More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_4077 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007298  Daro_4077  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
291 aa  580  1e-164  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.25 
 
 
309 aa  191  1e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2788  LysR family transcriptional regulator  40.62 
 
 
296 aa  191  1e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.19 
 
 
303 aa  187  1e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2495  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 
296 aa  187  1e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 
317 aa  187  2e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  40.85 
 
 
317 aa  187  3e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2925  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 
296 aa  186  5e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0501  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.31 
 
 
322 aa  186  5e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0370633 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0248  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 
302 aa  185  8e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319703  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0058  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.05 
 
 
297 aa  185  8e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.85 
 
 
303 aa  185  9e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 
318 aa  183  3e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.85 
 
 
303 aa  182  6e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.85 
 
 
303 aa  182  8.000000000000001e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2665  transcription regulator protein  39.65 
 
 
296 aa  181  2e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.824942  normal  0.672671 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.15 
 
 
303 aa  180  2e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.85 
 
 
303 aa  180  2e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.5 
 
 
303 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.5 
 
 
303 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.5 
 
 
303 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.5 
 
 
303 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4215  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.97 
 
 
322 aa  179  4e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6233  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.21 
 
 
328 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.308755 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  39.8 
 
 
299 aa  179  4.999999999999999e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0214  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.68 
 
 
334 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.5 
 
 
303 aa  178  8e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.46 
 
 
303 aa  178  1e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.15 
 
 
303 aa  177  1e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0325  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.55 
 
 
320 aa  177  2e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.15 
 
 
303 aa  177  2e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0381  LysR family transcriptional regulator  41.87 
 
 
327 aa  177  2e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.54152  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.15 
 
 
303 aa  177  2e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  35.23 
 
 
314 aa  176  4e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0572  LysR family transcriptional regulator  37.98 
 
 
311 aa  176  4e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.220776  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.81 
 
 
303 aa  176  4e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 
305 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3368  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 
307 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.66 
 
 
314 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2802  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.55 
 
 
323 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2901  transcriptional regulator, LysR family  38.6 
 
 
296 aa  175  9.999999999999999e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2940  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.55 
 
 
328 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.4 
 
 
306 aa  173  1.9999999999999998e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.8 
 
 
306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2586  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 
305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0519  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 
305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2761  transcription regulator protein  36.33 
 
 
308 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.21868  normal  0.56038 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0414  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.11 
 
 
348 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0376293  normal  0.0295817 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0461  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.06 
 
 
321 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  34.8 
 
 
306 aa  172  3.9999999999999995e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1372  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.06 
 
 
321 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0055  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.06 
 
 
321 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4269  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 
297 aa  172  5.999999999999999e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.06 
 
 
321 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0623  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.06 
 
 
321 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3189  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.06 
 
 
321 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2900  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.86 
 
 
329 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2275  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.86 
 
 
329 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2890  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.86 
 
 
329 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0383  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.06 
 
 
320 aa  171  1e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0441  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.19 
 
 
321 aa  171  1e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2590  transcriptional regulator, LysR family  34.9 
 
 
308 aa  170  2e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.17 
 
 
310 aa  170  2e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2548  LysR family transcriptional regulator  37.32 
 
 
328 aa  171  2e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.91 
 
 
300 aa  170  2e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3606  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 
305 aa  170  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0491  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 
305 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.978551 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0187  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.49 
 
 
320 aa  170  3e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.163484  normal  0.742641 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.44 
 
 
304 aa  169  4e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  38.6 
 
 
295 aa  169  5e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 
308 aa  169  7e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0181  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.35 
 
 
320 aa  168  9e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS01684  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.36 
 
 
313 aa  168  1e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3307  transcriptional regulator, LysR family  36.46 
 
 
294 aa  168  1e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.273694  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3000  transcriptional regulator, LysR family  35.64 
 
 
308 aa  167  2e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  35.09 
 
 
305 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  35.09 
 
 
305 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.09 
 
 
305 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.09 
 
 
305 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.09 
 
 
305 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.09 
 
 
305 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  35.09 
 
 
305 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.09 
 
 
305 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.09 
 
 
305 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.74 
 
 
305 aa  166  4e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.74 
 
 
305 aa  166  4e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.74 
 
 
305 aa  166  4e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.74 
 
 
305 aa  166  4e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.74 
 
 
305 aa  166  4e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.07 
 
 
300 aa  166  5e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6772  transcriptional regulator, LysR family  36.71 
 
 
296 aa  166  5.9999999999999996e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.68 
 
 
302 aa  165  6.9999999999999995e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0906  transcriptional regulator, LysR family  36.33 
 
 
298 aa  165  8e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.150508 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1082  LysR family transcriptional regulator  36.17 
 
 
307 aa  165  9e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.15 
 
 
303 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3159  LysR family transcriptional regulator  38.81 
 
 
299 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.789389  normal  0.0875309 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3266  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 
293 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.817799 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3953  LysR family transcriptional regulator  36.71 
 
 
321 aa  164  2.0000000000000002e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.386735  normal  0.188606 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 
311 aa  164  2.0000000000000002e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0983  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  36.52 
 
 
300 aa  163  2.0000000000000002e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>