More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2090 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2090  putative serine--glyoxylate aminotransferase  100 
 
 		 418 aa  847    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.71592  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1983  aminotransferase, class V  62.53 
 
 		 404 aa  492  9.999999999999999e-139  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.441158  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3472  aminotransferase, class V  59.06 
 
 		 396 aa  476  1e-133  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2018  Serine--glyoxylate transaminase  61.86 
 
 		 400 aa  476  1e-133  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1888  aminotransferase, class V  61.86 
 
 		 400 aa  469  1.0000000000000001e-131  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.918879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0245  Serine-pyruvate aminotransferase/aspartate aminotransferase  61.6 
 
 		 400 aa  468  9.999999999999999e-131  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0729  aminotransferase, class V  51.15 
 
 		 390 aa  360  2e-98  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.434547  normal  0.30406 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0857  aminotransferase class V  46.52 
 
 		 395 aa  343  4e-93  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4629  Serine--glyoxylate transaminase  46.9 
 
 		 395 aa  338  9.999999999999999e-92  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0544  putative aminotransferase, class V  46.48 
 
 		 395 aa  338  9.999999999999999e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.155819  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0780  Serine--glyoxylate transaminase  45.16 
 
 		 395 aa  335  7.999999999999999e-91  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.138734  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4689  aminotransferase, class V  48.31 
 
 		 393 aa  322  9.000000000000001e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6959  Serine--glyoxylate transaminase  43.04 
 
 		 406 aa  272  7e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.987633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3001  Serine--glyoxylate transaminase  43.29 
 
 		 406 aa  271  2e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000231297  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4200  aminotransferase class V  43.11 
 
 		 391 aa  263  6e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.357141 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4253  Serine--glyoxylate transaminase  42.27 
 
 		 406 aa  262  8e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.340668  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1369  Serine--glyoxylate transaminase  40.15 
 
 		 397 aa  262  1e-68  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0923  aminotransferase, class V  42.21 
 
 		 401 aa  261  2e-68  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0000440044  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4570  Serine--glyoxylate transaminase  42.86 
 
 		 391 aa  259  5.0000000000000005e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0189325 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3325  serine--glyoxylate aminotransferase  41.18 
 
 		 422 aa  259  6e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4717  Serine--glyoxylate transaminase  42.86 
 
 		 391 aa  258  1e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393654 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5729  Serine-glyoxylate aminotransferase  38.5 
 
 		 401 aa  256  6e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.31736  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1162  aminotransferase, class V  40.91 
 
 		 398 aa  256  7e-67  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.000700049  normal  0.406686 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3022  aminotransferase, class V  42.04 
 
 		 406 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.376021 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2906  aminotransferase class V  40 
 
 		 414 aa  253  5.000000000000001e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5140  aminotransferase, class V  40.5 
 
 		 406 aa  252  1e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3524  Serine--glyoxylate transaminase  40.2 
 
 		 398 aa  251  2e-65  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.119567  normal  0.298821 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3052  Serine--glyoxylate transaminase  40.46 
 
 		 413 aa  248  1e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.160259 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1714  aminotransferase class V  39.27 
 
 		 396 aa  245  9.999999999999999e-64  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.280776 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5630  Serine-glyoxylate aminotransferase (SGAT)  40.1 
 
 		 401 aa  245  9.999999999999999e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3400  Serine--glyoxylate transaminase  40.1 
 
 		 402 aa  245  9.999999999999999e-64  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0548  Serine--glyoxylate transaminase  41.04 
 
 		 403 aa  243  3.9999999999999997e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2753  aminotransferase, class V  38.64 
 
 		 406 aa  241  2e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.320291 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3418  Serine--glyoxylate transaminase  40.7 
 
 		 400 aa  240  2.9999999999999997e-62  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2767  aminotransferase class V  40.91 
 
 		 397 aa  239  5.999999999999999e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.169864  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5929  Serine--glyoxylate transaminase  40.4 
 
 		 421 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.293616  normal  0.115656 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3486  Serine--glyoxylate transaminase  40.2 
 
 		 397 aa  233  5e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.415302  normal  0.243284 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4911  aminotransferase class V  41.51 
 
 		 397 aa  233  5e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.158383  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3670  aminotransferase class V  39.04 
 
 		 402 aa  231  3e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.569732 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4373  Serine--glyoxylate transaminase  40.76 
 
 		 397 aa  229  5e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.150786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5728  serine-glyoxylate aminotransferase  37.88 
 
 		 395 aa  229  8e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.474874  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0602  Serine--glyoxylate transaminase  36.57 
 
 		 394 aa  225  1e-57  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2804  Serine--glyoxylate transaminase  36 
 
 		 399 aa  224  2e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.19938  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2413  aminotransferase, class V  36.14 
 
 		 415 aa  223  3e-57  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0849168 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1795  Serine--glyoxylate transaminase  37.16 
 
 		 402 aa  216  4e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.758509  normal  0.307754 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2131  aminotransferase class V  37.16 
 
 		 402 aa  216  5e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.404443 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3261  serine-glyoxylate aminotransferase  38.23 
 
 		 415 aa  216  5.9999999999999996e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.491157  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1747  aminotransferase class V  37.41 
 
 		 402 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.223279 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0981  aminotransferase, class V  36.67 
 
 		 391 aa  214  2.9999999999999995e-54  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7112  aminotransferase class V  36.64 
 
