More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_3312 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_3312  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 336 aa  694    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0177  transcriptional regulator, LacI family  55.09 
 
 		 343 aa  384  1e-105  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1883  LacI family transcription regulator  38.82 
 
 		 351 aa  241  2e-62  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0216034  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4691  transcriptional regulator, LacI family  37.83 
 
 		 340 aa  225  7e-58  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0374666  normal  0.162999 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1876  LacI family transcription regulator  37.46 
 
 		 345 aa  219  6e-56  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15090  transcriptional regulator  33.23 
 
 		 346 aa  208  1e-52  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.51 
 
 		 336 aa  201  9.999999999999999e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  34.51 
 
 		 348 aa  191  1e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1683  DNA-binding transcriptional repressor PurR  36.95 
 
 		 341 aa  185  1.0000000000000001e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0808  transcriptional regulator  34.31 
 
 		 343 aa  184  2.0000000000000003e-45  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0226  LacI family transcription regulator  34.3 
 
 		 336 aa  182  5.0000000000000004e-45  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.82 
 
 		 333 aa  180  4e-44  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  34.52 
 
 		 333 aa  179  4.999999999999999e-44  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0296  degradation activator  33.43 
 
 		 331 aa  179  7e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2388  DNA-binding transcriptional repressor PurR  35.84 
 
 		 341 aa  179  8e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.282493  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1895  LacI family transcriptional regulator  33.43 
 
 		 339 aa  176  4e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.371942 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2672  DNA-binding transcriptional repressor PurR  35.55 
 
 		 341 aa  176  6e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.807137  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1715  DNA-binding transcriptional repressor PurR  35.17 
 
 		 341 aa  175  9e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.117715  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003941  transcriptional regulator LacI family protein  33.53 
 
 		 334 aa  174  9.999999999999999e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  34.11 
 
 		 349 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2594  transcriptional regulator, LacI family  35.38 
 
 		 339 aa  173  3.9999999999999995e-42  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0402  transcriptional regulator, LacI family  32.84 
 
 		 339 aa  173  3.9999999999999995e-42  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000159796  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1725  transcriptional regulator, LacI family  35.91 
 
 		 338 aa  172  5e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15580  transcriptional regulator, LacI family  32.84 
 
 		 336 aa  172  7.999999999999999e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.91 
 
 		 336 aa  172  7.999999999999999e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  33.82 
 
 		 333 aa  171  1e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3176  transcriptional regulator, LacI family  34.37 
 
 		 334 aa  171  1e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.143935  normal  0.494014 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01581  transcriptional regulator  32.65 
 
 		 334 aa  171  1e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1129  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.37 
 
 		 334 aa  171  2e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1862  DNA-binding transcriptional repressor PurR  34.97 
 
 		 341 aa  171  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.171232  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1755  DNA-binding transcriptional repressor PurR  34.97 
 
 		 341 aa  171  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00265778  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2572  DNA-binding transcriptional repressor PurR  34.97 
 
 		 341 aa  171  2e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.407544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  35.9 
 
 		 334 aa  170  3e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1181  alanine racemase  34.37 
 
 		 334 aa  170  3e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0331058  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1214  LacI family transcription regulator  34.37 
 
 		 334 aa  170  3e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.692885  normal  0.113089 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0040  transcriptional regulator, LacI family  33.24 
 
 		 330 aa  169  5e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  36.07 
 
 		 355 aa  168  9e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1324  LacI family transcription regulator  32.36 
 
 		 336 aa  169  9e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0131249  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2195  DNA-binding transcriptional repressor PurR  34.39 
 
 		 341 aa  169  9e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.578042  hitchhiker  0.00000679153 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1032  DNA-binding transcriptional repressor PurR  34.01 
 
 		 333 aa  168  1e-40  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.872659  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  35.01 
 
 		 341 aa  168  1e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  32.84 
 
 		 347 aa  167  2e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3304  LacI family transcription regulator  33.33 
 
 		 335 aa  168  2e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.547709 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0582  alanine racemase  33.83 
 
 		 337 aa  168  2e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000548778  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  34.41 
 
 		 334 aa  166  4e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3333  transcriptional regulator, LacI family  32.84 
 
 		 329 aa  166  5e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04250  transcriptional regulator, LacI family  33.23 
 
 		 337 aa  164  1.0000000000000001e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.335349  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22540  transcriptional regulator, LacI family  32.94 
 
 		 332 aa  164  3e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1400  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.53 
 
 		 332 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.665266  normal  0.0917942 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0809  transcriptional regulator, LacI family  31.07 
 
