 
255 aa  73.2  0.000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.420878 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2450  3-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase  31.34 
 
 
257 aa  73.6  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0588797  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3166  sorbitol dehydrogenase  29.68 
 
 
269 aa  73.2  0.000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0138901  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28720  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  29.5 
 
 
259 aa  73.2  0.000000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.382061  normal  0.0594101 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2148  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.3 
 
 
247 aa  72.8  0.000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2736  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.78 
 
 
255 aa  72.8  0.000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.777047  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0269  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.9 
 
 
249 aa  72.8  0.000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.523448  normal  0.530069 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.34 
 
 
257 aa  72.4  0.000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1200  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.74 
 
 
287 aa  72  0.000000000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0990  acetoin reductase  26.92 
 
 
257 aa  72  0.000000000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0863  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.64 
 
 
264 aa  71.6  0.00000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0974  acetoin reductase  27.37 
 
 
257 aa  71.6  0.00000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.36 
 
 
256 aa  70.9  0.00000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.624972 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.81 
 
 
256 aa  71.2  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1407  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.37 
 
 
256 aa  71.2  0.00000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.9 
 
 
282 aa  70.9  0.00000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.603187  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1182  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.98 
 
 
248 aa  70.9  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_7370  short-chain alcohol dehydrogenase  30.53 
 
 
247 aa  70.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6972  short chain dehydrogenase  32.01 
 
 
251 aa  70.9  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2225  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.42 
 
 
267 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.801106 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1561  short chain dehydrogenase  31.68 
 
 
516 aa  70.9  0.00000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.636243  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3604  putative dehydrogenase  27.84 
 
 
281 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000055827  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3615  putative dehydrogenase  30.3 
 
 
291 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.427411  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1959  short chain dehydrogenase  31.14 
 
 
271 aa  70.9  0.00000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000686084  hitchhiker  0.00037769 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2183  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.04 
 
 
244 aa  71.2  0.00000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.389501 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1429  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.84 
 
 
256 aa  71.2  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.26 
 
 
269 aa  71.2  0.00000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3623  short chain dehydrogenase  27.63 
 
 
253 aa  70.1  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0211534  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0891  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.78 
 
 
260 aa  70.5  0.00000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.375615 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.67 
 
 
257 aa  70.1  0.00000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.759988  normal  0.0474831 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0634  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.64 
 
 
257 aa  70.1  0.00000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.34144  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.67 
 
 
267 aa  70.1  0.00000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0843841 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4012  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.2 
 
 
276 aa  69.7  0.00000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5073  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46 
 
 
255 aa  69.7  0.00000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.00771979  normal  0.364643 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2508  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.82 
 
 
250 aa  69.7  0.00000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.168106  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1577  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.13 
 
 
265 aa  69.3  0.00000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.458261  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.48 
 
 
255 aa  69.3  0.00000000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0690  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.17 
 
 
259 aa  69.3  0.00000000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2224  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.09 
 
 
251 aa  68.9  0.00000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.475602  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.86 
 
 
255 aa  68.9  0.00000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.233538  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0919  putative oxidoreductase  26.94 
 
 
257 aa  68.9  0.00000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.902502  normal  0.888241 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0117  acetoin reductase  25.84 
 
 
258 aa  68.9  0.00000000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3641  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.48 
 
 
253 aa  68.9  0.00000000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0113  acetoin reductase  25.84 
 
 
258 aa  68.9  0.00000000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.82 
 
 
257 aa  68.2  0.0000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.63 
 
 
263 aa  68.2  0.0000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006687  CNE00130  conserved hypothetical protein  32.37 
 
 
302 aa  68.6  0.0000000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1283  short-chain type dehydrogenase/reductase  26.04 
 
 
277 aa  68.2  0.0000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0904  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.15 
 
 
258 aa  68.6  0.0000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1758  hypothetical protein  29.67 
 
 
254 aa  68.6  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.522329  normal  0.0728091 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0641  short chain dehydrogenase  28.31 
 
 
249 aa  68.6  0.0000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3057  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  26.15 
 
 
246 aa  68.6  0.0000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.030998  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1577  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.64 
 
 
265 aa  68.6  0.0000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.240015  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1982  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.66 
 
 
264 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.473895  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2008  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.45 
 
 
261 aa  68.2  0.0000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.959898  normal  0.356317 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.63 
 
 
263 aa  68.2  0.0000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00404736  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7160  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.4 
 
 
252 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.68 
 
 
256 aa  67.4  0.0000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>