More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_2697 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007948  Bpro_2697  D-amino-acid dehydrogenase  100 
 
 
419 aa  853    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.402587  normal  0.380863 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1756  D-amino-acid dehydrogenase  79.24 
 
 
419 aa  687    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.141509 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2597  D-amino-acid dehydrogenase  66.99 
 
 
417 aa  585  1e-166  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1987  D-amino-acid dehydrogenase  62.05 
 
 
408 aa  524  1e-147  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.312854  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1981  D-amino-acid dehydrogenase  45.75 
 
 
463 aa  391  1e-107  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0772437 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2587  D-amino-acid dehydrogenase  47.45 
 
 
415 aa  382  1e-105  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.701907  normal  0.227233 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1221  D-amino-acid dehydrogenase  47.2 
 
 
415 aa  378  1e-103  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0385  D-amino-acid dehydrogenase  45.18 
 
 
433 aa  369  1e-101  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0369  D-amino-acid dehydrogenase  46.68 
 
 
421 aa  369  1e-101  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.621585  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2701  D-amino-acid dehydrogenase  45.18 
 
 
433 aa  371  1e-101  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0406  D-amino-acid dehydrogenase  45.18 
 
 
433 aa  371  1e-101  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.696057  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3589  D-amino-acid dehydrogenase  46.1 
 
 
424 aa  367  1e-100  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0959455  hitchhiker  0.00000935542 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0309  D-amino-acid dehydrogenase  46.17 
 
 
430 aa  365  1e-100  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3504  D-amino-acid dehydrogenase  44.87 
 
 
438 aa  368  1e-100  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1877  FAD dependent oxidoreductase  48.24 
 
 
429 aa  353  2e-96  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000325686  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1822  D-amino-acid dehydrogenase  46.41 
 
 
415 aa  352  5.9999999999999994e-96  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3630  D-amino-acid dehydrogenase  40 
 
 
417 aa  325  9e-88  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000258766 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2082  D-amino-acid dehydrogenase  39.52 
 
 
418 aa  315  7e-85  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0152588  normal  0.581205 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2389  D-amino-acid dehydrogenase  42.06 
 
 
439 aa  313  2.9999999999999996e-84  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5526  D-amino acid dehydrogenase small subunit  41.51 
 
 
434 aa  312  6.999999999999999e-84  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.46762 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1656  D-amino acid dehydrogenase small subunit  40.52 
 
 
428 aa  310  2e-83  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0408  D-amino acid dehydrogenase small subunit  40.52 
 
 
428 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2974  D-amino acid dehydrogenase small subunit  40.52 
 
 
428 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2551  D-amino acid dehydrogenase small subunit  40.52 
 
 
428 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0927  D-amino acid dehydrogenase small subunit  40.52 
 
 
428 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2240  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.86 
 
 
428 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0222  D-amino acid dehydrogenase small subunit  40.52 
 
 
428 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2925  D-amino acid dehydrogenase small subunit  40.52 
 
 
428 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2864  D-amino acid dehydrogenase small subunit  40.52 
 
 
428 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.367842  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1023  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.86 
 
 
428 aa  307  3e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1503  D-amino acid dehydrogenase small subunit  41.27 
 
 
425 aa  306  4.0000000000000004e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.839298  normal  0.265321 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6079  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.62 
 
 
421 aa  305  1.0000000000000001e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5180  D-amino acid dehydrogenase small subunit  40.09 
 
 
434 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0763537 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4178  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.14 
 
 
428 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.157527  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4777  D-amino acid dehydrogenase small subunit  40.14 
 
 
416 aa  303  4.0000000000000003e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.565064  normal  0.111911 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0585  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.38 
 
 
428 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1064  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.38 
 
 
428 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2746  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.15 
 
 
434 aa  302  6.000000000000001e-81  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0984937  decreased coverage  0.0000603863 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2107  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.19 
 
 
434 aa  302  8.000000000000001e-81  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.625399  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1997  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.19 
 
 
434 aa  302  9e-81  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.990336  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2361  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.19 
 
 
434 aa  302  9e-81  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0438978  normal  0.320379 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5270  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.86 
 
 
434 aa  301  1e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0829502  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1676  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.15 
 
 
434 aa  301  1e-80  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000458622  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0867  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.66 
 
 
429 aa  301  1e-80  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.872467  normal  0.695937 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1960  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.15 
 
 
434 aa  301  1e-80  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00842903  normal  0.752905 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01164  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.15 
 
