58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_2640 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_2640  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 		 307 aa  639    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0735  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  67.53 
 
 		 312 aa  422  1e-117  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1521  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.9 
 
 		 294 aa  73.6  0.000000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1346  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.34 
 
 		 301 aa  67.4  0.0000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3062  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.65 
 
 		 287 aa  62.4  0.000000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3337  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.61 
 
 		 287 aa  61.2  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.562048  normal  0.679518 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1272  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.89 
 
 		 287 aa  59.7  0.00000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1695  sugar phosphate isomerases/epimerases  24.22 
 
 		 285 aa  58.2  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0560599 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5021  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.72 
 
 		 297 aa  58.5  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.672095  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1192  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30 
 
 		 284 aa  57.8  0.0000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.78026  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4055  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.89 
 
 		 297 aa  55.5  0.000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0527  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.08 
 
 		 289 aa  55.1  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000000820487  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3435  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.98 
 
 		 289 aa  54.7  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5169  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.43 
 
 		 294 aa  52.8  0.000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.193202  normal  0.0119355 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0395  xylose isomerase domain-containing protein  27.59 
 
 		 252 aa  52.8  0.000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0482433 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2746  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.45 
 
 		 330 aa  51.6  0.00002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.717662  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0086  myo-inositol catabolism protein IolE  27.21 
 
 		 297 aa  51.6  0.00002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2981  Myo-inosose-2 dehydratase  25.63 
 
 		 359 aa  50.4  0.00003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.833328 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3138  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.63 
 
 		 359 aa  50.4  0.00003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0136  xylose isomerase domain-containing protein  29.84 
 
 		 250 aa  50.4  0.00004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.937365  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1722  xylose isomerase-like TIM barrel  26.48 
 
 		 299 aa  50.4  0.00004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.688264  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11160  sugar phosphate isomerase/epimerase  22.82 
 
 		 275 aa  50.1  0.00005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0839384 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0067  xylose isomerase domain-containing protein  22.71 
 
 		 318 aa  49.7  0.00006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0290166  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0432  xylose isomerase domain-containing protein  25.66 
 
 		 258 aa  49.7  0.00007  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00428  Twin-arginine translocation pathway signal  32.94 
 
 		 334 aa  49.3  0.00008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1628  xylose isomerase domain-containing protein  28.47 
 
 		 319 aa  49.3  0.00009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1340  xylose isomerase domain-containing protein  23.83 
 
 		 309 aa  48.9  0.0001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4567  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.1 
 
 		 317 aa  48.5  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.181708  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0439  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.12 
 
 		 308 aa  48.1  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00988774  normal  0.647818 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4190  xylose isomerase-like TIM barrel  29.52 
 
 		 371 aa  48.1  0.0002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.720259  hitchhiker  0.00898811 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6358  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.1 
 
 		 316 aa  48.1  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4611  xylose isomerase domain-containing protein  26.01 
 
 		 325 aa  48.1  0.0002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.805097  normal  0.241232 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1301  xylose isomerase domain-containing protein  23.44 
 
 		 309 aa  48.1  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2652  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.69 
 
 		 283 aa  47  0.0004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  unclonable  0.000000000202898  normal  0.140843 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1075  xylose isomerase domain-containing protein  28.21 
 
 		 249 aa  46.6  0.0005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1892  xylose isomerase domain-containing protein  24.32 
 
 		 304 aa  46.6  0.0005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0241791  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1893  xylose isomerase domain-containing protein  24.32 
 
 		 304 aa  46.6  0.0006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0559869  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1892  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.08 
 
 		 296 aa  46.6  0.0006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.866168 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1894  xylose isomerase domain-containing protein  23.05 
 
 		 309 aa  46.2  0.0006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.21993 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1429  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.53 
 
 		 284 aa  46.6  0.0006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.000000000000502947  normal  0.0400752 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3653  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.3 
 
 		 292 aa  46.2  0.0007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.142923  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1938  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.81 
 
 		 256 aa  45.8  0.0008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  decreased coverage  0.00000239688  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2705  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.61 
 
 		 287 aa  46.2  0.0008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.917825  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6351  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.57 
 
 		 279 aa  45.1  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3491  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  20.89 
 
 		 281 aa  45.4  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.642855  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2932  xylose isomerase domain-containing protein  22.83 
 
 		 308 aa  44.7  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.688703 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1595  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.21 
 
 		 284 aa  44.7  0.002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1981  Myo-inosose-2 dehydratase  30.61 
 
 		 301 aa  43.9  0.003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.162742  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4661  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.03 
 
 		 243 aa  43.9  0.003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1238  putative myo-inositol catabolism protein  23.35 
 
 		 309 aa  43.5  0.005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0657  Myo-inosose-2 dehydratase  31.08 
 
 		 303 aa  43.5  0.005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.700284  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2188  xylose isomerase domain-containing protein  30.34 
 
 		 290 aa  43.1  0.005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.686752  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3316  xylose isomerase domain-containing protein  21.65 
 
 		 309 aa  43.5  0.005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4656  xylose isomerase domain-containing protein  27.21 
 
 		 298 aa  43.1  0.006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.335563 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3595  Myo-inosose-2 dehydratase  23.94 
 
 		 297 aa  42.7  0.008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1674  xylose isomerase domain-containing protein  26.03 
 
 		 298 aa  42.4  0.009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0386  xylose isomerase domain-containing protein  25 
 
 		 306 aa  42.4  0.009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0824  xylose isomerase domain-containing protein  33.33 
 
 		 303 aa  42.4  0.01  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>