224 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DehaBAV1_0257 on replicon NC_009455
Organism: Dehalococcoides sp. BAV1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002936  DET0111  [Ni/Fe] hydrogenase, group 1, small subunit, putative  95.61 
 
 
354 aa  678    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.2309  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_121  Ni/Fe hydrogenase, small subunit  97.08 
 
 
354 aa  686    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0257  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  100 
 
 
354 aa  722    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1970  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  43.89 
 
 
315 aa  276  6e-73  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1232  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  45.16 
 
 
309 aa  272  7e-72  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.742919  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1249  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  42.86 
 
 
317 aa  268  1e-70  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.187763 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1041  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  43.71 
 
 
318 aa  251  9.000000000000001e-66  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.225928  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0806  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  36.59 
 
 
375 aa  243  3e-63  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0274  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  41.93 
 
 
317 aa  243  5e-63  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.196378 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2134  hydrogenase (NiFe) small subunit (hydA)  41.95 
 
 
294 aa  240  2e-62  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0940  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase small chain  39.01 
 
 
383 aa  233  5e-60  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.0025548  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2953  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  40.95 
 
 
312 aa  231  2e-59  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.617485 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0265  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  40.58 
 
 
317 aa  228  9e-59  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.595947  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2743  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  43.45 
 
 
362 aa  226  6e-58  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000348157  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0767  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  40.19 
 
 
319 aa  224  2e-57  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1908  hydrogen:quinone oxidoreductase  40.74 
 
 
378 aa  223  4.9999999999999996e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.935417  normal  0.0653543 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1679  hydrogen:quinone oxidoreductase  38.98 
 
 
378 aa  222  8e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.915972 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2088  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  38.42 
 
 
378 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.332576  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1922  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  38.14 
 
 
378 aa  220  3e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.102833  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1915  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  38.14 
 
 
378 aa  220  3e-56  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0904727  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2404  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  38.14 
 
 
378 aa  220  3e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0274072  hitchhiker  0.000408774 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1889  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  38.14 
 
 
378 aa  220  3e-56  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.118271  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1822  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  38.11 
 
 
378 aa  219  6e-56  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.249477  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1880  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  38.4 
 
 
378 aa  219  7.999999999999999e-56  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1765  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  39.81 
 
 
378 aa  218  1e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2099  quinone-reactive Ni/Fe hydrogenase, small subunit precursor  38.11 
 
 
378 aa  217  2e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2155  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  38.11 
 
 
378 aa  218  2e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.021449  normal  0.34251 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0861  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase small chain  36.21 
 
 
381 aa  218  2e-55  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.822531  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1070  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  38.99 
 
 
299 aa  216  5.9999999999999996e-55  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.640401  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2033  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  40.43 
 
 
378 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000339723  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2103  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  38.7 
 
 
378 aa  215  9.999999999999999e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0144  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  38.11 
 
 
376 aa  214  1.9999999999999998e-54  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2137  hydrogenase (NiFe) small subunit (hydA)  39.1 
 
 
317 aa  213  2.9999999999999995e-54  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3271  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  38.8 
 
 
316 aa  213  3.9999999999999995e-54  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1903  thymidylate kinase (dTMP kinase)  37.83 
 
 
381 aa  212  7e-54  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0537168  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1403  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase, small subunit  35.26 
 
 
360 aa  210  3e-53  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0458  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase, small subunit  35.26 
 
 
379 aa  209  6e-53  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  unclonable  0.0000000000404232  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1939  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  38.44 
 
 
375 aa  208  1e-52  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1283  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase, small subunit  35.54 
 
 
360 aa  208  1e-52  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.0034668  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0719  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  39.68 
 
 
324 aa  206  5e-52  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.534448 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1106  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  38.29 
 
 
385 aa  206  6e-52  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.978131  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0101  putative periplasmic protein  37.47 
 
 
401 aa  206  7e-52  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0782  nickel-dependent hydrogenase, small subunit  37.58 
 
 
367 aa  205  1e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0547122  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3139  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  37.5 
 
 
368 aa  205  1e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1275  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  37.5 
 
 
410 aa  204  2e-51  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.353073  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1123  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  37.5 
 
 
368 aa  203  4e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0872  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  36.42 
 
 
377 aa  203  4e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1246  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  36.74 
 
 
317 aa  202  5e-51  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.200947 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1378  Ni-Fe hydrogenase, small subunit  37.71 
 
 
360 aa  202  9e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.38439  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0545  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  36.42 
 
 
373 aa  202  9e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0712  Ni/Fe-hydrogenase, small subunit  36.91 
 
 
379 aa  201  1.9999999999999998e-50  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08550  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  37.17 
 