 		 417 aa  213  3.9999999999999995e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.103015  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6552  Serine--glyoxylate transaminase  36.6 
 
 		 417 aa  212  1e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.323999 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2489  putative serine--glyoxylate aminotransferase  36.62 
 
 		 400 aa  209  7e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1388  serine-glyoxylate aminotransferase  36.57 
 
 		 391 aa  208  1e-52  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1406  serine--glyoxylate aminotransferase  36.52 
 
 		 395 aa  201  3e-50  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.600675  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3308  serine-glyoxylate aminotransferase  36.41 
 
 		 398 aa  199  6e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.662608  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3921  Serine--glyoxylate transaminase  34.69 
 
 		 396 aa  194  2e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0008  serine--glyoxylate transaminase  36.21 
 
 		 383 aa  191  1e-47  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0160251  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2602  serine-glyoxylate aminotransferase  33.42 
 
 		 396 aa  187  2e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0190637  normal  0.923656 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0887  serine--glyoxylate transaminase  34 
 
 		 396 aa  184  3e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.894708 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2699  serine-glyoxylate aminotransferase  36.18 
 
 		 396 aa  184  3e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.734695  normal  0.425338 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6210  Serine--glyoxylate transaminase  35.35 
 
 		 396 aa  182  1e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.164021 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2630  aminotransferase class V  32.65 
 
 		 382 aa  181  2.9999999999999997e-44  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3486  aminotransferase class V  32.65 
 
 		 382 aa  181  2.9999999999999997e-44  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0191  Serine--glyoxylate transaminase  33.51 
 
 		 382 aa  178  1e-43  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.746637 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3803  aminotransferase class V  31.68 
 
 		 384 aa  178  2e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0013  aminotransferase, class V  34.44 
 
 		 385 aa  178  2e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00141675  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00351  soluble hydrogenase small subunit  31.23 
 
 		 385 aa  175  9.999999999999999e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.269173 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1361  soluble hydrogenase small subunit  29.61 
 
 		 384 aa  174  3.9999999999999995e-42  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00331  soluble hydrogenase small subunit  29.61 
 
 		 384 aa  173  5.999999999999999e-42  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.417582  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1188  aminotransferase class V  32.05 
 
 		 383 aa  167  2.9999999999999998e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.26379  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0836  phosphoserine aminotransferase / L-aspartate aminotransferase  33.08 
 
 		 400 aa  164  4.0000000000000004e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.259424  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00341  soluble hydrogenase small subunit  28.72 
 
 		 387 aa  163  7e-39  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0040  soluble hydrogenase small subunit  34.2 
 
 		 397 aa  160  3e-38  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2693  aminotransferase class V  29.56 
 
 		 381 aa  160  5e-38  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00390195  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0044  soluble hydrogenase small subunit  33.6 
 
 		 382 aa  158  2e-37  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0035  soluble hydrogenase small subunit  28.46 
 
 		 387 aa  158  2e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0019  Serine--glyoxylate transaminase  33.42 
 
 		 388 aa  157  2e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000322298  hitchhiker  0.00000185369 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4341  aminotransferase class V  33.86 
 
 		 382 aa  158  2e-37  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.182025  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0009  aminotransferase class V  35.1 
 
 		 383 aa  156  6e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00341  soluble hydrogenase small subunit  27.79 
 
 		 387 aa  155  1e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00431  soluble hydrogenase small subunit  30.9 
 
 		 382 aa  152  1e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0040  aminotransferase class V  31.09 
 
 		 385 aa  152  1e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0119169  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1378  Serine--pyruvate transaminase  30.36 
 
 		 382 aa  151  2e-35  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0103  class V aminotransferase  30.23 
 
 		 382 aa  150  4e-35  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_00341  soluble hydrogenase small subunit  27.2 
 
 		 387 aa  150  4e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3167  Serine--glyoxylate transaminase  32.41 
 
 		 385 aa  148  1.0000000000000001e-34  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.131097 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1383  aminotransferase, class V  29.78 
 
 		 384 aa  146  8.000000000000001e-34  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000831703  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1389  alanine--glyoxylate transaminase  28.57 
 
 		 382 aa  144  4e-33  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0945  Serine--pyruvate transaminase  30.06 
 
 		 386 aa  143  7e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0754728  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0519  alanine--glyoxylate transaminase  28 
 
 		 382 aa  142  7e-33  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1323  alanine--glyoxylate transaminase  28.97 
 
 		 387 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1429  aminotransferase class V  29.35 
 
 		 384 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.126435  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0575  phosphoserine aminotransferase / L-aspartate aminotransferase  29.81 
 
 		 362 aa  140  3e-32  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0600  soluble hydrogenase, tritium exchange subunit  29.81 
 
 		 362 aa  139  1e-31  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00706485  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_540  aminotransferase, class V  29.81 
 
 		 362 aa  139  1e-31  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0499245  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2307  alanine--glyoxylate transaminase  27.13 
 
 		 360 aa  138  1e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1247  phosphoserine aminotransferase / L-aspartate aminotransferase  28.24 
 
 		 382 aa  135  9.999999999999999e-31  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.465201  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0011  aminotransferase, class V  31.84 
 
 		 384 aa  135  1.9999999999999998e-30  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000196245  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1351  aminotransferase class V  29.13 
 
 		 363 aa  134  3.9999999999999996e-30  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2126  aminotransferase class V  28.07 
 
 		 386 aa  132  9e-30  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000896436  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>