 
432 aa  301  2e-80  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000419065  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2459  Methylated-DNA--(protein)-cysteine S-methyltransferase  38.15 
 
 
432 aa  301  2e-80  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000162707  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0235  D-amino acid dehydrogenase small subunit  40.33 
 
 
433 aa  301  2e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2436  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.15 
 
 
432 aa  301  2e-80  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0019507  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5322  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.86 
 
 
434 aa  301  2e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.116126 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1292  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.15 
 
 
432 aa  301  2e-80  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000190637  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1318  D-amino acid dehydrogenase small subunit  40.38 
 
 
419 aa  301  2e-80  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4831  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.9 
 
 
416 aa  301  2e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0419861  normal  0.105025 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01174  hypothetical protein  38.15 
 
 
432 aa  301  2e-80  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000272828  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004326  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.06 
 
 
418 aa  301  2e-80  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1334  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.15 
 
 
432 aa  301  2e-80  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000000000195044  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1347  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.15 
 
 
432 aa  300  3e-80  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.15982  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1330  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.15 
 
 
432 aa  300  3e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000545747  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1813  FAD dependent oxidoreductase  40.62 
 
 
417 aa  300  3e-80  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1945  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.15 
 
 
432 aa  300  3e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.290196  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0796  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.42 
 
 
429 aa  300  4e-80  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.661102  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0101  D-amino acid dehydrogenase, small subunit  39.86 
 
 
433 aa  299  5e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0200  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.62 
 
 
433 aa  299  5e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00229652 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1515  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.91 
 
 
432 aa  299  7e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.684243  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1941  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.91 
 
 
432 aa  299  7e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.377151  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2001  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.91 
 
 
432 aa  299  7e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.21848  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0924  D-amino acid dehydrogenase small subunit  40.1 
 
 
416 aa  298  9e-80  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0866  D-amino acid dehydrogenase small subunit  40.1 
 
 
416 aa  298  1e-79  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0290796  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3117  D-amino acid dehydrogenase small subunit  40.05 
 
 
432 aa  298  1e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.459659  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2547  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.63 
 
 
434 aa  297  2e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70040  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.34 
 
 
432 aa  298  2e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0245  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.34 
 
 
432 aa  296  3e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0444  D-amino-acid dehydrogenase  38.3 
 
 
434 aa  296  5e-79  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6078  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.1 
 
 
432 aa  295  7e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4821  D-amino-acid dehydrogenase  40.48 
 
 
419 aa  295  8e-79  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0052408 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03073  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.43 
 
 
428 aa  295  1e-78  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0808  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.38 
 
 
416 aa  295  1e-78  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0313  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.39 
 
 
421 aa  294  2e-78  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4434  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.39 
 
 
432 aa  293  3e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.615719  hitchhiker  0.00000811455 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2093  D-amino acid dehydrogenase small subunit  40.14 
 
 
416 aa  293  6e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.59754  normal  0.0350619 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47980  D-amino acid dehydrogenase small subunit  40.57 
 
 
432 aa  291  2e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0926  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.71 
 
 
429 aa  290  3e-77  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.531144  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1444  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.14 
 
 
416 aa  290  4e-77  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.492956  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1957  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.23 
 
 
417 aa  290  4e-77  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1001  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.16 
 
 
429 aa  289  7e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.835424 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0940  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.26 
 
 
428 aa  288  9e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0944  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.26 
 
 
428 aa  288  1e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.972933  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0791  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.66 
 
 
417 aa  286  5e-76  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000194872 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0740  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.03 
 
 
434 aa  286  5e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.968608  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0558  D-amino-acid dehydrogenase small subunit  36.77 
 
 
419 aa  285  9e-76  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3967  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.49 
 
 
433 aa  285  9e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.194472  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1981  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.21 
 
 
416 aa  285  1.0000000000000001e-75  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.200719  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2005  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.63 
 
 
416 aa  285  1.0000000000000001e-75  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.143364  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2363  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.39 
 
 
432 aa  285  2.0000000000000002e-75  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.28713  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2253  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.99 
 
 
417 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.299864  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2982  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.67 
 
 
428 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00652065 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3174  FAD dependent oxidoreductase  37.59 
 
 
418 aa  283  3.0000000000000004e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3113  D-amino acid dehydrogenase small subunit  40.57 
 
 
436 aa  283  4.0000000000000003e-75  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3842  D-amino acid dehydrogenase small subunit  40.57 
 
 
436 aa  283  6.000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.190955  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0765  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.67 
 
 
428 aa  282  6.000000000000001e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.555163 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>