 
439 aa  200  1.9999999999999998e-50  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.598399 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1269  Hydrogenase (acceptor)  34.44 
 
 
355 aa  201  1.9999999999999998e-50  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1943  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  38.36 
 
 
378 aa  199  5e-50  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.162149  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03850  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  35.31 
 
 
334 aa  199  6e-50  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0271  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  37.66 
 
 
317 aa  199  6e-50  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.113366 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3755  hydrogenase (NiFe) small subunit (hydA)  37.54 
 
 
321 aa  199  7e-50  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2056  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  35.57 
 
 
373 aa  194  2e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0481  hydrogenase (NiFe) small subunit (hydA)  36.62 
 
 
374 aa  193  3e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2173  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  34.28 
 
 
370 aa  193  3e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.00215445  normal  0.569492 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0853  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  36.81 
 
 
364 aa  193  4e-48  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.113934  normal  0.390076 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0509  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  36.92 
 
 
374 aa  192  5e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0514  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  36.92 
 
 
374 aa  192  5e-48  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.935474  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1162  hydrogenase (NiFe) small subunit (hydA)  33.44 
 
 
377 aa  192  7e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1039  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  36.51 
 
 
315 aa  192  1e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.370707  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1150  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  31.02 
 
 
358 aa  191  1e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.172681  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3403  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  35.05 
 
 
400 aa  191  2e-47  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.643066  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1436  Ni-Fe hydrogenase, small subunit  36.31 
 
 
383 aa  191  2e-47  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1154  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  31.28 
 
 
370 aa  189  5e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1847  methanophenazine-reducing hydrogenase, small subunit  33.15 
 
 
386 aa  189  5.999999999999999e-47  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.871786  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3332  Ni-Fe hydrogenase, small subunit:twin-arginine translocation pathway signal  32.51 
 
 
379 aa  188  1e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3148  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  33.85 
 
 
417 aa  188  1e-46  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3989  Ni-Fe hydrogenase, small subunit:twin-arginine translocation pathway signal  33.55 
 
 
363 aa  187  2e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1841  methanophenazine-reducing hydrogenase, small subunit  35.23 
 
 
411 aa  187  2e-46  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.349913  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3772  hydrogenase (NiFe) small subunit (hydA)  31.2 
 
 
374 aa  188  2e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.427783  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50590  Uptake hydrogenase small subunit (Precursor), HoxK  35.02 
 
 
358 aa  187  2e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3376  hypothetical protein  33.96 
 
 
368 aa  187  2e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2319  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  33.85 
 
 
415 aa  187  3e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0526  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  37.8 
 
 
393 aa  187  3e-46  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.428273  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1732  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  39.87 
 
 
322 aa  186  4e-46  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1975  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  32.38 
 
 
364 aa  186  6e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.847489  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2534  hydrogenase 2 small subunit  34.47 
 
 
375 aa  186  6e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.457974  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00346  Ni-Fe hydrogenase, small subunit  34.95 
 
 
340 aa  185  8e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1446  Ni-Fe hydrogenase, small subunit  35.95 
 
 
362 aa  183  4.0000000000000006e-45  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.123847  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2827  hydrogenase (acceptor)  33.02 
 
 
364 aa  183  4.0000000000000006e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1996  uptake hydrogenase small subunit precursor  32.36 
 
 
363 aa  183  5.0000000000000004e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0495  hydrogenase protein small subunit  34.33 
 
 
369 aa  182  6e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2128  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  34.56 
 
 
398 aa  182  7e-45  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02873  hydrogenase-2, small chain  36.07 
 
 
372 aa  182  8.000000000000001e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0699  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  36.07 
 
 
372 aa  182  8.000000000000001e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02822  hypothetical protein  36.07 
 
 
372 aa  182  8.000000000000001e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4309  hydrogenase 2 small subunit  36.07 
 
 
372 aa  182  8.000000000000001e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3466  hydrogenase 2 small subunit  36.07 
 
 
372 aa  182  8.000000000000001e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3283  hydrogenase 2 small subunit  36.07 
 
 
372 aa  182  8.000000000000001e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3424  hydrogenase 2 small subunit  36.07 
 
 
372 aa  182  8.000000000000001e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0696  hydrogenase 2 small subunit  36.07 
 
 
372 aa  182  8.000000000000001e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1410  hydrogenase 2 small subunit  33.68 
 
 
375 aa  182  8.000000000000001e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3177  hydrogenase 2 small subunit  36.07 
 
 
372 aa  182  8.000000000000001e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2146  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  34.06 
 
 
369 aa  182  9.000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.206578  normal  0.329607 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0972  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  35.71 
 
 
360 aa  181  1e-44  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00108314  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>