More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2417 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_2417  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
195 aa  371  1e-102  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.686151  normal  0.454248 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3753  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.9 
 
 
327 aa  250  8.000000000000001e-66  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2960  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  65.31 
 
 
310 aa  236  1e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3090  nickel ABC transporter, permease protein, putative  64.8 
 
 
305 aa  234  8e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0450964  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18690  ABC transporter, inner membrane permease component  72.25 
 
 
300 aa  229  3e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0807103  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3221  ABC transporter, permease protein  67.25 
 
 
302 aa  199  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0297  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.37 
 
 
332 aa  190  1e-47  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4458  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.89 
 
 
286 aa  181  7e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34310  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  54.69 
 
 
324 aa  180  1e-44  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0993098 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0941  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.4 
 
 
300 aa  176  2e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.517971  normal  0.0190729 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4176  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.89 
 
 
286 aa  172  2.9999999999999996e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05570  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  53.11 
 
 
288 aa  162  2.0000000000000002e-39  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0453011  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1777  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.06 
 
 
283 aa  162  2.0000000000000002e-39  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000192809 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4903  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.27 
 
 
262 aa  162  3e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.766345 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0031  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.48 
 
 
286 aa  161  6e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4834  putative ABC transporter (permease protein)  49.2 
 
 
280 aa  159  2e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.521749 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  42.47 
 
 
299 aa  158  5e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  42.47 
 
 
299 aa  158  5e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  42.47 
 
 
299 aa  158  5e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  42.47 
 
 
299 aa  158  5e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  42.47 
 
 
299 aa  158  5e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5182  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  47.87 
 
 
282 aa  155  3e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0471  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.09 
 
 
292 aa  155  4e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.156076  normal  0.42272 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7173  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  49.21 
 
 
292 aa  154  7e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2661  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.98 
 
 
280 aa  154  8e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.884705  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4322  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.83 
 
 
280 aa  154  1e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.3 
 
 
271 aa  152  2e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0815898 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.07 
 
 
304 aa  152  2.9999999999999998e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  44.57 
 
 
300 aa  150  8e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1055  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.67 
 
 
318 aa  150  8e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.57 
 
 
300 aa  150  8e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  44.57 
 
 
300 aa  149  2e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3674  oligopeptide ABC transporter, permease  41.94 
 
 
279 aa  149  3e-35  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0467802 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0198  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.62 
 
 
387 aa  149  4e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.955086  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2358  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  44.89 
 
 
325 aa  148  4e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.0041111  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0192  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.62 
 
 
387 aa  149  4e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0029  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.62 
 
 
284 aa  148  5e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0296749  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.4 
 
 
310 aa  148  5e-35  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0299978 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.4 
 
 
287 aa  147  1.0000000000000001e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.16 
 
 
287 aa  145  3e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.144364 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0613  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
280 aa  145  3e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.24 
 
 
296 aa  145  4.0000000000000006e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0370  nickel ABC transporter, permease subunit NikC  41.05 
 
 
284 aa  145  4.0000000000000006e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1493  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.68 
 
 
301 aa  144  1e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0805  ABC dipeptide transporter, inner membrane subunit DppC  40.72 
 
 
300 aa  143  1e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1596  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.78 
 
 
344 aa  144  1e-33  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.2 
 
 
300 aa  143  1e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.830597 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2463  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.72 
 
 
300 aa  143  1e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.342595  normal  0.319214 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4105  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
291 aa  143  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4852  putative ABC transporter (permease protein)  51.89 
 
 
291 aa  142  2e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.655706 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2422  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.63 
 
 
311 aa  142  2e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1663  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.62 
 
 
293 aa  143  2e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.956754  normal  0.436885 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.39 
 
 
300 aa  142  3e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.284254  normal  0.579699 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2313  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.47 
 
 
271 aa  142  4e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.108377  normal  0.569103 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.68 
 
 
309 aa  142  4e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3155  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.87 
 
 
296 aa  142  4e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2747  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.71 
 
 
311 aa  142  4e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.365911  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5351  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  42.47 
 
 
317 aa  141  5e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3133  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.77 
 
 
283 aa  140  9e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1282  oligopeptide ABC transporter, permease protein  40.7 
 
 
300 aa  140  9.999999999999999e-33  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.284613  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3847  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.32 
 
 
297 aa  140  9.999999999999999e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.14687 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.71 
 
 
305 aa  140  9.999999999999999e-33  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.95778  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.89 
 
 
309 aa  139  1.9999999999999998e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0132  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.25 
 
 
300 aa  139  1.9999999999999998e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.765267  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.25 
 
 
295 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6169  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.33 
 
 
289 aa  139  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.496098  normal  0.0365301 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1671  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.01 
 
 
293 aa  139  1.9999999999999998e-32  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.46 
 
 
294 aa  139  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.789298  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.85 
 
 
302 aa  139  1.9999999999999998e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1002  glutathione transport system permease GsiD  38.38 
 
 
303 aa  139  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1924  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.54 
 
 
303 aa  139  3e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0981  glutathione transport system permease GsiD  38.38 
 
 
303 aa  139  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  40 
 
 
301 aa  139  3e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0892  glutathione transport system permease protein GsiD  38.38 
 
 
303 aa  139  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0952  glutathione transport system permease GsiD  38.38 
 
 
303 aa  139  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.642486  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1268  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.33 
 
 
289 aa  139  3e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1504  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.92 
 
 
289 aa  139  3e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.109416  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6563  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.33 
 
 
289 aa  139  3e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5359  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  39.25 
 
 
289 aa  139  3e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.632265  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0919  glutathione transport system permease protein GsiD  38.38 
 
 
303 aa  139  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.285756  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0488  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.86 
 
 
303 aa  139  3e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0718  hypothetical protein  37.16 
 
 
282 aa  139  3e-32  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.661918 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.37 
 
 
299 aa  138  3.9999999999999997e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1382  transmembrane ABC transporter protein  41.08 
 
 
299 aa  138  6e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.131281  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.4 
 
 
313 aa  138  6e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1255  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
299 aa  137  7e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.356305  normal  0.757644 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3861  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.32 
 
 
359 aa  137  8.999999999999999e-32  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.61209  hitchhiker  0.00385009 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4223  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.94 
 
 
301 aa  137  1e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2972  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.98 
 
 
301 aa  137  1e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1321  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.54 
 
 
299 aa  137  1e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.213083  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.11 
 
 
303 aa  136  2e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.551804 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1865  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  39.46 
 
 
297 aa  136  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.501762 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.86 
 
 
304 aa  136  2e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.581816  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1410  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.37 
 
 
300 aa  136  2e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0895579  normal  0.0461956 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2680  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.04 
 
 
290 aa  135  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.129024  normal  0.890863 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3128  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.81 
 
 
301 aa  135  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.265268  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0838  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  41.81 
 
 
301 aa  135  3.0000000000000003e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00766751  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.08 
 
 
299 aa  135  3.0000000000000003e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0890  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  37.3 
 
 
303 aa  135  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.221253  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2114  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.96 
 
 
326 aa  135  4e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.230342  normal  0.0495653 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>