More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1760 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1760  glutamate racemase  100 
 
 		 273 aa  557  1e-158  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.333345  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1593  glutamate racemase  84.01 
 
 		 270 aa  474  1e-133  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0287859 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2947  glutamate racemase  84.39 
 
 		 270 aa  474  1e-133  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.22865  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0897  glutamate racemase  84.76 
 
 		 270 aa  476  1e-133  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0195405 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2338  glutamate racemase  80.37 
 
 		 270 aa  443  1e-123  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.34847  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1122  glutamate racemase  78.81 
 
 		 269 aa  438  9.999999999999999e-123  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.742297  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3973  glutamate racemase  78.81 
 
 		 270 aa  439  9.999999999999999e-123  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0705  glutamate racemase  39.05 
 
 		 274 aa  191  1e-47  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000505847 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4875  glutamate racemase  40.07 
 
 		 283 aa  191  1e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4218  glutamate racemase  38.77 
 
 		 285 aa  175  7e-43  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.574186  normal  0.380381 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2377  glutamate racemase  36.69 
 
 		 280 aa  168  1e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.629157  normal  0.65613 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0989  glutamate racemase  36.1 
 
 		 279 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.84456  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6531  glutamate racemase  36.2 
 
 		 272 aa  163  3e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.17724  normal  0.161273 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1295  glutamate racemase  33.58 
 
 		 276 aa  130  3e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0764463 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0872  glutamate racemase  34.96 
 
 		 300 aa  129  5.0000000000000004e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.848378 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1600  glutamate racemase  30.77 
 
 		 264 aa  128  9.000000000000001e-29  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0129686  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4589  glutamate racemase  32.47 
 
 		 269 aa  124  2e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.547606  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4379  glutamate racemase  32.47 
 
 		 269 aa  124  2e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.119134  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4220  glutamate racemase  32.47 
 
 		 269 aa  124  2e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.328787  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4236  glutamate racemase  32.47 
 
 		 269 aa  124  2e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4623  glutamate racemase  32.47 
 
 		 269 aa  124  2e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000438915  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4717  glutamate racemase  32.47 
 
 		 269 aa  124  2e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000252581  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4573  glutamate racemase  32.47 
 
 		 269 aa  124  2e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4328  glutamate racemase  32.47 
 
 		 267 aa  123  3e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4603  glutamate racemase  32.47 
 
 		 269 aa  123  3e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.171271  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29140  glutamate racemase  36.8 
 
 		 265 aa  123  3e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.818975 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0632  glutamate racemase  32.47 
 
 		 269 aa  123  3e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000756048  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09920  glutamate racemase  36.57 
 
 		 285 aa  122  7e-27  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.634287  normal  0.13498 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3460  glutamate racemase  29.74 
 
 		 269 aa  121  9.999999999999999e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0361413 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1386  glutamate racemase  32.48 
 
 		 272 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0404  glutamate racemase  30.29 
 
 		 280 aa  120  1.9999999999999998e-26  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1779  glutamate racemase  34.5 
 
 		 280 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.63205 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1602  glutamate racemase  34.31 
 
 		 281 aa  120  3e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.151201  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1783  glutamate racemase  30.07 
 
 		 280 aa  119  3.9999999999999996e-26  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1323  glutamate racemase  34.07 
 
 		 285 aa  119  3.9999999999999996e-26  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.123332  hitchhiker  0.00249811 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2624  glutamate racemase  27.78 
 
 		 269 aa  119  3.9999999999999996e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.155868 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3204  glutamate racemase  32.6 
 
 		 267 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.685477  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4404  glutamate racemase  32.2 
 
 		 295 aa  118  9.999999999999999e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5648  glutamate racemase  34.07 
 
 		 276 aa  118  9.999999999999999e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.546638  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2602  glutamate racemase  31.48 
 
 		 264 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2893  glutamate racemase  33.33 
 
 		 260 aa  118  9.999999999999999e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0638  glutamate racemase  29.17 
 
 		 256 aa  117  1.9999999999999998e-25  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1214  glutamate racemase  28.74 
 
 		 268 aa  117  1.9999999999999998e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1848  glutamate racemase  34.47 
 
 		 281 aa  117  1.9999999999999998e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00000532867  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2572  glutamate racemase  32.86 
 
 		 260 aa  117  1.9999999999999998e-25  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0264  glutamate racemase  32.3 
 
 		 276 aa  116  3e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.741636  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0541  glutamate racemase  30.04 
 
 		 267 aa  117  3e-25  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000256058  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1937  glutamate racemase  30.74 
 
 		 268 aa  116  3.9999999999999997e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000512985  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1403  glutamate racemase  31.13 
 
 		 271 aa  115  6e-25  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.011176  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2884  glutamate racemase  31.5 
 