 		 344 aa  162  8.000000000000001e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.119427 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5463  LacI family transcription regulator  32.14 
 
 		 344 aa  162  9e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.316293  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6278  transcriptional regulator, LacI family  33.23 
 
 		 338 aa  161  1e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  32.15 
 
 		 338 aa  162  1e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  31.96 
 
 		 341 aa  162  1e-38  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  33.53 
 
 		 340 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  33.54 
 
 		 338 aa  160  2e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0938  LacI family transcription regulator  31.27 
 
 		 340 aa  160  2e-38  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0104625  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  33.54 
 
 		 340 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  32.65 
 
 		 337 aa  160  3e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  32.34 
 
 		 353 aa  160  3e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0686  LacI family transcription regulator  33.62 
 
 		 334 aa  160  3e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000244214 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1314  transcriptional regulator, LacI family protein  32.93 
 
 		 352 aa  160  3e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  33.24 
 
 		 332 aa  160  3e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1873  DNA-binding transcriptional repressor PurR  33.04 
 
 		 341 aa  160  3e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000326079  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2511  transcriptional regulator, LacI family  33.24 
 
 		 334 aa  160  4e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.155489  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  33.53 
 
 		 340 aa  160  4e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  32.46 
 
 		 331 aa  159  5e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06141  hypothetical protein  32.47 
 
 		 336 aa  159  5e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01629  DNA-binding transcriptional repressor, hypoxanthine-binding  32.75 
 
 		 341 aa  159  6e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.847977  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1982  transcriptional regulator, LacI family  32.75 
 
 		 341 aa  159  6e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0168569  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1738  DNA-binding transcriptional repressor PurR  32.75 
 
 		 341 aa  159  6e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.20958e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2372  DNA-binding transcriptional repressor PurR  32.75 
 
 		 341 aa  159  6e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000002203  normal  0.181026 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01618  hypothetical protein  32.75 
 
 		 341 aa  159  6e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.850711  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1857  DNA-binding transcriptional repressor PurR  32.75 
 
 		 341 aa  159  6e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000046163  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1538  DNA-binding transcriptional repressor PurR  32.75 
 
 		 341 aa  159  6e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0686294  normal  0.0781462 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1971  DNA-binding transcriptional repressor PurR  32.75 
 
 		 341 aa  159  6e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000994316 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0345  transcriptional regulator for D-ribose, periplasmic binding protein, LacI family protein  32.17 
 
 		 334 aa  159  7e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1789  DNA-binding transcriptional repressor PurR  33.33 
 
 		 341 aa  159  8e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0286691 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2609  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.74 
 
 		 342 aa  158  1e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23020  transcriptional regulator, LacI family  34.11 
 
 		 336 aa  158  1e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000406909  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1481  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.62 
 
 		 348 aa  158  1e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  33.23 
 
 		 340 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1367  ribose operon repressor  33.62 
 
 		 333 aa  157  2e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.390962  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1540  DNA-binding transcriptional repressor PurR  32.75 
 
 		 341 aa  157  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.000065632  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1744  DNA-binding transcriptional repressor PurR  32.75 
 
 		 341 aa  157  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000285436  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3049  transcriptional regulator, LacI family  33.53 
 
 		 336 aa  157  2e-37  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.490257  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0297  LacI family transcription regulator  33.82 
 
 		 340 aa  157  2e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1913  DNA-binding transcriptional repressor PurR  32.75 
 
 		 341 aa  157  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000592501  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1526  DNA-binding transcriptional repressor PurR  32.75 
 
 		 341 aa  157  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.580264  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1563  DNA-binding transcriptional repressor PurR  32.75 
 
 		 341 aa  157  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00208837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  32.95 
 
 		 353 aa  157  3e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1234  LacI family transcription regulator  32.94 
 
 		 343 aa  157  3e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.50127  normal  0.134178 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1510  LacI family transcription regulator  31.4 
 
 		 348 aa  156  4e-37  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00014462 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  33.63 
 
 		 333 aa  156  4e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20530  transcriptional regulator, LacI family  32.18 
 
 		 341 aa  156  4e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  32.64 
 
 		 339 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000337  ribose operon repressor  32.76 
 
 		 340 aa  156  5.0000000000000005e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1078  transcriptional regulator, LacI family  34.97 
 
 		 334 aa  156  6e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00527595 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3331  regulatory protein LacI  34.97 
 
 		 334 aa  156  6e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4797  LacI family transcription regulator  32.65 
 
 		 336 aa  156  6e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.184791  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>