 		 272 aa  115  6.9999999999999995e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.297231 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3010  glutamate racemase  29.37 
 
 		 275 aa  115  6.9999999999999995e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.067434 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3052  glutamate racemase  29.37 
 
 		 275 aa  115  6.9999999999999995e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.580902 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0278  glutamate racemase  31.62 
 
 		 264 aa  114  1.0000000000000001e-24  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.424849  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2743  glutamate racemase  30.8 
 
 		 285 aa  114  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.677331  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0429  glutamate racemase  30.94 
 
 		 283 aa  114  1.0000000000000001e-24  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.13208  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2038  glutamate racemase  28.62 
 
 		 267 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00710975  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0848  glutamate racemase  32.95 
 
 		 264 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1508  glutamate racemase  32.5 
 
 		 273 aa  114  2.0000000000000002e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2103  glutamate racemase  33.47 
 
 		 282 aa  113  3e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.447396  normal  0.629875 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25070  glutamate racemase  31.72 
 
 		 268 aa  113  3e-24  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1080  glutamate racemase  31.44 
 
 		 292 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.878635  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08350  glutamate racemase  31.37 
 
 		 310 aa  112  6e-24  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3846  glutamate racemase  31.62 
 
 		 280 aa  112  6e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3920  glutamate racemase  31.62 
 
 		 280 aa  112  6e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0518  glutamate racemase  32.33 
 
 		 276 aa  112  7.000000000000001e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000716913  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2597  glutamate racemase  30.57 
 
 		 271 aa  112  8.000000000000001e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3832  glutamate racemase  31.87 
 
 		 280 aa  112  8.000000000000001e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.131097 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2832  glutamate racemase  31.48 
 
 		 275 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0609148  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0079  glutamate racemase  31.42 
 
 		 246 aa  111  1.0000000000000001e-23  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3675  glutamate racemase  28.36 
 
 		 258 aa  111  1.0000000000000001e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00345939  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0527  glutamate racemase  27.99 
 
 		 264 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1231  glutamate racemase  29.56 
 
 		 266 aa  111  1.0000000000000001e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.759515  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2583  glutamate racemase  31.56 
 
 		 312 aa  111  1.0000000000000001e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00016554  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1209  glutamate racemase  29.56 
 
 		 266 aa  111  1.0000000000000001e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0885  glutamate racemase  31.6 
 
 		 268 aa  111  1.0000000000000001e-23  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0538  glutamate racemase  28.83 
 
 		 261 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.000000000109629  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1955  glutamate racemase  30.71 
 
 		 303 aa  111  2.0000000000000002e-23  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00243974  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0088  glutamate racemase  30.62 
 
 		 311 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2923  glutamate racemase  30.83 
 
 		 272 aa  110  3e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1824  glutamate racemase  29.81 
 
 		 247 aa  110  3e-23  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2509  glutamate racemase  31.6 
 
 		 291 aa  110  3e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.194908 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2013  glutamate racemase  29.43 
 
 		 247 aa  110  3e-23  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06670  glutamate racemase  32.41 
 
 		 264 aa  110  3e-23  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00000549454  normal  0.0772332 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2202  glutamate racemase  28.42 
 
 		 282 aa  109  4.0000000000000004e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1700  glutamate racemase  32.22 
 
 		 301 aa  109  5e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0499651  normal  0.299923 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1257  glutamate racemase  26.01 
 
 		 256 aa  109  5e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.402225  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20070  glutamate racemase  33.64 
 
 		 270 aa  109  5e-23  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.189885  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4289  glutamate racemase  30.26 
 
 		 281 aa  109  5e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.244249 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1296  glutamate racemase  31.37 
 
 		 259 aa  109  5e-23  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3231  glutamate racemase  32.39 
 
 		 272 aa  109  5e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.041198  normal  0.505933 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1956  glutamate racemase  33.73 
 
 		 277 aa  109  6e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.201101  normal  0.864089 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1467  glutamate racemase  29.32 
 
 		 292 aa  109  6e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0107271  normal  0.23474 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0302  glutamate racemase  30.84 
 
 		 271 aa  108  7.000000000000001e-23  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1643  glutamate racemase  29.81 
 
 		 247 aa  108  7.000000000000001e-23  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1521  glutamate racemase  32.31 
 
 		 272 aa  108  8.000000000000001e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00432739  normal  0.0343831 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2315  glutamate racemase  31.3 
 
 		 360 aa  108  8.000000000000001e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000133426 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1522  glutamate racemase  30.48 
 
 		 265 aa  108  9.000000000000001e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.167317  normal  0.205372 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3764  glutamate racemase  32.46 
 
 		 282 aa  108  1e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.030559 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0609  glutamate racemase  30.51 
 
 		 291 aa  108  1e-22  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.765975  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0733  glutamate racemase  28.36 
 
 		 267 aa  107  2e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>